由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: buffered
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h*****0
发帖数: 4889
1
来自主题: Programming版 - java的内存管理真是气死我了
int[] buffer
长度不够时
int[] oldBuffer = buffer;
buffer = new int[newLength];
copy oldBuffer to buffer
java数组是动态new的,又不是声明多长是多长,怕什么长度不够?
O*******d
发帖数: 20343
2
来自主题: Programming版 - 我最近写的一个屏保程序
两幅图像在切换时,我用了颜色混合。 Windows的GDI没有比较好的混合颜色的方法。
我写这个屏保时不打算用OpenGL来做。于是自己写了一个混合颜色的class。 主要想法
是用空间换时间,。颜色混合用查表法。 两个颜色,不管红绿蓝,就是一个2维数组的
index,那个位置的颜色就是事先计算好的混合色。
#include
class ColorBlender
{
public:

ColorBlender(double alpha) { mAlpha = alpha;mLookupTable = NULL;
CreateTable(); }
~ColorBlender() {delete [] mLookupTable ;}
unsigned char Blend(unsigned char firstColor, unsigned char
secondColor);
void Blend(const unsigned char * pFirstColor, const unsi... 阅读全帖
h******u
发帖数: 155
3
要看什么样的 application?不是什么程序都好fix的。并且,我前面主要在讲用java
实现的
data-processing system,例如hadoop,Giraph,Hyracks之类,不是简单query db的程序
。这些大程序往往需要在5G的memory上面处理500G的data stream,如果你看到所有的
interface都需要object, 这个程序很难去大大的优化。object pooling是一个很ad-
hoc的pattern,并不能fundamentally解决object带来的 overhead。一个很关键的做法
(现在很多系统都在用),就是不让系统里面object的数量随着数据量线形增长,否则
不可能scalable。怎么办,Hyracks用了这种做法:用buffer-based data management
。创建大的buffer,把数据放在buffer里面,而不要create小objects。 类似于region
-based memory management。 只有data processor (比如hash function, so... 阅读全帖
N******K
发帖数: 10202
4
在开发交互式算法 更不能用java和c++混合 而应该用单一语言 那就是c++ 这样设置
断点差错也方便
比如用 jna或者jni 调用c++库 出现的问题:
JNA does not support mapping of c++ classes, so if you're using c++ library
you will need a jni wrapper
If you need a lot of memory copying. For example, you call one method which
returns you a large byte buffer, you change something in it, then you need
to call another method which uses this byte buffer. This would require you
to copy this buffer from c to java, then copy it back from java to c. In
this case jni w... 阅读全帖
c****3
发帖数: 10787
5
来自主题: Programming版 - 10M persistent TCP connections
内存也有很大压力。TCP socket buffer,默认都是不能换页,必须常驻内存的。发送
和接受都算4K的buffer,加起来需要8K。再小因为Ethernet packet size是1500,好像
不太好。
10M连接,单socket buffer内存就需要80G,就算用2K的buffer,两个方向4K,也要40G
b*******s
发帖数: 5216
6
来自主题: Programming版 - 10M persistent TCP connections
tcp_rmem (since Linux 2.4)
This is a vector of 3 integers: [min, default, max]. These
parameters are used by TCP to regulate receive buffer sizes.
TCP dynamically adjusts the size of the receive buffer from
the defaults listed below, in the range of these values,
depending on memory available in the system.
min minimum size of the receive buffer used by each TCP
socket. The default... 阅读全帖
c****3
发帖数: 10787
7
来自主题: Programming版 - 10M persistent TCP connections
内存也有很大压力。TCP socket buffer,默认都是不能换页,必须常驻内存的。发送
和接受都算4K的buffer,加起来需要8K。再小因为Ethernet packet size是1500,好像
不太好。
10M连接,单socket buffer内存就需要80G,就算用2K的buffer,两个方向4K,也要40G
b*******s
发帖数: 5216
8
来自主题: Programming版 - 10M persistent TCP connections
tcp_rmem (since Linux 2.4)
This is a vector of 3 integers: [min, default, max]. These
parameters are used by TCP to regulate receive buffer sizes.
