M*****e
发帖数: 279 | 1 我遇到过。
一窝只有一个Male，其余都是Female。
另一窝，没有Male，都是Female。
再一窝，有两个Male，其余都是Female。
老鼠不是KO，只是hemizygous (one allele floxed beta-catenin and one allele
Cre). 后来这个实验终止了。没钱了。 |
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w**********9
发帖数: 242 | 2 Really? I always think that a malignant cancer arise from a single cell,
which in most cases may have a spontaneous mutation in one allele in
addition to an inherited mutation in another allele. I think I am correct.
stem
are |
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g*********d
发帖数: 233 | 3 发表在基因图谱年会的一项跨文化研究指出，东方人的发丝比西方人粗50％的现象
和一段EDAR
基因有关.
SAN DIEGO, CALIFORNIA--Whether you have a poker-straight black mane
or frizzy blond locks, your hair depends on your ancestry. Now
researchers have come closer to figuring out just how hair traits are
passed down. According to a talk presented here last week at the annual
meeting of the American Society of Human Genetics, a single genetic
variant may explain why East Asians have thicker hair fibers than other
populations. The discovery ... 阅读全帖 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 4 一种可能是部分细胞被ko了,部分细胞没被ko,而你检测mRNA/蛋白/活性的时候,样品包
括了ko和没ko的细胞.另外一种情况是所有细胞只被ko了一个allele,另一个allele是wt
,也导致这种结果.所以要么该cre活性不够强,要么该cre在这群细胞中不均一表达.一个方
法是你可以把你的Cre;gene f/f的小鼠与GFP flox小鼠杂交,看看GFP的表达情况,同时
把GFP阳性的细胞FACS sorting出来,再检测mRNA/蛋白/活性. |
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s********r
发帖数: 312 | 5 The standard neutral model and a selective sweep:
higher vertebrates do not have a high enough reproductive rate to support
rapid rates of beneficial evolution. It takes too many deaths to select for
new mutations.Kimura reasoned the majority of new mutations must be ‘
neutral’ The rate of neutral evolution could be much faster than positive
evolution, and would be limited only by the rate of DNA copying errors.
Since natural selection will not act on neutral traits, which do not affect
survival... 阅读全帖 |
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U****a
发帖数: 50 | 6 进化的能力是有限的。选择的能力也是很有限的。
很多进化的途径，例如变成人的过程，可能永远不能重复。
不能光想着selective allele, 那些中性的allele, 也会让
你改变进化的方向。
狗和金鱼，都很可怜。呵呵。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 7 学艺不精，一直没搞清楚。如果一个locus上的两个allele，分别是显性的A和隐性的a
，他们在分子水平的对应物是什么？
DNA水平的话，现在用的reference genome sequence是单倍体的（除了chr6等一些区域
），也就是说参考的DNA seq都是一样的。如果两个等位基因DNA sequence不一样，
reference sequence用哪个？
RNA水平的话，那就是isoform了？但是DNA sequence都一样的话，两个allele被调控起
来也是一样的，怎么产生不同isoform来对应不同的表型？这个似乎也不能遗传
其他的还有什么？epigenetics的marker？ |
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y*********u
发帖数: 183 | 8 Anyone here have experience how to add polyA signal when making knock in
allelle?
someone said that we should not add any polyA signal at all by which they
assume that they are using the orginal polyA signal of the knock in allelle |
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y*********u
发帖数: 183 | 9 Thank you for your reply!
Sorry for not making this clear. By saying knock in I am referring to the
method utilizing homology recombination to replace an original gene allele
by another one pre designed.
