G***y
发帖数: 1082 | 1 对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边，是
生物还是计算机。
如果你喜欢的是生物，你要找到你感兴趣的，可以用生物信息学方法解决的生物问题，
比如rare SNP对疾病的贡献。
如果你喜欢的是计算机或者算法，你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
何提高现有的算法，比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
这两个方向虽说都归在生物信息下面，但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie；然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
；然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的；以后用的到。而我们这种... 阅读全帖 |
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S**********l
发帖数: 3835 | 2 没关系的。别郁闷了。其实本科毕业，要是学生自己没兴趣的话什么都做不了，不管是
bio还是CS的。自己闲下来的时候提高提高就可以了。
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie；然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
；然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的；以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program，感觉是个人
就可以学会。
鸡，一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般，很小很新，都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的，你们都有上很正规的CS的
course么？还是说CS这个东西，就是自己瞎捣弄就ok了？
摸索。所... 阅读全帖 |
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S*M
发帖数: 10832 | 3 能把别人的算法发扬光大了，也是不错的事情
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie；然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
；然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的；以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program，感觉是个人
就可以学会。
鸡，一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般，很小很新，都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的，你们都有上很正规的CS的
course么？还是说CS这个东西，就是自己瞎捣弄就ok了？
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program；但... 阅读全帖 |
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w*****y
发帖数: 3900 | 4 可以去修math/stat的课程
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
都没有。感觉人家CS的，学到了技术，学到了那就是自己的；以后用的到。而我们这种
随便run个人家写好的program，感觉是个人就可以学会。
鸡，一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般，很小很新，都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的，你们都有上很正规的CS的
course么？还是说CS这个东西br />
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program；但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master，自己又没钱；而且担心身份出问题 |
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N******n
发帖数: 3003 | 5 很多生物信息学program或者faculty都是半路出家，水平可想而知。但是，他对个人的
要求很高，起码是EE，CS的本科基础知识，加上生物的课程，当然还有编程和数据库的
经验，没有4-5年，很难。
现在网络的资源很多，都很容易学的到。
至少要统计硕士的课程， cs算法课程，还有，一些sampling method, Bayesian,
optimization....这些是基本的工具。
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie；然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
；然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的；以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program，感觉是个人
就可以学会。
鸡，一点都不科... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 6 NIU.
do you have tutorial about how to use bwa and samtools?
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
都没有。感觉人家CS的，学到了技术，学到了那就是自己的；以后用的到。而我们这种
随便run个人家写好的program，感觉是个人就可以学会。
鸡，一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般，很小很新，都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的，你们都有上很正规的CS的
course么？还是说CS这个东西br />
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program；但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master，自己又没钱；而且担心身份出问题 |
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l***s
发帖数: 841 | 7 Almost all biotech/pharma companies need a bioinformatics group. So you don'
t have to find specifically for a "bioinformatics" company. I previously
worked in a biotech company and hired a few bioinformaticians into my
bioinformatics group.In general you need good programming skills and general
understanding of biology. Computational skills are not as important as your
programming skills. But make sure H1B is not a problem for you (I think you
can work on OPT). Usually I would simply skip those... 阅读全帖 |
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b*******m
发帖数: 3 | 8 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: bioinform (ngs), 信区: Postdoc
标 题: postdoc position available in bioinformatics
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 20 00:44:34 2012, 美东)
Hiring unit:
Garmire Group (PI starting 09/01/2012, the postdoc position available 09/01
or later)
University of Hawaii Cancer Research Center
Job description:
Located on the beautiful sea shore of Honolulu, Hawaii, overlooking the
Pacific Ocean, the University of Hawaii Cancer Center (UHCC) is one of only
66 research organizations in the coun... 阅读全帖 |
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P*****D
发帖数: 141 | 9 在排名20-30学校医学院PHD毕业，薄厚3年多，2个宝宝的宝妈。最近lab快没钱了，下
一步不知何去何从。想学一个bioinformatics 的master，不知道自己能不能学下来，
想先自己看看这方面的书。请推荐 Bioinformatics 的经典入门书。
bioinformatics 这个领域有没有像 Molecular Biology of Cell这样的书？如果能理
解地读完，可以大致判断拿学位没问题。
先谢谢大家！ |
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J****S
发帖数: 15 | 11 Pls contact: d******[email protected] for more information
Report to: Assoicate Director
Key Accountabilities/Responsibilities:
1. To understand disease mechanism, identify novel target and discover
disease signature through performing comprehensive genomics and genetics
analysis including RNA_seq, exon_seq, epigenetic, microarray and proteomics
as well as biological network analysis;
2. To provide full knowledge and evaluate potential therapeutic target
through integrating propriety/public biologi... 阅读全帖 |
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m*********u
发帖数: 1491 | 12 纯生物PhD马上毕业，一直都是做实验的，有非常少的data analysis的背景。
-- Congratulations!
