w***j
发帖数: 88 | 1 Resveratrol最近被证明是直接结合AMPK的调节subunit,然后激活了AMPK。AMPK才是
Resveratrol对代谢综合症的靶点。
参见Cell Metabolism 11, 554–565, June 9, 2010 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 2 Alleviating interactions.
Please go to AMPK(Sip2) Nature paper:
Functional dissection of lysine deacetylases reveals that HDAC1 and p300
regulate AMPK (2012)
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22318606
its pp251
called both as
[synthetic lethal (negative/aggravating) and rescue (positive/alleviating)
interactions]
more reference:
Acetylation of yeast AMPK controls intrinsic aging independently of caloric
Cell 146: 969-
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21906795 |
|
z*t
发帖数: 863 | 3 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的ID... 阅读全帖 |
|
z*t
发帖数: 863 | 4 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的ID... 阅读全帖 |
|
s***m
发帖数: 6197 | 5 现在已经知道至少有两个直接作用于AMPK的activor compound了
一个是ZMP，这个作用的机制是因为它的结构和AMP类似，所以特异性不强
另外一个是在abbott laboratories高通量筛选出来的分子基础上改进的
high potency and specificity，但是目前还没有结构
作用机制研究表明一方面它能激活AMPK，另一方面抑制AMPK的去磷酸化
所以从某种意义上说，它也算是一个inhibitor吧
至于难度，我没有经验
我觉得只要有binding pocket在那，就能用一些SBDD的方法进一步筛选和改进 |
|
l*******r
发帖数: 39279 | 6 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: zxt (Asoka & Akaba), 信区: Biology
标 题: Re: 大家说说Cancer cell metabolism吧，这个越来越火啊！
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 4 01:53:57 2012, 美东)
在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长... 阅读全帖 |
|
s**i
发帖数: 4448 | 7 和糖尿病的biguanides基本同样结构。估计会激活AMPK. AMPK是energy sensor, 激活
以后细胞就开始燃烧储备能源，好像说太冷了开始烧家具吧。可以降低体重。等于给发
育中正需要储存能量，搞基本建设的孩子吃diet pill。后果根本无法估量。
对幼儿长期使用，肝肾功能尚未发育完全，PK profile可以和成人完全不一样。毒副作
用根本没有考察过。
这要是我孩子，杀了他们的心都有。
这样的地也能洗? |
|
k*****n
发帖数: 9823 | 8 最近做了一点有关AMPK的东西，胡乱说几句吧
现在热的Metformin也好，AICAR也好，严格说来都不是特异的AMPK activator
pAMPK的激活只能说是副产品而已。 |
|
k*****n
发帖数: 9823 | 9 最近做了一点有关AMPK的东西，胡乱说几句吧
现在热的Metformin也好，AICAR也好，严格说来都不是特异的AMPK activator
pAMPK的激活只能说是副产品而已。 |
|
d*********w
发帖数: 6 | 10 这个Lin YY 很高产啊，三年内三篇CNS。高度怀疑其他paper的可信度。。。那个Lu JY
好像是他老婆。
Functional dissection of lysine deacetylases reveals that HDAC1 and p300
regulate AMPK.
Lin YY, Kiihl S, Suhail Y, Liu SY, Chou YH, Kuang Z, Lu JY, Khor CN, Lin CL,
Bader JS, Irizarry R, Boeke JD.
Nature. 2012 Feb 8;482(7384):251-5. doi: 10.1038/nature10804.
Acetylation of yeast AMPK controls intrinsic aging independently of caloric
restriction.
