X***n
发帖数: 366 | 1 install local primer3,
install bioperl,
run primer3 using bioperl script. |
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l********5
发帖数: 52 | 2 is anyone familiar with bioperl and eprimer3, need help to make a perl
module to run primer3. |
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g*******q
发帖数: 15 | 4 perl is quite easy. I started by reading a program written by another person
. You can go to perl.org website to learn it. And if your background is
biology, you might also want to learn bioperl from bioperl.org website.
Those websites are free sources. |
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e*******o
发帖数: 4654 | 5 1. 把你的目标序列拿出来。
2. 转行成谱系分析软件需要的格式。
3. 用谱系分析软件分析。
1.2 学一点biopython或者bioperl。
3. 好像软件有点多，看你需要选。有些也能直接在bioperl或者biopython中处理。
我本科时候跟人干过类似的活，现在的情形也应该大致如此。仅供参考。 |
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g**********t
发帖数: 475 | 6 perl最主要的用途还是mainpulate data。算法一般都是用C/C++/java开发的。perl在
bioinformatics中之所以流行，一是perl比较适合处理文本数据，二是由于历史原因，
perl中有大量的bioinformatics modules可以中。最常用的是bioperl，几乎提供了所
有bioinformatics中常用的文件分析和数据处理功能。据本人实践，用bioperl比自己
从头开发速度往往要快一个数量级。除此之外，很多bioinformatics的databases会提
供perl的API，最常用的是Ensembl的API，也可以极大提高工作效率。 |
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h****6
发帖数: 42 | 7 Description:
You will be an integral part of an enthusiastic and dedicated team of
scientists, engineers working towards cutting edge scientific solutions in
Bioinformatics of Next Generation Sequencing (NGS).
Job Responsibilities include:
* Define metrics and develop test protocols to verify bioinformatics
algorithms.
* Implementing a multi-tiered set of test cases for algorithm validation and
integration tests against test plans, especially for bioinformatics.
* Working with software testing t... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 8 我先用fink，弄了一个bioperl还是什么的，然后发现版本巨老，上网一看，都说fink
太out了，就又搞了macport，结果。。 |
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s******y
发帖数: 137 | 9 perl 主要对是很多perl special variable 如$" $|什么的会的人用起来很方便，但不
懂的人完全不知道是做什么的。读别人的script对方perl的水平越熟练，读起来越困难。
还有就是OO的支持太差了。perl6好像六七年前我刚学perl就叫要出了，到现在还没有
个像样的东西拿出来。不过bioperl太强了，biopython能稍微接近点我就换了。 |
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A*****n
发帖数: 243 | 11 python的几本关于bioinformatics的书都不怎么
合适，有时变成单纯python的介绍了，至少没有perl的那些结合的好。
如果只是python， dive into python算是经典了
biopython的tutorial和cookbook倒是挺不错。
同样bioperl的网站上的Howtos和Tutorial也都很好 |
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X***n
发帖数: 366 | 12 For thousands of such data, use biopython or bioperl.
protein |
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c****r
发帖数: 576 | 14 同意，Perl/Python方便好用是相对编译性的语言如C/C++/Java等而言；如果平时就用脚本语言如R，那就无所谓了，除非特别依赖于某些别人做好的软件包，比如BioPerl之类。
R script和Perl的语法一样丑陋。同样用C语言写的平台，Matlab的语法就很简洁清晰。主流貌似C/C++ 结合Perl/Python？我用C + Matlab，后者用来读什么数据库或解析文本，甚至建数据库都没问题（当然数值模拟之类比其他语言“方便”很多，其实用的也是Fortran的软件包），牛人还用excel编游戏呢。语言本身不是重点，了解各种语言的优缺点以及掌握编程技巧/算法才是关键，太多例子 -- 用效率高的语言也能写出来效率低的程序，反之亦然。忌讳的就是什么都会一点但什么都不深入。某日一学生兴高采烈的说Python有split函数很方便，却不知她天天用的Matlab也有textscan可以实现同样功能。
势就体现出来了。
10分钟去编个C，之后30秒跑完呢？ |
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l**********n
发帖数: 8443 | 15 http://pygame.org/news.html
try pygame if you want to quickly get what Python can do.
