n*****t
发帖数: 41 | 1 谢谢，文件如下。我只要读取最后一个数，就是那个likelihood的数值。
MERLIN 1.1.2 - (c) 2000-2007 Goncalo Abecasis
References for this version of Merlin:
Abecasis et al (2002) Nat Gen 30:97-101 [original citation]
Fingerlin et al (2004) AJHG 74:432-43 [case selection for
association studies]
Abecasis and Wigginton (2005) AJHG 77:754-67 [ld modeling, parametric
analyses]
Fingerlin et al (2006) Gen Epidemiol 30:384-96 [sex-specific maps]
Chen and Abecasis (2007) AJHG 81:913-26 [qtl assoc... 阅读全帖 |
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g******p
发帖数: 26 | 2 American Journal of Human Genetics 最近该了发文的格式。 我使用了ajhg.bst
provided by Amy L. Williams from MIT. 按照http://www-lecb.ncifcrf.gov/~toms/latex.html上的要求，
\documentclass[12pt,manuscript]{aastex}
\usepackage{rotating}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{nature}
\usepackage{citesupernumber}
\usepackage{citecollapse}
\bibliography{ref}
%ref is the reference database
\bibliographystyle{ajhg}
我一直用JabRef管理我的Rferences。 在latex里， 用\cite{Bibtexkey} to cite
references。
结果在pdf文中，我无法得到我想要的格式。
1) "Many tests have bee |
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b******s
发帖数: 1089 | 4 http://paper.sciencenet.cn//htmlpaper/20106301123784610452.shtm
犹太人是谁？一个多世纪以来，历史学家和语言学家一直在争论犹太人到底是一个种族
、一个文化和宗教团体，还是其他什么类别。最近，科学家开始采用基因数据衡量这一
问题。日前发表在《美国人类遗传学杂志》上的一项最新研究发现，尽管犹太人在全球
各地移民并与非犹太人通婚，但是所有犹太人之间依然存在基因上的联系。这项研究同
时也驳斥了之前再三宣称的大多数德系犹太人是1000年前皈依犹太教的中欧人后裔的说
法。
据美国《科学》杂志在线新闻报道，历史学家把全球现有1300万犹太人分为3类：中东
或东方犹太人、来自葡萄牙和西班牙的西班牙系犹太人和欧洲的德系犹太人。尽管从《
圣经》上追寻犹太人的祖先可以回溯到4000年前的亚伯拉罕，但是大多数历史学家断言
，犹太人确切的身份认同仅比2000年长一点。
现今犹太人的起源似乎就更加扑朔迷离了，特别是那些德系犹太人，他们构成了90%的
美国犹太人，以及近一半的以色列犹太人。公元9世纪，德系犹太人在德国定居下来，
并发展出其自身的语言——意... 阅读全帖 |
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b******s
发帖数: 1089 | 5 http://paper.sciencenet.cn//htmlpaper/20106301123784610452.shtm
犹太人是谁？一个多世纪以来，历史学家和语言学家一直在争论犹太人到底是一个种族
、一个文化和宗教团体，还是其他什么类别。最近，科学家开始采用基因数据衡量这一
问题。日前发表在《美国人类遗传学杂志》上的一项最新研究发现，尽管犹太人在全球
各地移民并与非犹太人通婚，但是所有犹太人之间依然存在基因上的联系。这项研究同
时也驳斥了之前再三宣称的大多数德系犹太人是1000年前皈依犹太教的中欧人后裔的说
法。
据美国《科学》杂志在线新闻报道，历史学家把全球现有1300万犹太人分为3类：中东
或东方犹太人、来自葡萄牙和西班牙的西班牙系犹太人和欧洲的德系犹太人。尽管从《
圣经》上追寻犹太人的祖先可以回溯到4000年前的亚伯拉罕，但是大多数历史学家断言
，犹太人确切的身份认同仅比2000年长一点。
现今犹太人的起源似乎就更加扑朔迷离了，特别是那些德系犹太人，他们构成了90%的
美国犹太人，以及近一半的以色列犹太人。公元9世纪，德系犹太人在德国定居下来，
并发展出其自身的语言——意... 阅读全帖 |
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w******y
发帖数: 8040 | 9 国内招人本质上就是看第一作者文章的影响因子
所以你不敌这个同学很正常
在美国则是两样子， 我举个例子，
一个在定量遗传领域开发了自己的算法， 最好的文章也就是一片AJHG, 另外有两篇
PLos CB
另一个则是类似于这个同学这样，文章是CNS共作以及MC等高分杂志， 但是主要靠实验
的合作者发上去的
你猜谁会拿到名校的offer?
