l**********1
发帖数: 5204 | 1 最新 plus 正版吗 那个soft?
Sam≂BAM format
pls refer:
What 'Picard' does?
FastqToSam converts FASTQ files to unaligned BAM files.
httPS://test.g2.bx.psu.edu/root?tool_id=picard_FastqToSam |
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s******s
发帖数: 55 | 2 I think you mean cSRA to BAM? SRA to BAM 没有意义啊 |
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w****w
发帖数: 521 | 3 原来以为只能用samtools从bam文件抽取区域，得把整个cSRA先转成bam,计算量会太大
。后来发现sam-dump有--aligned-region option,问题就解决了。 |
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l****1
发帖数: 1 | 4 我的BAM是HOME-MADE的。我在聚焦时能够看到界面的DOMAIN， 但是
CONTRAST TOO BAD， 哪位专家知道这是怎么回事啊？我已经为此痛苦了一周了，怎么
调都不行啊，谁知道是错在哪里了吗？在此先谢过了。 |
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j*p
发帖数: 411 | 5 sra 可以换bam吗？我只知道sra to fastq |
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 同意楼下的
Step one
SRAto fastq
btw LZ be careful:
cited:
The problem you are experiencing is that the version of the SRA toolkit is
out of date and that there is now an un(der)documented option in fastq-dump
to dump paired end data from an SRA-lite submission. The guidance notes on
the NCBI website you refer to are for version 2.0.1, and state that they are
not up to date:
link:
//www.biostars.org/post/show/11111/how-to-convert-sra-lite-paired-end-
submission-to-fastq/
then try
FASTQ to BAM (vers... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 7 fastq怎么可以到bam呢？
需要align啊
或者直接转成unaligned的？这个不是多此一举吗
dump
are |
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j*******u
发帖数: 81 | 8 急问：如何批量 down size a batch of bam files to equal reads numbers? |
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g**********y
发帖数: 423 | 9 欢迎讨论，特别是各种程序的调用参数 。。。
http://dl.dropbox.com/u/62547840/NGS_Illumina.pm
http://dl.dropbox.com/u/62547840/NGS_Illumina.pl
screen output:
Illumina 1.3+ fastq format: ASCII(min, max) = (66, 102)
2012/08/25 11:41:15 START maq ill2sanger Run1_testicular-28T_lane2_read1_
sequence.txt Testis_T28_read1_sanger.fq
2012/08/25 11:42:57 SUCCESS after running 0 hours 1 minutes 42 seconds
2012/08/25 11:42:57 START maq ill2sanger Run1_testicular-28T_lane2_read2_
sequence.txt Testis_T28_read2_sanger.fq
2012/08/25... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 10 攒人品，顺便回答一下 iiiir 的问题。
我们尝试过好几种不同的SNP calling的方法，包括GATK, Samtools, Varscan,
SeqGenes, 等，并且做了SNP array 作为gold standard比较各种方法的prediction
power。
从我们的经验，BWA + GATK 最好，sensitivity 和 specificity 都在95%以上。
以下是GATK 的pipeline
假设你有一个control 样品C 和一个样本样品A的pair-end sequencing，共4个文件，C
_R1.fastq, C_R2.fastq, A_R1.fastq and A_R2.fastq如何通过BWA/GATK去找样品A中
的SNPs (相对于C)
假设assembly 用的是hg19，你的BWA index 在这里：/bwa/indexes/hg19
Check this website if you have any questions:
http://seqanswers.com/wiki/How-to/exome_analysis
#s... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 11 攒人品，顺便回答一下 iiiir 的问题。
我们尝试过好几种不同的SNP calling的方法，包括GATK, Samtools, Varscan,
SeqGenes, 等，并且做了SNP array 作为gold standard比较各种方法的prediction
power。
从我们的经验，BWA + GATK 最好，sensitivity 和 specificity 都在95%以上。
以下是GATK 的pipeline
假设你有一个control 样品C 和一个样本样品A的pair-end sequencing，共4个文件，C
_R1.fastq, C_R2.fastq, A_R1.fastq and A_R2.fastq如何通过BWA/GATK去找样品A中
的SNPs (相对于C)
假设assembly 用的是hg19，你的BWA index 在这里：/bwa/indexes/hg19
Check this website if you have any questions:
http://seqanswers.com/wiki/How-to/exome_analysis
#s... 阅读全帖 |
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l*****9
发帖数: 9501 | 12 Life in the Fast Lane
Is Jeremy Lin the new talent code for the NBA?
by Kurt Brungardt
The basketball world is wondering… Is Jeremy Lin for real? Now, another
piece of the Lin puzzle has emerged.
