G***o
发帖数: 249 | 1 没有clinical data，因为不是筛选药物，还没到这一步。我只是发现一个biomarker，
用这个biomarker来筛选药物。我这个biomarker比较独特，肯定没有第二个人会想到。
至今精神类疾病的药物筛选都是扯淡，主要原因是没有一个好的biomarker，所以无处
下手。我的data是动物模型上的，我以前做postdoc的时候自己琢磨的实验，自己留下
的data，我的老板不知道我有个data，也不知道我做过这个实验。我现在做牙医了，离
开了这个field，但是这个数据还在，对发表文章也不感兴趣。我一直觉得我这个
biomarker有可能是开创性的，但我说了估计没人会相信，除了有clinical data数据支
持。我一直想申请个专利，但不知道可不可行，或者自己开发，是不是有点不靠谱？ |
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k******t
发帖数: 1498 | 2 同认为精神类的药物筛选是扯淡。
但是你的这个biomarker的idea，从投入产出的角度来看，申请专利不合算。假定你是对
的，这个new biomarker有用，你的投入是$10-100K的申请费加每年的维护费用。回报则
很不确定，需要licence你的这个biomarker的就那么几家药厂。别人完全可以不鸟你，
你也无从知道别人使用了这个biomarker。 |
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m*******s
发帖数: 469 | 3 Let me know if you believe you are qualified.
________________________________________
Corporate Overview
Metabolon is a diagnostics and services company offering the industry's
leading biochemical profiling platform. Our patented platform provides a
global analysis of complex biological samples for the discovery of
markers and pathways associated with drug action and disease. This
metabolomics-driven approach enables the identification of biomarkers
useful for the development of a wide range of... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 4 我很赞同！我也觉得这是一篇水文。从学术的角度说。
居然没有看到他们用DL和比如random forest，XGboost比较
通篇俄罗斯人的广告
但这是我唯一能搜索到的deep learning在biomarker的paper
关键是DL几乎所有工作都用在图像，声音上，为何我几乎没看到类似biomarker的？
很多人说图像声音有自己特殊的feature性状，比如raw signal，比如连续。
那么到底deep learning是否适合biostat/biomarker这样类型的data training呢 |
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P********r
发帖数: 1304 | 5 For me, personalized medicine， genetic marker, predictive model
incorporating biomarkers all belong to biomarker. 我只是想问问如果以后想在药
厂做clinical trial， 药厂里biomarker的经验和CRO里clinical trial的经验哪个更
好点。 谢谢 |
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E*********r
发帖数: 4984 | 6 我记得几年前Myriad Genetics跟美国专利局有一桩纠纷，美国专利局没有批准乳腺
癌的两个基因的Assay。现在有很多在做differential gene expression,然后找出一个
Biomarker Panel申请专利。 有人告诉我不能申请专利，因为基因是自然界存在的东西
。但是我看了美国专利局的解释，基因不能申请专利，但是cDNA是可以的，也就是说如
果从RNA入手，做出一个Biomarker Panel是可以申请专利的。专利是关于基因表
达的
不同，而不是基因本身。有熟悉这方面的大牛能够谈论一下？谢谢！ |
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M*****n
发帖数: 16729 | 7 现在biomarker很hot,
中医的诊断手段和biomarker如果联系起来，应该是个不错的project，可以为中医的理
论提供一个molecular basis. |
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a***y
发帖数: 19743 | 8 这个是case to case的吧。是否更灵敏完全看做这个biomarker的是否是真的找到了更
sensitive的biomarker。 |
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发帖数: 1 | 9 NO
这也是我的问题。
如果dl解决biomarker像image那样，估计文章早满天飞了，为何至今文章寥寥？
注意知乎专门讨论为何deep learning在图像上如此成功：
https://www.zhihu.com/question/21815490
因为image特殊的数据类型
所以我相当怀疑，deep learning没有那么适合genomics, biostat, biomarker类型的
数据
当然你提到deepBind啥的，请问比传统ML的performance提高很多？
会不会对于genomics/biostat，比如只有20%的数据表现很好
而对于image，100%都表现很好？ |
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h*****t
发帖数: 1226 | 10 【 以下文字转载自 Pharmaceutical 讨论区 】
发信人: hubtest (TT), 信区: Pharmaceutical
标 题: Job: LC-MS/MS for Biomarker
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 5 13:34:29 2010, 美东)
There is a open in a CRO company in great boston MA
Focus on Bioanalytical LC-MSMS for biomarker, target protein and lipid
I can forward CV to the recruiter. |
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P********r
发帖数: 1304 | 11 谢谢建议，能不能具体说说，你的意思biomarker前景不好，早点转？
那你说是从CRO转药厂的clinical trail容易呢，还是从药厂的这个biomarker转容易呢？ |
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t*****a
发帖数: 459 | 12 这个biostat, biomarker方向，说的是啥啊？是personalized medicine， genetic
marker吗？还是说的predictive model incorporating biomarkers? |
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C****3
发帖数: 162 | 13 Oncology Biomarker Scientist/ Sr. Scientist for global leading Pharma R&D
center, location shanghai.