/* */ |
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o******h
发帖数: 3 | 10 EB1A I140被要求RFE in TSC. 最初submit的papers均发在档次较低的journals上. 最
近有一篇paper发在American Journal of Human Genetics (Impact factor 12左右)上
, 不知能否作为Evidence说明自己有sustained national or international acclaim?
由于刚刚发表, 无引用次数. 该如何argue呢? 如何证明发在AJHG上attest to
extraordinary ability呢?
RFE 时间很短, 非常急,望有经验的朋友多多帮忙! 以后一定把自己的经验和大家分享,
谢了先! |
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e*****m
发帖数: 58 | 11 做bioinf的人有来自不同领域的人，一般也都参考原领域的好journal, 好的会议当然也
算。由于隔行隔领域，不同领域里的人看法会有偏差。比如cs的人也许知道bioinforma
tics比biostatistics, biometrics多些。但做生统/统计的人认为biostat, biometric
s要比Bioinformatics好很多。做的东西有些杂，也慢慢才知道这些。列一些我知道相关
的top杂志或conference (for computational methodology or theory)
CS
conferences: ICML, NIPS, SIGMOD, VLDB, KDD, ijcai, AAAI, UAI, RECOMB, ISMB,
PSB
Journal: JMLR, TKDE,
stat:
JASA, JRSS-B, Biometrika, Annals 系列, Biostat., biometrics
Genetics: nature genetics, AJHG, Genetics, Genetic Epidemiology
Bioinf |
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b****n
发帖数: 311 | 12 是安徽医科大学的张学军。他已经发了一堆文章了，全是关于皮肤病的，如银屑病之类
的，比较系统。比较好的文章有1篇AJHG，2篇PLOS Genetics，2篇Nature Genetics。
虽然都是当了校长之后发的，但已经很不错了。比贺将军要高不少。 |
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o********r
发帖数: 775 | 13 Bioinfo最主要的问题不在于方法，而是怎样找出有生物重要性的结果，这方面还是有
生物背景的容易处理。当然，如果目的是做发考题，纯粹整方法就是另外一回事了。可
是这类方法基本也就是AJHG之类的杂志，想上CNS很难。 |
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n********t
发帖数: 1079 | 14 Targeted screen? AJHG估计有点难，发面向那个病的专门刊物吧。另外你们能说
明的最多就是association，想成为predictor，2的OR估计没戏，普通人群的
prediction rule大概是全部neg，还是放在一起发比较容易上好的杂志。 |
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W********w
发帖数: 771 | 15 是的， 就是association。 比AJHG低的有吗？只想先发文章申请Funding， 因为做机
制要好久。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 16 Why don't try AJHG first |
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I****p
发帖数: 101 | 17 在这个领域搞基础和应用的人都很多，应用方面的结果发在Nat Genet, AJHG 和Genome
Res上的算是较有名望的人（未必所有的结果都很有突破性），其中一些对一个领域的
影响很大、应用很广，象当年的microarray 数据分析和DNA pooling. 她的工作尚未到
这个地步。
不过，在我们中国，钱多的没地方花（据说，每到年终，他们焦头烂额要花掉，有些人
年底退回国家几百万），又有这么多年轻学生，我倒认为，很多人也包括它，肯定能做
出一些让同行佩服的工作。自己都很想回到这其中的3-4个地方工作(这样不致被它这种
人歧视)。 |
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c**i
发帖数: 6973 | 19 Gautam Naik, Clues to Man's First Migration; Genes from Australia point to
several waves African dispersal, not just one. Wall Street Journal, Sept 23,
2011.