Lin’s pre-Draft speed numbers have surfaced, giving fans new information
and suggesting a new talent code for NBA success. The equation goes like
this: Four years of college + a high BAM score for speed = JEREMY LIN.
Basic Athletic Measurement (BAM) is the company that administers athletic
tests for the... 阅读全帖 |
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e*f
发帖数: 1709 | 13 Is Jeremy Lin the new talent code for the NBA?
by Kurt Brungardt
Thursday, March 1st, 2012
The basketball world is wondering… Is Jeremy Lin for real? Now, another
piece of the Lin puzzle has emerged.
Lin’s pre-Draft speed numbers have surfaced, giving fans new information
and suggesting a new talent code for NBA success. The equation goes like
this: Four years of college + a high BAM score for speed = JEREMY LIN.
Basic Athletic Measurement (BAM) is the company that administers athletic
tests for... 阅读全帖 |
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s******9
发帖数: 283 | 14 http://www.sciencemag.org/content/early/2013/03/06/science.1236
The Brain Activity Map
A. Paul Alivisatos1,*,
Miyoung Chun2,
George M. Church3,
Karl Deisseroth4,
John P. Donoghue5,
Ralph J. Greenspan6,
Paul L. McEuen7,
Michael L. Roukes8,
Terrence J. Sejnowski9,*,
Paul S. Weiss10,
Rafael Yuste11,*
Abstract
Researchers propose building technologies to enable comprehensive mapping
and control of neural circuit activity.
Neuroscientists have made impressive advances in understanding the
microscale ... 阅读全帖 |
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f**d
发帖数: 768 | 15 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: synbio79 (jingzhuo), 信区: Biology
标 题: Brain Activity Map: 一群人联合起来了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 7 22:38:02 2013, 美东)
http://www.sciencemag.org/content/early/2013/03/06/science.1236
The Brain Activity Map
A. Paul Alivisatos1,*,
Miyoung Chun2,
George M. Church3,
Karl Deisseroth4,
John P. Donoghue5,
Ralph J. Greenspan6,
Paul L. McEuen7,
Michael L. Roukes8,
Terrence J. Sejnowski9,*,
Paul S. Weiss10,
Rafael Yuste11,*
Abstract
Researchers propose building technologies to enab... 阅读全帖 |
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s*****n
发帖数: 1636 | 16 大脑是人体最复杂也是最神秘的器官，迄今为止，人类对于大脑是如何运作仍只是一
知半解。早在上个世纪90年代，美国总统老布什就提出了“脑的十年”计划，其后日本
、欧洲等相继跟进，对大脑开展了深入研究。
刚刚开始第二任期的奥巴马，将解开大脑之谜作为美国科技发展的重点，并欲借此
振兴美国经济。《纽约时报》称，奥巴马政府酝酿的这项宏大计划堪与人类基因计划相
媲美，其最终目标是绘制出完整人脑活动地图,并全面解开大脑之谜。
1 堪比人类基因计划
据报道，奥巴马计划在下个月商讨政府预算草案时，正式提出这项名为BAM (大脑
活动地图）的科研计划。这项计划将专门针对人类大脑的思维活动进行研究，并尽可能
绘制出完整的大脑活动地图。
该计划的参与者将包括联邦机构、私人基金会，以及神经科学家和纳米科学家组成
的团队。他们将共同努力，增进人类对人脑中近千亿个神经元的认识，更好地了解人类
的知觉、行为，并最终解开人类意识之谜。
科学家对这项计划抱有很高期望，项目如果成功，一些与大脑相关的疾病诸如阿尔
茨海默氏病、帕金森氏症、自闭症等,将得到准确定位，从而为寻找新的治疗方法提供
可能。
此外，绘制人脑地图，将有可能... 阅读全帖 |
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b******k
发帖数: 2321 | 17 对的 实际上connectome不说，BAM和这次的BRAIN是容易混淆。不过话说回来，BRAIN是
从BAM的倡议来的，BRAIN的钱最终肯定会有大批落到BAM的人手里。
你的观点我有赞成也有不赞成的，具体说说：
1> neuronal activity当然是重要的。但是上BAM的话，问题有几个：技术不ready,而
且甚至我们都不知道怎么设计和发展需要的技术，很有可能为了实现全脑BAM需要全新
路线的技术；目标不清楚，记录了BAM然后呢？这个意义上其实connectome也是同样问
题：有了connectome，有了BAM，然后呢？大脑的问题就解决了么？当年HGP也是这么说
的，结果HGP的数据虽然很有用，但是从初始目标上其实是失败了的。后来的ENCODE/
BAM我感觉都有借HGP的经验忽悠的意思，我倒是很担心他们的结果不光从初始目标看是
失败的，就是从积累groundtruch上也是失败的，毕竟像基因组序列那样稳定不受环境
和组织特异性影响的东西不多见。
2> BRAIN initiative说技术发展多了，说BAM少了，这个确实是好事。至少BRAIN
initiative的人... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 18 《纽约生活》9月10日─9月16日