不知道自学点programming的东西能不能找个做bioinformatics的实验室做postdoc啊？
-- Your goal is find a high pay job ASAP.
-- 自学点programming的东西? is not the best or quickest way to find a high
pay job.
-- 自学就是在耽误你挣高薪的时间，机会成本浪费巨大。
-- 本来三到六个月后你就可以高薪上班了。你自学一年，六个月的工资就扔了。
-- 别人已经工作六个月，都跳下一个好位子了，你才刚刚开始找。 而且你仍不知道如
何找。就是有面试，你也不知道怎么说。机会白白流失掉。你还要从头来过。
能不能找个做bioinformatics的实验室做postdoc?
-- How many places use bioinformatics? NOT many compares with huge amount of
industry ... 阅读全帖 |
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n*****3
发帖数: 514 | 13 现在bioinformatics行情到底如何啊， 现在面临找工作， 统计 Ph.D, 做的是
bioinformatics的工作， 做过七年的生物 bench work, 对 molecular biology,
biochemistry, genetics， structure of proteins 还是比较熟悉。 写程序还行，
自己写过一些算法（主要是perl, R）. 有个 SAS advanced certification. 现在纠结
是彻底放弃生物， 就找统计工作, 还是找bioinformatics工作（这个自己经验多些）
。 统计知识是可以， 但是大部分research project是生物相关的 |
|
c****l
发帖数: 53 | 14 我周围很多学生物的朋友, 他们想转生物信息, 我是比较鼓励的, 因为学生物时间长了
, 对数学和编程等这些东西很难适应, 主要是整个思维方式都不同, 所以生物转生物信
息是个不错的选择.
但像你统计PhD,很多工作都可以干, 比如data scientist, 何必要跳到生物这个坑呢?
总的来说, bioinformatics工作机会是很多,但基本都是博后这一类的职位, 很多实验
室都做一些NGS的实验, 想找一两个人分析数据, 所以总的来说需求是很大的,但工资都
很低(我了解的bioinformatics薪水基本是6-8万, 而data scientist基本都是8-12万,
还有更高的,比如finance,我最近看到一个公司base 12万,compensation 10万+, 我从
glassdoor上查的),而且长远来说, 以后转什么都不太好. 而且现在大部分做
bioinformatics的工作,基本就是用现成的工具,加上一点Python等程序, 就可以搞定大
部分问题, 说白了其实没什么技术含量. |
|
C*****s
发帖数: 292 | 15 My two cents:
Bioinformatics can be a good direction if you are interested in it. The pay
varies a lot. If you are interested in getting more financial rewards in
this field, you have to go to industry, and Ph.D. is not required.
