f******g
发帖数: 1003 | 1 实验室一个博士做了几张基因芯片，我们实验室买的安捷伦的机器，自己做的。
老板让我来分析，我以前分析过基因芯片的数据，用的dChip。
现请教大家，有哪些免费的软件能分析吗？ |
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y*******n
发帖数: 22 | 3 [问题] 给定N=m*n个相同长度的字符串(例如L=20)，欲找到一种算法
，
把它们排列到一个m*n的方阵上，使得所有相邻两个字符串的距离之
和最小。此处两个字符
串的距离定义为它们之间不同的字符位数，例如
dist(ABCDCGA,ABEDCAA) = 2.
[背景] Affymetrix生产的基因芯片基本原理是针对一个物种的每一
个基因(可以考虑成ACTG
组成的字符串)设计一组特定的引物(primer)(即一系列长度一定的字
符串)，然后在一块固
定大小的载体(如玻璃或尼龙)上并行合成这些引物。实验时把载体同
这种生物细胞中的mRNA
(或RT-PCR后的cDNA，经过染料修饰)杂交，根据每个引物杂交信号的
大小来推断各个基因在
细胞中的表达量。上述问题与Affymetrix的芯片合成技术有关。
考虑在2*2的方阵上合成如下设计好的引物，用1234来表示四个孔的
编号，
AC CC 1 2
AG GC 3 4
通过这样一个方案：
(1)在溶液中放核甘酸A，打开样孔1，3，这样，1，3样孔里就合成上
A：
A -
A -
(2)在溶液中放核甘酸G，打开样孔3，4，这样，3，4样孔 |
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m********h
发帖数: 14 | 4 MAQC为基因芯片临床应用打下坚实基础zz
虽然FDA在05年的时候就提出：microarray data在新药申报中是关键的数据之一,但关
于microarray技术用于临床的争论一直不断。
上篇文章（http://www.myresearchspace.cn/5/viewspace_249.html）
写了现有gene microarray技术应用于临床的局限性，那么这些局限性会不会动摇或者
否定gene microarray技术用于临床的可能性呢？
要回答这个问题，或者所有要使用gene microarray技术的同学们，你一定要看这个
Nature专题：MAQC （microarray quality control）。
From：astnt的blog；http://astnt.myresearchspace.cn
MAQC项目是在FDA领导下（有两个华人LemingShi, Dawei Tong起了关键的领导作用哦）
的一个前所未有的，整个microarray界共同参与的项目，整个项目共有50多个机构中的
100多名专家参与，涵盖了7种现有的microarray技术平台，mi |
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f******g
发帖数: 1003 | 5 上次开会，听到某人说现在有一种全基因组测序技术比基因芯片精确的多，但是我没有
记住全名，版上哪位知道?谢谢. |
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f******g
发帖数: 1003 | 6 请教各位，
我做基因芯片得到一些差异表达基因，想用一些软件分析看看这些基因属于哪个
pathway,比如cell cycle, DNA damage, DNA repair等等，但是不知道用哪个软件，请
教了 |
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g*****d
发帖数: 70 | 7 肿瘤 vs.正常的病人样本基因芯片
筛出200多个差异表达的基因，功能都已知
想把这些基因分类归纳一下，发篇小paper
哪位有经验的大侠指导一下
这样能发个什么类型的文章/杂志？
多谢啦！ |
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j*****g
发帖数: 36 | 8 难， 现在基因芯片已经是日薄西山了。没有function study, 基本比较难 |
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f******g
发帖数: 1003 | 9 请问大家，还有没有其他好用的免费的软件来分析安捷伦基因芯片数据？ |
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f******g
发帖数: 1003 | 10 请问大家，还有没有其他好用的免费的软件来分析安捷伦基因芯片数据？ |
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B****m
发帖数: 63 | 11 老兄，看问题不仔细。
楼主问的是基因芯片（microarray）的数据分析。
我觉得跟deep-sequencing相比，microarray的数据质量差多了。microarray分析简单
些，用bioconductor就行。我用过affimatrix的芯片，很多probe set 根本没有注释，
不知道对应的啥基因。 |
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y*******n
发帖数: 22 | 12 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
【 原文由 yuelushan 所发表 】
[问题] 给定N=m*n个相同长度的字符串(例如L=20)，欲找到一种算法
，
把它们排列到一个m*n的方阵上，使得所有相邻两个字符串的距离之
和最小。此处两个字符
串的距离定义为它们之间不同的字符位数，例如
dist(ABCDCGA,ABEDCAA) = 2.
