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Joke版 - 【数学/计算问题求教】 (转载)
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话题: 质粒话题: 细胞话题: 突变话题: 计算话题: 拷贝
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H********g
发帖数: 43926
1
【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Military
标 题: 【数学/计算问题求教】
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 19 14:36:54 2017, 美东)
下面这个问题,大家有好的方法简化拟合吗:
从一个细胞开始,里面5个拷贝质粒,其中一个是突变子。然后开始扩增,每一代,每
一个细胞分裂成两个,然后质粒复制一套(不考虑新突变)、之后随机分到两个子细胞
里,但是每个细胞总是保持5个拷贝的质粒。比如第一次分裂之后,有两个新细胞,8个
拷贝的没有突变的质粒,2个突变质粒。那么两个细胞可以是各取一个突变质粒,也可
以是一个细胞拿两个而另一个细胞全部都是没有突变的。
然后问题是,N代扩增以后,突变子在种群(N~10-30)里的分布:五个质粒拷贝里,有
0,1,2,3,4,5个突变拷贝的分布.
我能想到的就是拟合每一个细胞和每一次分裂;但是因为是分裂是以2为底数的指数过
程,计算量也是随N指数扩增,当N=30的时候,要计算5亿次才能得出下一代的结果,
computationally impossible。
这和urn process有点类似,但是urn里面没有对数增长过程。
大家有可行的计算/理论方法吗?
g******2
发帖数: 234
2
如果只想知道分布的话,只要对前一代取样就可以了 (比如当细胞数到了某个容忍上
线之后,只随机取上一代一半继续往下增长)。
J*e
发帖数: 230
3
这个有解析解吧?不用simulation的。

【在 H********g 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
: 发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Military
: 标 题: 【数学/计算问题求教】
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 19 14:36:54 2017, 美东)
: 下面这个问题,大家有好的方法简化拟合吗:
: 从一个细胞开始,里面5个拷贝质粒,其中一个是突变子。然后开始扩增,每一代,每
: 一个细胞分裂成两个,然后质粒复制一套(不考虑新突变)、之后随机分到两个子细胞
: 里,但是每个细胞总是保持5个拷贝的质粒。比如第一次分裂之后,有两个新细胞,8个
: 拷贝的没有突变的质粒,2个突变质粒。那么两个细胞可以是各取一个突变质粒,也可
: 以是一个细胞拿两个而另一个细胞全部都是没有突变的。

j*****g
发帖数: 254
4
vector (E1, E2, E3, E4, E5)
transition matrix (E1E1, E1E2, E1E3, ..., E2E1, E2E2, E2E3, ...)
v0 = (1, 0, 0, 0, 0)
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