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全部话题 - 话题: b7j5a6
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w***a
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来自主题: Biology版 - 包子请教几个proteomics的术语
本人对proteomics一巧不通,请教一下版上能人下边几个术语是什么意思。先谢过了!
“Putative uncharacterized protein OS”这里边的OS是什么意思?
“Data was extracted from MAGE with a 1E-08 filter”这里的MAGE和那个filter
的具体数据代表什么?
上边所说的data里有FWD、 REV、 FDR这样的术语,它们又是啥?
样品里有“Afer_global sample”和“Afer_Fract sample”这里的Afer_global和Afer
_Fract又是什么意思呢?
蛋白质名字“tr|B7J5A6|B7J5A6_ACIF2”这里的各项都表示什么呀?
里边还有一些看不懂的,比如:N_Peps, SpC, SCX_NET等等,请问都是什么意思?
非常感谢您的帮助!
a******k
发帖数: 1190
2
来自主题: Biology版 - 包子请教几个proteomics的术语
没人re,这里尝试回答一下

OS 后面有没有等于号?如果有的话,表示species (Organism Species)
filter
听起来像是一个software, 不太熟,上下文是?
filter应该是一个statistical significance value,
不知道这个software是怎么计算的,但一般1E-08是一个很显著的cutoff
FWD大概是forward
REV是Reverse
FDR是False discovery rate,一般设计来用做multiple test的校验
Afer
不懂,看软件手册?
tr表示TrEMBL,表示这个B7J5A6是UniprotKB/TrEMBL的ID
后面是基因的scientific name,这个基因应该没有很好的characterize
N_Peps应该是peptide的数目
别的不懂,again,是什么软件的输出?是不是一个mass-spec软件?
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