[背景] Affymetrix生产的基因芯片基本原理是针对一个物种的每一
个基因(可以考虑成ACTG
组成的字符串)设计一组特定的引物(primer)(即一系列长度一定的字
符串)，然后在一块固
定大小的载体(如玻璃或尼龙)上并行合成这些引物。实验时把载体同
这种生物细胞中的mRNA
(或RT-PCR后的cDNA，经过染料修饰)杂交，根据每个引物杂交信号的
大小来推断各个基因在
细胞中的表达量。上述问题与Affymetrix的芯片合成技术有关。
考虑在2*2的方阵上合成如下设计好的引物，用1234来表示四个孔的
编号，
AC CC 1 2
AG GC 3 4
通过这样一个方案：
(1)在溶液中放核甘酸A，打开样孔1，3，这样，1，3样孔 |
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s*****e
发帖数: 18 | 13 现状
目前基于DNA的生物芯片主要应用在两个方面。一是作为某些疾病的特定基因突变诊断。这
方面的主要例子是Affymetrix的GeneChip，它的P53基因芯片用于P53肿瘤抑制基因的多态
性检测；HIV基因芯片用于检测HIV-1蛋白酶基因和病毒逆转录酶基因突变；P450基因芯片
用于肝脏药物代谢酶的基因检测。Affymetrix还有许多此类基因芯片在开发中，如检测乳
腺癌基因的BRAC1，以及用于细菌性病原体检测方面的。另外的例子有Hyseq的HyGnostics
模型等。
另一个应用是检测正常细胞和病理细胞内基因表达水平的差异。区别和认识这种细胞内基
因表达水平的差异不仅有助于诊断，而且还可能发现那些只有病理细胞才具有的药物靶点
。例如在癌变过程中癌基因和原癌基因是处于激活状态的，而在正常细胞中这些基因决不
会处于这种状态，仔细分析这些基因会有可能发现新的治疗方法。用于这种基因表达检测
的生物芯片有Affymetrix的一系列标准人类，老鼠，酵母等基因芯片以及其合作实验室定
制的各种芯片；Hyseq用于心血管疾病和中枢神经系统及感染性疾病的HyX基因分析模型。
除了DNA和RN |
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c***s
发帖数: 70028 | 14 2014年8月25日，上海市国际医学中心，哈佛大学医学院波士顿儿童医院医学遗传学专家沈亦平教授安抚患者的同时，对患者进行检查。 澎湃新闻 孙湛 图
8月25日，一名11岁的“猫叫综合征”患者，通过上海国际医学中心（SIMC）的国际多学科联合会诊平台，得到上海儿童医学中心与波士顿儿童医院医学遗传学专家的共同会诊。
SIMC营运院长余志庆向澎湃新闻记者介绍，中心运营两个月来，就医的患者多是疑难杂症患者。以往患者通过中心的会诊平台，预约不同医院的专家会诊都局限为国内专家，此次施行国际会诊是首次。
患儿出生时哭声似猫叫
8月25日9时许，上海国际医学中心门诊大楼的二楼诊疗室，两名专家正对11岁的“猫叫综合征”男孩及其家长作面对面会诊。
从外观看，该患儿头部明显偏小，走路时肢体并不协调，会诊期间，患儿虽可以坐定，但表现的有些烦躁，不时会发出含糊不清的声音。
这名患儿是上海人，出生后42天检查时被发现面部异常、喂养困难，伴有害怕声音、光、陌生人的现象。3岁时，通过染色体检查，发现5号染色体缺失，被确诊为 “猫叫综合征”。至今，患儿仅能说10个字以内短句，尚不能表达大小便需求，对表情不敏感，眼神接触... 阅读全帖 |
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d*******3
发帖数: 8598 | 15 基因产业战：中国基因技术的尴尬
2014-01-06 1 来源：财经国家周刊 作者：陈荣4 V+ Z- R& K4 I# o
% w, d. q- k( e( I
工业化时代的监管思维和手段，有必要作出相应调整。中国对基因这一前沿科技的政策
必须更具前瞻性
没有机场，再好的飞机也难以飞向天空。
中国基因技术正面临这样的尴尬。由于注册死结迟迟未能解开，多地医院开展已久的无
创产前基因检测服务，被国家监管部门三度叫停。- O$ j: k; D* B- B1 s
基因被认为是人类生命科学的顶峰。通向这一顶峰的路上，中国民营机构参与了国际人
类基因组计划，并承担了部分测序任务(1%)，所幸没有被完全抛下。
其后，国内基因产业的先行者实现了由参与、接轨到同步及部分引领的跨越发展，并逆
向并购了美国上游公司。但这并不代表取得这场商业战争的完胜。整体观之，中国基因
产业企业在全球竞争中依然处于被动。& J, Y! N* q6 v% D$ a3 E* U
业界认为，坐拥足够大的市场需求，宝贵的主场优势，中国基因技术和产业，完全有理
由做得更好。
但前提是，中国对基因这一前沿科技的政策更具前瞻性，成为这... 阅读全帖 |
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f**********r
发帖数: 18251 | 16 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: tempid456 (tempid), 信区: Biology
标 题: （卢立你过来看，老张点你的名了）清者自清浊者自
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Nov 14 08:33:19 2015, 美东)
http://www.sciencenets.com/home.php?mod=space&uid=38&do=blog&id
清者自清浊者自浊：张生家实名批驳匿名谣言
【《科学伦理》编辑按：《科学伦理》发出公开调查引子和问卷后，收到张生家如下一
封来信。虽然《科学伦理》编辑以前未阅读张生家所指《知乎》网站的帖子，但有些匿
名者在《科学伦理》公开调查文章下的评论似乎已根据这些网上流传的帖子对张生家定
下了一个一贯作恶的坏人的印象。而张生家的这篇批驳却貌似真实而有力。为了帮助大
家辨别真伪，我们将这篇其实与张生家“抢发论文”和“掠夺成果”的控告无直接关系
的文章也公示出来，希望了解张生家的人也能出来真名说实话。】
《科学伦理》编辑:
知乎上一则针对我和我夫人叶菁进行人身攻击的极不负责任的帖子，捏造和歪曲了大量
我在德国... 阅读全帖 |
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a***w
发帖数: 43 | 17 交大是受了急功近利的害！