TCP dynamically adjusts the size of the receive buffer from
the defaults listed below, in the range of these values,
depending on memory available in the system.
min minimum size of the receive buffer used by each TCP
socket. The default... 阅读全帖
S*A
发帖数: 7142
9
来自主题: Programming版 - C10M 练习 step 1: 10M sockets
我觉得大家讨论很热情,
我们来做点练习吧,不要光说不练。
下面这个程序是暴露一些写 C10M 可能碰到的问题,
看看大家有没有神魔解决方法。如果有,请贴程序或者
脚本,方便他人重复实验.
如果实在没有人贴答案,我也可以公布我自己的。
#include
#include
#include
#include
int main(int argc, char *argv[])
{
int i;
for (i = 0; i < 1024*1024*10; i++) {
int s;
s = socket(PF_INET, SOCK_STREAM, 0);
if (s < 0) {
char buffer[1024];
snprintf(buffer, sizeof buffer, "socket #%d", i);
perror(buffer);
... 阅读全帖
S*A
发帖数: 7142
10
来自主题: Programming版 - C10M 练习2: 空TCP 连接,1M per 4G RAM
我可以告诉你的是我的实验通过了,就是在4G 的笔记本上,
服务器端程序没有改。(其配置有改)。这个buffer 我的确
没有碰。你能指出 kernel allocate buffer 的代码在那里吗?
我们可以一起看看是不是空连接就已经分配 window buffer 了。
我粗略看了一下,没有在连接的时候找到。如果你很确定知道
buffer 在那里分配的,有 kernel 源程序最好。那值得研究一下
为什么我的机器没有 crash.
S*A
发帖数: 7142
11
来自主题: Programming版 - C10M 练习2: 空TCP 连接,1M per 4G RAM
我可以告诉你的是我的实验通过了,就是在4G 的笔记本上,
服务器端程序没有改。(其配置有改)。这个buffer 我的确
没有碰。你能指出 kernel allocate buffer 的代码在那里吗?
我们可以一起看看是不是空连接就已经分配 window buffer 了。
我粗略看了一下,没有在连接的时候找到。如果你很确定知道
buffer 在那里分配的,有 kernel 源程序最好。那值得研究一下
为什么我的机器没有 crash.
f****4
发帖数: 1359
12
struct packed_struct packed_data = {0};
packed_data.f1 = 45;
packed_data.f2 = 14;
packed_data.f3 = 0;
char buffer[2];
memcpy( buffer, &packed_data, sizeof(packed_struct));
struct packed_struct *ptr = (struct packed_struct *) buffer;
cout<< sizeof(packed_struct) < cout<< sizeof(buffer) < cout<f1< cout<f2< cout<f3<
f********x
发帖数: 99
13
Batch is a special case of streaming
Posted on September 15, 2015 by Kostas Tzoumas
In recent blog posts, we introduced what we deem as requirements for systems
to classify as stream processors, and followed up with a detailed
comparison of current approaches to data streaming, including extensive
experiments comparing Apache Flink and Apache Storm.
We are not the only ones to make the point that streaming systems are
reaching a point of maturity which makes older batch systems and
architectures... 阅读全帖
s********k
发帖数: 6180
14
我说的buffer不是内存buffer,是go channel buffer:https://gobyexample.com/
channel-buffering
或者这么简单说,你的几万个goroutine之间需要互相交换什么信息吗?如果整个设计
上很多地方就是需要blocking,那么确实go没有办法做到最高效。所以我理解对于大规
模 I/O交互的应用,可能Go并不一定比epoll + event callback高效这是确实,
看看这个?https://eklitzke.org/goroutines-nonblocking-io-and-memory-usage