Or bioPython if you wanna do something on bioinformatics.
Or BioPerl
Or BioPython |
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r****t
发帖数: 10904 | 16 bioperl 也就 30 万行，两个莎拉就基本够了。 |
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r****t
发帖数: 10904 | 17 bioperl 也就 30 万行，两个莎拉就基本够了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 18 一个建议:
LZ下次用网络google 内部查一下mitbbs Bio 分舵 的话
就自己找到答案喽
for example:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31649343.html
16th floor
from
google only within mitbbs dot com
with key words:
//www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-
8%2F&q=data+mining+&btnG=Hae&as_sitesearch=utu.fi#hl=en&sclient=psy-
ab&q=data+mining++site:www.mitbbs.com&oq=data+mining++site:www.mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&
gs_l=serp.12...1277l7538l0l9467l20l19l0l0l0l3l1296l3708l14j2j5-
1j1j1l19l0.&pbx=1&bav=on.2,or.r_gc... 阅读全帖 |
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t****a
发帖数: 1212 | 19 一看就是入行太浅的小鸟
算了吧，比你强而且免费的千千万
大牛们都不收费 (bioconductor, bioperl, gbrowser, UCSC)，如何轮得到你收费？
好好干活，别做梦。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 20 我就是好奇一下，可能有什么perl的包特别适合某种分析？
用什么主要看自己的爱好了，我是开始学的Perl，后来换的Python，觉得整个世界清静
了...
BioPerl 跟 BioPython 我用到的部分都差不多，很多时候还是喜欢自己实现
另外，这两年做点system biology分析，用NetworkX这个包很好很强大，不知道Perl有
没有
类似的 |
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e*******o
发帖数: 4654 | 22 我用bioperl搞过，具体的module忘了。
估计二楼的答案是你想要的。 |
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n*******9
发帖数: 234 | 23 Bioinformatician position
Hours: 35 Hrs/week
Status: One Year Contract Leading to Permanent Full Time
Qualifications:
-MSc, PhD or BSc (with significant experience) in bioinformatics, computer
science/engineering, theoretical/computational biology, or molecular biology
(with programming skills)
-In-depth knowledge of publically available genomic and biological resources
-Programming experience and web development skills in a variety of languages
/platforms (JAVA, Java Beans, netBeans, Javascript... 阅读全帖 |
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m*********r
发帖数: 2456 | 24 5万？那是刚毕业postdoc的价格！
[在 niuniu999 (liontigerfish) 的大作中提到：]
:Bioinformatician position
:Hours: 35 Hrs/week
:Status: One Year Contract Leading to Permanent Full Time
:Qualifications:
:-MSc, PhD or BSc (with significant experience) in bioinformatics, computer
:science/engineering, theoretical/computational biology, or molecular
biology (with programming skills)
:-In-depth knowledge of publically available genomic and biological
resources
:-Programming experience and web development skills in a vari... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 25 Biopython bioperl 之类现在用处不大
跟bioconductor根本不是一类的，完全不可比好吧
为什么很多人喜欢信口开河？ |
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y****i
发帖数: 4109 | 26 习惯了用perl ，不过如果都没学过建议学python.
要学会多利用，修改别人写好的scripts。
感觉大部分工作都是可以利用别人写的东西。然后一些awk,grep,sed之类的。
Biopython bioperl 从来没学过，但是要知道怎么安装这些模块，否则一些软件用不起
来。操控fasta/q 用li heng 的seqtk可以解决大部分问题。
说实话生信分析，如果不是做算法做软件的话，对编程要求不高，对生物学知识要求反
而高,所以说还是一个大坑。但学好python和R是打好了数据分析的基础...你懂的... |
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s****l
发帖数: 10462 | 27 I don't know how to do it in R, but it would be pretty easy to go to UCSC
genome broswer to get the sequence. Bioperl has the module to do so too. |
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