2000年左右有个海龟博士后给当时的王书记吹了吹基因芯片如何如何，其实他自己也就是
知道有基因芯片这么个冬冬，王书记一晕呼给了这小子几百万，到现在屁也没放一个。领
导来视察的时候给机器里注点水，然后放个玻璃片在底下印上一些水印就算是基因芯片了
！！ |
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w******n
发帖数: 371 | 18 什么会是下一个生命科学的炒作主题？【转】
来源： 肖瑶的日志
过去30年，美国的生命科学高速发展，现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外，在基础
研究，生物科技上成了世界的龙头老大，成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
成果累累：
1. 美国主挑完成了人类基因测序（Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑)；
2. 建立强大完整的生命科学数据库（Pubmed,MGD,UCSC genome etc）;
3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库（cell系列， Science, Nature分枝系列
，PNAS, Plos系列 America J.of ×××）等等。
4. 掌握了绝大部分生物核心技术（Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR，
第一代，第二代DNA sequencing技术，莹光标记技术，莹光成像技术，人源化的单抗制
备技术，基因芯片， ChIP技术，和欧洲，日韩同步的干细胞技术。)
5. 拥有500-1000家成型的生物公司，有强大的应用开发实力和团队,拥有当今世界绝大
多数的生物高科... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 19 LZ
here you go
Cluster
对微阵列和基因芯片数据进行多种聚类分析的软件。
Treeview
GeneCluster
对微阵列和基因芯片数据进行多种聚类分析，特别是SOM（Self-Organize Mapping）分
析的软件。
SAM
对微阵列和基因芯片数据进行显著性分析的软件。
url web link:
//bioinformatics.cau.edu.cn/software.htm |
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t*******6
发帖数: 14 | 20 http://www.sciencenets.com/home.php?mod=space&uid=38&do=blog&id
清者自清浊者自浊：张生家实名批驳匿名谣言
【《科学伦理》编辑按：《科学伦理》发出公开调查引子和问卷后，收到张生家如下一
封来信。虽然《科学伦理》编辑以前未阅读张生家所指《知乎》网站的帖子，但有些匿
名者在《科学伦理》公开调查文章下的评论似乎已根据这些网上流传的帖子对张生家定
下了一个一贯作恶的坏人的印象。而张生家的这篇批驳却貌似真实而有力。为了帮助大
家辨别真伪，我们将这篇其实与张生家“抢发论文”和“掠夺成果”的控告无直接关系
的文章也公示出来，希望了解张生家的人也能出来真名说实话。】
《科学伦理》编辑:
知乎上一则针对我和我夫人叶菁进行人身攻击的极不负责任的帖子，捏造和歪曲了大量
我在德国和挪威工作时期的事情，对我们造成了巨大的人身和名誉上的伤害。我本来不
想花时间计较，但这样的行为已经逾越了基本的做人底线，作为当事人我必须站出来澄
清事实。
在国外工作这么多年，我总是坚持一个原则：尽力帮助中国人，我也尽最
大所能将我的实验小组的工作... 阅读全帖 |
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s*****e
发帖数: 18 | 21 生物芯片的应用
美国科学促进会将基因芯片技术列为 1998 年度自然科学领域十大进展之一，足见其在科
学史上的意义。现在，基因芯片这一时代的宠儿已被应用到生物科学众多的领域之中。它
以其可同时、快速、准确地分析数以千计基因组信息的本领而显示出了巨大的威力。目前
在文献上可查到的生物芯片的应用有基因表达谱、HLA分型、SNP分析、丙型肝炎分型、物
种鉴定、DNA测序、连锁不平衡作图、HIV-1诊断、BRCA1突变分析、炎症分析、线粒体基因
组分析、囊性纤维检测、地中海贫血症突变检测、寡核苷酸间相互作用研究，等等。在基
因表达检测的研究上人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥、酵母及人的基因组表达情
况进行了研究，并且用该技术（共 157,112 个探针分子）一次性检测了酵母几种不同株间
数千个基因表达谱的差异。实践证明基因芯片技术也可用于核酸突变的检测及基因组多态
性的分析，例如对人 BRCA Ⅰ基因外显子 11、 CFTR 基因、β-地中海贫血、酵母突变菌
株间、HIV-1 逆转录酶及蛋白酶基因（与 Sanger 测序结果一致性达到 98%）等的突变检
测，对人类基因组单核苷酸多态性 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 22 中国军网称美解密文件显示搜集华人基因对付中国
来源: 就等那一天 于 2014-02-11 07:37:14 [档案] [博客] [旧帖] [给我悄悄话] 本
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随着生物科技的快速发展，基因芯片、蛋白芯片等技术日臻成熟，酶工程、细胞工程等
生物工程也日新月异。生物技术和生物工程的有机“嫁接”，在造福人类的同时，可能
会催生出新的生物武器——基因武器，一旦如此，人类战争将会再次面临洗牌式的变革。
据报载，美国2014年1月11日解密的一批文件显示，美军上世纪60年代曾在日本冲
绳基地试验生物武器，用“手动风箱式喷粉器播撒培养液”，散播稻瘟病病菌，损碍水
稻生长。当时，这种生物武器针对的是“中国和东南亚国家”。
实际上，这并非美国首次被爆出研发生物武器。早在2002年，美国五角大楼就曾公
布机密文件披露，美国曾在20世纪60年代初至70年代初，在 本国的夏威夷、犹他州和