What you are saying is usually refereed as 'transgenic event'.
expression cassette will be randomly inserted into (any) genomic DNA.
can delete, mutate or add (tags etc) to any part of your allele in vitro,
then knock it in. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 大鼠/欧洲野兔/水䶄/鸡 的MHC 是越外(性)交: 路边的野花 不采白不采) 好似后代越advantageous哦
欧洲野兔 MHC paper:
Homozygosity at a class II MHC locus depresses female
reproductive ability in European brown hares
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20731776
Wiki:
//en.wikipedia.org/wiki/European_Hare
水䶄MHC paper:
Selection Maintains MHC Diversity through a Natural Population Bottleneck
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22323362
Wiki:
//en.wikipedia.org/wiki/European_Water_Vole
据说恐龙演化过来的鸟类中的鸡 MHC paper
PNAS (2011)
Th... 阅读全帖 |
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D*******8
发帖数: 4 | 11 Please don’t dig me out. I am writing this out of my conscience as a
scientist. We are using, largely, the tax payers’ money to explore
mechanisms underlying diseases that we don’t have a cure, yet. We are doing
this in the hope that little bit knowledge can accumulate till one day we
can find that magic bullet. However, there are people out there, their
purpose is to use these money to achieve their personal fames, sometimes
international ones, totally disregarding our original noble cause. I... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 12 你既然不是组织特异的Ko。pcr就很好做了，因为就是KO allele 和WT allele 分别。
genomic PCR 就可以了。回家了不方便发帖， 明天去了实验室给你找个图。 |
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G***G
发帖数: 16778 | 13 在一个位点loci上，可能出现
一个人体内出现多于两个以上的alleles吗？
假设a1,a2,a3,a4是同一位点的等位alleles，
那么在一个人体内可能存在a1,a2,和a3吗？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 14 不谢
plus
i,
Allele frequencies as Stochastic Processes
Mathematical and Statistical Approaches PPT slide
by Gota Morota
already converted to PDF file
link:
HTTP: //www.ansci.wisc.edu/morota/beamer/allele.pdf
ii, one big bull of this field whom named Peter Müller
his papers web link:
HTTP: //www.math.utexas.edu/users/pmueller/paper.html |
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m******5
发帖数: 1383 | 15 借帖子问一下做epistatic screen的时候可以拿hypomorphic allele 当null allelle
用么？ |
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j**W
发帖数: 89 | 16 另外一个位点（见图)，也是heterozygous.当时用Ｐ３－Ｐ４做PCR, gel purified
band with size of targeted allele, but not wild type allele （两个分得很开)
, P1做sequencing得到wild type sequence，虽然读的序列很短.当时真是晴天霹雳！
有多大可能性是我图上画的mis-targeted的情况？用homozygous genomic DNA做nested
PCR会有不一样的结果吗？ |
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m****M
发帖数: 360 | 17 你的P３肯定在GFP上吧？你用P３和P４扩heterozygous只能扩出一个targeted allele
呀。不可能扩出Wildtype allele呀。用P１做测序引物，前面一点肯定是Wildtype序列
呀（不太确定具体多长，也不确定你具体短到何种程度，看到Exon1了吗？）。我建议
你在GFP后面的序列上设计两个相反的引物进行分别测序 |
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j**W
发帖数: 89 | 18 用P１做测序引物，过了该是loxP的还是Wildtype序列。看到Exon1了。所以我觉得我实
际上是造了我图上画的mis-targeted allele 了。多希望自己interprete错了呀。
allele |
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m******g
发帖数: 467 | 19 Nature 13.12.05
推荐：
1. Genetic incompatibilities are widespread within species
Drosophila melanogaster recombinant inbred lines
Mendelian proportions among unlinked alleles
Genotype ratio distortion
Estimate: 1.15 pairs of epistatic alleles for any two genome
稍微了解一下：
1. RNAs leave yeast poised for action
Long ncRNAs accelerate activation of protein-coding gene
GAL genes released from repression
