F********E
发帖数: 1025 | 1 First time to use AutoDock, which requires pdbqt file, but pdb file is
normally what I have.
The atom type in pdb seems different from that in pdbqt, and I wonder
whether AutoDock (or any other handy software) has a facility to convert the
atom type as well so that it will be understood by AutoDock. Thanks! |
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F********E
发帖数: 1025 | 2 First time to use AutoDock, which requires pdbqt file, but pdb file is
normally what I have.
The atom type in pdb seems different from that in pdbqt, and I wonder
whether AutoDock (or any other handy software) has a facility to convert the
atom type as well so that it will be understood by AutoDock. Thanks! |
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n*******e
发帖数: 3141 | 3 I think babel does that.At least pdb->pdbq
There is probably a program or python script that comes with Autodock
package too. Read the autodock tutorial, it definitely tells you how to
prepare the ligand somewhere
the |
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p*****u
发帖数: 191 | 4 autodock的准确率本来也不高，文献报道不到50%，速度还是奇慢无比。引用率高因为
是比较早的开源软件，而且一堆物理公式也挺能吓唬人的，不明就里的往往以为物理公
式多，计算准确性就上去了，这差不多也是某种学术迷信吧。
同一个实验室的Vina，
没有那些高大上的物理公式，采用机器学习的方法，无论是速度还是准确率都要甩
autodock几条大街。
就晶体结构中配体的Redocking而言，现在好的对接软件成功率
在80%-90%，这个还是有保证的，否则我们做计算化学的早就混不下去了。如果是一个
新的配体，限制对接成功的主要因素是induced fit of protein，如果真有显著的
induced fit，rigid-protein based分子对接成功预测了对接构象，那是神话。不过即
使是Redocking，对接参数也要设置合理，尤其是结合口袋要设置对。
最近开发的
LeDock（http://lephar.com）比Vina的准确性更高一些，使用也更方便。可以参考一下基础教程http://bioms.org/thread-1227-1-1.html |
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r*y
发帖数: 706 | 5 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区,原文如下 】
发信人: ray (阴阳平均), 信区: Chemistry
标 题: DOCKING help
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Fri Mar 19 12:00:32 2004) WWW-POST
请问这里有没有在LINUX上做用DOCK AUTODOCK的行家? 偶试着在LINUX装这两个软件..怎
么都不WORK...
我想知道你们是如何安装DOCK/AUTODOCK?
有什么运行参数要改?
是否需要从新COMPILE?
如何COMPILE? |
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h**********r
发帖数: 671 | 6 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
另外找个合作者是不是更靠谱呢？
多谢！
另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
有点唐：（
多谢多谢！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 7 please refer below UK professor his CV:
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/new/cv.html
so not PhD of relative Biophysics you never can hope to fix this field by yourself.
You/or your boss can contact to him if you had project for collaboration.
//www.lifesci.dundee.ac.uk/people/daan-van-aalten
For
> 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
NB: it was built by above UK professor his team.
more other relative X-ray Structure biology analysis tools:
please go to
//xray.bmc.uu.se/hic... 阅读全帖 |
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h**********r
发帖数: 671 | 8 Thanks! I tried autodock from Scripps. Because I don't know 结构计算,量子化
学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
On the other hand, my designed screening method does work well. We are
writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
hear their opinion.
Thanks!
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Z******5
发帖数: 435 | 10 autodock可以做protein-protein docking吗？ Discovery Studio里面的zdock貌似只
能做两个蛋白的docking。 |
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C*********h
发帖数: 83 | 11 Dock or autodock
我觉得你需要找计算化学的合作。自己搞不定的。 |
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s****i
发帖数: 5469 | 12 有了三级结构的话，Schrödinger, Dassault Systèmes (Accelrys)，
Autodock，Rosetta都可以做docking。读一些手册就可以上手，但要用好需要些经验。 |
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l*****n
发帖数: 1648 | 13 看了一篇文献，说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下，和docking
的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试，也根本没有找到正确的。看来
这玩意引用高是因为它是免费的，不靠谱。
有没有靠谱一点的推荐一下，谢谢。 |
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V**3
发帖数: 12756 | 15 autodock 的使用很有学问， 你要学的很多，里面有很多技巧
但是就算学得再多， 他也是个docking 软件，
你见过几个做结构的相信docking 结果的？
这玩意要是真靠谱了，谁还花钱花时间解结构啊， 都docking 完了
docking |
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s****i
发帖数: 5469 | 16 你从PDB下的结构有没有经过预处理？Autodock的流程我不熟悉，但Glide通常是要预处
理才行。另外楼上说得没错，docking这东西就是个参考，不能依赖它。 |
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p*****u
发帖数: 191 | 17 做实验的。别要求太高。
[在 Enzyming (一支酶) 的大作中提到：]
：我只能说你不会用autodock！
：
：........... |
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s****i
发帖数: 5469 | 18 Autodock, Rosetta, Schrodinger Glide
I recall BIOVIA should also have something to do docking |
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F********E
发帖数: 1025 | 19 It seems Babel even doesn't convert to pdbq. So sad. |
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k****n
发帖数: 394 | 20 如果我有一堆药和一堆蛋白质
怎么找出docking的score啊？
谢谢 |
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n*******e
发帖数: 3141 | 21 每次只能一个数据库dock一个protein吧。 |
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