September 09, 2012 06:05 AM
【9月10日 星期一】
●「Eyes Closed/Eyes Open」素描展
时间：10:30am-5:30pm
地点：现代美术馆（MoMA），曼哈坦西53街11号
查询：http://www.moma.org/visit/calendar/exhibitions/1294；电话(212)708-9400。
门票：成人$25，耆老$18。在1960年代后半期，素描被用来当作训练绘画规则以及其他
用途，本展展出MoMA近期获得的作品，聚焦在作画过程、笔触展现以及形象意涵等三方
面，也藉由各风格画家作品表现60年代文化与政治上丰富变迁的社会现象。
●电影「一路顺疯」（Planes, Trains & Automobiles）
时间：4:30PM
地点：布碌崙音乐学院（BAM）玫瑰剧院，30 Lafayette Avenue
查询：www.bam.org/film/2012/planes-trains-and-automobiles；电话（718）636-
4100。
门票：成人$12，耆老与学生$... 阅读全帖 |
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s******9
发帖数: 283 | 20 人说：
"If this takes away from any of the R01s that would normally be funded by
the NIH, it would be bad. Right now the community is already so strapped we'
re at a breaking point."
called several of its technological proposals "science fiction"
...
http://www.sciencemag.org/content/339/6123/1022.full
Brain Project Draws Presidential Interest, but Mixed Reactions
Emily Underwood*
Shortly after President Barack Obama made a seemingly innocuous pitch for
more brain research in his State of the Union... 阅读全帖 |
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f*******g
发帖数: 1649 | 21 应该是没到，我用HOP grade 1教她阅读，图画书还理解的可以，但是chapter book除
了第一本看懂了，第二本就基本不明白了。
比如这个，BAM! BAM! BAM! Detective dog went to the door，她就不明白那个Bam
Bam Bam是敲门的声音。
所以我现在把那个阅读暂停了，开始用edhelper上给K提供的图画书。 |
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f*******g
发帖数: 1649 | 22 我举的例子可能对你来说太浅了，但是应该有一定的参照意义吧。
就比如微米这么大的孩子有本书，detective dog。里面有句话，Bam Bam Bam,
detective dog went to the door。
我就问微米那这个bam bam bam是啥声音啊？微米就不知所云，说是跺脚的声音？后来
我们俩去大门口演示了一圈儿，她才恍然大悟。 |
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I**E
发帖数: 2056 | 23 http://ny.worldjournal.com/
【10月10日星期一】
●雙十遊行時間：4:30pm-8pm
地點：曼哈坦勿街62號中華公所
查詢：(212)226-6280
入場：免費。參加雙十遊行的隊伍將於下午4時半在曼哈坦華埠集合，從勿街98號開始
，沿勿街行經窩扶街(Worth St.)、茂比利街、堅尼路、包厘街、東百老匯、市場街、
地威臣街，再轉至包厘街，回到擺也街(Bayard St.)與勿街交口結束。
●哥倫布日遊行Columbus Day Parade
時間：11:30am-3pm
地點：從44街到79街之間的5大道路段
查詢：columbuscitizensfd.org
入場：免費。一年一度的哥倫布日遊行是為了紀念義大利航海家哥倫布149 年探險遠征
中發現美洲大陸，也是義大利裔美國人每年慶祝他們在新大陸的歷史和文化生根發芽的
日子。遊行將從上午11時半一直持續到下午3時，屆時上百輛花車會將第5大道裝扮得熱
鬧非凡，還將有不少名人現身。
【10月11日星期二】
●兒童足球班Youth Soccer Clinic Ages 6-7
時間：4pm-5pm
地點：曼... 阅读全帖 |
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i***r
发帖数: 1035 | 24 谢谢，祝你一切顺利！
我这种情况怎么搞（目前还是没有弄明白）
有2个原始文件，一个是发飙了的SNPs数据，大概70个不同human poupulations，是一
个bed文件，结构是这样（右边省略了若干column）
chr1 41217 41218 snp 2 + T A dbsnp.108:
rs3863625 NN
chr1 41255 41256 snp 3 + C T dbsnp.111:
rs4543737 NN
chr1 41980 41981 snp 4 + A G dbsnp.86:
rs806721
姑且叫A.bed
另一个是个bam文件，别的地方下载的，是另一个human population数据，转成sam文件
之后（为了好看把SEQ和QUAL拿掉了）：
all-hg18_1 0 chr1 39 10... 阅读全帖 |
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i***r
发帖数: 1035 | 25 谢谢，祝你一切顺利！
我这种情况怎么搞（目前还是没有弄明白）
有2个原始文件，一个是发飙了的SNPs数据，大概70个不同human poupulations，是一
个bed文件，结构是这样（右边省略了若干column）
chr1 41217 41218 snp 2 + T A dbsnp.108:
rs3863625 NN
chr1 41255 41256 snp 3 + C T dbsnp.111:
rs4543737 NN
chr1 41980 41981 snp 4 + A G dbsnp.86:
rs806721
姑且叫A.bed
另一个是个bam文件，别的地方下载的，是另一个human population数据，转成sam文件
之后（为了好看把SEQ和QUAL拿掉了）：
all-hg18_1 0 chr1 39 10... 阅读全帖 |
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J*********8
发帖数: 4876 | 26 it's so quiet
lisa Ekdahl
http://www.youtube.com/watch?v=fMphCjWXOKo
it's. oh. so quiet
it'a oh. so still
you're all alone
and so peaceful until...
