a***k
发帖数: 1038 | 1 2019年12月26日刚上班，还是如往常一样先大概浏览一下这一天的mNGS病原微生物自动
解读结果，没问题的话就开始一天的研发工作了。
意外的是，发现有一个样本报出了敏感病原体——SARS冠状病毒，有几十条的序列，且
这个样本只有这么一个有意义的病原体，如果是普通病毒，这已经是一个相当可靠的结
果了。心头一紧，赶紧后台查看详细的分析数据，发现相似度并不算很高，只有大约94
.5%（这跟卡相似度的阈值有关，相当于只筛选下了相似度比较高的序列）。想到有几
种可能：1、SARS不同毒株基因组有一定差异；2、RNA病毒容易突变，距离SRAS事件17
年了，变异比较大；3、近缘物种的错误比对等等。为了确认结果的可靠性，开始了详
细分析。
好在之前已经遇到过几次这种类似的敏感的病原体确认分析工作，而且领导也曾跟我讨
论过几次能不能做一个新发病原自动挖掘的分析流程，心里一直记着这个事情，在做其
他权重更高优先级更高的项目时也随手做了一个初步的版本出来， 这个样本刚好可以
派上用场。我给它起了个名字，相比于日常生产用的分析流程，它多了个后缀：“探索
版”，包含了几乎所有已测序的病毒基因组。
探索版的分... 阅读全帖 |
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P****d
发帖数: 564 | 2 Translation in what sense? in silico, in vivo, during cloing/expression?
NCBI blastx finds great hits. |
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B*******g
发帖数: 70 | 3 现在正在做DNA的翻译，测的序列中夹杂着intron，直接用软件翻译中间夹杂好多stop
codon，用blastx，几个homologs的intron位置竟然不一样。求高人指点！
现在该如何做才能得到去除intron的coding gene？谢谢各位了！ |
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r*****y
发帖数: 3406 | 4 哪位大侠能帮忙回答一下。
我现在有基因的序列，blastx之后，得到一些个蛋白的名字。例如手头这个是
hexapeptide repeat-containing transferase。类似还有好几百个。我看不明白这是
干嘛用的。有没有数据库可以找到详细一点的解释？类似与这个蛋白具体功能，在哪个
代谢途径里？
Bow 先 |
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K**4
发帖数: 1015 | 5 哦，没有看仔细，
那么6kb的dna序列，只有2k的蛋白质阿
很小的
你用blastx 就可以了 |
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b******n
发帖数: 4225 | 6 用blastx
不要用blastn，这个在以genome为subject进行blast的时候很坑爹
原因不知 |
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