My own experience:
Ph.D. in bioinformatics, work for industry. I have 10 employees, including
both CS, bioinformatics, and biomedical engineering. Salary is the similar
for Ph.D. or M.S, regardless of their major. |
|
r**********e
发帖数: 587 | 16 前辈你赶紧说说bioinformatics如何转data science/big data的经验吧。
很赞同你说的bioinformatics是个性价比很高的过渡，可拿绿卡，可锻炼computation/
math的能力，工资也比一般博士后高。
我自己目前bioinformatics phd，但感觉自己都是在跑其他人现成的program，反而是
需要很深的生物医学的知识来进行有效数据的挖掘。有挺多NGS的hand-on经验，但编程
，数学能力实在。。。。就不说了。。不知道能否说说以后转big data的经验呢？ |
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n*****3
发帖数: 514 | 17 现在bioinformatics行情到底如何啊， 现在面临找工作， 统计 Ph.D, 做的是
bioinformatics的工作， 做过七年的生物 bench work, 对 molecular biology,
biochemistry, genetics， structure of proteins 还是比较熟悉。 写程序还行，
自己写过一些算法（主要是perl, R）. 有个 SAS advanced certification. 现在纠结
是彻底放弃生物， 就找统计工作, 还是找bioinformatics工作（这个自己经验多些）
。 统计知识是可以， 但是大部分research project是生物相关的 |
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c****l
发帖数: 53 | 18 我周围很多学生物的朋友, 他们想转生物信息, 我是比较鼓励的, 因为学生物时间长了
, 对数学和编程等这些东西很难适应, 主要是整个思维方式都不同, 所以生物转生物信
息是个不错的选择.
但像你统计PhD,很多工作都可以干, 比如data scientist, 何必要跳到生物这个坑呢?
总的来说, bioinformatics工作机会是很多,但基本都是博后这一类的职位, 很多实验
室都做一些NGS的实验, 想找一两个人分析数据, 所以总的来说需求是很大的,但工资都
很低(我了解的bioinformatics薪水基本是6-8万, 而data scientist基本都是8-12万,
还有更高的,比如finance,我最近看到一个公司base 12万,compensation 10万+, 我从
glassdoor上查的),而且长远来说, 以后转什么都不太好. 而且现在大部分做
bioinformatics的工作,基本就是用现成的工具,加上一点Python等程序, 就可以搞定大
部分问题, 说白了其实没什么技术含量. |
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C*****s
发帖数: 292 | 19 My two cents:
Bioinformatics can be a good direction if you are interested in it. The pay
varies a lot. If you are interested in getting more financial rewards in
this field, you have to go to industry, and Ph.D. is not required.
My own experience:
Ph.D. in bioinformatics, work for industry. I have 10 employees, including
both CS, bioinformatics, and biomedical engineering. Salary is the similar
for Ph.D. or M.S, regardless of their major. |
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r**********e
发帖数: 587 | 20 前辈你赶紧说说bioinformatics如何转data science/big data的经验吧。
很赞同你说的bioinformatics是个性价比很高的过渡，可拿绿卡，可锻炼computation/
math的能力，工资也比一般博士后高。
我自己目前bioinformatics phd，但感觉自己都是在跑其他人现成的program，反而是
需要很深的生物医学的知识来进行有效数据的挖掘。有挺多NGS的hand-on经验，但编程
，数学能力实在。。。。就不说了。。不知道能否说说以后转big data的经验呢？ |
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发帖数: 1 | 21 “传统bioinformatics基本就是现在流行的NGS data analysis, 而data scientist却
要求很
多machine learning, hadoop等, 感觉大部分bioinformatics接触不到或者不需要这些
东西. ”
说的太对，感受太深。