Requirement: Minimum of 3 years of work experience in Oncology post PhD+
Overseas experience ,
please contact [email protected]/* */ or 021-31229017, if interested |
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G***o
发帖数: 249 | 15 看样子biomarker是不行了，只有把药找出了才行。我准备找个part time postdoc干干
，先在动物身上筛选药物，把protype的药物找出来，然后再回国找同学上临床。 |
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m*******w
发帖数: 39 | 16 大家好，
在做一个lead guest editor, 需要合适的审稿人
版上如果有需要攒审稿，并且背景跟biomarker discovery, hepatitis(生物医学分析
方面） 相关的联系我
背景相关是要求，希望理解， 有兴趣的联系[email protected]
/* */ |
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c*********t
发帖数: 592 | 17 求review机会：DNA repair, antibody diversity,cancer biomarker 等等，杂志大小
不限，非常感谢。 |
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S***R
发帖数: 309 | 18 已推荐，谢谢！
——————————————————
稿件使用氢核磁对人血清进行metabolic analysis，寻找心肌相关的biomarker
请了解以上领域的、想审稿的迅速给我信箱发信，说明姓名、email、研究方向 |
|
S***R
发帖数: 309 | 19 已推荐
__________
evaluate diabetes biomarker by mass spec
有意审稿者请发姓名、email地址和简单的research focus（1、2句话即可）到我站内
信箱 |
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Q**e
发帖数: 49 | 20 各位绿友
求全文
MicroRNAs as early biomarkers in obesity and related metabolic and
cardiovascular diseases.
多谢 |
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l*****8
发帖数: 86 | 21 Journal名称为Biomarker Insights，是Pubmed Indexed的，要出版journal
supplement，现招募guest editor
Benefit包括1.可免出版费在journal supplement上发表自己的一篇文章
2. 可获得journal正式的邀请信和reference letter
3. Profile在guest editorial可见
对于要申请绿卡的童鞋是不错的机会，请发CV到 [email protected]
/* */ 谢谢 |
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k*******3
发帖数: 1909 | 23 求一篇文章：Application of DNA methylation biomarkers for endometrial cancer
management.
Shi-Wen Jiang; Jinping Li; Karl Podratz; Sean Dowdy
请发我email: h*****[email protected]
Many Thanks! |
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s*****g
发帖数: 7857 | 24 为什么不能把中医治疗和biomarker结合?
诊断第一,治疗是根本啊! |
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G***G
发帖数: 16778 | 25 looking for review paper for biomarker validation.
appreciated |
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G***G
发帖数: 16778 | 26 Molecular biomarkers can be much more sensitive than traditional lab tests
from a clinical perspective.
can somebody tell me why? |
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H********f
发帖数: 289 | 27 【 以下文字转载自 Pharmaceutical 讨论区 】
发信人: HappySmurf (Smurf), 信区: Pharmaceutical
标 题: biomarkers congress hotelroom sharing (philadelphia)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 15 14:38:30 2013, 美东)
Hi there,
I registered for the conference, and didn't reserve a hotel room in time at
the Loews Philadelphia Hotel (no room available now). Anyone(female) has a
room for sharing (May 5-7)? I am female, from MA.