加勒比海国家波多黎各进行过数十次海上和陆地生物武器试验。尽管国际《禁止生物武
器公约》早已于1975年生... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 23 美解密文件显示搜集华人基因对付中国
来源: 就等那一天 于 2014-02-11 07:37:14 [档案] [博客] [旧帖] [给我悄悄话] 本
文已被阅读：28次 字体：调大/调小/重置 | 加入书签 | 打印 | 所有跟帖 | 加跟贴
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随着生物科技的快速发展，基因芯片、蛋白芯片等技术日臻成熟，酶工程、细胞工程等
生物工程也日新月异。生物技术和生物工程的有机“嫁接”，在造福人类的同时，可能
会催生出新的生物武器——基因武器，一旦如此，人类战争将会再次面临洗牌式的变革。
据报载，美国2014年1月11日解密的一批文件显示，美军上世纪60年代曾在日本冲
绳基地试验生物武器，用“手动风箱式喷粉器播撒培养液”，散播稻瘟病病菌，损碍水
稻生长。当时，这种生物武器针对的是“中国和东南亚国家”。
实际上，这并非美国首次被爆出研发生物武器。早在2002年，美国五角大楼就曾公
布机密文件披露，美国曾在20世纪60年代初至70年代初，在 本国的夏威夷、犹他州和
加勒比海国家波多黎各进行过数十次海上和陆地生物武器试验。尽管国际《禁止生物武
器公约》早已于1975年生效，也没能... 阅读全帖 |
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b*****d
发帖数: 61690 | 24 随着生物科技的快速发展，基因芯片、蛋白芯片等技术日臻成熟，酶工程、细胞工
程等生物工程也日新月异。生物技术和生物工程的有机“嫁接”，在造福人类的同时，
可能会催生出新的生物武器——基因武器，一旦如此，人类战争将会再次面临洗牌式的
变革。
据报载，美国2014年1月11日解密的一批文件显示，美军上世纪60年代曾在日本冲
绳基地试验生物武器，用“手动风箱式喷粉器播撒培养液”，散播稻瘟病病菌，损碍水
稻生长。当时，这种生物武器针对的是“中国和东南亚国家”。
实际上，这并非美国首次被爆出研发生物武器。早在2002年，美国五角大楼就曾公
布机密文件披露，美国曾在20世纪60年代初至70年代初，在本国的夏威夷、犹他州和加
勒比海国家波多黎各进行过数十次海上和陆地生物武器试验。尽管国际《禁止生物武器
公约》早已于1975年生效，也没能阻止一些国家继续研制基因武器。据报道，美国、以
色列等国，都有研究基因武器的计划。
美国《华尔街日报》称，随着基因研究的突破，美国军方的基因研究项目越来越向
实战目标迈进。美国军方已制定了以基因武器打击对手的秘密研发计划。参与者透露，
亚洲华人、欧洲亚利安人、中东阿拉伯... 阅读全帖 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 25 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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D**********n
发帖数: 17 | 26 清华大学
信息科学与技术国家实验室（筹）
生物信息学研究部/合成与系统生物学研究中心
招聘启事
******************************************************
岗位1：分子与系统生物学研究系列岗位
岗位描述：负责生物信息学、系统生物学与合成生物学相关的生物学研究和实验技术支
撑，与现有人员配合主持研究部/中心的生物实验研究工作，对研究生和合同制实验人
员进行实验培训和实验管理
岗位性质：清华大学事业编制，研究系列
岗位要求：
1、分子生物学或相关专业博士学位，具有博士后研究经历
2、熟悉常用细胞和分子生物学实验技术，熟悉高通量测序相关技术者优先
3、具有生物信息学、统计学和计算机基本知识，熟悉新一代测序和基因芯片知识
4、在基因组学或相关领域有2年以上的研究经验
5、能够熟练阅读英文文献和用英文进行专业交流
6、对生命科学问题有浓厚的兴趣，有严谨务实的科学作风，责任心强，有服务意识，
有团队合作精神和组织管理能力
********************************************************
岗位2：生物信... 阅读全帖 |
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o*****m
发帖数: 981 | 27 大家好，今天是第一次来到贵版，将来会是常客的：）
说一下我情况吧，我J1博后，国内拿的博士学位，在美国博后一年零一个月了。我是搞
bioinformatics研究的，现在在一个做生物实验的实验室分析基因芯片。这一年来发了
一篇4分多的文章，还有之前在国内发一个3分的文章，还有一个会议文章，都是一作。
现在我的情况是，来这个实验室一年多了，老板就是让我帮合作者分析数据，也没有自
己的project，所以我一点未来也看不到。我感觉自己不是做faculty的料，我想转行进
公司了。我的目标是进一家做基因芯片的公司，做做技术员什么的。我现在是J1，不知
道我这种情况如何处理，我真的好想早一天离开这个实验室，去做一些自己喜欢的工作
。可是据说进公司要求有绿卡，否则很难。请大家帮我出出主意吧，我实在是很迫切地
换个工作。有了解这方面公司情况的朋友也说说进这些公司的要求和难易程度吧，在下
不胜感激。 |
|
G****4
发帖数: 185 | 28 帮主说dead cat说的是affy，其实他也是笔误，应该是affx，那是做基因芯片的公司，
00年的时候火过一阵，后来就不行了，但是在基因芯片领域还是老大。但是我13年买的
时候才不到4块钱，拿到前段时间被fisher 以14美元一股收购，从收益来说超过我一直
拿着
的goog。
说到ilmn这个公司，他几乎占据了测序领域的垄断地位，而从产业链来说，他在最顶端
，门槛最高，护城河最深，有提价权。是个很好的投资标的。盘后大跌是由于季报预期
发表，欧洲经济不好，影响了一季度的订货，但是美国和亚洲还是很强劲。长远来说，
还是不错的。我盘后接了一点飞刀。不知道明天会咋样。呵呵 |
|
n***a
发帖数: 46 | 29 不八卦就难受了，接着写。
对前面文章的一个补充说明，毛裕民在初做基因芯片的时候，流传着这样一个故事：某日