Long ncRNA speed upGAL expression
By recruiting a key enzyme needed
小知识：
1. Hormone boosts attractive... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 20 Nature 13.12.05
推荐：
1. Genetic incompatibilities are widespread within species
Drosophila melanogaster recombinant inbred lines
Mendelian proportions among unlinked alleles
Genotype ratio distortion
Estimate: 1.15 pairs of epistatic alleles for any two genome
稍微了解一下：
1. RNAs leave yeast poised for action
Long ncRNAs accelerate activation of protein-coding gene
GAL genes released from repression
Long ncRNA speed upGAL expression
By recruiting a key enzyme needed
小知识：
1. Hormone boosts attractive... 阅读全帖 |
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f**u
发帖数: 346 | 21 谢谢包子。
要搜dominant phenotype，你可以在flybase主页输入*，然后再点gene，就拿到所有果
蝇的基因列表。如果第一个字母是大写，说明有dominant phenotype，如果是小写，就
是recessive.CG和CR开头的基因可以忽略不计。
还有就是有些基因有dominant的allele，也有recessive的，所以最好是搜allele。你
可以在主页搜索栏里面选phenotype，然后住搜索栏输入visible,再在那个refinement
里面选dominant。 |
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t******k
发帖数: 599 | 22
"Thus, it not surprising that during the early stages of mouse inbreeding,
many of the animals will be sickly or infertile. At the F2 to F8 generations
, the proportion of sterile mice is often so great that the earliest mouse
geneticists thought that inbreeding was a theoretical impossibility (Strong,
1978). Obviously they were wrong. But, to succeed, one must begin the
production of a new strain with a very large number of independent F1 X F1
lines followed by multiple branches at each follow... 阅读全帖 |
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I****p
发帖数: 101 | 23 谁知道最终的真相是什么，只是很反感这种PNAS东东，据说还有另一个中国PI，不论文
章有没有相关就挂个院士做Co-corresponding，这样让院士contributed, 再找徒儿评
审，难道就没信心能发文了？所以，PNAS的文章很多就这么回事。只是，列出reviewer
总算撕开了一口遮羞布，算是有长进。
看了这篇东东，更无法信服他们做得Solid。再简单不过，如果也用了以前的alleles作
比较，得不到以前发表的表型，至少两个可能性：一是，他们现在的表型实验方法不够
灵敏，那又如何让人相信他们的没有结果的结果？毕竟，相反结论或者负结果特别需要
排除技术细节照成的干扰。另一个是以前的实验很可能就错了，只是碍于面子不好点破
，如果真是这样，他们的贡献就大了！
其实，更好的办法是：让以前那些人也参与，对不同的allele做个系统分析比较包括互
补实验，做出来的结果较有说服力，这才对这个领域有推动嘛。否则，发的再快又不可
能那设么炸药奖，至少这段时间内，公婆说理不清，更混乱。 |
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r********s
发帖数: 149 | 24 请问你这个knockin 花了多久 ？成功率有多高？是一个allele还是两个allele
knockin? |
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s******r
发帖数: 1245 | 25 western能测到表达低不到哪里去，没tag上的占大部分，flag tag上的只有一小部分
是不是克隆不纯，或者tag了之后对细胞有影响
先确认一下knockin做对了，然后测一下带flag的allele和不带的allele表达差多少
话说为了做个IF去弄个knockin真是蛋疼，有这功夫还不如去打几个新抗体出来 |
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I****p
发帖数: 101 | 26 因为ABP1在CNS发了很多顶尖文章，所以向植物领域的朋友八卦了一下。看来，这是我
至今能看到的较有震动效果的学术事件了。这里小结一下，不完善。
业内竟然不少人很早就知道ABP1这个东西不重要。Estelle 就曾经在会议上挖苦过ABP1
这个所谓的Receptor。最早那篇G&D说ABP1突变致死的文章只有T-DNA和致死的连锁分析
而没有转基因功能互补的证据（巧合的是第一作者就曾今质疑过某个激素的受体CNS文
章 – 目前可有定论？）。很可惜，赵那篇PNAS文章没有进行重要alleles 之间的互补
实验，也没有触及 abp1-5 weak allele 的东西(这个本身可有互补证据？)，否则，就
是彻底断了ABP1作为重要受体之一的遐想。Jones和Friml的一些工作重复性有疑问，甚
至有像别人指出的Cherry picking。Yang似乎和Friml连成一块，成了Yang在国内某中
心的权威顾问。也许和上次日本人发stem cell时那位Harvard高手宣布April 1讲座巧
合，Friml 竟然在Zhao 的PNAS之后、还在被Cell 收编的Mol Plant上刚刚... 阅读全帖 |
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r******g
发帖数: 600 | 27 药筛 筛出来都是single allele
要找both alleles的recombination 就很难啊 |
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l****y
发帖数: 486 | 28 Assume your knock-in here refers to mutating a site at the endogenous locus
(thus over expression-type approach, such as making transgenic mouse from
Rosa26 locus, will not be applied here).