bioinformatics的技能，就是Linux+HPC+NGS，然后Python scripting + R plot
我过去以为HPC就是big data了
ML有学有用，但不会系统学习到，除非你自己design software
而industry上，big data都是用 Mapreduce/Hadoop/Spark/Scala这一套，跟生物信息
的分分钟都不同
HR |
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发帖数: 1 | 22 bioinformatics是非常好的去处，不光对生物，对很多领域也是非常好的研究领域，尤
其对中小的组和学校
最近几年大数据和深度学习的风潮起来，数据成了一个最重要的方面，NIH最近对生物
大量投入，产生了大量的数据，比如各种roadmap，encode，在DNA 测序方面，大批的
测序数据进入实际应用。最最重要的是，这些数据，都是真正的生产数据。
为什么称为生产数据？因为这些数据都是真实原始数据的，不是为了某些目的处理过的
，除了生物信息，请举个例子，学术界哪里还有这种真实原始的高纬度的数据。对小学
校小课题组，比如做computer vision，能用数据库就是ImageNet等专门的数据库。
ImageNet的意义当然毋庸置疑，但是这个数据毕竟是在真实生产中不存在的，哪里来的
这么多手工加label的training data呢？
对bioinformatics领域来说，是training非常好的一个平台。学生要自己找available
的数据，要自己找可能有效的方法，要自己找能够用的资源，并且要能快速评估结果，
这个training，对PhD学生来说，到了工业界都是trans... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 23 我一直认为 computational biology = bioinformatics
按wikipedia的定义：
Computational biology involves the development and application of data-
analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational
simulation techniques to the study of biological, behavioral, and social
systems
Bioinformatics is an interdisciplinary field that develops methods and
software tools for understanding biological data.
其实，不少人宣称自己会bioinformatics主要是想强调自己的计算和编程能力，能让公
司误会自己会开发算法那就更好了。
算法
在一 |
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发帖数: 1 | 24 我水货bioinformatics phd（水货意思就是训练不够，一半时间在做实验）
现在在转CS，上课，刷题，做project
但我担心如果到时候自己没能找到CS工作，或许还是先去找bioinfor的工作作为过渡
我就想请教，
1. 现在bioinformatics的市场如何呢？很多人说很好，但主要工作还是在academia。
真是这样的么?
2. bioinformatics招聘的流程是类似于CS那种“网投+内推+OA+面试”，还是生物的那
种“publication+老板牛推”模式呢？
或者说他们看中啥呢？我估计industry和academia的不同。academia模式像生物，而
industry的类似CS？ |
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r***t
发帖数: 110 | 25 Two post doc positions are available at University of New Mexico
Comprehensive Cancer Center. The successful candidates will work in an
interdisciplinary environment with experienced oncologists biologists and
computer scientists. The focus of the position is to perform genomic data
analysis, bioinformatics tool development, maintenance, and publish
manuscripts. The candidates must be motivated and work well in a group
environment.
Interested candidates please send CV to [email protected]... 阅读全帖 |
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g*********8
发帖数: 604 | 26 我是计算机系的博士生，做Bioinformatics的研究，主要是研究蛋白质功能和结构预测
。大概半年就可以毕业了，现在也开始考虑找工作的事情了。都说Bioinformatics很热
，可是我发现大部分的工作都是faculty的工作，大家知道如果Bioinformatics找
industry的工作，机会多吗？ 例外，大家找这方面的工作都从哪些地方找到工作信息
呢？ 我这个背景有去制药公司的可能吗？ 望大家多多指教！ |