you fall in love
zing boom
the sky up above
zing boom
is caving in
wow bam
you've never been so nuts about a guy
you wanna laugh you wanna cry
you cross your heart and hope to die
'til it's over and then
it's nice and quiet
but soon again
starts another big riot
you blow a fuse
zing boom
the devil cuts loose
zing boom
so what's the use
wow bam
of fal... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 29 《纽约生活》5月28日~6月3日
本报讯 世界新闻网 北美华文新闻、华商资讯
May 27, 2012 06:01 AM
云城凋塑展_5/30 【5月28日星期一】
●「非洲舞蹈2012：国殇日长周末演出」
时间：3pm
地点：布碌崙音乐学院BAM，布碌崙拉菲逸大道30号
查询：网站http://www.bam.org/view.aspx?pid=3717，电话（718）636-4100。
门票：$10至$50。今年为BAM非洲舞蹈季（DanceAfrica）第35周年，作为美国最早以非
洲为主题的艺术季，今年BAM将在国殇日长周末带来五场精采表演，由来自美国各地舞
者演出独具非洲特色的舞蹈，在国殇日假日最后一天让民众体验一场异国文化飨宴。
●「起源：崔斐+塔可」艺术展Origins:Cui Fei and Taca Sui
时间：，展至6月15日
地点：前波画廊，曼哈坦西19街522号
查询：电话（212）414-1169，网站http://chambersfineart.com/index.shtml
门票：免费。来自中国的画家崔斐以及摄影家塔可（本名隋志杰），联合展出他们在美
国... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 30 大苹果活动看板（2012-12-02）
发布于： 2012年12月03日 星期一 12:17
[本报编译林婷纽约报道]
体育·活动
★★★★★麦迪逊广场公园点灯节（Madison Square Park Tree Lighting）
早在1912年，麦迪逊广场公园就率先在全美启动圣诞树点灯仪式。根据多年来的传统，
这场仪式将点燃该社区浓浓的节日气氛，乐队AudraRox还将现场表演。时间：12月4日
星期二下午3点半。地点：麦迪逊广场公园（Madison Square Park）。地址：E 23rd
St to E 26th St, (between Fifth and Madison Aves), New York。交通：搭乘地铁N
、R号线到23 St地铁站。费用：免费。详情登录www.timeout.com查询。
★★★★★布碌仑工艺中心2012年第五届节日市场（Brooklyn Craft Central
）：时间：12月15、16日和、22、23日上午11点至下午5点。地点：公园坡Littlefield
（Littlefield in ... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 31 《纽约生活》1月28日~2月3日
本报讯
January 27, 2013 06:05 AM
【1月28日星期一】
●外百老汇「买一送一」Off-Broadway Week
时间：至2月10日
地点：各大外百老汇剧院
查询：http://www.nycgo.com/offbroadwayweek/?a=1&b=1&pid=hp-hero-drgbl-3。
门票：$30-$450。一年二度的「外百老汇周」即将隆重登场，民眾们可以「买一送一」
，以超优惠价格观看37个膾炙人口的外百老汇秀。有别於百老汇秀的大手笔大场面，外
百老汇秀表演风格自由且更具想像力，而且，许多膾炙人口的百老汇秀其实都是从外百
老汇甚至外外百老汇开始发跡。这一季参与活动的外百老汇剧，其中最受剧迷喜爱的莫
过於除了「Avenue Q」、 歷久弥新的音乐剧「异想天开」(The Fantasticks)、「蓝人
秀」(Blue Man Group)、 以及「完美罪行」(Perfect Crime)。
● 「商家生活」展览
时间：10am-6pm
地点：曼哈坦下东城果园街103号。
查询：www.tenement.org/sh... 阅读全帖 |
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s**a
发帖数: 1995 | 33 《紐約生活》1月13日~1月19日
本報訊
January 12, 2014 06:00 AM | 652 次 | 0 0 評論 | 3 3 推薦 | 電郵給朋友 | 打印
【1月13日 星期一】
●歌劇「愛情靈藥 」L'Elsir d'Amore
時間 : 7:30pm
地點 : 林肯中心大都會歌劇院
查詢 : (212) 362-6000
門票 : $47以上。「愛情靈藥 」又名「愛的甘醇」，是義大利著名歌劇作曲家葛塔諾&