r****o
发帖数: 105
15

blot stripping buffer:
100mM beta-Mecaptoethanol
2% SDS
625mM Tris.Hcl pH6.8

To make 50 ml stripping buffer:

41.5ml ddH2O
5ml 20% SDS
3.125ml 1M Tris.HCl pH6.8
0.352ml beta-Mecaptoethanol
To use the buffer to strip the blot:

1. incubate the blot in the stripping buffer for
30 min at 70 celcius degree
2. Wash the blot with PBST five times
Note: this protocol's condition is very hars
r****o
发帖数: 105
16
本文献给YL
(十一)核抽提物
上回谈到纯化AP-1转录因子的大致流程。其实在过柱子之前的核抽提物的准备
也是十分关键的。从天然产物中纯化蛋白,如果大概知道蛋白在什么细胞器官,把
细胞器先分离出来作为纯化的起始原料,可以省好多事情。因为细胞器官的分离的
方法已经很成熟了。
核抽提物是怎么准备的呢?首先,融解Hela细胞。我们在这个模块用的细胞都不
是自己长的,而是直接从一个公司Biovest 买来的。据说这个公司有NIH的补贴,
所以价钱不贵。一升media的Hela细胞才要17刀。冻存在-80度的hela泡在有
glycerol的buffer里面,第一件事情就是要用有镁离子的PBS来冲洗几遍。然后用
一种低渗buffer来重悬细胞。这种低渗buffer盐浓度很低,所以由于渗透压的影响,
hela细胞膜会变得比较脆弱。这个时候呢,把重悬的细胞用Dounce 匀浆器处理一
下,把细胞膜弄破。低渗buffer里头虽然盐浓度很低,但也不是没有盐在里面。主要
有两种成分,一个是10mM KCl ,另一个是 1.5mM MgCl2。KCl没有什么好说的,
可以换成NaCl。MgC
i*******n
发帖数: 48
17
来自主题: Biology版 - western reprobe
Buffer needed:
stripping buffer:
2% SDS
100 mM beta-mercaptoethanol
50 mM Tris, pH 6.8
Procedure:
1. Heat stripping buffer to 50c in water bath.
2. Incubate blot with stripping buffer at 60c for 30-45 min with gentle
shaking.
3. Rinse blot several times in TBS.
4. Blot is now ready for re-block and blot.
always work,and also I tried stripping several times

stripping
s******y
发帖数: 28562
18
来自主题: Biology版 - 到底怎么抽提全细胞蛋白呀?
你的方法没有问题,大部分实验室都这么做的。但是我不建议你和老板顶牛,你最好是
要分清矛盾的主次,不要为了这种小事情和他翻脸。
用RIPA buffer 并不能保证所有蛋白都溶解,而且里面的detergent 会干扰
Bradford protein assay,这个在大部分bradford assay的技术说明书里会提到。
你可以拿一个已知浓度的蛋白(such as BSA),一半溶在PBS, 一般溶在RIPA buffer,
然后做这个Bradford assay, 体会一下,
你会发现溶在RIPA buffer 里的蛋白的数值和PBS里的不一样,而且仪器上
读出来的数值不稳定,每次重复测量读出来的数值都大大的不同。
注意先不要告诉老板!先自己偷偷做一个,心里有数,然后再跟老板讨论,装作
谦虚的说你听说RIPA buffer 有这个问题,然后建议你们作这个实验,然后
再当面重新作一次给他看. 注意这个顺序不能颠倒!一定要自己先做一次,知道
结果了,然后才装着和他讨论装着你是第一次做这个实验。
千万千万不要直接第一次就作给他看!否则万一你们的蛋白有问题,
或者你们的UV spec 有问
f*********r
发帖数: 1233
19
来自主题: Biology版 - 请推荐一款仪器
我比较喜欢这个公司的二抗。条带清晰,特异性高,交叉反应比较少,背景干净。价钱
不贵。500ul还不到200块。
不过用licor机器,blocking的时候和稀释抗体的时候,最好用专用的blocking buffer
。一般是licor自己出的buffer,或者是rockland的buffer。用albumin配或者用奶粉好
象效果不太好。好在buffer可以回收再利用。
T**********t
发帖数: 1604
20
来自主题: Biology版 - 蛋白胶的问题请教一下
你的loading buffer是有pH缓冲能力的,如果你的样品最终pH不对,说明buffer缓冲能
力不够。一般SDS胶的loading buffer是用的cathode buffer的1/4浓度,你把它提高到
1/2或者更高好了。或者像sunnyday同学说的那样,直接加NaOH调上去。
x*****e
发帖数: 309
21
贴个我的做法吧,成功率很高,供参考。
1、引物退火溶液Annealing buffer: NaCl 100 mM, Hepes 50 mM, pH 7.4