Lu JY, Lin YY, Sheu JC, Wu JT, Lee FJ, Chen Y, Lin MI, Chiang FT, Tai TY,
Berger SL, Zhao Y, Ts... 阅读全帖 |
|
s**i
发帖数: 4448 | 11 抑制癌症。使用metformin的糖尿病人癌症发生率低于对照。
传统通路，metformin激活AMPK,降糖，降insulin,对PI3K激活也减少。
但是很可能有其他机理。metformin怎么激活AMPK也不清楚。这么多年，metformin作用
靶点也不知道。现在怀疑线粒体。 |
|
s**i
发帖数: 4448 | 12 抑制癌症。使用metformin的糖尿病人癌症发生率低于对照。
传统通路，metformin激活AMPK,降糖，降insulin,对PI3K激活也减少。
但是很可能有其他机理。metformin怎么激活AMPK也不清楚。这么多年，metformin作用
靶点也不知道。现在怀疑线粒体。 |
|
L*****C
发帖数: 157 | 13 A prominent biochemist and his co-author are pulling one of their papers in
the Journal of Biological Chemistry because…well, we’re not sure.
That’s because the retraction note is – as we’ve come to expect from JBC
– not very informative.
Here’s the only explanation for the retraction of “The Down Syndrome Cell
Adhesion Molecule (DSCAM) Interacts with and Activates Pak”:
This article has been withdrawn by the authors.
The corresponding author, Kun-Liang Guan, earned a MacArthur “genius”
grant in... 阅读全帖 |
|
n**m
发帖数: 7872 | 14 type II diabetes是两方面的disorder从平衡到不平衡的一个过程。
一方面是insulin resistant, 一方面islet大量分泌insulin，两个是先有鸡还是现有
蛋还很难说。但只要这个平衡还在，就不会发病。
发病的关键是islet被stressed out了，不能再提供大量insulin了，而insulin
resistant还在，所以血糖就上去了。
AMPK是个好东西，感觉就是mimic exercise的效果。AMPK作为target的话，应该开发
activator吧。这个，实现起来，是不是比inhibitor要难度大一点呢。
嗯，多交流 :) |
|
z*****s
发帖数: 289 | 15 基于AMPK信号通路维药蜀葵花抗异常黑胆质证性2型糖尿病药效物质及其作用机制研究 |
|
r*****u
发帖数: 56 | 16 A postdoctoral position is immediately available in the newly established
Cheng Lab, Department of Human Nutrition, Food and Exercise, Virginia Tech.
Motivated professionals, who are interested in research on type 2 diabetes,
obesity and cancer [1-7], are welcome to apply. Strong background/expertise
in biochemistry, molecular biology and/or cell biology is required. Previous
experience in signal transduction pathway analysis [1-3,5-7], mitochondrial
function [2,6,7], or redox (oxidation/reducti... 阅读全帖 |
|
m******c
发帖数: 2248 | 17 美国生理杂志（IF 4分左右）的审稿机会，
in vitro试验(HK-2 cells)，关于Epithelial- mesenchymal transition &renal
fibrosis，文章主要论证了AMPK 酶在tubulointerstitial fibrosis 中之作用。
做renal fibrosis研究的同学有谁想被推荐审稿的给我站内发信吧，麻烦附
上您的姓名，单位，联系方式，简要研究方向。
如果您的expertise不是很相关，请把机会让给更相关的同学。
明早（3月22）截至，谢谢！Good Luck！ |
|
d******g
发帖数: 2060 | 18 求 审稿 cell biology and cancer biology
The specific keywords about my expertise:
mTOR signaling; Tuberous sclerosis complex (TSC); Autophagy; Apoptosis;
Ataxia telangiectasia mutated (ATM), AMPK; AKT; Reactive oxygen species (ROS
); Mitochondria/Peroxisome biogenesis; Protein ubiquitination; Confocal
microscopy
请站内短信，需要cv再email。包子感谢。 |
|
s******s
发帖数: 1584 | 19 Elsevier的一个杂志，IF 4.258， 文章是mini review 跟AMPK 有关，1/6号Due
最好能把大致研究方向跟Publication发给我，最好是今天，谢谢~ |
|
d******g
发帖数: 2060 | 20 cancer biology: Review opportunity (Medicine IF:4.233)
Key words: Metformin, hepatocarcinogenesis, AMPK
pm me your name, affiliation, address, email,and publication lists.