毛回家对盛说，最近搞了个基因芯片，盛没听清，说骗什么骗？你有骗谁的钱？呵呵有趣
有趣。不过此消息未经证实。而关于卢大儒，他是遗传84级的本科，个人觉得他拿到博士
学位之后真应该出国，留在国内和一帮人斗，难啊，可惜可惜。另外道歉一下，许田和毛
裕民的瓜葛之起是否是由于盛小禹无确实证据，只是在生科院里小道消息听说。而许和毛
有过节却是真的，有次我上许田的课，谈到基因，许田说，一个基因可以有很多功能，一
个人同时兼职很多事情就不好了，像什么院长啊，所长啊，重点实验室主任啊什么的同时
做着就不好。kao，大家都明白是说什么吧。而且这门课评分也贼有意思，俺竟然得了个A
加，问及周围非遗传所的人，大部分都是A加，而遗传所的学生，则分数较低，据说，是
许潜意识里因为毛的原因对遗传所不满。当时是一门研究生的课，上课的多是曾经的生科
院92，93，94本科，关于许毛的事情，你可以问问这些人。
说完薛邱卢一系，另一个遗传所不能不提的风云人物就是余龙，呵呵，我想有些人已经猜
到我要讲他了。大家都知道余龙 |
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j****u
发帖数: 1413 | 30 附二：硅谷海归，回乡知青现状
“回国不回国，纠结千万年”是硅谷华人聚会热议的话题。2014年8月，新创基金会理
事许四清（815，阿尔法公社创始人）、中国科大校长俱乐部成员孙壮（87少，时任新
天域资本MD）与硅谷互联网校友的晚餐会，这成为聚焦主题之一。不少硅谷海归，成为
回乡知青。新创基金会列举一张远非完整的曾下放硅谷的回乡知青名单，或许将为硅谷
校友未来继续纠结是否海归时提供少许参考。
值得说明的是：部分海归校友仍是硅谷校友，部分校友家仍在硅谷，长期往返中美两地
。而前些章节的“硅谷中国科大校友”也有部分在中国设有分公司。
罗宁一，772，维林光电（苏州）董事长
罗宁一，772校友，中国科技大学激光物理学的理科学士学位和理科硕士学位。美国德
克萨斯理工大学激光光谱专业博士毕业，现任维林光电（苏州）有限公司董事长兼总经
理。2009年度苏州、工业园区科技领军人才称号，2010年度入选第五批国家“千人计划
”，2011年度获“姑苏领军人才”的称号及“金鸡湖双百人才计划”海外高层次领军人
才的荣誉称号。 罗宁一博士在激光与光电子业从事了20多年的新产品研发、市场营销
和管理工作，先后在C... 阅读全帖 |
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l*****g
发帖数: 2087 | 31 中国科学院院士李家洋
生平简介
李家洋（1956.7-）安徽肥西人。植物分子遗传学家，中国科学院院士，研究员。
中国
科学院副院长、党组成员。1982年毕业于安徽农学院（现安徽农业大学），1991年获美国
布兰代斯（Brandeis）大学博士学位，1991—1994年在美国康乃尔大学汤普逊（Boyce
Th
ompson）植物研究所进行博士后研究工作。历任中国科学院遗传研究所所长助理、所长，
遗传与发育生物学研究所所长。
李家洋主要从事植物分子遗传学研究，他利用模式植物拟南芥与重要粮食作物水稻探
索植物生长发育的调控机理。近年来的主要研究工作包括：采用图位法克隆了水稻分蘖控
制基因MOC1，开拓了水稻分蘖控制分子机理研究的新领域；利用水稻脆秆突变体分离了
B
C1基因，阐述了水稻机械强度的控制机理；通过获得的拟南芥胆碱生物合成突变体，初步
明确了胆碱合成与植物温度敏感雄性不育性的关系；通过图位克隆法分离出导致细胞死亡
的基因MOD1，明确了初级代谢途径的缺陷会导致植物细胞凋亡；利用转基因技术，创制出
色氨酸与吲哚乙酸合成量改变的转基因植物，从而提出植物生长素吲哚乙酸生物合成途径
的新模... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 32 关键技术居然没有NGS，MASS－Spec，而是基因芯片和蛋白芯片？
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（二）突破一批核心关键技术
选择具有中国特色和优势核心关键技术，集中优势资源，实现重点突破，力争在国际生
物前沿科学领域占据一席之地，抢占一批国际生物技术研究开发制高点。
发展重点：
1、“组学”技术
以 开发新一代测序技术为我国生物技术实现跨越发展的突破口，带动基因组技术、转
录组技术、蛋白质组技术、代谢组技术、表观遗传组技术、结构基因组技术等各类 组
学研究技术的快速发展，研发高通量生物医学数据分析与文本挖掘技术，高通量样品分
析技术、微量样品提取和放大技术、海量数据分析技术等，加快组学技术与 生物信息
技术在疾病防控、临床诊治和生物制造、品种创制、新药开发等领域的应用。
2、合成生物学技术
发展高通量、低成本DNA合成技术和基因片段高效组装技术，蛋白质结构功能的分析、
定向设计与合成技术，标准化生物元件与功能模块的构建技术，建立合成生物学在药物
前体和中间体、生物能源、生物基化学品等的应用技术，逐步探索合成生物学在医药和
能源领域的应用。
3、生物信息技术
突 破生物调控元件的计算、... 阅读全帖 |
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w***a
发帖数: 432 | 33
False discovery rate, 是指多次统计检验的时候，得到的p value的不可靠性会增加
。比例在基因芯片分析的时候，这个问题突出了，因为芯片的大容量。但是事实上的情
况是，你可以根据一些条件把很多基因在进行统计检验之前就进行筛选。这样筛选后留
下的基因越少，统计检验的次数就越少，那么FDR就会变小。所以这个在很大程度内是
可以人为控制的。尤其是用基因芯片的结果去解释实验生物学的问题的时候，这个FDR
基本上就不用考虑的。当然，最后这点是我个人的理解，就不展开说了。 |
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m****c
发帖数: 244 | 34
位?
报告里是五个位点，每一个位点可以有很多种亚型，比方说 A位点0301亚型是四位。
0301还可再细分030101，030102就得到六位。"10个点位都相符" 实际上是指双倍体的
五个位点。
SNP array for the trio 就是把这一家三口的血样跑一个基因芯片（为什么翻译的折
磨别扭）。
这样就知道了这三口的基因型。HLA的亚型和基因型强相关。
款.