#8226;多尼采蒂（Gaetano Donizetti, 1797－1848）的喜劇作品，1832年5月12日於米
蘭首演。女高音Anna Netrebko飾演一名富有的女地主Adina，男高音Matthew
Polenzani 演一名愛上Adina的農人Nemorino。故事發生在十九世紀義大利的小村莊。
女地主因農人不敢示愛而惱怒，一名軍官適時介入，讓農人不知所措。一名江湖郎中則
謊稱只要吃了「愛情靈藥 」就可獲得芳心。
●電影「火山邊緣之戀」Stromboli
時間：6:50pm
地點：布碌崙音樂學院玫瑰劇院（BAM Rose Cinemas），曼哈坦富... 阅读全帖 |
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s**a
发帖数: 1995 | 34 《紐約生活》3月10日~3月16日
本報訊
March 09, 2014 06:00 AM | 188 次 | 0 0 評論 | 0 0 推薦 | 電郵給朋友 | 打印
12日的第二個活動 首部黑幫電影「新生」回顧與現場伴奏音樂。(取自活動網站)
12日的第二個活動 首部黑幫電影「新生」回顧與現場伴奏音樂。(取自活動網站)
11日的第一個活動 免費韓國電影「官能的法則 」。(取自活動網站)
11日的第一個活動 免費韓國電影「官能的法則 」。(取自活動網站)
10日的第一個活動 「藏起你的笑臉」電影搶先看及導演座談。(取自活動網站)
10日的第一個活動 「藏起你的笑臉」電影搶先看及導演座談。(取自活動網站)
11日的第二個活動 愛情輕喜劇「笑愛治療」。(取自活動網站)
11日的第二個活動 愛情輕喜劇「笑愛治療」。(取自活動網站)
12日的第一個活動「紐約百萬植樹」照顧行道樹工作坊。(取自活動網站)
12日的第一個活動「紐約百萬植樹」照顧行道樹工作坊。(取自活動網站)
10日的第二個活動 情慾與女人的奧秘：國際婦女節慶典之布蘭詩歌及音樂。(取自活動
網站)
10日的第二個活動 情慾與女人的... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 35 大苹果活动看板（1/10）
Jan 11, 2016, 12:22 PM
戏剧·表演
BAM’s Winter/Spring 2016 Season 布碌仑音乐学院2016冬春演出季 ★★★★★
本次演出季中，BAM将迎来英国皇家莎士比亚剧团（Royal Shakespeare Company）
、俄罗斯马林斯基剧院芭蕾舞团（Mariinsky Ballet）等世界著名的艺术团体驻扎表演
，还有多场音乐会、歌剧等新作登场。首场表演将是1月16日至2月6日开演的戏剧《The
Glory of the World》。
时间：1月16日到6月12日。
地点：布碌仑音乐学院（Brooklyn Academy of Music，BAM） Harvey Theater。
地址：30 Lafayette Ave. Brooklyn, NY 11217。
交通：地铁2、3、4、5、B、Q、N、D、R线到Atlantic Av-Pacific St站。
网站：www.bam.org。
The Band of the Royal Marines and the Pipes, Drums, and High... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 36 大苹果活动看板（9/4）
Sept 6, 2016, 12:23 PM
戏剧·表演
9/11 Memorial Tribute in Light 9/11纪念之光 ★★★★★
2001年9月11日可谓是美国历史上举足轻重的一个日子，不仅有大量无辜的人丧生，也
对政治经济甚至社会氛围产生了深远的影响。为了纪念9.11恐怖袭击中倾倒的纽约世贸
双子星大楼和去世的民众，每年9月11日的晚间，在两栋大楼原址附近，都会打上两道
蓝色的光束，称为9。11纪念之光（Tribute in Light）。
这两道光束模拟的是双子星大楼的原型，有4英里高，在晴朗的夜空下，60英里内的距
离都可看得见。
时间：9月11日晚日落前后。
网址：https://www.911memorial.org/tribute-light
Upcoming Movie This Week：Sully
本周新片速递 《萨利机长》 ★★★★★
影片改编自真实事件，2009年1月15日，前美国空军飞行员切斯利·萨伦伯格执飞全美
航空1549号航班，从纽约飞往北卡罗来纳州。这架空中客车A320-214飞机起飞爬升过程
中遭加拿大黑雁... 阅读全帖 |
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D**0
发帖数: 2048 | 37 ☆─────────────────────────────────────☆
sugarwang (人生没有剧透) 于 (Tue Mar 11 15:24:26 2014, 美东) 提到:
因为选区内的突发事务，周本立不得不取消本周的北加行程，他对此表示歉意。以下是
周本立的声明：
Due to a District matter that requires my immediate attention, I will not be
able to attend the Event scheduled for tomorrow, March 13, in Cupertino.
