p**o
发帖数: 3409 | 1 不知道版上有没有用Python做科学计算的同好，
本人近日在带Lion的新MBA上安装Python科学计算包遇到了困难，
现把失败经历小结如下，希望后来人不要重走弯路，
如果能为本人指出一条“正路”就更感谢。
尝试1. MacPorts
macports是我第一个试的，下面这些包可以通过编译：gnuplot libsvm py27-numpy
py27-scipy py27-matplotlib python27-doc py27-sympy py27-ipython py27-
networkx py27-pymc py27-django py27-libdnet py27-lint py27-mysql py27-pip
py27-ply py27-pygraphviz py27-pyrex py27-rpy2 py27-scientific py27-sqlite
py27-svn py27-tables py27-tornado igraph py27-igraph py27-numexpr py27-pp
py27-cython py27-psyco py27-twisted... 阅读全帖 |
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i*****f
发帖数: 578 | 2 【 以下文字转载自 Programming 讨论区 】
发信人: icewolf (好好活), 信区: Programming
标 题: 有matplotlib或numpy/scipy的同学帮我试试
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 10 16:47:54 2010, 美东)
【 以下文字转载自 Python 俱乐部 】
发信人: icewolf (好好活), 信区: Python
标 题: 有matplotlib或numpy/scipy的同学帮我试试
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 10 16:45:08 2010, 美东)
from pylab import *
figure()
plot(range(10))
show()
savefig('bla.pdf')
存成文件执行，看看savefig()那行是否crash？
好奇怪，前几天还好好的。
Fatal Python error: PyEval_RestoreThread: NULL tstate
This application has requested the Runtime to ter |
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b***y
发帖数: 2799 | 3 ☆─────────────────────────────────────☆
wdong (cybra) 于 (Thu Aug 28 11:59:17 2008) 提到:
我想学scipy和matlab中的一个。从语言上来说当然是python更好，就是不知道~
performance是不是损失很大。请版上有经验的牛牛来说说。我看了http://scipy.org/Perf
ormancePython，感觉是纯python基本上谈不上performance。Python + numpy稍微快点
，但
还是比C++慢10倍以上(用了ATLAS还慢10倍，汗）。别的像weave,f2py之类的在易用性
上甚
至不如C++，速度也不如C++，不知道发明这些东西用来干嘛，懒得去学。不过个人觉得
这个
简单的benchmark很不可靠。不知道有没有人拿python和matlab比过。如果说python能
做到
和matlab相当，那还是很值得学的。~
☆─────────────────────────────────────☆
thrust (WoW 无限期冬眠中) 于 (T |
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L***n
发帖数: 6727 | 4 对，同感，我现在都不敢用 scipy了，numpy是建立在scipy基础上的，也不敢用 |
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n******7
发帖数: 12463 | 5 看了一下pandas也是基于scipy的啊
Optional Dependencies：
SciPy: miscellaneous statistical functions |
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m********5
发帖数: 17667 | 6 Scipy和numpy的小bug确实比较多，但是也还没有到不堪用的地步
你说的这种类型转换bug，一般的numpy用户根本不会注意到，因为numpy用户大多喜欢
越早转为numpy.array越好，很少直接使用python native数据类型
你用的python list不接受其实很正常，只要有err throw出来很容易理解
R和matlab用习惯的人，特别是以前没有重头学过数值计算的人的确不适合使用现阶段
的numpy，不过我们正在逐步改进，目前来说主要还是数值计算的人在用，傻瓜化的关
注可能不是很高。
你说的算不正确的问题
1. 其实是因为很多矩阵，特别是大型矩阵需要有预处理，matlab和R很多时候已经在内
部隐含地处理了。而scipy和numpy需要你自己预处理。
2. 其次是精度问题，这方面numpy不是傻瓜的，为了速度所有都需要手动干预。用个最
简单的例子来说，mean(A),如果A很长，即使A全是1, numpy直到很近期的版本也得不到
正确数值，近期版的matlab就可以。这是因为numpy.mean用纯累加方式求均数,如果想
得到正确数字需要预处理，或者用更sma... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 7 我一般都是转成array来用的
今天发现这个问题是因为我看scipy的chisquare文档里面直接用的python list
就试了一下，发现在0.11不完全work
我本来以为都是要np.array的
你是scipy的contributor？ |
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L***n
发帖数: 6727 | 8 预处理如果是数学上的matlab也逃不掉，如果
纯粹是从底层的预处理基本上科学计算包的界面
也不需要，matlab wrap了一个统一的界面，但是
其他包的界面并不更复杂，比如我的例子算稀疏矩
阵的特征值，matlab和其他 scipy, SLEPc, ARPACK,
要求的参数都差不多，当然安装和使用SLEPc, ARPACK
本身就比用matlab, scipy麻烦多了 |
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P**H
