b******n
发帖数: 4225 | 1 bioedit可以做，
但是bioedit的问题是将graphic view直接放入illustrator后分辨率下降太多
还需要转换一下 |
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G********g
发帖数: 226 | 2 原来一直用BioEdit
换了windows 8.1之后bioedit就基本用不了了
Vector NTI做序列比对很烦，必须先建立文件才行
请问有没有什么好的序列比对软件推荐啊？
谢谢！ |
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C*I
发帖数: 4736 | 3 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 4 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 5 Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pandemic caused by severe acute respirator... 阅读全帖 |
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x******8
发帖数: 350 | 6 安装了Fedora 20，想找找类似DNASTAR、Bioedit类的软件，结果还不太好找。各位，
麻烦给我推荐几款类似Windows下用的生物学软件啊。
目前找到了Cluster X, MUSCLE。就是类似上面的2款还没有找到，愁
求指点 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 7 喜欢Fermentas的酶。RE都换成FastDigest格式的，全部缓冲液通用，和其他修饰酶也
可以通用，做什么都不用换缓冲液，而且连loading dye也给你加好了，非常适合我这
种懒人。T4连接酶，号称室温五分钟（我没试过这么短的）。
克隆载体方面Fermentas有个pJET，便宜又好用，传统的平端T4连接，但是效率很高，
我每次只连15-30分钟，就长出很多克隆。阳性率100%，假阳性率0%，我有时甚至都可
以省下筛选这一步，直接养菌抽质粒了。美中不足的是载体上的常见的酶切位点少了点
。与之相比的QIAGEN的pDrive，也挺好用，但是阳性率不是那么高，。每次还是不得不
挑那么四五个菌落来做PCR鉴定。Invitrogen的TOPO TA载体们，我们实验室和隔壁实验
室用起来都很不顺利，我现在弃之不用。
Invitrogen的Gateway载体们，虽然贵，没办法，只能买他们的，感觉Gateway这么方便
的东西还是只此一家。效率不高，有时会出问题，但是勉强够用了。我曾自己试图构建
类似于pDONR的载体，失败，原因复杂，一言难尽。不喜欢NTI，宁可用最土的BioEdit |
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k***i
发帖数: 11 | 8 只要一些简单的edit功能就行
bioedit用的要吐血
vector NTI又没有license
有没有什么好用的共享软件推荐啊 |
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s*****m
发帖数: 168 | 11 anyone know some good sequence analysis tools for linux ? (like MEGA ,
BioEdit in win) ?
thank you. |
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e****e
发帖数: 3450 | 14 My friend launched an proofreading/editing service for scientist. She was an
oxford Rhode scholar, has a Ph.D in neuroscience, trilingual and has been
doing translation for several years. Thought some of you may be interested.
Begin forwarded message:
Ｗe are Oxford BioEdit, a newly founded international biomedical editing
service established by Oxford University alumni scientists. We can offer you
many years of experience as biomedical editors, combined with a strong
academic background in scien... 阅读全帖 |
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e****e
发帖数: 3450 | 15 My friend launched an proofreading/editing service for scientist. She was an
oxford Rhode scholar, has a Ph.D in neuroscience, trilingual and has been
doing translation for several years. Thought some of you may be interested.
Begin forwarded message:
Ｗe are Oxford BioEdit, a newly founded international biomedical editing
service established by Oxford University alumni scientists. We can offer you
many years of experience as biomedical editors, combined with a strong
academic background in scien... 阅读全帖 |
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b******n
发帖数: 4225 | 16 试了将对比的文件.aln下载下来用bioedit处理
好像能达到目的 |
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s********n
发帖数: 2939 | 17 最近刚转到MacOS下，以前一直用BioEdit和VectorNTI，但它们都不支持MacOS。Mac有
没有相应简单易用的软件？不想使用虚拟系统。
TXH! |
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z*******9
发帖数: 112 | 21 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更强大的align软件，谢谢！！ |
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j****x
发帖数: 1704 | 22 如果我没有理解错的话，你需要对3000条长度3kb左右的序列进行多序列比对，是这样
吧？
这里的计算量不小，普通PC处理起来并不轻松，尤其是使用经典的clustal算法（
bioedit和mega应该都用的这种算法），由于存在两两比对并建树的过程，时间/空间复
杂度很高，内存不足很容易就溢出了。
对于这种情况一般推荐使用Muscle，如果序列之间的相似度较高（既然都是来自病毒的
同种片段），可以采用“最快”模式（牺牲一定的准确性），时间复杂度可以降低到O(
NL^2),意味着时间和序列数成线性关系。clustal上可能跑需要一年的工作，不到半个
钟头就能搞定了。当然，由于空间复杂度仍然较高，对内存还是有很高的要求，anyway
，眼下内存早都白菜价了。 |
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H*g
发帖数: 2333 | 23 If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
the one with the best score.
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更........ |
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g***j
发帖数: 40861 | 26 比如bioedit打开有1万个aligned序列，我想把这1万个序列的第800到第1200bp进行
phylogenetic分析,该怎么做 |
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x******8
发帖数: 350 | 27 安装了Fedora 20，想找找类似DNASTAR、Bioedit类的软件，结果还不太好找。各位，
麻烦给我推荐几款类似Windows下用的生物学软件啊。
目前找到了Cluster X, MUSCLE。就是类似上面的2款还没有找到，愁
求指点 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 28 这个软件很小的，功能也不算多。倒是Geneious，虽然也不大，但是非常吃内存。不过
平心而论，Geneious是我用过的最好的软件了。如果你对这一类都不习惯的话，那就用
wine+BioEdit，瞬间达到跟Windows下一模一样的效果。 |
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