(1ml: NaCl 2M 50ul, HEPES 1M 50ul, 加水至1 ml,pH试纸调pH)
2、引物浓度约=28.3ug/OD, 加入94ul Annealing Buffer 至终浓度 0.3 mg/ml
3、加入上下游引物各10 ul,Annealing Buffer 30 ul,90度4分钟,70度10分钟,然
后放到500 ml装有70度热水的烧杯中,室温冷却后连接或-20度保存。
4、连接质粒,加入2ul退火后的产物,1 ul T4 DNA ligase buffer, 1ul pSR/BglII+
HindIII 线性质粒, 5 ul 水,1 ul T4 Ligase. 连接(16度过夜或室温30-120分钟)。
5、加入1 ul Bgl II 至连接产物中,37度消化30分钟,转化感受态细胞。
6、挑取转换子,提质粒,酶切鉴定,注意阴性克隆切出条带大概1kb(227,248和
281bp条带差异不明显,故对
l***y
发帖数: 638
22
来自主题: Biology版 - SDS胶的图
running buffer很少有问题的,查配胶的两个buffer,尤其是ph8.8那个,加上样
buffer也
就那几样东西,统统换新的,有钱的直接把acrylamide也扔了
如果跑的marker是premix的,上样buffer可以排除了

adjust
p*****r
发帖数: 64
23
来自主题: Biology版 - 请教drug screen中的技术问题
多谢大家的建议.
aishang,我目前就想用机器先remove大部分的medium,剩下约8ul的medium (如果剩下的
medium太少的话,机器的tip头就会很容易带走细胞),然后多加一些lysis buffer.虽然
这样lysis buffer被稀释了,但可以试试能不能拿到足够的RNA.
ArtyArty: 我目前用的是Cell to CT kit, 它提供lysis buffer, stop buffer,裂解细
胞后,可以拿到RNA, 然后RT 后拿到cDNA.你能不能告诉我你知道的那个不用提RNA,就可
以做qPCR 的kit吗?十分感谢
smartkevin: 多谢你帮我查的plate, 我先打电话问问corning,看他们的这个plate怎么
work的,希望fit my story
目前这个实验是在broad做的,但broad里的人都用贴壁细胞,这样remove medium的时候,
细胞都不会少,所以他们对我的悬浮细胞也没什么好的建议.
多谢各位了.
s********n
发帖数: 248
24
来自主题: Biology版 - 有人做过pAKT western blot的么?
M-CSF培养的bone marrow macrophage,stimulate以后western blot 磷酸化的AKT/ERK
/STAT1,其他两个都blot的很好,但是pAKT总是没有想要的带,貌似出来的带都是二抗
结合的非特异性带。
请问版上高人,有blot过pAKT的没有?能否帮我看看问题出在什么地方了啊?
我用的WASHING BUFFER是TBST with 0.05%Tween 20,
BLOCKING BUFFER:5%BSA/TBST,
一抗就dilute在blocking buffer里边。
protocol:
室温block 1h,一抗4度过夜,洗3次×10min;二抗室温30min,洗3次×15min。
我初步怀疑是tween 20量加多了,又看到班上有用pbs做washing buffer的,貌似pbs更
温和一些,不知道用pbs会不会好一些?
小女子多谢了先!
C*****h
发帖数: 926
25
Buffer的pH值,非常关键。pH值相差0.02,转染效率可能相差几倍。
所以,不能自己配buffer,要买现成的。
而且,buffer一买来,就要0.2 um filter,然后每1 ml分装到一个管子,-20度保存。
这样,才能保证每次实验,buffer的pH值都是一样的,连0.02的误差都没有。
plasmid的量,跟CaCl2的比例,要保持好, 每125mM CaCl2,15-25ug plasmid。
b******k
发帖数: 1874
26
I am writing to ask for help.
I am using Miltenyi anti-NKp46-biotin-bead- MS column kit. The first step is
to get splenocyte from spleen by gentlMACS without enzyme treatment. A very
simple protocol, just put spleen into the PEB buffer and let gentleMACS run
m_spleen_01 program once, and filter, spin, aspirate, resuspend the pellet.
The problem comes from the resuspending process. The small tight pellet will
produce(or contain) big clump that is almost impossible to break when 10 ml
PEB buffer i... 阅读全帖
w******e
发帖数: 1187
27
sample buffer: PBS+DNA loading buffer; running buffer: TBE.