发帖数: 1897 | 9 scipy那么不堪？我一直在用numpy/scipy解eigen和方程。目前没发现什么重大问题。 |
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L***n
发帖数: 6727 | 10 我倒是觉得可能，哈哈，但是需要时间让scipy的bug收敛到比较低的水平，
我希望你的五年的预言可以实现，其实基本的数值线性代数大家都用BLAS
LAPACK, blabla，这部分做好了起码我会转向Scipy，毕竟调用方式比MATLAB
方便多了。python作为语言也比matlab感觉强多了，哈哈 |
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P**H
发帖数: 1897 | 11 matlab和scipy解sparse eigen都是用的arpack。目前我没发现例外的。
我就是用的numpy/scipy/matplot。至于dense的，对我没有多大用。linux下底层用的
gotoblas/openblas，win下用mkl。 |
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a****n
发帖数: 3082 | 12 Scipy.stats.bin_statistic(x,values)
好像必须要有输入
第一次用scipy,望指教
谢谢 |
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i*****f
发帖数: 578 | 14 【 以下文字转载自 Python 俱乐部 】
发信人: icewolf (好好活), 信区: Python
标 题: 有matplotlib或numpy/scipy的同学帮我试试
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 10 16:45:08 2010, 美东)
from pylab import *
figure()
plot(range(10))
show()
savefig('bla.pdf')
存成文件执行，看看savefig()那行是否crash？
好奇怪，前几天还好好的。
Fatal Python error: PyEval_RestoreThread: NULL tstate
This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.
我的系统：win7, matplotlib 0.99.01 |
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r*****3
发帖数: 143 | 15 Title:SciPy and NumPy
By: Eli Bressert
Publisher:O'Reilly Media
Ebook: November 2012
Language: English
Format: PDF/EPUB
Size: 9MB
Pages: 74
Download：
http://ul.to/fl8kcnv3 |
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n******7
发帖数: 12463 | 16 平时主要用R，用过几次scipy统计包每次都出点大大小小的问题
最近几次如下
1. fit 一个distribution 参数，搜了一下，stack overflow上一哥们儿怎么都算不对
，后来发现是老版本bug，新版本才fix
2. 做binomial sampling，结果给出超大的数，结果发现是没有正确处理nan
3. 做chisquare，用0.11版发现chisquare([10,10,20,20])可以，
chisquare([10,10,20,20]，[10,10,20,20])就不行，必须
chisquare(np.array([10,10,20,20])，np.array([10,10,20,20]))
这叫什么事？这个在0.14版也ok了
最近也开始用numpy，不知道是不是也是怎么buggy？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 17 应该是
我用python 处理数据，用scipy好处是就不用先写成文件再用R来load了 |
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n******7
发帖数: 12463 | 18 恩，numpy是基础，数据结构，矩阵操作什么的
scipy感觉是基于numpy应用扩展 |
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L***n
发帖数: 6727 | 19 哦，记错了，反正我只用C++和matlab, java没用过，我不用
scipy是因为算得结果和matlab不一致，我对python没什么信心了 |
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n******7
发帖数: 12463 | 20 我是准备放弃了，没时间瞎折腾
本来是yy了一下scikit-learn，numpy+scipy+matplotlib 的组合
R |
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n******7
发帖数: 12463 | 21 matlab版权比较蛋疼
我有两台电脑，账号只能授权一个机器用，总是有点蛋疼
我看那个哥们儿也是去问为啥scipy跟matlab的结果不一致，不会是你吧 |
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L***n
发帖数: 6727 | 22 如果有时间写代码不是急着实现算法还是C++最靠谱，
直接调用大量成熟的库，或者用成熟的framework
trilinos或者PETSc作科学计算，scipy还差不少
在 mitbbs2715 (好吃不懒做) 的大作中提到: 】 |
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m********5
发帖数: 17667 | 23 永远不可能，本来就不是它的目的
MATLAB在10年内绝对还是行业标准，多少大牛给MATLAB的正确性把关啊
况且scipy的贡献者很多都在领mathworks的咨询费 :D, 大家不会和自己钱包过不去的 |
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L***n
发帖数: 6727 | 24 多大矩阵啊？我很感兴趣这个问题，几千行数的矩阵两个数值解确实很一致，
其实公平的说不是scipy的问题，是底下调用库的问题，我用的是MKL，按说
还行... |
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L***n
