j******1
发帖数: 1315 | 1 只要能编出个故事来能发表就能Binding，否则就不能 |
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b******e
发帖数: 3348 | 2 除了用sds-page外，高盐和低pH是不是也有效果，查了一下网上，有篇文章说过低的盐
好像也能破坏biotin-strepavdin的binding.彻底搞糊涂了。
谢谢！ |
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s********8
发帖数: 619 | 3 试了下,找出来一堆啊,这个会不会有很多false positive?
有没有人用过这个Mulan:
http://mulan.dcode.org/
It identifies transcription factor binding sites evolutionarily conserved
across multiple species.
但是我没搞明白怎么用啊,请高手指点. |
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s********8
发帖数: 619 | 4 先谢谢楼上各位的回复!找到了一些ChIP的data,照这个找到了我感兴趣的TXN factor的
两个potential binding site. |
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l****j
发帖数: 70 | 5 我用一种抗体检测出了两条带，一般都认为目的条带在25KDa左右，但是我发现在50KDa
上面还有另外一条，left line是对照组，right line是过表达另外一种蛋白质后，
25KDa的表达减少，50KDa上面的条带表达增多而且分子量更高了，
这是什么情况？是蛋白质修饰 or 两种蛋白质binding or self-dimer?怎样能检测出来
？
哪位有经验的前辈帮忙分析一下吧，先谢过 |
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l****j
发帖数: 70 | 6 以前试过IP了，IP的过表达蛋白质的HA-tag，IB的我第一个图贴的抗体,分子量都在25
左右，但是这俩蛋白质一个在内质网一个在线粒体，不知道怎么binding到一起的，
如果直接在PVDF膜上测序，能得到可靠的数据吗？ |
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l****j
发帖数: 70 | 7 欢迎讨论啊！
我做蛋白但也是外行，很多不懂的。
我真正关心的并不是dimer的问题，如果是两个不同蛋白质之间binding就更好了。 |
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m***o
发帖数: 272 | 9 分析一个gene的promoter，另一个lab帮做DNA的甲基化。发现他们设计的引物不是编码
链的。如果DNA的一个位点methalytion，那么另一条链对应的DNA也一样methalytion
吗。如果这样的话，他们的结果就没错，如果不，那就是要重新设计引物了。引申的问
题就是 TF bind 一条还是double DNA strand?
xiexie! |
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H****N
发帖数: 997 | 10 It does not matter which strand the primer is from. The methylaton on either
strand can always be detected. Most TFs binds to both strand of DNA, but
there are exceptions. |
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j****x
发帖数: 1704 | 11 transcriptional factors are Double-strand DNA binding proteins |
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b********i
发帖数: 73 | 12 Hello, does anyone know which program I should use to identify the
transfection binding sites for specific gene? A little bit more detailed
instructions will be highly appreciated! Thanks a lot! |
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s********x
发帖数: 472 | 13 想找一对不影响细胞自然功能的人造蛋白-蛋白binding partner。
现在只知道有nanobody和GFP可以用。不知道还有没有类似的好用的蛋白对？是否有什
么好的reference可以参考？
万分感谢大牛赐教。 |
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s********x
发帖数: 472 | 14 GST是结合Glutatione，是个小分子 怎么算protein binding partner？
同理， rampamycin 介导的 FKBP， FRB也有问题，因为需要加rampamycin。 |
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w********a
发帖数: 324 | 15 有什么比较好用的软件或者网上的程序，可以分析bacteria 的Ribsome binding site
sequence？？
看网上说有一个叫RBSFinder，但是现在好像下不到了。有人可以share一下吗？谢谢 |
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H*******i
发帖数: 196 | 16 很多序列都可以有binding活性 大体上就是互补序列，比如e coli的AGGAGGA。
一般RBS都在ATG上游6bp左右，再远的rbs活性是指数下降的。距离15bp-20bp只有1/100
到1/1000的活性。
salis的工作是可以在某些情况下计算translation相对起始速率（evaluate和Predict:
Operon Expression？ 后面那个我没用过），不够你的要求么？ |
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r**a
发帖数: 121 | 17 我们研究的一个蛋白，有一个HTH motif
以前的文章证明它可以in vitro结合DNA，但是10多年来一直没有后续进展
我们觉得，它可能实际上结合的是RNA