I am the handling editor of this manuscript, and will choose 2 reviewers.
please be responsible... thanks |
|
i********n
发帖数: 171 | 21 send your CV if you think you are an expert in the field. [email protected]/* */
1. Curcumin-loaded Bioinspired Polymeric Nanosystem Enhances the Cell Cycle
Arrest and Cell Apoptosis in Colon Cancer Cells
2.Proliferation-enhancing effects of gastrodin on RSC96 Schwann cells by
regulating ERK1/2 and PI3K signaling pathways
3.MiR-489 suppresses proliferation and invasion of human bladder cancer
cells
4.Combination treatment with Rhizoma Paridis and Rhizoma Curcuma longa
extracts and 10-hydro... 阅读全帖 |
|
i******a
发帖数: 181 | 22 Gone:
2分美国杂志，文章有关AMPK 与gastric cancer
有相关经验的同学可以联系我
请发下列信息：
Name:
Credential/Degree:
Title：
Institution:
Institution email:
Research Background and Publications: |
|
h***e
发帖数: 20195 | 23 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: squirrabbit (松鼠兔), 信区: Biology
标 题: 一公时代的到来zz
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 18 09:15:53 2011, 美东)
一公时代的到来
一公时代的到来，指的是清华大学生命科学院、中国的结构生物学史上施一公时代的到
来。借着清华大学百年校庆，这
两天在清华举办的FPS（Frontiers of Protein Sciences）会议作为醒目的标志，给大
家展示了施一公教授的能力与魅
力。一公时代的大幕朝每一个与会者闪亮的拉开。
这段话写的是如此的像托，像清华生科院给媒体的公关文，但这确实是我这次会议的切
身感受，容我一一道来。
施一公教授从2008年回清华组建实验室到现在，满打满算三年。三年对于一个挪窝的人
来说，是短暂的，结束那边的事
情，迎接这边的事情，科研上的行政上的生活上的麻烦不会少，而且还有方/舟/子对他
有理有据的质疑。这种日子肯定
不会好过，他是怎么过的，我不知道，我所知道的是我们大家都能看到的。
科研上。饶毅教授下过结论：施一公教授是华人里发表CNS... 阅读全帖 |
|
S***n
发帖数: 1281 | 24 This was published in Nature, http://www.nature.com/articles/srep09384?WT.ec_id=SREP-631-20150331
PHY906 (KD018) is a four-herb Chinese Medicine Formula. It has been shown to
potentially enhance the therapeutic indices of different class anticancer
agents in vivo. Here, PHY906 is reported to enhance the anti-tumor
activity of Sorafenib in nude mice bearing HepG2 xenografts. Among the four
herbal ingredients of PHY906, Scutellaria baicalensis Georgi (S)
andPaeonia lactiflora P... 阅读全帖 |
|
O******e
发帖数: 4845 | 25 ☆─────────────────────────────────────☆
icecreamman (qiqi) 于 (Mon Sep 25 17:27:43 2006) 提到:
我不很看好时下的Targeted Therapy，迄今的clinical trial结果都不太好(Gleevec是
例外)，针对PI3K，MAPK，EGFR, Ras到B-Raf的各种药，或是毒性太大，或是无疗效。
我自己比较中意angiogenesis和cancer cell metabolism，因此看好VEGF，mTOR，AMPK
，HIF和glycolysis。
我倾向于把癌症看作是metabolic疾病，而不是genetic疾病。我猜测未来的突破也许会
来自elucidation of the metabolic basis of cell transformation and theparies
based on metabolic perturbation。今天来研究代谢，手段方法比三四十年前多了很
多，所以很可能会有意想不到的新发现。
从大的角度上说，我更认同中医对人体对疾病的理 |
|
f****y
发帖数: 104 | 26 Note the first author:
Energy-dependent regulation of cell structure by AMP-activated protein
kinase.