http://online.wsj.com/article/SB1000142405
3111904563904576586783498941802.html
My comment:
(a) If you can not read the report (because WSJ restricts how many a person
can view its article for free), you can read
Ann Gibbons, Aboriginal Genome Shows Two-Wave Settlement of Asia. Science,
333: 1689-1691 (Sept 23, 2011).
http://www.sciencemag.... 阅读全帖 |
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i*e
发帖数: 352 | 20 做机制的和做genomics的取向大多不同
genetics杂志中NG毕竟还是top 1
之后几个review类的
再下去就是AJHG，PLOS GENET这些个IF10上下的了 |
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i*e
发帖数: 352 | 21 做机制的和做genomics的取向大多不同
genetics杂志中NG毕竟还是top 1
之后几个review类的
再下去就是AJHG，PLOS GENET这些个IF10上下的了 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 22 如果是罕见病，或者genetics背景不清的
Ophthalmology系的MD/PHD应该赶紧去搜集这个家族病人的血液样本做exome测序
然后就是一篇AJHG或者plos genetics了 |
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z**********5
发帖数: 63 | 23
7
epi/
主要看Contribution。你一座的Nature Genetics GWAS paper，如果没有innovation,
光是Report 几个SNP，基本没有用。你要如果发一篇 AJHG 方法文章， 而且interview
是发挥不错显出独立性，80%会拿到Offer。能够在Nature Genetics 上发方法文章人，
或者自己是神人或者老板是神人。拿到工作是没有问题的。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 24 很赞同。structure就和sequencing一样，都是技术。你做技术也是为biology服务，所
以总是要围绕一个biology的主题，不管是immunology还是neuroscience。
这就导致做这种领域的人非常尴尬，感觉两边都沾光，但两边都不把自己当内行，有点
两头不是人的感觉。
但我觉得归根结底还是biology。要对生物学本身的东西有很好的理解，然后再加上你
的杀手锏，your tools 比如结构或者测序，那就无敌了。
当然好处就是你有多个选择，比如做神经系统疾病的基因调控，你可以投neuron/
nature neuroscience，也可以头nature genetics/genome research/plos genetics/
AJHG |
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b****r
发帖数: 17995 | 25 比如其中一个data是一种dyskinesia，就是某种异常神经放电造成的疾病
遗传方面的东西还是不会有什么问题的。是个大家系里先连锁再测序发现的，LOD>3。
Case control和GWAS的data那确实很多都难说，我目前没有打算往那方面做
这个突变是truncating mutation，造成premature stop codon，因为在外周血不表达
，还不知道会不会non sense mediated decay。ESP6500和1000Genome 都没有。而且老
鼠KO也有一点类似表型，in vitro也有几篇JBC之类的文章证实和sodium channel互相
作用
其实如果能再发现个家系，直接就nature genetics或者AJHG了，只是好家系这东东像
你说的，再找个真不容易，万一让人家抢先了可惜，能加点功能的先发了也好 |
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g*******l
发帖数: 239 | 27 各位前辈好，本人现在做生物信息博士后，人类遗传学方向，主要分析microarray
genotyping和NGS的大规模数据。现在有一作文章1篇（Hum Mol Genet），并列一作6篇
（包括1篇Science及2篇AJHG），挂名的12篇。打算在不远的将来（1，2年内）从学术
界转向药厂，做药物研发方面的工作，所以现在想提前了解一下工业界的情况，做
Volunteer即可，每周可以有1，2天时间。不知道各位是否能推荐一下不？请发站内信
，我
会发简历以及LinkedIn帐号等方便联系。感激不尽！
（最近才看到AZ贴广告招人，结果没过多久就裁员。。） |
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