发帖数: 6727 | 25 哦，anaconda可以用mkl作选项，matlab我不知道，你安装scipy的时候
自动装arpack吗？还是要链接到自己编译的库? |
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P**H
发帖数: 1897 | 26 好像scipy自己就有arpack的源码。算自带了。 |
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L***n
发帖数: 6727 | 27 呵呵，也许我是吃了追求fancy的亏了？你是用的哪个scipy distribution啊? |
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n******7
发帖数: 12463 | 29 这个我知道
其实几天前我写clojure比java还有经验些
用这个得再学clojure，短时间搞不定了
另外，也不知道这个包的质量如何
毕竟是个半个人项目
网站都做的乱死了
现在做math/statistics
MATLAB和R算一流工具
numpy/scipy算二流的
其他我试过的都是三流往下了... |
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J**********r
发帖数: 508 | 30 已经装了numpy和Pandas。装不上scipy， 说是需要numpy+MKL。
我不是装的那种free distributed 的那种Python 27， 我自己先装的python，然后一
个个pip要装的库，但碰上了上面的难题， 请指教， 谢谢。 |
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i*****f
发帖数: 578 | 31 Use scipy as alternative to matlab.
Computationally intensive part in C.
Rooooooooooooooooocks!!!!!!!!!!!!! |
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z****e
发帖数: 54598 | 32 lol
我说的是python吗？
你到底安装过scipy没有？
scipy在python下安装就一句话？
哈哈，你google下，看多少人在说安装scipy有多痛苦
你根本就没做过
告诉你吧
scipy要先安装xcode，其次再调整一个什么参数，忘了，ui的好像
然后安装gfortran，然后重新编译，一堆warning
因为fotran的pkg不能跨平台，需要重新编译
你就一骗子，根本没做过
numpy比较容易，这个我信，scipy比较麻烦
matplotlib就更苦逼了，上次我需要修改源代码加了一个声明才能调用
鬼知道那句话是啥意思 |
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m******t
发帖数: 273 | 33 【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: myregmit (myregmit), 信区: Statistics
标 题: import a stats module from Python
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 13 12:21:03 2014, 美东)
I need to import a stats module (from gamma) from python 3.3 on Win7.
In Eclipse++PyDev, I cannot import stats from scipy
from scipy import stats
error:
Unused import: stats
Import redefinition: stats
Unresolved import: stats
But, I can do it in iPython.
Also, I have installed ipython and can do it in ipython by
from scipy.stats import ... 阅读全帖 |
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m******t
发帖数: 273 | 34 【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: myregmit (myregmit), 信区: Statistics
标 题: import a stats module from Python
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 13 12:21:03 2014, 美东)
I need to import a stats module (from gamma) from python 3.3 on Win7.
In Eclipse++PyDev, I cannot import stats from scipy
from scipy import stats
error:
Unused import: stats
Import redefinition: stats
Unresolved import: stats
But, I can do it in iPython.
Also, I have installed ipython and can do it in ipython by
from scipy.stats import ... 阅读全帖 |
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m******t
发帖数: 273 | 35 I need to import a stats module (from gamma) from python 3.3 on Win7.
In Eclipse++PyDev, I cannot import stats from scipy
from scipy import stats
error:
Unused import: stats
Import redefinition: stats
Unresolved import: stats
But, I can do it in iPython.
Also, I have installed ipython and can do it in ipython by
from scipy.stats import rv_discrete
But, I need to do it in Eclipse where I have added python, numpy and scipy
in it.