Then the question is: you expect your mutation is a gain-of-function
mutation or loss-of-function mutation.
If your mutation is GOF mutation, it is easy, see Kras V12 KI strategy--
basically insert stopper element LSL before Kras V12 Exon. Note that the
allele LSL Kras V12 (before crossing with Cre) is a nul... 阅读全帖 |
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l****y
发帖数: 486 | 29 Not sure about your point here.
For example, if you are studying a kinase function in neurobiology. You
found total KO of your gene leads to embryonic lethal phenotype, and
conditional KO of your gene in neuron leads to very interesting phenotype.
Culturing of KO neuron in vitro also showed dramatic phenotype.
Interestingly, restoration of kinase dead (KD) mutant in KO neuron fully
rescued the phenotype (same as restoration of WT).
You wonder whether the neuronal phenotype you observed in vivo i... 阅读全帖 |
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G***y
发帖数: 1082 | 30 microarray的probe上的allele都是有定义的。你说的这种A/B互换的情况只在allele是
A/T或者C/G的位点会出现。imputation时这种位点以前是会被排除在外的。 |
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l********e
发帖数: 415 | 31 能读有三个前提,
第一只能有2个allele(或者一个...废话)
第二要结果测得还不错(废话)
第三至少要有一个是wildtype的allele
满足以上前提的话,自己就可以读.感觉比软件靠谱多了. |
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b****r
发帖数: 17995 | 32 我主要关心的其实就是能不能躲开SNP，最好也能躲开homopolymer，repeats，这些都
是对Sanger结果很致命的。在一两个标本上的一两次测试不能解决这个问题啊
If there happens to be a SNP located at the 3’ end of the primer, the
primer will very likely to fail to amplify. For my purpose that is pretty
much lethal, as if I am trying to see if a heterozygous mutation is in a
patient’s DNA, but your primer happen to locate in one of the patient’s
SNP and mismatch, the PCR will probably only amplify the wildtype allele,
not the mutant allele. And SNPs are so common in t... 阅读全帖 |
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s********9
发帖数: 132 | 33 Since you are female and this duplicated region localize on X chromosome.
Chance,if you only have one allele that's duplicated, could be that you have
another allele that's normal. Problem with most X-linked genes are they are
silenced on one X chromosome, in your case it could be the duplicated one
got silenced.But for your kid (son? since you mentioned Y chromosome), it is
hard to say. So if you concerned, you still need to counsel specialist.
了X |
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发帖数: 1 | 34 借着韩春雨的光，生物版这么火。想再来跟大家探讨一下一个用流式细胞仪双荧光筛选
系统来鉴定并筛选出那种两个allele都被成功编辑的干细胞。
具体思路：
1。CRISPR-Cas9和gRNA在靶标上引入双链断裂。
2。donor模版，模版上带有两段1000bp的同源臂和突变碱基，同源臂之间带有荧光标签
（GFP，BFP，或者RFP等等），同源臂之外donor的backbone上面带有与同源臂之间不同
的荧光标签。
3。每次电转的时候转入细胞：Cas9质粒，gRNA质粒，带有GFP的donor，带有RFP的
donor（两个donor的backbone上面都带有BFP用以排除random integration）。
4。电转过后几天等细胞长到足够数量筛选细胞，GFP+/RFP+/BFP-的细胞应该就是那种
两个allele都被成功编辑的。
5。很多人担心这个荧光标签无法移出，实际上可以使用Loxp系统，筛选出来的细胞直
接过表达CRE可以把荧光标签切除，虽然会有34bp的loxp位点遗留下来，但是你可以把
这个遗留位点选在intron不影响mRNA。或者可以使用piggyBac系统做到无缝... 阅读全帖 |
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l********e
发帖数: 415 | 35 不错，大赞。