Please accept my apology.
In the event that members of your group inquire about my position on SCA-5,
kindly please convey that I have publicly stated that I will oppose SCA5 in
its current form.
—————... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 38 谢谢
记得bam是不记录fastq id line
那我决定随便搞了
board是喜欢bam，我之前说的那个用bam记录demultiplexed reads的就是board出来的
人弄的
还没看源码，感觉是基于picard做的
我问过能不能用fastq.gz
他说fastq只是temporary的格式。。
只是存序列的话，我还是喜欢fastq.gz
简单明了，兼容所有reads处理工具
最多用gzip pipe一下
unaligned bam的压缩比应该差不多，但是后续处理大部分第三方工具不支持
我猜board是喜欢自己搞整个工具链吧
你说的那个hiseq4000的error rate太吓人了，伊鲁米娜肯定不承认，或者会快速修复的 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 39 JAVA程序的命令行都太冗长了，简直反人类，而且时不时还要考虑内存问题。比如给
BAM文件排序，Picard是：
java -Xmx???g -jar picard.jar SortSam INPUT=unsorted.bam OUTPUT=sorted.bam
SORT_ORDER=coordinate
而SAMtools仅仅是：
samtools sort input.bam
我常用SAMtools配合Bash的pipe整出高效且干净的one-liner，例如去除某些序列：
bowtie2 -p 16 -x /path/to/db -1 in_R1.fq -2 in_R2.fq | samtools view -f 12 -
F 256 | samtools sort -@ 16 -n | samtools view -bS | bedtools bamtofastq -i
- -fq out_R1.fq -fq2 out_R2.fq &> output.log
不知道Picard能不能？ |
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z******2
发帖数: 52 | 40 老婆写的超长产经。希望对版上待产的姐妹有些许帮助。
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恩典版的无麻顺产产经见证
十月怀胎，一朝分娩，感觉像做梦一样，现在想起来，还很怀念宝宝在肚子里面一拖二
的充实感觉，很神奇很美妙，亲身经历了女人最特别的这段里程让我见证了主的恩典够
用，特别是在人的软弱上显得完全。在人方面，感谢daddy的祷告、陪伴、鼓励、做饭
、以及生产过程中doula的角色；感谢grandparents远涉重洋来帮助mommy，美味营养的
饭菜让在孕初期有轻微贫血的妈妈在没有服用铁剂的情况下血红蛋白在35周的时候升高
至正常；感谢弟兄姐妹们的恒切祷告和朋友们的信息分享；感谢并向希望自然生产的湾
区的姐妹们隆重推荐Bay Area Maternity & Women’s Health (BAM)， Maria和Lin都
是知识全备而且有爱心的midwife，截至6月底，BAM的C-Section rate只有2.4%，
epidural rate只有15%。 Maria和Lin接生的... 阅读全帖 |
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z******2
发帖数: 52 | 41 16周主日有一次莫名其妙的spotting, 惊吓不小，不知道是哪儿来的血，以为尿里面的
，还傻傻的以为是羊水里面的，怀疑是不是宝宝在里面撒尿了，是周一给医生电话，恰
逢医生回老家和家人团聚去了, 值班的医生说如果有第二次spotting就让我去医院。心
中忐忑的我和姐妹还有老公的grandma (used to be a midwife in China) 电话后，
grandma给我澄清说不会是宝宝的尿，因为宝宝的尿尿都在羊水里的，哈哈。我请假在
家认真祷告呼喊主名，宝宝是主赐的，主不会放弃它的，主用约翰福音对我讲话“生命
在我，复活在我，”我就平静下来，呼呼大睡了。几天后检查，一切正常，现在想来，
可能是宝宝在长的过程中宫颈调整变化而出的血。
32周去三藩看Giants Game, 工作又熬夜了，声音嘶哑（古代叫“子喑”），没吃药，
维持了几周都没有好转，本以为我可能这样哑着进产房儿无力呐喊了，殊不知34周一个
突如其来的感冒（没吃药）恢复了声音，或许是以毒攻毒吧，但是偶尔还是觉得有根刺
在右边嗓子眼，直到宝宝出来以后那根刺才消失。
34周开始上Heather的生产课，觉得遇到了... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 42 <纽约生活>6月11日~6月 17日
世界新闻网 北美华文新闻、华商资讯