它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
同时有报道它可以和ribosome结合，可能通过RNA方式
现在，我们不知道它倒底结合什么RNA
有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢？ |
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a********k
发帖数: 2273 | 18 yeast three hybrid
我们研究的一个蛋白，有一个HTH motif
以前的文章证明它可以in vitro结合DNA，但是10多年来一直没有后续进展
我们觉得，它可能实际上结合的是RNA
它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
同时有报道它可以和ribosome结合，可能通过RNA方式
现在，我们不知道它倒底结合什么RNA
有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢？ |
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r**a
发帖数: 121 | 19 谢谢各位的建议。
目前，我们还不准备做RNA-seq,觉得耗费是不是太大了
我们第一步，只是想证明这个是RNA binding的蛋白
我们目前有一个myc tag的蛋白，在转在果蝇里面（我们是做果蝇的），而且是
functional的，所以可以用这个抗体，但是在果蝇里面好象没有好的办法标记RNA （我
不知道能不能尝试，用oligo dT的beads，pulldown，能不能拉下我的蛋白？）
还有一个，我们已经在那个HTH motif做了点突变，有几个突变体有很好的现象，
所以我们还想进一步证明，这个作用是通过这个区域进行的。
所以，只要是一个体外的实验，证明上面两点就可以了。
midwestPhD大哥的方法不错，就是我个人对这个EMSA有点怵（听说挺麻烦的），以前硕
士的时候帮一个师兄一起搞过，没有做出来。 |
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s******r
发帖数: 1245 | 20 clip肯定能pull到rna的，很多都是非特异，需要对比wt和rna binding domain
mutated两个样品间的区别，知道target的可以用realtime测，不知道target的只能上
array或者seq看 |
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B*********g
发帖数: 18 | 21 I want to test if a protein has ATP binding or hydrolysis activities. Does
anybody know a nonradioactive kit or assay for these experiments? Thanks
very much. |
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K******S
发帖数: 10109 | 22 Google thermo activX activity based protein profiling kit. ATP or gtp probe
to label protein
：I want to test if a protein has ATP binding or hydrolysis activities. Does
：anybody know a nonradioactive kit or assay for these experiments? Thanks |
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c***y
发帖数: 615 | 23 我倒是在想，这些binding element database, 到底有多完整呢？ |
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发帖数: 1 | 24 TF binding属于epigenetics的一部分。既然是epigenetics，和timing，context很有
关系。你换个cell line，或者不同组织，在不同发育阶段，环境下，都会变化。
而这些所谓的database，包括ENCODE，就算都是真的，最多也就代表人家那个timing&
context的情况，换做你自己做的完全不同。所以哪怕是ENCODE project，我相信它的
accuracy，但是作为database对我们研究的帮助，其实不大。
总之，我个人完全不太相信这些online database；还是要相信自己的data。当然了，
正好碰到overlap的可以提出来，编编故事。仅此而已。 |
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k***i
发帖数: 662 | 25 August 9, 2007
BIOCHEMISTRY
Bent DNAs Help Probe DNA-Protein Binding
New class of artificial DNAs could help assess structure-specific DNA recognition
Celia Henry Arnaud
Many DNA-protein interactions involve structural distortions of the DNA helix. A new class of artificial DNAs, called "modular bent DNAs," could help systematically assess the role that DNA bending plays in these interactions, according to a recent study (J. Am. Chem. Soc., DOI: 10.1021/ja071335k).
2′-Deoxyuridylate dimer, n = 1 |
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d*******l
发帖数: 2567 | 26 【 以下文字转载自 NanoST 讨论区 】
发信人: demonbull (牛魔王/Darth Vader), 信区: NanoST
标 题: 包子酬谢：谁有纳米碳管的计算DOS的tight-binding模型
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jun 23 17:01:15 2009, 美东)
单壁，多壁都行，最好有多壁的（>2就行）。
有C,Matlab程序最好了。 |
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s**d
发帖数: 22 | 27 Does copper ion bind to bare CE capillary in basic buffer?
