j****x
发帖数: 1704 | 1 想要确保获得有效的RNA Polyadenylation，后一个可能是不够的。
狭义上的polyA signal，指的是RNA序列上的一个Conserved motif: AATAAA（AAUAAA）
。CPSF蛋白识别并结合该位点，在CstF的辅助下切割下游pre-mRNA，再由PAP完成加尾
。当然整个过程还需要其他一系列蛋白因子的共同左右，不细说了。
你的问题涉及到CstF这个关键因子，它识别并结合AATAAA下游一段GU rich region，对
于有效的RNA Polyadenylation processing是不可或缺的，尽管这段序列不像poly
signal motif那样具有比较严格的consensus sequence。而在你的第二个版本中，并没
有包含这段序列。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 2 非常感谢你的提示
根据你的提示读了很多文章，得知GU rich sequence确实对于其process必不可少
但是又有一个很大的疑问：很多内源的polyA signal并不含有GU rich sequence，只有
AATAAA这个conserved motif，下游是一堆随机碱基，请问这种情况下polyA加尾是如何
实现的呢？
这是一个有共识的问题么？或者只是一个伪命题？ |
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j****x
发帖数: 1704 | 3 其实分子生物学的反例太多，所谓规律很大程度上只是基于统计
举个例子，起始ATG有所谓Kozak consensus，但是这也只是大约70%的真核mRNA所“遵
循”的一个规律，仍大量的mRNA不符合这个规则一样可以翻译，甚至翻译的很好。
polyA processing这里是同样的问题，比如AATAAA并不绝对，TATAAA已经其他一些变体
也非常普遍，甚至没有这个polyA signal在下游其他一些motif的帮助下也一样可以完
成。GU rich region就更模糊了，要多少个repeats才算rich，怎么算？从哪里开始算
？这些都并不非常清楚，只能说，基于统计存在这个规律，同时在一些研究的比较透彻
的polyA signal序列中找到了一定的实验证据。至于是不是伪命题，你应该有你自己的
判断。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 5 很多paper的说法是第二个core sequence以及下游50bp序列就sufficient，我也不知道
第一个core sequence以及长长的上游是干什么吃的
顶上去同求教 |
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