s******m
发帖数: 137 | 1 帮朋友询问下有关于CGH(Comparative genomic hybridization) microarray用于胎儿
基因缺陷诊断检查的问题，到医疗版和宝宝版搜了下都没有任何相关内容，就先发到本
版了，请知道相关信息的帮忙，有包子答谢。
我朋友是B超(NT ultrasound)的值很高，约了genetic counsellor，按照建议做羊水穿
刺检查宝宝的染色体。最早说的程序是羊穿后先有一个快速检查（rapid result）可以
排除唐氏综合症，然后还有一个详细报告（final report）可以看全部46条染色体的形
态。医生举例就是是不是明显长一截短一截什么的。这些都正常就做microarray进行
detail gene testing。前天快速检查结果出来，排除了21 18 13 和性别染色体的异常
，昨天他们的医生紧急又约谈了一次说不想做那个染色体的final report了，建议直接
去做CGH microarray。当时说染色体final report能查出的问题CGH microarray全部都
能查，可以节省时间不做重复工作，弊端就是microarray... 阅读全帖 |
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s******m
发帖数: 137 | 2 帮朋友询问下有关于CGH(Comparative genomic hybridization) microarray用于胎儿
基因缺陷诊断检查的问题，到医疗版和宝宝版搜了下都没有任何相关内容，就先发到本
版了，请知道相关信息的帮忙，有包子答谢。
我朋友是B超(NT ultrasound)的值很高，约了genetic counsellor，按照建议做羊水穿
刺检查宝宝的染色体。最早说的程序是羊穿后先有一个快速检查（rapid result）可以
排除唐氏综合症，然后还有一个详细报告（final report）可以看全部46条染色体的形
态。医生举例就是是不是明显长一截短一截什么的。这些都正常就做microarray进行
detail gene testing。前天快速检查结果出来，排除了21 18 13 和性别染色体的异常
，昨天他们的医生紧急又约谈了一次说不想做那个染色体的final report了，建议直接
去做CGH microarray。当时说染色体final report能查出的问题CGH microarray全部都
能查，可以节省时间不做重复工作，弊端就是microarray... 阅读全帖 |
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t**********8
发帖数: 223 | 3 理论上说，CGH可以发现扩增或缺失的基因，由此找到肿瘤的driver基因，但我们实验
室好几个人做这样的课题，根据CGH的data做function，拿到的都是要死不活的结果。
我查了一下pubmed，类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志，好像没几个人用CGH的
方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss，其本身与肿瘤恶性程度无
关，更重要的应该是其上游事件，即引起genomic instability的因素。
有经验的同学请指教，谢谢！ |
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i*********0
发帖数: 915 | 4 CGH可以发现gene 的扩增或缺失,要是我没有记错的话,传统的cgh的精度是MB以上的,很
难判断那个gene和你的phenotype有关.要是精度好点的,可以做array-cgh, 这个可以
screen一些break point. |
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l******n
发帖数: 520 | 5 最近作CGH，请问有做过这方面的朋友吗？想请教下CGH结果的normalization，使用什
么软件。多谢！ |
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t*d
发帖数: 1290 | 6 CGH 一整就整出几百个candidates，这些candidates 中很有可能存在driver。没有办
法给几百个都做function，所以问题是你怎么从几百到几个？
cytogentics 是很多癌症在临床上用得最多的一种指标之一。所以DNA copy的gain 或
loss，其本身与肿瘤恶性程度肯定有某些关联。
拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少，自己再找找。
不用过分迷信技术，但是也不要盲目贬低。一种工具而已嘛。 |
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t**********8
发帖数: 223 | 7 我做的是一個短臂，上面基因很少，<10个。我已經試了兩個了，雖然其表達（包括
mrna 和蛋白）輿腫瘤負相關，但overexpression對一些腫瘤細胞的常規指標（增殖凋
亡等）沒什麼影響。前幾天看到plos one上一個paper，說的也是我做的這個短臂，用
CGH發現跟腫瘤負相關，但他們認為另一個基因是driver，沒function 實驗，湊了一點
data。之前也有幾個group 在不同的腫瘤中發現這個短臂缺失輿腫瘤相關。
我的感覺是，這個短臂之所以跟disease有關，也許不是由它本身的基因決定的，而是
其upstream的event, 引起genomic instability,所以去找其上面的driver基因，找死
也找不到。
“拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少”－－－－－求推薦 |
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b****r
发帖数: 17995 | 8 我是做遗传的对肿瘤涉及不太多
但是平时还是经常关注思考肿瘤，所以也来评一下吧
平心而论，我觉得就这么根据一点缺失啥的找肿瘤病因很容易进死胡同，不是好方向
肿瘤太复杂了，你用什么做材料？如果是原代肿瘤，里面可能是很多细胞clone的混合
物，可能还有大量的stroma cell，你得到的CGH结果到底是什么意思，是有些clone缺
了，有些clone得了copy的综合结果吗？
再如你说的，大部分肿瘤都有genome instability的问题，可以想象，很多gain/loss
其实都是无关紧要的随机事件，从遗传上来说，你发现的gain/loss很有可能只是和真
正的driver连锁了，然后随着clone增生被一起带到后来的细胞群里
另外，做实验难免都要放到体外来，而体外的环境和体内太不一样了，肿瘤在体内要面
对那么多不同的stress，到体外培养条件下都完全不同了，几乎没有stress，唯一的决
定因素就是细胞的增值速度，你养着养着细胞可能就根本不是一群东西了，你再基于这
个做实验，意义何在呢。也许能发点文章，但是对于领域的贡献又何在，这project本
身能走多远，你又学到了一些什么... 阅读全帖 |
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n*********4
发帖数: 99 | 9 CGH microarray is used to check copy number variation.
Since it is DNA array, it should be relatively reliable.
It can be used for whole genome structure variation scan. |
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a********k
发帖数: 2273 | 10 看了一下signature genomics
很常规的microarray检测啦，基本就是看大的染色体异常，比常规染色体检测的分辨率
稍高。至于灵敏度和准确度，他们的检测报告可能会有，也可能需要你Genetic
conselor去问一下。一般能拿到CPT code，有保险公司愿意cover，并且通过CAP认证，
估计accuracy不会低。我估计是90-95%。他们有4个ABMG的diplomate，去掉撑门面的MD
还有三个，出报告的数量肯定不少，资质还行啦。信不过就找Quest lab，大公司。他
们也做CGH array，不过我不确定他们做不做prenatal。大公司的报告都很垃圾就是，
简单粗暴，一般都不如小公司的好。
至于质量嘛，最大的问题永远是人，仪器或者芯片出错了就会报错，人出错了可能自己
都不知道。。。
你想知道具体的知识就直接上网找呗，想要research paper看的话给我站内信。 |
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a********k
发帖数: 2273 | 11 误导了。如果你和传统的分型比的话，CGH的准确率也接近100%。
OB可以说100%，但是诊断的话，谁都有出错的时候嘛。。。
点。 |