如果为了研究目的，一个allele knockin, 一个allele knockout, 不是也可以么。 |
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k******d
发帖数: 76 | 36 谢谢。可能是因为这个原因而不一致：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/rsg/about/
Criterion 2. Standard allele
The default implementation of 'standard allele' will be the sequence from
the public reference assembly. If, however, there is published evidence,
evidence from locus-specific databases, or evidence from clinical testers,
that the sequence in the Reference assembly is not standard, the RefSeqGene
sequence will be constructed from an alternate source sequence, or locally
modified. |
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s******s
发帖数: 13035 | 37 reference allele可能带minor allele, 升级build了可能会改回来
比如hg37是G>A, 到了hg38可能A就变成reference了 |
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发帖数: 1 | 38 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: CornucopiaX (丁春秋), 信区: Faculty
标 题: Re: 北大95生物系女生，海归，潜水不幸遇难
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 1 12:20:33 2017, 美东)
谢谢你这位老师。。。
我对大脑的研究还有学习记忆，非常感兴趣，我刚刚看了一下载要。。你可以不可以把
pdf 发我信箱，我在阳光明媚的早秋读读article不要太惬意。。。我的信箱是：
[email protected]
这个文章是2007年发的，听说，她2006年就回国了？？？因为自2006年就没有她的消息
。。。2000-2006，6年博士，差不多就是这个时间。我们实验室的3个师兄都是6-7年才
拿到phd.我2009年生病了。。所以，她2007年发的文章，我不可能会读不懂的。。如果
我读不懂，说明，我的大脑有问题了。。。
【Moreover, the effect of the C957T genotype was strengthened when
interaction with the COMT V... 阅读全帖 |
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d**o
发帖数: 618 | 39 旧话重提，今天查到NEJM的这篇最新文章，报告是否缺乏CYP2C19基因并不影响clopidogrel的临床表现，可见的确没有必要做该基因测试。文章引言提到了那个FDA的警告，而结论间接cast doubt on this warning:
"In conclusion, our study shows that CYP2C19 loss-of-function variants do not modify the efficacy and safety of clopidogrel. Therefore, loss-of-function allele carrier status should not preclude the use of clopidogrel at currently recommended doses in patients with acute coronary syndromes whose condition is being managed conservatively. Although similar results were observed ... 阅读全帖 |
|
i**********d
发帖数: 853 | 40 首先声明：我的分数很普通，所以这个帖子也没有任何炫耀的意思，只是我在考前
，每天都来看看有没有考经，也经常拿自己的模考成绩和考经中的对照一下，看看自己
复习的效果，从前辈的考经中学到很多。所以，本贴得唯一目的是：希望能给还在准备
step1的朋友们一点提示，吸取我的教训，都考出一个好成绩。
正文：
我是8/06/2012考的Step1，昨天（8/29/2012）早上9:19am拿到成绩---242/85，还
好，和自己估计的成绩240 +/- 5基本一致。万分感谢我的家人的理解和支持，十分感
谢曾经一起学习的战友们和校友们的鼓励和帮助，感谢麦地版的前辈们的考经和经验介
绍。曾经许诺一旦成绩上了230，就写一篇考经，下面就把我的备考经历和一点心得体
会向麦地版的战友们作一汇报，也算是对自己这段人生的一个总结：
一、题库、模考及考试成绩+时间：
UW qBank: 正确率最早25%，考前80-90%
Kaplan qBank: 只做了解剖、遗传，没有统计正确率
Dec 18, 2011, Form3 --- 350
Feb 25, 2012， F... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 41 Jeff的75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting diseas... 阅读全帖 |
|
i**********d
发帖数: 853 | 42 首先声明：我的分数很普通，所以这个帖子也没有任何炫耀的意思，只是我在考前
，每天都来看看有没有考经，也经常拿自己的模考成绩和考经中的对照一下，看看自己
复习的效果，从前辈的考经中学到很多。所以，本贴得唯一目的是：希望能给还在准备
step1的朋友们一点提示，吸取我的教训，都考出一个好成绩。
正文：
我是8/06/2012考的Step1，昨天（8/29/2012）早上9:19am拿到成绩---242/85，还
好，和自己估计的成绩240 +/- 5基本一致。万分感谢我的家人的理解和支持，十分感
谢曾经一起学习的战友们和校友们的鼓励和帮助，感谢麦地版的前辈们的考经和经验介
绍。曾经许诺一旦成绩上了230，就写一篇考经，下面就把我的备考经历和一点心得体
会向麦地版的战友们作一汇报，也算是对自己这段人生的一个总结：