Thank you! |
|
l*****8
发帖数: 86 | 28 Journal名称为Biomarker Insights，是Pubmed Indexed的，要出版journal
supplement，现招募guest editor
Benefit包括1.可免出版费在journal supplement上发表自己的一篇文章
2. 可获得journal正式的邀请信和reference letter
3. Profile在guest editorial可见
对于要申请绿卡的童鞋是不错的机会，请发CV到 [email protected]
/* */ 谢谢 |
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发帖数: 1 | 29 deep learning主要成功在图像，声音识别
disease biomarker领域呢？请教有何进展呢？dl能大显身手呢？ |
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e*********6
发帖数: 3453 | 30 为什么不能？没人说不能。只是没人做而已。
能做出这个东西的技能需求，和Google和Facebook的招聘需求很一致，用Deep
Learning预测biomarker和用deep learning来做更好的推荐系统或者更好的推送广告，
或者优化排序，所需的技能几乎是一样的。
作为一个PI，如何在fresh PhD就业市场上说服别人放弃Google 和Facebook 200k+以上
的package来做postdoc？postdoc最高能给到一年7万，也只有industry的三分之一。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 31 biomarker上的研究要用deep learning来发展，从原始数据开始，越原始越好。原始数
据里的feature是非常稀疏，就好DNA序列ATGC或者一个一个像素点一样。
就像人脸识别，deep learning擅长的是从原始的pixel 上来识别，要是把眼睛鼻子嘴
巴给标出来，deep learning就没啥优势。
为什么没人做？和人有关系，就算不提在industry上的需求，就在学术界，人家能改改
model，beat了deepSea或者deepbind的表现，稳稳妥妥一篇Bioinformatics以上级别的
，为什么要开这些高风险项目？ |
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发帖数: 1 | 32 很受教！
“biomarker上的研究要用deep learning来发展，从原始数据开始，越原始越好”
说的很赞
我举一个例子
比如对于某个疾病，我们测量blood glucose，但这个测量是动态的，随时间变化的
比如对于一个人：
Jan 200
Feb 300
Marc 400
对于这种raw data，请问能直接作为feature来train？不需要任何feature
engineering么？
比如我们过去做的就是polynomial fit，y=kx+b；然后取k和b作为new feature |
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H********f
发帖数: 289 | 33 【 以下文字转载自 Pharmaceutical 讨论区 】
发信人: HappySmurf (Smurf), 信区: Pharmaceutical
标 题: biomarkers congress hotelroom sharing (philadelphia)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 15 14:38:30 2013, 美东)
Hi there,
I registered for the conference, and didn't reserve a hotel room in time at
the Loews Philadelphia Hotel (no room available now). Anyone(female) has a
room for sharing (May 5-7)? I am female, from MA.
Thank you! |
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W*******e
发帖数: 73 | 34 请版内诸位高手们谈谈proteomics and biomarkers 在工业界的前景。谢谢。 |
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s**********r
发帖数: 330 | 35 俺是PROTEOMICS出身,找第一个JOB时正好那个COMPANY招人做大分子QUANTITATION,所以
挺快就找着工作了.可后来发现天天叫唤要向BIOTHERAPEUTIC发展,可还是ELISA为主,没
多久就安排SMALL MOLECULE给我做了.现在换了工作还是做小分子多数,偶尔做1-2个
ANTIBODY. 至于BIOMARKER,也是小分子为主,只不过是ENDOGENOUS而已,和PK没有很大
差别.
有时候真想离开INDUSTRY啊,呆久了让人厌倦.现在不理解的人以后就明白了. |
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s**********r
发帖数: 330 | 36 你真是知识渊博啊,俺是个ONE NOTE :)
GENENTECH是BIOTHERAPEUTIC的LEADER,而且好象在BEST COMPANY TO WORK FOR的LIST上
,俺喜欢它的SIZE,好像不道1万EMPLOYEE,听说BUILDING,设施都很新.
去年夏天他们HR给俺打电话,说CLINICAL BIOMARKER有OPENING,那会儿发懒,什摸都不想
干,这机会就这么PASS了.真应该去看看.
你是TENURE TRACK吧?可以试试NOVARTIS,在SAN DIEGO有个GENOME INSTITUTE,在BOSTON
的CENTER好象做PROTEOMICS / BIOINFORMATICS.AMGEN本来还行,可这会儿在DOWNSIZING
.TECH LEAD的OPENING少些, BUT THAT'S WHAT YOU ARE AFTER, ISN'T IT? :) |
|
m*******e
发帖数: 1280 | 37 thanks for the info.
no I am not on tenure track, always afraid of the funding stuff :-(
你真是知识渊博啊,俺是个ONE NOTE :)
GENENTECH是BIOTHERAPEUTIC的LEADER,而且好象在BEST COMPANY TO WORK FOR的LIST上
,俺喜欢它的SIZE,好像不道1万EMPLOYEE,听说BUILDING,设施都很新.