Lee JH, Koh H, Kim M, Kim Y, Lee SY, Karess RE, Lee SH, Shong M, Kim JM, Kim
J, Chung J.
(How true is this paper, you may see this to get some clue:
Myosin light chains are not a physiological substrate of AMPK in the control
of cell structure changes.
Bultot L, Horman S, Neumann D, Walsh MP, Hue L, Rider MH.
FEBS Lett. 2009 Jan 5;583(1):25-8)
Sestrin as a feedback inhibitor of TOR that prevents |
|
v*******a
发帖数: 759 | 27 AMPK activation is fiber type specific in human skeletal muscle: effects
of exercise and short-term exercise training
Robert S. Lee-Young,1 Benedict J. Canny,2 Damian E. Myers,1 and Glenn K.
McConell1
J Appl Physiol 107: 283-289, 2009.
v**********[email protected]
many thanks!!! |
|
w***e
发帖数: 269 | 28 研究机制和drug discovery本来就关系不大.一些best selling drugs都是在不知道机
制的状况下发现的.比如说metfomin, 治糖尿病的最常用的药,target是什么还是有争
议,机制也就更不清楚.一堆人说是AMPK,另一堆人说不是. 另一方面生物学家根据机制
预测drug target成功率也就和中彩票的几率差不多把.好多preclinical研究非常漂亮,
说这个那个蛋白是drug target, 然后公司找出一堆小分子作用于这些target,结果没见
几个能够制药.所以制药本来就是风险性很大的,也不是说理论研究清楚就能保证成功的
几率. |
|
|
d*****s
发帖数: 647 | 30 I need this paper as follows,
Autophagy. 2011 Jan 6;7(1). [Epub ahead of print]
Compound C induces protective autophagy in cancer cells through AMPK
inhibition-independent blockade of Akt/mTOR pathway
PMID: 20980833
Please send to w***********[email protected]
Thanks a lot! |
|
v*******a
发帖数: 759 | 31 还没看文章，不过"converts ATP to AMP, resulting in a compensatory
increase in aerobic glycolysis known as the Warburg effect",这个因果关系怎么
得出来的？AMPK被激活了吗？ |
|
|
|
M*****n
发帖数: 16729 | 34 有个朋友今天来找俺，说是要研究ULK1 in zebrafish.
看来是很hot呢。 |
|
j**********k
发帖数: 296 | 35 没啥对错，data差不多，interpretation不同 |
|
|
|
|
|
a****k
发帖数: 1130 | 40 哇噻，你深知我意啊，哈哈
但想到下周无法正常进食，我决定忍了。。 |
|
w***j
发帖数: 88 | 41 CR在monkey上的作用
Caloric restriction delays disease onset and mortality in rhesus monkeys.
Science 2009;325:201-204
争论的焦点在于是否是SIRT家族起了最关键的作用，而不在于CR是否有作用
另外，CR领域里火的就那么几个东西：IGF-1,AMPK,mTOR，SIRT1,SIRT3 |
|
s*********t
发帖数: 600 | 42 一公时代的到来
一公时代的到来，指的是清华大学生命科学院、中国的结构生物学史上施一公时代的到
来。借着清华大学百年校庆，这
两天在清华举办的FPS（Frontiers of Protein Sciences）会议作为醒目的标志，给大
家展示了施一公教授的能力与魅
力。一公时代的大幕朝每一个与会者闪亮的拉开。
这段话写的是如此的像托，像清华生科院给媒体的公关文，但这确实是我这次会议的切
身感受，容我一一道来。
施一公教授从2008年回清华组建实验室到现在，满打满算三年。三年对于一个挪窝的人
来说，是短暂的，结束那边的事
情，迎接这边的事情，科研上的行政上的生活上的麻烦不会少，而且还有方/舟/子对他
有理有据的质疑。这种日子肯定
不会好过，他是怎么过的，我不知道，我所知道的是我们大家都能看到的。
科研上。饶毅教授下过结论：施一公教授是华人里发表CNS文章最多的人。这指他在
Princeton的时候，回来以后呢？会
议上发的介绍里，施一公教授从09年到11年的selected publications共11篇，Cell两
篇，Nature四篇，Science一
篇，PNAS两篇，Mol ce... 阅读全帖 |