But, Eclipse tell me that
from scipy.stats import rv_d... 阅读全帖 |
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p**o
发帖数: 3409 | 37 In [6]: from scipy import misc
In [7]: float(misc.comb(800, 200))
Out[7]: 7.725180424308654e+193
In [8]: misc.comb(80, 20, exact=True)
Out[8]: 3535316142212174320L
In [9]: misc.comb(800, 200, exact=True)
Out[9]:
77251804243102249900492680663173121937380428827121913983653641771247184259
511395708778940396868688593938893892876285454025018169910
351416052742960313511746489365778233208840410665960743057530800L
source:
https://github.com/scipy/scipy/blob/master/scipy/misc/common.py |
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p**o
发帖数: 3409 | 38 In [6]: from scipy import misc
In [7]: float(misc.comb(800, 200))
Out[7]: 7.725180424308654e+193
In [8]: misc.comb(80, 20, exact=True)
Out[8]: 3535316142212174320L
In [9]: misc.comb(800, 200, exact=True)
Out[9]:
77251804243102249900492680663173121937380428827121913983653641771247184259
511395708778940396868688593938893892876285454025018169910
351416052742960313511746489365778233208840410665960743057530800L
source:
https://github.com/scipy/scipy/blob/master/scipy/misc/common.py |
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w*x
发帖数: 518 | 39 大赞楼上的hanice回复，很靠谱。
我不是大神哈，也是一个做数据分析的苦逼PHD学生而已……
1. 你的数据量很小，楼上几位说的对——我也觉得R可能更适合你。
2. 如果你真的想学习真正的编程，那就用python呗……life is short! 那么你需要做
的事情是安装python + numpy + scipy + matplotlib. 安装方法在scipy.org上面有说
明。
3. 和hanice讨论一下……我觉得statsmodel的库还挺全的哈，不比R差，但是
community没有R的强~scipy自带的scipy.stats就比较基础了，很多时候不太够用。
module |
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z****e
发帖数: 54598 | 40 我从来都认为人的问题是最头疼的问题
因为人不会轻易遵循规则
比如你，明明没有安装过scipy
还非要说自己装过，连最基本的scipy需要xcode这些常识都不懂
还继续骗
看不懂代码要找人问很容易
问题是人有可能都已经走了
你找谁问？这种情况就是大屎坑
谁都在极力避免，也就是你，喜欢在里面扑腾
光靠java当然是不够的，java之后还有很多工具予以限制
靠工具比靠人定规则，那是要靠谱太多了
工作中像你这样的骗子多了
你就是没有安装过scipy
连python和scipy的区别都没搞懂 |
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D***n
发帖数: 6804 | 41 我本来不想回你“Scipy依赖Xcode的开关”这样愚蠢的理论。因为显然你不明白到底
Xcode和Scipy有啥关系。Xcode没有任何开关是scipy必须的。
对于scipy来说，安装Xcode时带来了一些关键的库。比如BLAS之类。你可以完全绕开
xcode从头用homebrew 之类的。完全不需要xcode.
http://fonnesbeck.github.io/ScipySuperpack/
还是那句话，1分钟的事。 |
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z****e
发帖数: 54598 | 43 现实生活中java的类库大概是python类库的五倍多
质量好至少两倍，debug成本至少低一半，运行效率快至少三倍
python的scipy库的例子
我在macosx上用，要先装xcode，再装commandline，再装gfortran，然后编译，一堆
warning
看得我胆战心惊，最后还要装numpy，然后才能装上scipy，就因为scipy里面有fortran
的东西
java相比之下，我download一个apache的project，无非几个jar文件，全部扔到lib里
面去
如果有maven gradle就更简单了，写一两行，自动download，安装
搞定，java lib没有不垮平台的，也没有说需要我再编译的
什么平台都一样，python这种东西，给学统计的用差不多
production的核心运行库我一定不用python，慢不说，平台的不兼容会带来无数问题
debug，maintenance这些就更不要说了 |
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r****t
发帖数: 10904 | 44 高错了没有，numpy is scipy-core (well, in the past).
scipy is more like matlab's toolboxes etc... One have to use numpy and scipy
together. |
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s****h
发帖数: 921 | 45 import scipy
a=scipy.eye(3)
查找a的最后一列有没有等于-1的,返回index.
显然找不到,这样应该返回一个空的index.
我不知道如何判断.
ind=scipy.where(a[:,-1]==-1)
发现ind是:
(array([], dtype=int32),)
怎么判断空? |
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D***n
发帖数: 6804 | 47 愚蠢之至的思路，除了显示你对计算一无所知还能说明啥？
你知道netlib，Lapack, Atlas是什么江湖地位么？你知道这些库花了多少人多少精力
和银子么？还短期无法完成代码，哈哈哈！
Scipy里面也用同样的库，所以你拿SPARK去比，只能比出同样的速度来。
Before building, you will also need to install packages that NumPy and SciPy
depend on
BLAS and LAPACK libraries (optional but strongly recommended for NumPy,
required for SciPy): typically ATLAS + LAPACK, or MKL, or ACML
C and Fortran compilers (typically gcc and gfortran). |
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