去年夏天他们HR给俺打电话,说CLINICAL BIOMARKER有OPENING,那会儿发懒,什摸都不想
干,这机会就这么PASS了.真应该去看看.
你是TENURE TRACK吧?可以试试NOVARTIS,在SAN DIEGO有个GENOME INSTITUTE,在BOSTON
的CENTER好象做PROTEOMICS / BIOINFORMATICS.AMGEN本来还行,可这会儿在DOWNSIZING
.TECH LEAD的OPENING少些, BUT THAT'S WHAT YOU ARE AFTER, ISN'T IT? :) |
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W*******e
发帖数: 73 | 38 很多大公司不是都有proteomics or biomarker division吗？起码据我所确知Merck,
BMS and Amgen 就有。 |
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h*****t
发帖数: 1226 | 39 There is a open in a CRO company in great boston MA
Focus on Bioanalytical LC-MSMS for biomarker, target protein and lipid
I can forward CV to the recruiter. |
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C****3
发帖数: 162 | 40 Oncology Biomarker Scientist/ Sr. Scientist for global leading Pharma R&D
center, location shanghai.
Requirement: Minimum of 3 years of work experience in Oncology post PhD+
Overseas experience ,
please contact [email protected]/* */ or 021-31229017, if interested |
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P********r
发帖数: 1304 | 41 职位是biostatistician，biomarker的方向，这个方向将来发展如何？比clinical
trial呢？是不是做这个方向以后要转clinical trial没什么帮助？问题比较多，请在
药厂工作的朋友们给些建议。 |
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n***a
发帖数: 78 | 42 我觉得他这个文章指出的是统计学在生物里的的应用的问题。
我觉得他得出这个结论的前提条件就是对biomarker定义的一个误导。
至少我是这样认为的
biomarker首先是要有bio然后才有marker。
biomarker的重要一点就是它要在bio上说的过去。而且biomarker目前也不是用于诊断
，它只是给你一个大方向，让你可以试着有的放矢，尽可能的避免资源浪费，尽可能的
使病人得到最有效的治疗。
单就统计方法来说，biomarker的产生其实就是比较两组数据之间的最大差别。任和已
知方法的目的就是通过各种分类，简化来找出最大区别。说白了就是通过数据优化来达
到分类效果。所以任选任何100个基因可以outperform现有signature的现象一点都不奇
怪。有太多未知的因素可以使跟癌症可能完全不相关的基因产生更明显的差别。如果这
个差别大于你biomarker的差别，你当然会得出好的signature。我觉得这也是为什么好
多更为复杂，先进的数学方法没有应用到生物学的原因。因为没有必要，我们根本不知
道什么方法可以用来准确对生物数据进行简化。如果简单易懂，适合短时间，大批量操... 阅读全帖 |
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n***a
发帖数: 78 | 43 我觉得他这个文章指出的是统计学在生物里的的应用的问题。
我觉得他得出这个结论的前提条件就是对biomarker定义的一个误导。
至少我是这样认为的
biomarker首先是要有bio然后才有marker。
biomarker的重要一点就是它要在bio上说的过去。而且biomarker目前也不是用于诊断
，它只是给你一个大方向，让你可以试着有的放矢，尽可能的避免资源浪费，尽可能的
使病人得到最有效的治疗。
单就统计方法来说，biomarker的产生其实就是比较两组数据之间的最大差别。任和已
知方法的目的就是通过各种分类，简化来找出最大区别。说白了就是通过数据优化来达
到分类效果。所以任选任何100个基因可以outperform现有signature的现象一点都不奇
怪。有太多未知的因素可以使跟癌症可能完全不相关的基因产生更明显的差别。如果这
个差别大于你biomarker的差别，你当然会得出好的signature。我觉得这也是为什么好
多更为复杂，先进的数学方法没有应用到生物学的原因。因为没有必要，我们根本不知
道什么方法可以用来准确对生物数据进行简化。如果简单易懂，适合短时间，大批量操... 阅读全帖 |
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p*******e
发帖数: 3 | 44 Scientist, Cancer Diagnostics
OncoDiagnostics Technologies - San Francisco, CA
Job ID: 00002
Who We Are
OncoDiagnostics Technologies is a Silicon Valley-based biotech start-up
company focusing on precision diagnostics and medicine in cancer and other
serious illnesses. We aim to provide innovative non-invasive diagnostic
tests to enable precision medicine. At OncoDiagnostics, we believe that
people are our most vital assets and we are dedicated to creating a great