|
n***w
发帖数: 2405 | 43 我也是最近看了他几篇paper。
对AMPK比较感兴趣。 |
|
g*******f
发帖数: 427 | 44 AMPK的大牛啊，除了 Hardie DG 就是他了，而且年轻力壮，近几年产量也高，能够进
他的实验室应该是很有前途的吧 |
|
b*******n
发帖数: 8420 | 45 癌症太复杂。这东西就像搞掉本拉登一样，花了大量的时间、金钱，历经几代PI，消耗
了无数PHD和post doc的青春，终于搞清本拉登基因的机制，结果发现本拉登基因对总
体病例的贡献只有百分之几，甚至是百分之零点几。
另外癌症的早期诊断也很困难。人又不是实验动物，既不能随意取样又不能控制他的生
活环境，某天胸疼头疼肚子疼了，总不能凭空说是得癌症了吧。。但是这可能就是早期
癌变的迹象。等到发现的时候，可能已经从benign tumor变成malignancy甚至已经
metastasis了。至于治疗就更困难了，和癌症相关的突变基本上都发生在很重要的信号
通路和转录因子上，如果不能特异性的target癌细胞，对健康细胞的毒害作用很大。要
target癌细胞又不容易，cancer stem cell喊了好几年了，连个统一的phenotypical的
定义都没有。等到metastasis了，人家癌细胞到处乱跑，想去哪里就去哪里，只要drug
没有deliver到那里，癌症就会复发。
最后，癌症领域研究了这么多年，投入了这么多钱，吸引了无数为名为利为科学为混口
饭吃的人去研究，本身癌细胞又很容易折... 阅读全帖 |
|
g*******f
发帖数: 427 | 46 这个还真不好说什么档次，就像JBC 一样，很多牛们就是喜欢这个
Herdie DG 关于AMPK 的很多开创性工作就是发在这个杂志的 |
|
m******g
发帖数: 69 | 47 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20810907
A role for AMPK in increased insulin action after serum starvation
Am J Physiol Cell Physiol November 2010 299:(5) C1171-C1179; published ahead
of print September 1, 2010, |
|
r*****u
发帖数: 56 | 48 A postdoctoral position is immediately available in the newly established
Cheng Lab, Department of Human Nutrition, Food and Exercise, Virginia Tech.
Motivated professionals, who are interested in research on type 2 diabetes,
obesity and cancer [1-7], are welcome to apply. Strong background/expertise
in biochemistry, molecular biology and/or cell biology is required. Previous
experience in signal transduction pathway analysis [1-3,5-7], mitochondrial
function [2,6,7], or redox (oxidation/reducti... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 49 sunnday 个把月前问 酵母内的 协同致死的叫synthetic lethal factors
而协同延命的叫啥
matrix 无意中搜到一篇nature
Lin YY et al. (2012)
Functional dissection of lysine deacetylases reveals that HDAC1 and p300
regulate AMPK.
Nature. 482: 251-5.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22318606
就回帖她/他
可能叫
synthetic rescue factors
楼主你的原开贴 还有 antagonistic rescue factors 的可能性
当然 antagonistic lethal factors 的话 达尔文演化论中的不适应者 可能就无后了
具体如何定位pathway 0.44 概率以上的经典规则 不一定适用
-----just matrix two cents |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 50 Phosphorylation of 蘇氨酸（Threonine） Thr 对cancer
metabolism重要不?
pls refer
Cell (2013) 152: 290-303.
cited
>AMPK inhibits the Vps34 complex by phosphorylating
>T163/S165 in Vps34 and therefore suppresses
>overall PI(3)P production
web link:
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23332761
metabolism
or |
|