If so, is there any way to clean the capillary?
thanks |
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y***l
发帖数: 1095 | 28 有一个学生每次提交的样品做ESI-MS，都得不到他想要的分子量，差的乱七八糟的，有
时多20，有时多出几十甚至上百的分子量出来，我也不知道都是什么东东。他经常提问
题，我也不是很清楚答案。比如说他问Will ACN bind to organic molecules?
请教大家。 |
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u***n
发帖数: 1263 | 29 就是测配体和金属的binding constant,从酸碱滴定的，
哪个大拿知道。 |
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w********m
发帖数: 22 | 30 请问做protein binding的modelling前景怎样？谢谢！ |
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d*******l
发帖数: 2567 | 31 【 以下文字转载自 NanoST 讨论区 】
发信人: demonbull (牛魔王/Darth Vader), 信区: NanoST
标 题: 包子酬谢：谁有纳米碳管的计算DOS的tight-binding模型
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jun 23 17:01:15 2009, 美东)
单壁，多壁都行，最好有多壁的（>2就行）。
有C,Matlab程序最好了。 |
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p**f
发帖数: 34 | 32 终于找到聊天室产生bind error的trigger...站长们是否有兴趣听一听呢
或者我直接在这公布..大家都可以分享把所有人踢出聊天室的快感.
BTW:最好把guest 踢guest的权限也改掉.天天有人踢guest玩. |
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r*****n
发帖数: 3014 | 33 这些你的agent应该会告诉你啊。
1. binding contract 是否就是最终的contract，还是closing的当天还有最终的正式的
contract要签？ |
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w*******y
发帖数: 60932 | 36 Dick's Sporting Goods (in store only) has many of their 2011 snow gear on
clearance. Many boards are $100 off then another 50% off. Not all boards
are on sale, but most were.
I picked up a 2011 Burton Hero (last one in stock at my store-Fairfax VA)for
$170 w/ tax and a K2 Raygun for $120. (at the Gaithersburg, MD Store). I
also picked up a pair of Burton Mission EST bindings for $80! Unreal!
I have a friend who also picked up a hero for $170 in Missouri, so I assume
this deal is going on all... 阅读全帖 |
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w*******y
发帖数: 60932 | 37 *Starts at 8:30 am Pacific*
Everyday Source
100-pc CD / DVD Sleeves with 2 Binding Holes in Assorted Colors:
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g*****9
发帖数: 4125 | 38 This is a good place to buy since price are low now (70% off on most 2009 stuff) and free shipping on $100+ orders.
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f**d
发帖数: 768 | 40 这是一本计算神经科学的优秀著作，全文拷贝这里（图和公式缺），有兴趣的同学可以
阅读
如需要，我可以分享PDF文件（－－仅供个人学习，无商业用途）
From Computer to Brain
William W. Lytton
From Computer to Brain
Foundations of Computational Neuroscience
Springer
William W. Lytton, M.D.
Associate Professor, State University of New York, Downstato, Brooklyn, NY
Visiting Associate Professor, University of Wisconsin, Madison
Visiting Associate Professor, Polytechnic University, Brooklyn, NY
Staff Neurologist., Kings County Hospital, Brooklyn, NY
In From Computer to Brain: ... 阅读全帖 |
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G****e
发帖数: 1912 | 41 https://www.theepochtimes.com/scientific-puzzles-surrounding-the-wuhan-novel
-coronavirus_3225405.html
Scientific Puzzles Surrounding the Wuhan Novel Coronavirus
BY YUHONG DONG February 3, 2020 Updated: February 6, 2020FONT BFONT SText
size Print
Analysis
The sudden outbreak of the Wuhan Novel Coronavirus (2019-nCoV) has resulted
in all of China’s Hubei Province and three major cities in Zhejiang
Province being subjected to quarantine. Other nations are anxiously trying
to get their people out o... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 42
The occurrence of concentrated pneumonia cases in Wuhan city, Hubei province
of China was first reported on December 30, 2019 by the Wuhan Municipal
Health Commission (WHO, 2020). The pneumonia cases were found to be linked
to a large seafood and animal market in Wuhan, and measures for sanitation
and disinfection were taken swiftly by the local government agency. The
Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and Chinese health
authorities later determined and announced that a novel coro... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 43 IMHO, to find novel drug delivering methods might be better ways to conquer
cancer comparing to studying the mechanisms of cancer initiation and
progression.