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g*********8
发帖数: 604 | 27 我是CS的PhD，快毕业了，做Bioinformatics方面的一些研究。主要研究领域包括
Protein function and functional site prediction, deleterious nsSNPs
identificaiton,等。在BMC Bioinformatics，Computational Biologoy and
Chemistry 之类的journal 上发表了一些文章（第一或者第二作者），还有几篇
conference paper。可惜至今还没有Bioinformatics 和 Nucleic Acids Research之类
的文章。还有，本人现在就读3类大学（100名开外），羞愧，希望大家不要砸砖。
求问本论坛一些大侠。我现在快要找工作了，想去制药公司，我的背景可以吗？现在经
济不好，不知道有没有影响。制药公司的工作offer竞争怎么样? 一直做学术方面的，
快毕业了，对前途没有太多的底子。
还有，大家一般找制药公司都在什么网站看posting信息啊！
我是真心求教，希望大家教我！！！ |
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g*********8
发帖数: 604 | 28 做research为什么一定要做postdoc，我见过很多bioinformatics的PhD到大学当教授都
没有做过PostDoc。我没有嫌弃人家是民工。我是说，如果到公司只是做写写程序的事
情，没有research在里面，那和体力劳动没有太大区别，而且也没有必要PhD了。
我是想问，制药公司有没有研究方面的工作需要招Bioinformatics的Phd。当然
Bioinformatics是不能取代真正的药理研究和生化研究，但是可以有所帮助。只是想问
，现在的这方面的位置还有以前那么多吗？因为2000年后的前几年，这个好像满火。 |
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h*******n
发帖数: 16 | 29 大家好，我是猎头Gan，版内大牛们有bioinformatics方向的吗？ 目前在帮一家美国的
药厂在上海找bioinformatics的scientist/senior scientist/principle scientist，
方向在translational medicine。薪水可谈，欢迎大家随时联系我。我的邮箱是gan@
21cnmanager.com.此外，我做的bioinformatics的职位会比较多，对国内这个方面的市
场情况有点了解，如果大家想了解国内的情况，也可以交流一下。 |
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c*****o
发帖数: 7 | 30 The Computational Biology Department supports Drug Discovery and Development
at GSK Pharmaceuticals R&D through the integrative analysis of internal and
external biomedical data, combining strong computational skills with
biological insight. Our analysis competencies are quite diverse with a focus
on target biology, spanning areas such as sequence analysis, comparative
genomics, pathways and networks, molecular evolution, RNA/protein expression
, drug repositioning, disease indications, structur... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 31 phd第六年马上毕业，做bioinformatics/ngs／神经疾病／genomics的；主要工作就是
寻找遗传病以及复杂疾病的致病mutation或者risk loci。一半生物信息一半benchwork
，基于我的bioinformatics发现然后做实验验证。老板是md大牛，不过我对学术和
benchwork已经没有热情，希望找pure bioinformatician job。
所以我想问问
1. 在药厂的bioinformatics的需求多吗？
2. 我fresh phd，没业界经验，也没绿卡，是不是去药厂几乎不可能？
3. 关于computational，我有很多分析big ngs data经验，linux／shell非常熟练，
python和R
都是比较粗浅都水平。对web和sql完全没接触。总之coding能力比CS专业差不少。不知
道药厂对coding要求多高？
谢谢！ |
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r**********e
发帖数: 587 | 32 phd第六年马上毕业，做bioinformatics/ngs／神经疾病／genomics的；主要工作就是
寻找遗传病以及复杂疾病的致病mutation或者risk loci。一半生物信息一半benchwork
，基于我的bioinformatics发现然后做实验验证。老板是md大牛，不过我对学术和