我平时run cold RNA都是用这个buffer system没出过问题,不过平时用的gel都是
10% premade gel,room temperature,还是有点不太一样。

upper band有增加我觉得是complex增加的缘故(不考虑极高background的话能fit出
Kd-_-),bottom band确实不应该,我也不知为啥。。。
n**8
发帖数: 221
28
来自主题: Biology版 - RIP 菜鸟求助
本人分子生物学菜鸟。。。
在做RNA-IP, 想用特异性的抗体把一个细胞核内的蛋白(RBP)binding的RNA pulldown
下来,
试过几种buffer,但是都不理想,
用过RIPA buffer 虽然可以IP到目标蛋白, 但是好像RBP-RNA complex 被打散了。RNA
没有被
IP下来。。。
2006年的两篇Nat protocol 文章用到Polysome lysis buffer去IP RNA。
(Peritz et al., 2006; Keene et al., 2006).我也试了一下,发现目标蛋白没能IP下
来,
连IP input WB 也detect不到这个RBP, 猜测lysis条件可能太gentle了,核膜没有破。
请教有RIP经验的大侠,有没有其他的好用的RIP buffer?
Any suggestions are appreciated!
不甚感激!
d****7
发帖数: 109
29
来自主题: Biology版 - 请教 PPARgamma ChIP assay
PPARgamma的ChIP有难度,但是RNA polII的ChIP signal应该很强啊,你说IgG信号强,
我觉得
很可能是试剂盒的buffer污染了,我当初用Millipore的方法的时候就出现了这个问题
,我的TF没信
号,IgG信号极强。后来觉得是污染,我就自己配Buffer,不用试剂盒的buffer,然后
就变成IgG和
我的TF都没带了,至少解决了污染问题。
后来我发现,Millipore这个方法有SDS在lysis buffer里,对于结合力强或者表达量高
的蛋白很容
易出结果,比如SRF,ELK1之类的,我的TF表达量低,结合力也弱,怎么做都出不来,后
来我换了个
protocol,是Riachar Young's Lab protocol,就好了!
尚勇丰建立ChIP,真搞笑,哈哈
d****7
发帖数: 109
30
来自主题: Biology版 - 请教 PPARgamma ChIP assay
PPARgamma的ChIP有难度,但是RNA polII的ChIP signal应该很强啊,你说IgG信号强,
我觉得
很可能是试剂盒的buffer污染了,我当初用Millipore的方法的时候就出现了这个问题
,我的TF没信
号,IgG信号极强。后来觉得是污染,我就自己配Buffer,不用试剂盒的buffer,然后
就变成IgG和
我的TF都没带了,至少解决了污染问题。
后来我发现,Millipore这个方法有SDS在lysis buffer里,对于结合力强或者表达量高
的蛋白很容
易出结果,比如SRF,ELK1之类的,我的TF表达量低,结合力也弱,怎么做都出不来,后
来我换了个
protocol,是Riachar Young's Lab protocol,就好了!
尚勇丰建立ChIP,真搞笑,哈哈
h****k
发帖数: 182
31
来自主题: Biology版 - western blot for phosphorylated protein
lysis这一步的时候大家是怎么做的?刺激细胞之后有spin down吗,还是直接加lysis
buffer比较好?因为signal都很快出现,所以考虑直接加,但又不知道细胞体积和
lysis buffer体积比例怎样比较好。另外可以直接加loading buffer 不加lysis
buffer吗?
a***c
发帖数: 960
32
我也有楼主说的问题,是不是buffer有问题呢?
我用的是Towbin buffer(25 mM Tris, 192 mM glycine (20% methanol)),Bio-Rad
的机器,测了buffer的pH8.5,似乎没有问题。
你的buffer配方是什么?
g*o
发帖数: 769
33
来自主题: Biology版 - western转膜见鬼了
最近连续两次, 300mA, 1.5hr, 只有少量的marker转到膜上
上次: 用自己4C冷藏的reused transfer buffer, 以前precut的硝酸纤维素膜.