June 10, 2012 06:02 AM | 252 次 | 0 | 3 | |
【6月11日 星期一】
●从中国人的视角看美国 America Through a Chinese Lense
时间：11am-9pm
地点： 美洲华人博物馆 （曼哈坦中央街215号）
查询：http://www.mocanyc.org/exhibitions/upcoming_exhibits
门票：成人$7、耆老、学生$4，12岁以下儿童免费。从中国摄影师、华裔摄影师、纪录
片艺术家、和业馀爱好者的作品中确认「美国梦」在中国人眼中的美丽，矛盾，与现实
。从1950年代的移民潮至当代名家作品，此次参展收藏超越时间与摄影媒介，忠实纪录
华人移民在美国生活的点点滴滴。
●芭蕾舞「火鸟」首演American Ballet Theatre- Firebird New York Premiere
时间：7:30pm
地点：大都会歌剧院(65街与百老汇大道交界)
查询： www.abt.org
门票：$20-$145，由美国芭蕾剧院... 阅读全帖 |
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s**a
发帖数: 1995 | 43 《紐約生活》11月4日~11月10日
本報訊
November 03, 2013 06:00 AM | 545 次 | 0 0 評論 | 2 2 推薦 | 電郵給朋友 | 打印
【11月4日 星期一】
●Margot MacDonald新專輯發佈派對
Margot MacDonald's CD Release Party
時間：8pm–8:45pm
地點：Rockwood Music Hall，曼哈坦亞倫街(Allen St.)196號
查詢： http://www.margotmacdonald.com/，(212)477-4155
門票：免費，但須年滿21歲以上才可入場。Margot MacDonald是華盛頓地區音樂獎的常
勝者，12歲就發行首張專輯，還是由曾獲葛萊獎的製作人兼吉他手John Jennings所製
作，這張專輯也讓她入圍華盛頓區音樂獎的最佳歌手以及年度歌曲的獎項。她也曾獲得
亞特蘭大中區歌曲競賽的新進藝人獎、華盛頓地區音樂獎的年度最佳新人、人氣獎、最
佳搖滾女歌手、最佳搖滾專輯、年度錄影帶等的提名。4日Margot MacDonald將帶著她
的樂團，為新發行的第... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 44 大苹果活动看板（3/7）
发布于 2015-03-09,周一 12:45
戏剧·表演
Paul Taylor Dance Company 保罗·泰勒舞蹈团汇演 ★★★★
被《纽约时报》评为“在世的最伟大编舞大师”，保罗·泰勒将带领美国现代舞蹈
团登上林肯中心，倾情献演。
时间：3月10日起至3月29日，详细演出时间查看官网。
地点：林肯中心大卫·寇克剧院(David H. Koch Theater)。
地址：20 Lincoln Center Plaza, New York, NY 10023
交通：搭乘地铁A、B、C、D、1号线到59 St-Columbus Cirle站；1号地铁到66 St
Lincoln Center站。
电话：212-496-0600。
费用：30美元到120美元不等。
网站：www.davidhkochtheater.com。
保罗·泰勒舞蹈团
保罗·泰勒舞蹈团
Defiant Requiem: Verdi at Terezín 威尔第音乐会《挑衅的安魂曲》 ★★★★★
一场纪念音乐会重新唤醒了一个通过歌声与纳粹抗争的故事，一支150名囚犯组... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 45 大苹果活动看板（3/14）
发布于 2015-03-16,周一 16:14
戏剧·表演
New Directors/New Films 新导演/新电影节 ★★★★★
2015年第44届新导演/新电影节将专注于那些观众可能从未听说、但本应该欣赏到
的潜在优秀电影作品，旨在发掘优秀电影新作及新锐导演。该电影节见证了许多导演从
初出茅庐的电影新手成长为一代电影“宗师”。本届新导演/新电影节将由纽约现代艺
术博物馆（Museum of Modern Art）和林肯中心电影协会（Film Society of Lincoln
Center）合作举办，挑选来自全球各地优秀故事片或短片作品，呈献给广大观众。推荐
作品有《少女日记》（The Diary of a Teenage Girl）和《聋哑部落》（The Tribe）
，前者讲述一名少女秘恋母亲男友、逐渐迷失自我的故事；后者是一部默片，将故事背
景设在一所聋哑学校，该电影在第27届欧洲电影奖获“年度发现奖”提名，第19届釜山
国际电影节获“未来景象奖”提名。
新导演/新电影节
新导演/新电影节
时间：3月18日至3月29日。
网... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 46 大苹果活动看板（9/12）
Sept 14, 2015, 12:42 PM
戏剧·表演
BAM Next Wave Festival 2015音乐学院“后浪节” ★★★★★
该活动由布碌仑音乐学院主办，已成为纽约前沿的艺术活动之一，将展示全世界优
