g**********y
发帖数: 423 | 1 我得到这个数据
CellTypeI CellTypeII CellTypeIII
Hypermethylated 5400 1600 500
Hypomethylated 450 1500 150
用Fisher exact test or chisq test只能说明methyaltion和CellType是相关的。
但是不能表明CellType中的哪种enriched with hyper or hypo-methylation。
显然，CellTypeI中Hypermethylated的数目比较多，要用什么test来说明
CellTypeI is significantly enriched with Hypermethylation。
另外 Is CellTypeII enriched with Hypomethylation?
Thanks!!! |
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g**********y
发帖数: 423 | 2 我得到这个数据
CellTypeI CellTypeII CellTypeIII
Hypermethylated 5400 1600 500
Hypomethylated 450 1500 150
用Fisher exact test or chisq test只能说明 methyaltion和CellType是相关的。
但是不能表明CellType中的哪种enriched with hyper or hypo-methylation。
显然，CellTypeI中Hypermethylated的数目比较多，要用什么test来说明
CellTypeI is significantly enriched with Hypermethylation。
另外 Is CellTypeII enriched with Hypomethylation?
Thanks!!! |
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g**********y
发帖数: 423 | 3 个人感觉odds-ratio不行，因为odds-ratio要求binary value (p1+p2=1)
实际上这个表还有一行
CellTypeI CellTypeII CellTypeIII
Hypermethylated 5400 1600 500
Hypomethylated 450 1500 150
non-diff to ref 14150 16900 19350
就是说column sum == 20000 |
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j******4
发帖数: 6090 | 4 整理成这样再做exact test？
CellTypeI other type |
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