这次: 用了新配的transfer buffer, 新切的硝酸纤维素膜, 换了转膜的chamber. 相同
电源条件: 300mA, 1.5hr. 结果类似, 还是只有一点点转到膜上, 胶上还有不少蓝
marker. 再用邻座小胖的reused transfer buffer, 加转1hr, 几乎没有看到任何
improvement.
胶貌似没问题. 我分别做的7.5%, 9%, 12%的胶, marker泳动速度和胶浓度一致, 清清
楚楚分开了.
简单的转膜会出什么问题呢? 盒子换过了, buffer换过了, 胶新配的且跑的没见问题,
膜是公用and新切的...连滤纸也是以前precut好的, 一直没问题, 现在都差不多用完
了....做western近10年, 忽然遇到这样的怪事, 哪位达人能帮忙分析解释一下?
E**********1
发帖数: 73
34
来自主题: Biology版 - Need help about siRNA
Hi all:
Recently I planning to do siRNA, but I have a detailed question.
I got siRNA from Dharmacon, and it came as dried pellet, which means I need
to dissolve it in some solutions. The instruction suggests resuspending the
dried pellet in RNase-free 1X siRNA buffer (60mM KCl, 6mM HEPES-KOH, pH7.5,
0.2mM MgCl2), or in RNase-free water for short-term storage.
It will take time to place another order only for those buffers. So I am
wondering how you guys do that. Can we make the buffer by ourselv... 阅读全帖
b******s
发帖数: 1089
35
来自主题: Biology版 - 请教:关于DNA克隆里的双酶切
虽说理论上这两个酶在大部分buffer里活性都不错。但实际上并不一定所有的组合都好
用。
尤其是有时候在非最佳的buffer里会有star acticity。如果同时做双酶切出现问题,
可以考虑做sequential digestion。你不必每步都抽提,可以先用离子浓度低的buffer
第一个酶先切,然后换成离子浓度高的buffer,用第二个酶切。如果切的时间足够长,
酶量足的话,我觉得不一定要加CIP,这样会促进其后的连接效率。
H****n
发帖数: 26
36
自己折腾了好久,还是解决不了问题,只好来版上请教大牛了。
DNA shearing to 150-700 bp, Input DNA 量是~100ug,抗体用Abcam的anti-HA (
ChIP grade, 5ug for each IP)
抗体结合的buffer 配方是(ChIP dilution buffer: 20mMTrisHC PH8.0, EDTA PH8.
0 2mM, NaCl 150mM, SDS 0.01%, TritonX-100 1%). 抗体incubate Overnight,
millipore的beads用dilution buffer 洗三遍,然后BSA block overnight 第二天加进
去,3-4hours.
还有,做的是tissue的ChIP(表达这个TF的细胞只占细胞总数的8%-10%),为了让固定
的1%甲醛渗透更快点,用tripsin消化了
组织(之前直接用SDS裂解组织也做过,效果也不好),固定10min.
wash: 1 low salt ->1 high salt->1 LiCL suffer->2* TE
问题: 1.... 阅读全帖
f*******l
发帖数: 99
37
我做过的那个膜蛋白有14个transmembrane domains and several glycosylation
sites,也看到过和你类似的smear.
我用的lysis buffer/IP buffer 是30mM n-Octyl-beta-D glycopyranoside or 10mM
CHAPs buffer,都可以看到清晰的单条带(最常见的glysylated form)
上样前一定不能煮,要用8M Urea buffer RT 处理。
z******i
发帖数: 120
38
看来楼主也是很费了一番功夫的。 俺也就很想能帮上忙。
1.你的A 蛋白是全长吗。不是的话,最好的办法就是加TAG. (最推荐的方法,目前你
还没有试过)
以俺经验,改变CONSTRUCT往往是最有效的。 试试改改。
2. BUFFER TEST 可以进一步做一下: 用CONCENTRATOR 把A.B 都浓缩一下,目的是要
FLOW THROUGH 的buffer。 然后用 A-B buffer ‘B-A BUFFER 再试试看。
3.PEI DNA/RNA, 然后硫酸铵沉淀蛋白,这样才能彻底去除 BOTH DNA/RNA 和 PEI。另
外你说的不知道结合不结合,可以看一下260/280 VALUE,很简单。不要用EB啥的,那
个不准,跟上样量有很大关系
G**********s
发帖数: 74
39
rt。
看了几篇paper,是关于potassium depletion的。 其中potassium depletion buffer
的地方,我不太明白. 几篇paper中,buffer的组成是:Hepes, NaCL, CaCl2, MgCl2,
glucose (PH 7.4),对于不同的paper(都是HEp-2 cells),组成和concentration都
不不一样,比如有的不含MgCl2 和glucose,但共同点是都有Hepes这个buffer。其中一
篇paper解释加入CaCl2是因为他们实验中的某种protein binding需要Ca+,但关于其他
成分,没有说明。
我的问题是:如果我做一个不同cell line的实验,那么这个potassium depletion
buffer我应该怎么做?比如能用PBS代替Hepes吗?要怎么加入各种成分才能最大程度上
保持和普通实验的一致性呢?(普通实验就是incubated with growth medium, RPMI
1640)。
没有什么头绪,有点乱,让大家见笑了。谢谢!!!