看出来了你是个热心人才码这么多字。
妈妈和孩子配型是可能的。
你如果非要确认HLA测型没错才筹款的话，可以考虑跑三个基因芯片，我来给你确认。
以后问问题把背景交代清楚。这个班上有很多热心人。 |
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k****a
发帖数: 7077 | 35 第一农经讯 2012年以来，浙江我武生物股份有限公司(以下简称我武生物)可谓悲喜交
加。喜的是成功获得登录深证交易所的资格，发行3000万股。悲的是企业在境外上市遭
遇狙击，而后衍生出国内上市的舆论风波。
那么，我武生物到底存在哪些风波问题呢？下面，我们一起来看看这家病态连连的
高风险企业。
据了解，我武生物是由一个有着多重光环的人物创办的留美归国博士、生物基因专
家胡赓熙，注册资金高达9000万元。而正是这个“耀眼无比”的创始人却成了公司的原
罪。
原罪胡赓熙 虚假产品被首度引发
资料显示，2000年胡赓熙创办上海数康，任总裁，同时担任国家863生物信息专家
组副组长。2001年投资设立湖州数康。2002年创办我武生物。
在上海数康期间，胡赓熙研制出多肿瘤标志物蛋白芯片检测系统(简称C12)，自
2001年底开始试生产，于2005年3月17日获得国家食品药品监督管理局正式批准。据了
解，C12是蛋白基因芯片，组合了12种单一肿瘤标记物，该系统基于抗原抗体特异性反
应的原理，能同时检测12种肿瘤标志物。用句简单的话说就是，抽一滴血，用这个芯片
验一下，就可以知道你是不是12种癌症的高危... 阅读全帖 |
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k****a
发帖数: 7077 | 36 留美归国博士、生物基因专家……拟上市公司浙江我武生物科技股份有限公司(以下简
称“我武生物”) 实际控制人胡赓熙身上围绕着多重“光环”。但这些光环随着越来越
多真相浮出水面而逐渐变得暗淡。
有投资者投诉称，胡赓熙在创办我武生物之前，曾经创办了上海数康生物科技有限
公司和湖州数康生物科技有限公司，在此期间凭借发明“C12肿瘤检测芯片”捞取了创
办我武生物的资金，约数千万元。但C12却并未像宣传的那样有效，反而因肿瘤检测率
畸高相继被各大医院停用。
发明被质疑“造假”
公开资料显示，胡赓熙1964年出生，1989年在中科院上海细胞生物学研究所获得细
胞生物学博士学位，同期赴美麻省理工学院健康中心从事博士后工作。1997年回国受聘
为中科院上海马普客座实验室第二小组青年科学家，创建人类基因组学实验室。2000年
创办上海数康，任总裁，同时担任国家863生物信息专家组副组长。2001年投资设立湖
州数康。2002年创办我武生物。
在上海数康期间，胡赓熙研制出多肿瘤标志物蛋白芯片检测系统(简称C12)，自
2001年底开始试生产，于2005年3月17日获得国家食品药品监督管理局正式批准。据了
解... 阅读全帖 |
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m******i
发帖数: 834 | 37 生物芯片及应用简介
生物芯片技术
《科学》：生物芯片与基因发现
抗体芯片：新一代的蛋白分析手段
生物芯片：本世纪最大的产业
生物芯片及应用简介
一、简介
生物芯片（biochip）是指采用光导原位合成或微量点样等方法，将大量生物大分
子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物（如
玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体）的表面，组成密集二维分子排列，然后
与已标记的待测生物样品中靶分子杂交，通过特定的仪器比如激光共聚焦扫描或电荷偶
联摄影像机（CCD）对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析，从而判断样
品中靶分子的数量。由于常用玻片/硅片作为固相支持物，且在制备过程模拟计算机芯
片的制备技术，所以称之为生物芯片技术。根据芯片上的固定的探针不同，生物芯片包
括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片，另外根据原理还有元件型微阵列芯片
、通道型微阵列芯片、生物传感芯片等新型生物芯片。如果芯片上固定的是肽或蛋白，
则称为肽芯片或蛋白芯片；如果芯片上固定的分子是寡核苷酸探针或DNA，就是DNA芯片
。由于基因芯片（Genechip）这一专有名词已经被业界 |
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w********n
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发信人: wanglanlan (南刀北猫 东奇西虎), 信区: Military
标 题: 家宝很活跃：出书忆SARS时期：夜不能寐 泪流满面
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 1 05:01:42 2013, 美东)
家宝这明显是不希望大家这么快就把家宝忘记啊？ 我估计宝宝还会长期活跃在大家视
线内
温家宝新书谈SARS：夜不能寐时常常泪流满面
2013年11月01日13:46
来源：新华网
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新华网北京11月1日电 《温家宝谈教育》一书10月31日由人民出版社、人民教育出
版社联合出版发行，内容涵盖了温家宝自1995年9月至2013年3月的代表性教育论述。全
书分为五大部分，即“强国必强教，强国先强教(代序)”、“关于教育工作的讲话”、
“关于教育工作的通信”、“与大学师生的座谈”以及“附录：重视教育工作纪事”，
内容包括讲话、报告、信函、谈话等66篇，新闻媒体报道文章17组，教育活动图片50余
幅，总计50余万字。
10月31日，《温家宝谈教育》新书首发式在北京西单图书... 阅读全帖 |
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w********n
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标 题: 家宝很活跃：出书忆SARS时期：夜不能寐 泪流满面
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家宝这明显是不希望大家这么快就把家宝忘记啊？ 我估计宝宝还会长期活跃在大家视
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温家宝新书谈SARS：夜不能寐时常常泪流满面
2013年11月01日13:46