benchwork已经没有热情，希望找pure bioinformatician job。
所以我想问问
1. 在药厂的bioinformatics的需求多吗？
2. 我fresh phd，没业界经验，也没绿卡，是不是去药厂几乎不可能？
3. 关于computational，我有很多分析big ngs data经验，linux／shell非常熟练，
python和R
都是比较粗浅都水平。对web和sql完全没接触。总之coding能力比CS专业差不少。不知
道药厂对coding要求多高？
谢谢！ |
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a****e
发帖数: 150 | 33 statistical genetics作为生统的一个分支和bioinformatics联系非常大. 基本上
statistical genetics 偏重统计方法比如怎么做association analysis, 有
association 怎么做inference,怎么control FWER,FDR. Bioinformatics/
Computational Biology还是注重软件和算法实现.生统还做survival analysis,
clinical trial这些都是bioinformatics不做的.然后protein structural prediction
, sequence alignment生统也不太会涉及. 怎么说呢要做好生统统计知识要学好, 生物
信息计算机要学好.生物知识做辅助. |
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T*******I
发帖数: 5138 | 34 本质上，bioinformatics是试图为基因数据分析提供一套方法论。这就是为什么我说bioinformaitcs与biostatistics是子集与全集的关系的原因。都是从生物学观察与实验（生物学实验从广义上说也是一种观察）的数据中抽象或归纳出普遍结论的方法学。由于观察的随机性和变异性，bioinformatics本质上就是biostatistics。既然biostatistics早已存在于学术界，那么搞出一个新名词bioinformatics就是那些无视或不懂biostatistics人的创造。 |
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Y****a
发帖数: 796 | 35 想请教一下版上的各位牛人
本人是生物背景 本科 PhD 都学生物 现在做postdoc 不准备继续奋斗做PI 所以希望学
点东西给自己充电 扩宽将来就业的方向
对stanford的几个graduate certificate很感兴趣
data mining and applications
clinic research bioinformatics
biomedical research bioinformatics
都要学大概3个课程 所以花的学费和精力都差不多
感觉如果学data mining 将来的应用很广阔 既可以继续在研究所或制药公司里做data
scientist 也可以去别的领域
如果学另外两个 感觉programming的份量比较重 将来主要还是在生物或医学领域
比如学clinic research bioinformatics 可以去制药公司clinic development部门做
clinic trial有关的工作 觉得也会是自己喜欢的工作
不知道各位牛人有没有拿过这些certificate的 知不知道这些program好不好 有没有用 |
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J********7
发帖数: 43 | 36 现在是Bioinformatics Postdoc，科研道路也没太大希望。
准备转行下面两个方向，求建议。
我的情况：
Bioinformatics Phd and 5 year Bioinformatics Postdoc in Genomics and
Sequencing analysis;
485 pending，希望半年内有绿卡;
10+年的Perl /R /Linux 编程背景。（但是主要是课题导向，偏向生物问题的比较多。
算法开发少）
现在工作不是很忙，有大量时间学习新东西。
年龄34
转行的预期：整体行业工资高（自己一个人工作，养两个娃），100k-150k之间.
职业有向管理方面转的可能性（为以后老了作准备）
准备转的两个方向：
1. Data Scientist。 现在好像需求量挺大。
我需要学习Statistics, ML, SQL 之类的。
因为用了10+年Perl，Python不学应该也可以。
2. CS。 一直是转行的热门方向。
需要学JAVA 及其他 语言，刷题。
就是不知道没有CS mas... 阅读全帖 |
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J********7
发帖数: 43 | 37 现在是Bioinformatics Postdoc，科研道路也没太大希望。
准备转行下面两个方向，求建议。
我的情况：
Bioinformatics Phd and 5 year Bioinformatics Postdoc in Genomics and
Sequencing analysis;
485 pending，希望半年内有绿卡;
10+年的Perl /R /Linux 编程背景。（但是主要是课题导向，偏向生物问题的比较多。
算法开发少）
现在工作不是很忙，有大量时间学习新东西。
年龄34
转行的预期：整体行业工资高（自己一个人工作，养两个娃），100k-150k之间.