n******2
发帖数: 971
40
实验要检测目标蛋白在特定DNA区的结合;用histone H3抗体作阳性对照,IgG作阴性对
照;磁珠beads。发现在裂解液中加入beads-抗体后,beads会有不同程度的粘结.总体
趋势是H3〉目标蛋白〉IgG。 其中IgG-beads几乎没有粘结的现象。这个观察可以理解
为不同抗体富集蛋白的能力和总量不同,H3最强,IgG最弱。这种粘集在不同的wash
buffer处理时,没什么改变,但是当最后用TE洗的时候却一下子消失了。似乎TE破坏了
蛋白之间的相互作用使beads变得不再粘连了。
问题是TE中并没有什么特别的成分,除了不包括detergent和LiCl,Tris和EDTA的浓度
和最后的wash buffer相同。PH值TE:7.99;wash buffer:8.14也没大区别。
请同学们指教一下,为什么加了TE后,beads不再粘连了?这种现象是否暗示有蛋白产
量上的损失?以及最后一步如果省略在wash buffer 1,2,3后用TE洗beads会有什么结果?
多谢了。
d****i
发帖数: 2346
41
具体效果如何?从网上图片对比看比biorad的gel好很多。但是sample buffer,
running buffer and transfer buffer都不一样,实验室里要完全转过来也不容易。以
前加过SDS sample buffer的蛋白样品据说是在上面跑结果会很不好,如果真是这样,
好多样品以后用起来就不方便了。
用过的朋友说说优点和缺点吧。谢谢!
s******y
发帖数: 28562
42
来自主题: Biology版 - SYBR real-time PCR误差很大?
Taqman 因为信号取决于probe, 所以对杂带的容忍程度高一些,所以Ct可以做到稍微高
一点点(也就一点点而已)。你的这个问题其实主要是因为不同公司作的buffer的优化
程度不一样。
如果你用同一个buffer,primer, 以及同一个酶来跑,你就会发现其实这两者相差真的
没那么大。
对于SYBR,一般说可以做到是30, 但是出于谨慎,凡是超过25的我都会直接扔掉然后重
新配更
浓的样品从新作。另外,一般地方会让你加个1ul cDNA sample,我是宁可把cDNA
sample 稀释了然后直接加个3ul(因为这样上样的误差小很多)。
你的情况,我的建议是不要浪费时间搞什么优化,直接用Taqman吧。
如果你真的有特殊原因要用SYBR,那么建议你直接搬用Taqman buffer(不加probe即可
),然后自己手工加SYBR-green and DMSO, 而不是从头优化Invitrogen buffer.

Ct
j****n
发帖数: 3370
43
来自主题: Biology版 - 请教PCR问题
不同的酶最优条件是不一样的。。。
我们做pcr优化顺序
1 touch down pcr
2 gradient pcr
3 换buffer 推荐epicenter buffer kit 有12 种不同buffer 适合不同gc含量的
对于特别难P的 我们经常发现只有1-2个buffer可行
4 换酶 我们实验室全部都是用q5 除了colony pcr 所以一般换酶不会有太好结果 以前
也试过不同公司的 感觉都不如q5
e***b
发帖数: 53
44
来自主题: EE版 - 请教:bandgap的一个问题
I never saw anyone directly uses a bandgap as power supply.