秀的舞蹈、戏剧、电影以及文学创新作品。值得注意的是，台湾云门舞集的舞剧 《稻
禾》 (Rice)将在BAM的活动中举行美国首演，演出时间为9月16到19日晚7点半。以东台
湾池上米为创作灵感的《稻禾》作为云门创团40周年纪念舞作，自2013年推出后颇受各
界好评。该舞剧透过林怀民深厚的编舞底蕴，把舞团与台湾土地及人民做了最佳链接。
时间：9月16日至12月20日。
地点：布碌仑音乐学院（Brooklyn Academy of Music）。
地址：30 Lafayette Ave. Brooklyn, NY 11217。
交通：地铁2、3、4、5、B、Q、N、D、R线到Atlantic Av-Pacific St站。
网站及订票：www.bam.org。
Coney Island Film Festival 康尼岛电影节 ★★★★
时间：9月... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 47 大苹果活动看板（11/1）
Nov 2, 2015, 12:41 PM
分享:
戏剧·表演
Lulu 大都会歌剧新作《露露》 ★★★★★
《露露》是奥地利作曲家阿尔班·贝尔格一部未完成的歌剧，由著名艺术家和导演
威廉·肯特改编，女高音马利斯·彼得森担任主演，也是2015-16大都会歌剧表演季中
的六部新剧之一，讲述了一位不顾道德规范的奔放女子使她周围的男子一一绝望，最后
自己也在悲惨中死亡的故事。
时间：11月5日到12月3日。
地点：林肯中心大都会歌剧院（Lincoln Center The Metropolitan Opera）。
地址：30 Lincoln Center Plaza, New York, NY 10023。
交通：地铁1号线到66th Street - Lincoln Center站。
费用：27-320美元。
网站：www.metopera.org。
Gilbert Conducts All-Mozart 莫扎特专场音乐会 阿伦·吉伯特指挥 ★★★★★
由著名指挥家阿伦·吉伯特担纲指挥，纽约爱乐乐团将为莫扎特迷们倾情演奏莫扎
特经典作品，有 《第二园号协奏曲》 ... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 48 大苹果活动看板（1/17）
Jan 19, 2016, 12:52 PM
戏剧·表演
Parsons Dance 帕森斯舞团表演 ★★★★★
著名美国现代舞舞团——帕森斯舞团诞生于1985年的纽约。此次它将在乔伊斯剧院
驻扎演出2个星期，带来8部力与美相结合的精彩作品，其中舞蹈《Finding Center》为
纽约首演，《Caught》为世界首演。其中1月21日的表演后还有一场讨论会。
时间：1月20-31日。
地点：乔伊斯剧院（The Joyce Theater）。
地址：175 Eighth Ave. Manhattan, NY 10011。
交通：地铁1号线到18街站或A、C、E线到14街站。
费用：10-60元。
网站：www.joyce.org。
Brooklyn Tribute to Dr. Martin Luther King, Jr. 2016 布碌仑纪念马丁·路
德·金 ★★★★★
这是BAM举办的第30届纪念活动，也是纽约市内最大的马丁·路德·金公众纪念活
动。Michael Eric Dyson将带来主题演讲，Kimberly Nichole和布碌仑唱诗班也将带... 阅读全帖 |
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w****b
发帖数: 623 | 49 I forgot to mention both are vul -- it'd be easier in other
vulnerabilities.
For those who are not familiar with board-a-match, the idea
is you compare with your teammates, and get 1 pt if you win
the board, 0 if lose, and 0.5 if push. This is generally
regarded as the most grueling and challenging among all
types.
There's an interesting anecdote regarding BAM. Running
concurrent with the Open BAM is the women's BAM. The chinese
women's team was in Boston playing the 1999 Fall national.
The coac |
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h******d
发帖数: 4761 | 50 谢谢牛仔， Gamo也比BAM好呀， 不过gamo可是比BAM还便宜呢。
牛仔给俺BAM，gamo推荐各一个吧，俺其实也就是想打个兔子，小鸟什么的。
在basspro看过好几个GAMO，.22 1000 fps 也就160-170.
谢谢牛仔了。 |
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