职业有向管理方面转的可能性（为以后老了作准备）
准备转的两个方向：
1. Data Scientist。 现在好像需求量挺大。
我需要学习Statistics, ML, SQL 之类的。
因为用了10+年Perl，Python不学应该也可以。
2. CS。 一直是转行的热门方向。
需要学JAVA 及其他 语言，刷题。
就是不知道没有CS mas... 阅读全帖 |
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O******s
发帖数: 59 | 38 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: OldHands (老手), 信区: Biology
标 题: 吐槽一个bioinformatics老板
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Sep 12 23:05:54 2014, 美东)
老板自称是做translational bioinformatics的，
其phd也算是正宗machine learning出身的，
但是研究思路上真是不敢恭维，
做完一个database，上线，发个小文章，
再继续做另外一个生物信息database,做个网站，上线，发个文章；
已经拿这种思路申请了两次R01了，结果都没中（中了才怪呢！）
这种研究思路就是打浆糊，除了catalog别人的发现，毫无创新；
最近还要搞drug repurposing,
也是利用前人发的paper，做text mining, 在link到某些drug，
看看能不能把同一类的drug combine起来inhibit一个circuit，
做inhibition modeling,
这种研究思路非常危险，第一，你是假设以前的paper都是正确的；
第二，做m... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 39 请帮忙把下面的信息转给可能感兴趣的学生或博士后。可以私信给我。谢谢了。
The State University of New York at Buffalo is seeking a highly motivated
research scientist in the areas of machine learning and bioinformatics. The
major research focus is on developing and applying machine learning and
mathematics methodologies to address the computational challenges of
analyzing massive genomic data for various biological and ecological
applications.
Requirements:
• Ph. D. degree in bioinformatics, computer science, electrical
engine... 阅读全帖 |
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e*******1
发帖数: 42 | 40 国内朋友的女儿申请硕士被以下学校录取： 1） CMU （Computational Biology), 2）
University of Michigan (Bioinformatics), 3）Columbia (Biostatistics)。目前还
在等Duke Biostaitics 还有好像是西北大学Genetics Consulting。俺不是学这个专业
的。请版上牛人帮忙给些建议，这几所学校如何选择？本科没有什么计算背景，是不是
会学得很苦？Bioinformatics 就业是否很难，出路怎样？ 谢谢！ |
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e****l
发帖数: 318 | 41 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: envypl (sunshine), 信区: Biology
标 题: 求问bioinformatics跟cs的专业选择！谢谢
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 8 15:57:50 2011, 美东)
不好意思又来麻烦大家了！这次国内那小孩又拿到了uic的bioinformatics offer,
这次他有点迟疑，这专业有点偏CS。
另一个offer是CS@Old Dominion University，但是还是做生物相关的研究
他很犹豫，好歹uic的ranking不错，Old Dominion University的综排比较靠后，但是
CS的专业排名在NRC上查是排40。而且很多人说CS毕业了更好找工作。
本科物理，研究生阶段读的生物
谢谢大家了！ |
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t******e
发帖数: 83 | 42 【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
发信人: ttkuaile (le'er), 信区: Boston
标 题: boston地区bioinformatics的工作
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 20 18:03:09 2013, 美东)
CS PHD, 5年HTS bioinformatics 工作经验。夏季要move到boston。不知道boston这个
行业年薪大概多少，有哪些知名的公司？有知道opening position的，告诉我一声啊。
多谢！ |
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h*********c
发帖数: 78 | 43 各位版上的大牛好！我在NYC读bioinformatics，预计今年12月或者明年1月毕业，不想
在学术圈混了，想请教大家转行的建议。先说说我的情况吧：
1. 非牛校，但在NYC还是有一定知名度。两个老板中小老板和业界有些合作，IBM，还
有一些biotech的公司，大老板是犹太人，混的不错，但是我和他有距离感，推荐信没
问题，能不能refer工作就不一定了
2. 做过很多data mining的东西，machine learning有应有过，但是没有自己develop
出algorithm，基本都是用现成的算法，在matlab或者python里实现一下。network
analysis做过很多，主要也是用各种graph algorithm在Java和Python里实现。另外做
过很多statistical learning的东西，classification，clustering，PCA，
statistical inference等等。主要用matlab和python，偶尔不得已才用R。
