f***x
发帖数: 1524 | 1 去了DSSP网站，有prebuild binary for windows,下载后，用command line 可以顺利
运行。
但是无法嵌入到biopython.
求助该如何安装，可以直接在biopython控制DSSP，产生object.
谢谢。 |
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X***n
发帖数: 366 | 2 biopython
from Bio import Entrez
Entrez.email = "A*******[email protected]"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="biopython")
record = Entrez.read(handle)
record["IdList"]
handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id="186972394") |
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l**********n
发帖数: 8443 | 3 http://pygame.org/news.html
try pygame if you want to quickly get what Python can do.
Or bioPython if you wanna do something on bioinformatics.
Or BioPerl
Or BioPython |
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y***j
发帖数: 11235 | 4 这行现在流行用啥？bioinfo的后狗一般要求什么语言呢？
我自学过python，很早学过好像跟着官网某文档学过一边，然后前一两年无聊又过了一
遍learn python the hard way。但是基本没怎么用过。
现在做一些NGS的wet实验，自己分析，R上的包用的比较顺手，而且平常分析数据和作
图也用得上，所以现在R比较熟悉。
biopython和bioconductor比起来有啥优势？快？容易和别的整合？包多？biopython是
不是必须的？地下还有个大姐说要学java？这个一定么自己看过一点点书，但是感觉
java好像不是我的菜。
另外需要修什么课么？修过基本的生统，还有研究生水平专门的一门linear
regression，现在在修CS的data mining，如果明年还没毕业，准备再修个machine
learning。感觉线性代数是个缺陷，自学过，但是很不扎实，准备暑假到社区大学业余
修一下（生统和CS课老板出钱就不错了，线性代数这么数学的课，不太好意思让老板出
钱了）。
还有啥课比较必须么？
20Using |
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e*******o
发帖数: 4654 | 5 1. 把你的目标序列拿出来。
2. 转行成谱系分析软件需要的格式。
3. 用谱系分析软件分析。
1.2 学一点biopython或者bioperl。
3. 好像软件有点多，看你需要选。有些也能直接在bioperl或者biopython中处理。
我本科时候跟人干过类似的活，现在的情形也应该大致如此。仅供参考。 |
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h****6
发帖数: 42 | 6 Description:
You will be an integral part of an enthusiastic and dedicated team of
scientists, engineers working towards cutting edge scientific solutions in
Bioinformatics of Next Generation Sequencing (NGS).
Job Responsibilities include:
* Define metrics and develop test protocols to verify bioinformatics
algorithms.
* Implementing a multi-tiered set of test cases for algorithm validation and
integration tests against test plans, especially for bioinformatics.
* Working with software testing t... 阅读全帖 |
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X***n
发帖数: 366 | 7 三年前的macbook，内存升到了4G。Lion跑得很爽。电影看的不多，照片也不多，音乐
也不多。喜欢鼓捣些bioinformatics，顶多就是GB级的data，用用R，跑跑Java
program，用用biopython啥的。最近手痒痒，特别想自己整台27寸iMac。主要是老
MacBook速度还可以，又不坏。挺喜欢air的轻便，可那不坏的MacBook怎么说也是
laptop，不想资源浪费。想要么就整台高性能的iMac。可除了上述想玩的，还有什么别
的应用可玩呢？大家都用iMac做什么？另外一个问题是现在的iMac是今年年初发布的，
按照惯例下一次升级大概还得一年对吧？要不要等下一代？ |
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s******y
发帖数: 137 | 8 perl 主要对是很多perl special variable 如$" $|什么的会的人用起来很方便，但不
懂的人完全不知道是做什么的。读别人的script对方perl的水平越熟练，读起来越困难。
还有就是OO的支持太差了。perl6好像六七年前我刚学perl就叫要出了，到现在还没有
个像样的东西拿出来。不过bioperl太强了，biopython能稍微接近点我就换了。 |
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A*****n
发帖数: 243 | 9 python的几本关于bioinformatics的书都不怎么
合适，有时变成单纯python的介绍了，至少没有perl的那些结合的好。
如果只是python， dive into python算是经典了
biopython的tutorial和cookbook倒是挺不错。
同样bioperl的网站上的Howtos和Tutorial也都很好 |
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X***n
发帖数: 366 | 10 For thousands of such data, use biopython or bioperl.
protein |
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e*****t
发帖数: 642 | 11 could you specify a little bit. I know python. but not use biopython very
often. |
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e*****t
发帖数: 642 | 12 i think i figure that out
download the trancript. use biopython to translate those DNA seq to protein.
thank you guys for help. |
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g**********t
发帖数: 475 | 13 多练，多看别人写的module。一般开发module/library的人编程风格比较好，python算
是比较好看懂的语言。少看bioinformatician写的standalone program。有很多
bioinformatician半路出家的，编程风格很怪异（比如我）。比如我就看过一个人写的
C++ code不用面向对象，通篇全局变量。看了两分钟就吐了。
如果为了快速开发，就多用别人写的module，比如biopython。可极大提高编程效率，
缺点是module有时候有莫名奇妙的bug，需要多测试。 |
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e*******o
发帖数: 4654 | 14
我看了不少招人的广告，Perl/Python/R 也有C++ 。这个不重要。
biopython和bioconductor我都没用过。：）
如果用别人的代码，有现成模块，我只是用，能解决问题，语言无所谓；如果自己写，
我自己选，除了作图(R)，我用Python。
Java, C++ 之类的主要是用在速度比较关键的地方。比如Blast（C/C++)。
搞数据就是玩矩阵，大学的时候不知道有什么用，完全为了考试，现在有点小后悔。
我不清楚Data mining 和 Machine Learning的区别，感觉好乱。要学的东西太多了。
还是等大牛回答。如果你有机会选，当然不要错过。 |
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s******a
发帖数: 252 | 15 BioPython can never catch up with Bioconductor. R is the most practical tool
for most bioinformatics tasks.
It's really hard to manage R code beyond a few hundred lines, while Python
is enterprise-ready, e.g. Google App Engine. Java is not necessarily fast.
Python with C libraries can be very fast.
IMHO, it becomes a different game if you wanna be good at programming. |
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n******7
发帖数: 12463 | 16 我就是好奇一下，可能有什么perl的包特别适合某种分析？
用什么主要看自己的爱好了，我是开始学的Perl，后来换的Python，觉得整个世界清静
了...
BioPerl 跟 BioPython 我用到的部分都差不多，很多时候还是喜欢自己实现
另外，这两年做点system biology分析，用NetworkX这个包很好很强大，不知道Perl有
没有
类似的 |
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n******7
发帖数: 12463 | 18 单独跑DSSP
然后用python parse结果 |
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s****t
发帖数: 651 | 19 R conductor
Biopython
精通一个，另一个很容易。python更好学。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 20 Biopython bioperl 之类现在用处不大
跟bioconductor根本不是一类的，完全不可比好吧
为什么很多人喜欢信口开河？ |
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y****i
发帖数: 4109 | 21 习惯了用perl ，不过如果都没学过建议学python.
要学会多利用，修改别人写好的scripts。
感觉大部分工作都是可以利用别人写的东西。然后一些awk,grep,sed之类的。
Biopython bioperl 从来没学过，但是要知道怎么安装这些模块，否则一些软件用不起
来。操控fasta/q 用li heng 的seqtk可以解决大部分问题。
说实话生信分析，如果不是做算法做软件的话，对编程要求不高，对生物学知识要求反
而高,所以说还是一个大坑。但学好python和R是打好了数据分析的基础...你懂的... |
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