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新华网北京11月1日电 《温家宝谈教育》一书10月31日由人民出版社、人民教育出
版社联合出版发行，内容涵盖了温家宝自1995年9月至2013年3月的代表性教育论述。全
书分为五大部分，即“强国必强教，强国先强教(代序)”、“关于教育工作的讲话”、
“关于教育工作的通信”、“与大学师生的座谈”以及“附录：重视教育工作纪事”，
内容包括讲话、报告、信函、谈话等66篇，新闻媒体报道文章17组，教育活动图片50余
幅，总计50余万字。
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c***s
发帖数: 70028 | 40 由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》，日前在线发表在《自然―遗传学》（Nature Genetics）杂志上。
该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱，并对籼稻品种的14个重要农艺性状进行了全基因组关联分析，确定了这些农艺性状相关的候选基因位点，对水稻的遗传学研究和分子育种提供了重要资源。
论文一经发表，便迅速引起了世界同行的关注，许多人称之为作物遗传学研究中里程碑式的工作。
《自然―遗传学》副主编Pamela Colosimo介绍，这篇论文从编辑部到同行专家评议都获得了高度评价，是她在该杂志遇到的发表最为顺利的一篇论文。中科院副院长李家洋也对研究团队的成果表达了高度赞赏。
功不可没的GWAS
全基因组关联研究（Genome-wide Association Study，简称GWAS）是一种用来寻找基因变异与表型之间关系的遗传学方法，最近几年在人类医学遗传学领域中发展迅速。
以常见人类遗传疾病的GWAS为例，研究者首先要选取一个较大的人群样本，考察哪些是患者，然后... 阅读全帖 |
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o***s
发帖数: 42149 | 41 7斤2两，这是男童龙龙(化名)出生时的体重。7个月过去，他的体重仍为7斤2两。能吃、能发声，包在婴儿服中的龙龙看起来与正常婴儿并无二致，但对他的父亲闵先生来说，自从发现孩子患上怪病，家里便一刻没有消停。虽然到处寻访名医，但龙龙的病情丝毫没有减轻的迹象。
男童7个月体重未增长
今年1月3日，龙龙在深圳宝安区妇幼保健院出生。这个比预产期提前25天降临的小天使，出生时丝毫看不出异状。体重3.6公斤，身高47厘米，各种生理指标一切正常，让初为人父的闵先生高兴不已。
可满月后，闵先生的心情跌至冰点：龙龙的体重仅比出生时增长了不到1斤。第二个月状况更糟，尽管龙龙每天准时喝奶粉，但体重未增，头上有湿疹，并有轻微腹泻。到深圳市儿童医院住院检查后，各项生理指标基本正常，主治医生怀疑龙龙奶粉过敏及先天性肾上腺皮质增生。
闵先生遵从医嘱更换了奶粉，每2-3小时喂食一次，龙龙每次能喝下60毫升，但体重依旧在8斤上下波动。“他每次都能吃，也能发声，哭的声音还比较大。”
四处寻访找不出病因
一个月后，闵先生带着龙龙到深圳市儿童医院复查。这次主治医师排除了前一次的原因，认为龙龙重度营养不良，“就插胃管，然后采取鼻饲... 阅读全帖 |
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V********n
发帖数: 305 | 42 曾经审稿过一篇中医研究的英文文章。作者检测的药是一种汤剂。引文里是一堆古文献
拼音；方法部分描述了如何用几味草药熬制，如何过滤等等。文章做了细胞，上了耗子
，用了一堆分生方法，什么质谱，基因芯片，免疫荧光等等。看得出，这个实验室很有
钱。
作为老中，我让文章过关。但另几个审稿人把文章毙得死死的。你不能讲中国没有投入
到中医研究。但这样烧掉上百万的课题能得到什么？ |
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d**e
发帖数: 2420 | 43 中国为什么没有孟山都？
作者：土摩托
孟山都的豪赌
“中国最多时曾经有8700家种子公司，但它们的销售额加起来也远远不如孟
山都一家公司，双方实力相差太大了。”张启发教授忧心忡忡地对本刊记者说，
“我早在1996年就注意到了这家公司，那时候国内还没有什么人听说过孟山都。
我当时就建议中国应该成立一个像孟山都一样的公司和它抗衡，否则国内种子市
场必然被外国公司全面占领。当时的人们，包括政府部门都不知道我在说什么，
但今天再来看，我当初的预言都已经变成了现实。”
张启发是华中农业大学生命科学技术学院院长，中科院和美国国家科学院双
料院士，他还有一个头衔是国家农作物分子技术育种中心主任，该中心是在张启
发的倡议下，于2000年经农业部批准在武汉成立的。张启发希望将其打造成中国
的孟山都，可惜由于种种原因，这个中心至今在产业方面没有什么太大的作为。
与此同时，孟山都却从一家专门生产化学品的公司摇身一变，成了全世界种
子行业的领军者。
孟山都（Monsanto）成立于1901年，总部位于美国的密苏里州。这家公司最
初的主业是化工产品，曾经生产过DDT和橙剂，后者是一种高效除草剂，“越战”
时曾经... 阅读全帖 |
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w********n
发帖数: 1119 | 44 家宝这明显是不希望大家这么快就把家宝忘记啊？ 我估计宝宝还会长期活跃在大家视
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温家宝新书谈SARS：夜不能寐时常常泪流满面
2013年11月01日13:46
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新华网北京11月1日电 《温家宝谈教育》一书10月31日由人民出版社、人民教育出
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书分为五大部分，即“强国必强教，强国先强教(代序)”、“关于教育工作的讲话”、
“关于教育工作的通信”、“与大学师生的座谈”以及“附录：重视教育工作纪事”，
内容包括讲话、报告、信函、谈话等66篇，新闻媒体报道文章17组，教育活动图片50余
幅，总计50余万字。
10月31日，《温家宝谈教育》新书首发式在北京西单图书大厦举行，本书由人民出版社
、人民教育出版社联合出版发行。新华网 王志艳 摄
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10月31日，《温家宝谈教育》新书首发式在北京西单图书大厦举行，本书由人民出版社