You will always need a buffer.
Actually, you are talking about a voltage regulator now.
Yes, the buffer output voltage will drift with temperature due to buffer offset drift, unless you use chopper or autozero technique. why do you have to have constant supply voltage? It is not a problem for me if supply voltage changes .Typicallly, the buffer is in feedback operation. the close loop output
impedance is much less than its open loop ou
w*****n
发帖数: 27
45
来自主题: EE版 - 请教:bandgap的一个问题
我知道是要用buffer的。用的话是不是还要考虑到驱动的问题,因为外电路会sink
current from buffer,这样会不会影响buffer的工作状态,使之不能正常工作?

offset drift, unless you use chopper or autozero technique. why do you have
to have constant supply voltage? It is not a problem for me if supply
voltage changes .Typicallly, the buffer is in feedback operation. the close
loop output
c********n
发帖数: 258
46
来自主题: EE版 - 有做fabrication的兄弟嘛
请问Al0.7Ga0.3As用什么溶液比较容易etch?
我的substrate长有三层300nm厚的GaAs,它们被四层200nm厚的AlGaAs分隔开,
我试了buffered HF(Leodyne BOE 15:1)泡了2小时,解理面上通过SEM可以看到
由于AlGaAs被从解理面etch,而GaAs不被etch,已经可以看到明显的分层。
然而最上面一层的AlGaAs按理说也应该被Buffered HF全部Etch掉才对,因为它整个
面都暴露在Buffered HF溶液中,但是现在最上面一层AlGaAs好像还是完好无损,
只是侧面被etch。
难道表面上有氧化膜之类的东西?还是说Buffered HF etch AlGaAs就是非常慢?
layer结构如下
s********k
发帖数: 6180
47
我现在假设不考虑超时,就考虑buffer overflow(另外超时也可能是buffer overflow
)。这个buffer是在哪一层的?IP?MAC?或者buffer独立存在,不属于某一层?
s***m
发帖数: 336
48
今天去问了下老师,得到一些答案:
1)3个buffer那条支路的jitter更严重。因为jitter的来源是manufacture,
temperature, voltage variations, jitter可正可负,buffer越多,各个buffer所带
来的jitter可能会相互cancel off。所以,5个buffer的支路比3个的支路的jitter要少。
2)NMOS比PMOS的leakage current要严重。因为nmos的threshold voltage低。
3)老师 也不太明白。
仅供参考。欢迎发表更多见解!谢谢。
r*****8
发帖数: 2697
49
来自主题: _voip版 - OBi100 ATA在amaozn有货了
我装的是plugapps (Arch)
只安装了samba, cherokee和asterisk, 没有安装apache
打开Asterisk之前:
Plugbox ~ # free
total used free shared buffers cached
Mem: 123020 102612 20408 0 48484 25444
-/+ buffers/cache: 28684 94336
Swap: 524284 6224 518060
打开Asterisk之后:
Plugbox ~ # free
total used free shared buffers cached
Mem: 123020 120696 2324 0 304 8672... 阅读全帖
m*******e
发帖数: 1598
50
http://www.1point3acres.com/bbs/forum.php?mod=viewthread&tid=175382
今天被叫到HR,被通知解雇我了,在去HR的路上已经猜到结果了,一个多月来早
已做好心理准备,说真的,好难过。说说我的血泪史吧
我是去年八月份毕业的,找工作比较顺利,同学内推进了一家制药公司,工资不
到5W,但是给办身份。9月底开始上的班,我被分到了一个阿三姐下面做事,开
始的时候对她的为人不太了解,而且刚开始的时候我还没有被分配到具体的项目,
第一个月读读SOP 逛逛实验室 做做training就这么过了,但是第二个月开始,
我就发现这三姐是个不折不扣虐待狂了。我们做的是剂型的设计,当三姐设计好
了方案后,我们就得在实验室照着她的表格做实验,她经常给我突然袭击,比如
说计划第二天开始做实验,但是表格上的化学品实验室里面没有,她就跑过来和
我说:“please check all the vendors, I need it tommorow, overnight
shipping!" 哪里有这样的,她经常临时要一样东西,即使没有,她明天就要,
也不管可... 阅读全帖
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