3. 平时programming主要是Python和Java，脏活累活用python，需要写大... 阅读全帖 |
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m********t
发帖数: 13072 | 44 赞一下，本来这是我想说的话，你先说了，完全同意
heli007居然不知道bioinformatics就是精英高大上学府率先搞出来的，别人只是跟风
而已，
这门学科挺重要的，医学数据现在也到了生死存亡的关头，所以那些最先开设此系的名
牌大学教授，很伟大，高瞻远瞩，20年前就预见到了未来的需求了。
research
bioinformatics |
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m*********e
发帖数: 533 | 45 请问大家知道有什么比较教学和就业比较好的bioinformatics (生物信息）online
Master program （全国或者湾区都行）或者湾区的part-time bioinformatics Master
program? |
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h******t
发帖数: 328 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: hitpoint (hp), 信区: Biology
标 题: 招人bioinformatics software developer
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 23 15:46:20 2016, 美东)
刚从老板那里要来的一个opening。公司在旧金山湾区。项目是denovo assembly。要求
是对bioinformatics略懂，会C++，python编程。我觉得比较适合打算从理科专业转行
的同学。
我们组主要目前正在开发denovo assembly的软件，主要目标是能够结合我们公司的测
序技术来组装human genome，希望能够超过现有的assemblers表现，获得高覆盖度低错
误率。职位本身是入门级的，以实现算法开发程序为主，会有相当多的编程任务。
具体的细节HR还在弄，我先提前来收收简历。有兴趣的请站内短信给我。
Update 3/27
不知道是换了标题的关系还是周末大家比较有时间，回帖一下多了起来。
水平有限，学术讨论就不参加了。回答几个大家关心的问题。
1. 这个职位是不是程... 阅读全帖 |
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g**********y
发帖数: 269 | 47
无论是学cs，还是刷题，都可以，只要coding和algorithm能力拿到就可以了。coding
可以练习的，虽然整体系统设计和对系统产品的理解一时半伙到不到，但是通过coding
入门了，在工作中慢慢提高，有很好前景的。我就是bioinformatics的phd毕业，当然
我们学校的bioinformatics在计算机系，现在我做大数据机器学习这一块 |
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发帖数: 1 | 48 我要说下我的困境，就是本来入的是bioinformatics program；但因为当年funding紧
缺，所以最后去的是MD/PHD大牛那儿。反正大牛有钱（现在哪怕很多生物信息的，也是
大牛出钱，做计算的老师代管）
我做计算NGS发现不少新的东西，然后老板居然忽悠我要我做实验，美名曰“让我成功
，有完整story”；当年我年少无知，就跑去做了两年半实验，浪费我大量时间！现在
想来后悔死啊！现在想想他麻痹就是剥削学生廉价劳动力，要我什么都做！
所以我现在的状况就是感觉半路出家的生物信息phd，跟人家CS系的完全不能比。
做实验苦不堪言！所以我现在要求极其低，只要让我不做实验就可以，找到生物信息博
士后工作就可以了 555555
我的问题是，只会NGS pipeline/linux跑一跑写好程序分析-seq数据，用python处理
script，用R作图，了解各种database。我前半年才开始学machine learning，希望做
点高端
modelling的工作。都不知道能不能找到bioinformatics postdoc工作啊 |
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p****r
发帖数: 104 | 49 A postdoctoral position is open in Dr. Shen’s group at the Mount Sinai
School
of Medicine in New York City. Our research focuses on bioinformatic analysis
of epigenomic data for brain diseases, such as drug addiction and depression
.
The data we work with are mainly short reads from next-generation sequencing
machines, which are generated from Mount Sinai’s sequencing core facility.
We
have accumulated more than one hundred ChIP-seq and RNA-seq run samples,
with
much more coming in the next few ... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 50 【 以下文字转载自 CS 讨论区 】
发信人: multicom (Jack), 信区: CS
标 题: Bioinformatics postdoctoral position at University of Missouri, Columbia
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 23 22:27:22 2012, 美东)
A postdoctoral research position funded by a National Institute Health (NIH)
grant is immediately available in Prof. Jianlin Cheng's group in the
Department of Computer Science at the University of Missouri, Columbia. The
scientist at this position will work on a project to design, develop, and
benchmark cutting-edge computat... 阅读全帖 |
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