、人民教育出版社联合出版发行。新华网 王志艳 摄 [保存到相册]
书中收录了一篇2003年5月4日温家宝同志到清华大学看望广大... 阅读全帖 |
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g**a
发帖数: 2129 | 45 前面说得好，后面的被你自己带歪了。用基因芯片来筛查一些high risk的致癌基因，
在某些癌症里面已经比较成熟了。乳腺癌就是其中一种。前一段一个美国女星（好像是
安吉丽娜？）就是根据这个结果切除了自己的乳房，因为她有一个致乳腺癌基因高表达
。这个好像还做成了诊断芯片，已经有公司在卖了。恩，那女的切除乳房的时候，这公
司的股票还涨了不少。 |
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h*******a
发帖数: 232 | 46 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: herochina (中华英雄), 信区: WaterWorld
标 题: 哇，这个海归一年就把公司搞上市了！
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 19 22:15:46 2014, 美东)
什么来历？怎么一年就上市了？而且还是UCLA的副教授，我压根就找不到她的背景啊。
5月8日下午，宁波美丽人生医药生物发展有限公司挂牌仪式在上海股权托管交易中心隆
重举行。宁波市委常委、组织部部长杨立平，宁波保税区管委会主任、党工委书记郁伟
年，宁波美丽人生公司董事长田晓丽博士，挂牌企业推荐机构富由资本代表和上海股权
托管交易中心相关领导出席仪式并致辞。
“十二五”期间，宁波市围绕建设现代化国际港口城市和打造海洋经济发展核心示
范区的战略定位，牢牢把握创新驱动、人才支撑这一根本路径，构筑高端人才汇集、创
新要素集聚、创业激情涌动的“蔚蓝智谷”。城市的竞争归根到底是人才的竞争，近年
来，宁波市和宁波保税区市区两级联动，抓住当前海外高层次人才交流合作更加频繁、
人才资源转移日趋活跃的时机，以前所未有的力度提升引才育才工作效度，... 阅读全帖 |
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u**c
发帖数: 17972 | 47 “田博士及其团队仅仅用了1年多时间，集聚了10名海外博士和2名海外工程师，
在病毒基因芯片、肿瘤微流控纳米芯片和肿瘤临床测试等领域取得了较大进展”
还用再继续往下看么？前年宁波市提出要培养五千名乔布斯的项目现在开花结果了。哈
哈哈 |
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e**********4
发帖数: 56 | 48 纳米大脑黑客，分子电子学应用脑控
2013-07-15 14:56:02| 分类： 大脑感觉神经机制 | 标签：大脑控制 脑计划 思
维破译 纳米神经假体装置 大脑黑客 |举报|字号 订阅
1995年9月27日至10月1日由美国出资的戈尔巴乔夫基金会，邀集当今世界的500名最重
要的政治家、经济界领袖和科学家，其中包括乔?布什（当时他还不是美国总统）、撒
切尔夫人、布莱尔、布热津斯基以及索罗兹、比尔盖茨、未来学家奈斯比特等大名鼎鼎
的全球热点人物，在旧金山费尔蒙特饭店举行高层圆桌会议。讨论关于全球化以及如何
引导人类走向21世纪的问题。这个会议认为，人类历史上一个崭新的时代业已到来。这
个时代将是非工业文明的时代。工业时代与它的大规模福利（社会保障）制度一起，已
成为经济史的短暂瞬间即将不复存在，他们产生一个方案，就是逐步设法用"高技术"手
段消灭80%他们认为的垃圾人口而留下20%的人类精英，或者采用"高技术"手段使那些垃
圾人口部分变成这些精英的活体试验品！
请看下面一段对话：
您好！
请问*先生，你具体是干什么工作的？或者你在负责什么项目呢？
我们初步认为：如果... 阅读全帖 |
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c****y
发帖数: 101 | 49 http://www.genomeweb.com/print/1446176
世界首例经MALBAC基因组扩增高通量测序进行单基因遗传病筛查的试管婴儿2014年9月
19日在北京大学第三医院出生，标志我国胚胎植入前遗传诊断技术已处于世界领先水平。
本例夫妻，男方为单基因显性遗传病患者，经历了多次手术治疗，非常痛苦。该疾病主
要是因为基因序列上发生了单个碱基的缺失，后代中无论男孩女孩都有二分之一概率患
同样的疾病。夫妻在北医三院生殖中心就诊，期望通过胚胎基因诊断帮他们挑选正常胚
胎，避免让自己的孩子患上同样疾病。
他们通过辅助生殖技术共获得18枚囊胚，医务人员利用显微操作技术获得极少量的细胞
，采用本研究组研发的单细胞基因组MALBAC扩增技术，将这些极少量胚胎细胞中的DNA
均匀扩增上百万倍以满足基因分析的需求，结合PCR技术与高通量测序技术，经过低深
度的测序（平均0.1X），可同时观察到全部染色体数目及结构是否异常，并能实现准确
的、单位点的关键基因检测。研究者从18枚胚胎中挑选出3枚既不包含致病位点又不包
含新发现的突变位点，同时染色体正常的胚胎，选择其中一枚移植到女方子宫内，胚... 阅读全帖 |
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f***y
发帖数: 4447 | 50 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2015/8/325075.shtm
在新的产业格局下，进一步推动基因测序技术产业的协作，已成为业内共识。多位专家
表示，我国基因测序产业需要政策、资本、技术等各方面的共同努力，加强基础研发与
应用领域的密切沟通，联合推动方能促进产业快速发展。
■本报记者 李惠钰 见习记者 郭爽
日前在“中科紫鑫BIGIS二代测序系统推介会”上，全场所有人都将目光锁定在我国第
一款具有自主知识产权的二代基因测序仪——BIGIS系列产品上。因为它的出现，填补
了我国在基因测序产业链上游设备制造的一项空白。
中科紫鑫首席科学家任鲁风告诉记者，BIGIS凭借高度集成的模块化设计及完善的上下
游配套服务，让测序变得更加简单。而国产测序仪的问世，不仅打破了基因测序仪器及
试剂耗材严重依赖进口的局面，降低测序成本，还将带动国内整个基因健康产业的发展
，保障国家生物信息安全。
不过，相比国外基因测序产业的风生水起，国内取得进步的同时依然存在诸多问题。多
位业内人士呼吁，技术创新须要产业和资本的及时跟进，国内基因测序产业亟须将政策
、资本、技术等各... 阅读全帖 |
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