一、题库、模考及考试成绩+时间：
UW qBank: 正确率最早25%，考前80-90%
Kaplan qBank: 只做了解剖、遗传，没有统计正确率
Dec 18, 2011, Form3 --- 350
Feb 25, 2012， F... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 43 Jeff的75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting diseas... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 44 75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting disease: ch... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 45 75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting disease: ch... 阅读全帖 |
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n*****t
发帖数: 41 | 46 谢谢，文件如下。我只要读取最后一个数，就是那个likelihood的数值。
MERLIN 1.1.2 - (c) 2000-2007 Goncalo Abecasis
References for this version of Merlin:
Abecasis et al (2002) Nat Gen 30:97-101 [original citation]
Fingerlin et al (2004) AJHG 74:432-43 [case selection for
association studies]
Abecasis and Wigginton (2005) AJHG 77:754-67 [ld modeling, parametric
analyses]
Fingerlin et al (2006) Gen Epidemiol 30:384-96 [sex-specific maps]
Chen and Abecasis (2007) AJHG 81:913-26 [qtl assoc... 阅读全帖 |
|
f**d
发帖数: 768 | 47 这是一本计算神经科学的优秀著作，全文拷贝这里（图和公式缺），有兴趣的同学可以
阅读
如需要，我可以分享PDF文件（－－仅供个人学习，无商业用途）
From Computer to Brain
William W. Lytton
From Computer to Brain
Foundations of Computational Neuroscience
Springer
William W. Lytton, M.D.
Associate Professor, State University of New York, Downstato, Brooklyn, NY
Visiting Associate Professor, University of Wisconsin, Madison
Visiting Associate Professor, Polytechnic University, Brooklyn, NY
Staff Neurologist., Kings County Hospital, Brooklyn, NY
In From Computer to Brain: ... 阅读全帖 |
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R*****d
发帖数: 1148 | 48 是的。目前对于长城以南，新石器-青铜时代的中国古人的基因检测，已经有所结果，
虽然并不十分全面。这是2007年发表在Human Genetics上的复旦的论文（就是国内“分
子人类学”爱好者们熟知的金力李辉等人），Y chromosomes of prehistoric people
along the Yangtze River：
http://www.springerlink.com/content/f1234473n7261m8w/
全文可在此处下载，不过这个网站貌似是非官方的，呵呵：
http://comonca.org.cn/lh/Doc/A37.pdf
研究者们检测了中国境内，特别是长江中下游地区，在现有的古人类文化遗址上挖掘到
的，56件分属不同个体的古人类遗骨的Y染色体谱系。附图可以说是对此论文成果的简
洁概括。从图中我们可以看出，位于山西境内的，属于龙山文化范畴，距今约为四千年
的陶寺遗址，其被分析样品全部属于东亚本土的O系，而且均为当今中国密度最高的O3
。对于长江流域的古人类（其实不能叫“古人类”了，应该叫“古人”，他们很可能就
是我们的祖先，你看吴城文化已经位于... 阅读全帖 |
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g******t
发帖数: 18158 | 49 paper在这里：
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
The Role of Inbreeding in the Extinction of a European Royal Dynasty
Gonzalo Alvarez mail, Francisco C. Ceballos, Celsa Quinteiro
Abstract
The kings of the Spanish Habsburg dynasty (1516–1700) frequently married
close relatives in such a way that uncle-niece, first cousins and other
consanguineous unions were prevalent in that dynasty. In the historical
literature, it has been suggested that inbreeding was a major cause
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w********l
发帖数: 11447 | 50 我晕， 共有基因99%，97%啥的，说得是共同基因吧。基因序列人何人差别还是很大的。
如你所说， 查几十个位点， 97%的父亲allele在孩子身上没发现，这个3%得出的有问
题吗？
我也就是懂一点生物，但也不会随便说别人脑残，自己都知道自己不是专业人士，还妄
下结论 |
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