place to work. We value a cultu... 阅读全帖 |
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o*****m
发帖数: 981 | 45 在定义一个biomarker是否是一个好的biomarker时，你首先要达到一定的统计标准，再
去谈生物意义。你连最基本的score都达不到，你后面牵强附会地加上生物意义谁信呢？
按照你的观点，那大家不要做分析了，直接去搜文献，读NCBI-GENE，找和疾病相关的
基因，然后使劲说生物意义，恐怕每个你都能说的很好。但是这样有什么意义呢？
那篇文章并不是说高score就是好的，他恰恰指出的是只是有score是不行的。他所研究
中的那些breast cancer gene signantures哪个不是响当当地具有显著p值？他正驳倒
的是这个p值。你认为有高的score，没有生物意义不行。他说的是有高的score，但这
个score所证明的不是生物意义上的高score，这也是不行的。所以他说的比你的要高。
你没懂，不能说他不对。
所以，一个好的biomarker着重的是生物学上的意义，而不是统计学上的score。 你有
再好的score不能从生物学上解释也不能算biomarker。所以通畅来说，发表一个
biomarker其实不是说我这些基因score有多好，而是说用这些基因来区别这种癌... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: vivien2009 (心寄悠然), 信区: Biology
标 题: 我是张辰宇的学生，说说最近的事
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 17 02:44:01 2013, 美东)
代朋友发帖，全文如下：
我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
是心血被贬得一文不值，不吐不快。你说外洗地也好，说我是打手也好，我无所谓，我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先，我想澄清，我们的工作不是“垃圾”，张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA，当时规模很小，就我一个人做，平台也刚开始建立，进展较慢
。但经过三年时间，miRNA的检测技术和... 阅读全帖 |
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i*******n
发帖数: 48 | 47 这个东西不是那么容易做的。
提出hypothesis很容易，test起来很花钱。
和你的药物的作用机理有关系。
找biomarker方法很多，microarray, RNA seq, metabolomics,还是dependent on
mechanism of action.
先做回顾性数据：
如Cetuximab，BMS取了两组病人，response好的和不好的病人的tumor sample
->microarray->找到一堆相关的gene->QPCR quantitation
看和疗效的统计相关性
然后再做前瞻性实验：
有时一组clinical trial,用你的biomarker对病人分类，用Cetuximab+化疗(biomarker
postivie,他们根据QPCR结果打分>200)，or 化疗only(biomarker negative<200).-》
果然有效。
so 这一组biomarker可以用于Cetuximab的病人选择及预测。
so 准备好money,再开展工作。 |
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v********9
发帖数: 129 | 48 代朋友发帖，全文如下：
我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
是心血被贬得一文不值，不吐不快。你说外洗地也好，说我是打手也好，我无所谓，我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先，我想澄清，我们的工作不是“垃圾”，张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA，当时规模很小，就我一个人做，平台也刚开始建立，进展较慢
。但经过三年时间，miRNA的检测技术和功能研究我们基本都能做了，一个机缘巧合，
我们发现血清中普遍含有miRNA，从此我们从细胞内miRNA跳到了细胞外miRNA，并确立
了以研究细胞外miRNA为实验室的主要方向，期间的主要发现是：发现血清中有循环
miRNA；发现经由microvesicl... 阅读全帖 |
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h*****8
发帖数: 4754 | 49 Lexicon Presents Positive Outcome in IBS Patients Treated With LX1031 and
Data Supporting Mechanism of Action
- LX1031 demonstrates beneficial effect of new mechanism of action in IBS
- Results support reduction of serotonin as a new treatment strategy for IBS
- Results presented at Digestive Disease Week convention
THE WOODLANDS, Texas, May 5 /PRNewswire-FirstCall/ -- Lexicon
Pharmaceuticals, Inc. (Nasdaq: LXRX), a biopharmaceutical company focused on
discovering and developing breakthrough tre... 阅读全帖 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 50 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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