Nature 491, S58–S60 (22 November 2012)
Nanotechnology: Carrying drugs
When Joseph DeSimone makes nanomedicines, he compares himself to a baker. He
mixes drugs with different chemical 'batters', puts them in tiny moulds,
cures them and then turns them out. He can mould almost any shape: discs,
cubes, long sticks, roughened doughn... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 44 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: ttd (oldcat), 信区: Biology
标 题: better way to conquer cancer
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 16 14:57:14 2013, 美东)
IMHO, to find novel drug delivering methods might be better ways to conquer
cancer comparing to studying the mechanisms of cancer initiation and
progression.
Nature 491, S58–S60 (22 November 2012)
Nanotechnology: Carrying drugs
When Joseph DeSimone makes nanomedicines, he compares himself to a baker. He
mixes drugs with different chemical 'batters', ... 阅读全帖 |
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p**z
发帖数: 65 | 45 首先，我同意 Python 里的 name 也叫做 variable。Python 自己文档里面就是混用的
。但是它的真正行为确实是一个名字，跟其他 statically typed 语言的变量有所不同
。另外，原帖中 by value 和 by reference 的表述并不准确，因为那是我以 VB.NET
的行为来打比方的，并没有严格按照这两个术语的原意。
我简单看了一下 Python 和 Java 的文档，觉得它们还是有很大不同的。
对于 Python，可以看一下它的 language reference, 3.1. Objects, values and
types, 以及 4.1. Naming and binding。如果我理解没有错的话，Python 没有简单数
据类型，所有的数据都是对象。每个对象有自己的唯一的身份（不可改变），类型（不
可改变），内容（有些 immutable，比如整数，浮点数，字符串；有些 mutable，比如
list，dictionary）。Python 是 dynamic typing 的，就是说一个名字（变量）使用
前不用声明数据类型。它的实... 阅读全帖 |
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n***h
发帖数: 11 | 46 照我的记忆说来：
yeast 2 hybrid system是两个蛋白之间的binding
yeast 1 hybrid是蛋白质和DNA之间的binding ，就象ras说的，测出的是bait和
fragment之间的结合，可以象ras说的那样fragment是library, 来找和已知蛋白
结合的特定element，也可以特定的fragment，转cDNA library进去，找和这个
fragment 结合的蛋白。 （infact that's what I did)
回来说2hybrid。transcriptional factor一般至少有两个domain: binding domain
和activition domain. binding domain binds to DNA elements, while activation
domain activates the transcription of downstream genes. 我们要测试蛋白A
和蛋白B是否bind, 就做以下两个construct：
—————————— —————————... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 354 | 47 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 48 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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b****n
发帖数: 8 | 49 Address:
Email:
Cell phone:
Work phone:
Oct 28, 2013
Department of Homeland Security
USCIS Nebraska Service Center
P.O. Box 87103
Lincoln, NE 68501-7103
I-140 Immigration Visa Petition Under First Preference EB-1
Petitioner/Beneficiary: XX Z., Ph.D.
Category of Petition: Alien of Extraordinary Ability
Classification Sought: 203(b)(1)(A)
Nature of Submission: Original Submission
Dear Immigration Officer,
This letter is respectfully submitted in s... 阅读全帖 |
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b****n
发帖数: 8 | 50 Address:
Email:
Cell phone:
Work phone:
Oct 28, 2013
Department of Homeland Security
USCIS Nebraska Service Center
P.O. Box 87103
Lincoln, NE 68501-7103
I-140 Immigration Visa Petition Under First Preference EB-1
Petitioner/Beneficiary: XX Z., Ph.D.
Category of Petition: Alien of Extraordinary Ability
Classification Sought: 203(b)(1)(A)
Nature of Submission: Original Submission
Dear Immigration Officer,
This letter is respectfully submitted in s... 阅读全帖 |
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