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s*******w
发帖数: 2257 | 12 习近平的困境：里外不是人很孤立 骑虎难下(图)
文章来源: BBC 于 2015-06-29 10:28:59 -
新闻取自各大新闻媒体，新闻内容并不代表本网立场！
打印本新闻 (被阅读 52058 次)
点评中国：习近平是亡党之君，还是开创新局？
今年七一，是中共建党94周年。因为不是逢五逢十，官方不会大张旗鼓地纪念，面临各
种生存压力的中国民众更不会有多少人在意这个日子。它只是提醒人们一个事实：中共
离“百年老店”的门槛只有一步之遥。如同一个人的生命周期一样，中共经历了从诞生
、青少年和壮年时期， 现在已进入风烛残年，百病缠身，来日无多。
应该说，习近平上台前对中共的现状是很清楚的，知道共产党深入骨髓的腐败已经失去
民心，党面临生死存亡的关头，他不想做亡党之君。习上台后，用“中国梦”开局，宣
称要“实现中华民族的伟大复兴”，并下大力反腐，企图扭转颓势，再造共产党，使其
起死回生，在中共建党100周年的时候，告慰以毛泽东为首开创红色江山的父辈。
作为红二代出身的中国最高领导人，习近平这样的想法可以理解，借反腐震慑官场，树
立个人权威也无可厚非。可惜的是，他昧于大势，反腐的目的和采取的... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 13 中国又一核心关键技术获得重大突破
我国在离轴三反光学系统先进制造技术上实现重大突破，为我国空间光学遥感器的
跨越式发展打下了坚实基础。日前，这一由中科院长春光机所完成的重大科技成果通过
鉴定。
自上世纪90年代以来，空间光学遥感器在国防、国民经济领域的需求快速增长。如
何解决高分辨率与大视场的矛盾，一直是高分辨率空间光学遥感器研究的瓶颈。离轴三
反光学系统可以同时实现长焦距与大视场，且没有中心遮拦，调制传递函数高，被公认
为新一代空间光学系统的发展方向。然而，由于其结构复杂性和非对称性，制造难度极
大，需要开发多项先进的加工、检测、装调技术予以支持。欧美制造商将离轴三反光学
系统制造技术列为核心关键技术，于90年代末取得了突破性进展，研制出在轨性能优良
的光学遥感卫星。鉴于该技术在国防、国民经济领域具有重要的意义，欧美国家采取了
严格的保密措施。
长春光机所从“十五”开始就展开了离轴三反光学系统的技术攻关。经过10年的艰
苦拼博，张学军领导的科研团队在“离轴三反光学先进制造技术”研究上实现了以计算
机控制光学表面成形技术为核心，涵盖以大口径离轴非球面自动加工设备、大口径高精
度离轴非球... 阅读全帖 |
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R****a
发帖数: 6858 | 14 白兔在离轴三反光学系统上取得重大突破 战略反导系统必备
我国在离轴三反光学系统先进制造技术上实现重大突破，为我国空间光学遥感器的跨越
式发展打下了坚实基础。日前，这一由中科院长春光机所完成的重大科技成果通过鉴定。
自上世纪90年代以来，空间光学遥感器在国防、国民经济领域的需求快速增长。如何解
决高分辨率与大视场的矛盾，一直是高分辨率空间光学遥感器研究的瓶颈。离轴三反光
学系统可以同时实现长焦距与大视场，且没有中心遮拦，调制传递函数高，被公认为新
一代空间光学系统的发展方向。然而，由于其结构复杂性和非对称性，制造难度极大，
需要开发多项先进的加工、检测、装调技术予以支持。欧美制造商将离轴三反光学系统
制造技术列为核心关键技术，于90年代末取得了突破性进展，研制出在轨性能优良的光
学遥感卫星。鉴于该技术在国防、国民经济领域具有重要的意义，欧美国家采取了严格
的保密措施。
长春光机所从“十五”开始就展开了离轴三反光学系统的技术攻关。经过10年的艰苦拼
博，张学军领导的科研团队在“离轴三反光学先进制造技术”研究上实现了以计算机控
制光学表面成形技术为核心，涵盖以大口径离轴非球面自动加工设备、大... 阅读全帖 |
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x******g
发帖数: 33885 | 15 西班牙SENER公司已经与中国哈尔滨工程大学达成了合作协议，为该大学的数字造船实
验室提供FORAN软件许可。由于这个协议，一个FORAN技术支持中心已经被建立在哈工大
的北京实验室。United Force Corporation公司作为SENSER公司在中国市场上从事
FORAN软件分销和技术支持的合作伙伴，也已经参与了此项协议。
据悉，一套完整的FORAN软件已经被安装在哈工大，并配备了在船型、造船学、结构、
机械和装备、电气设计、建造规划、虚拟现实、先进的设计与制图和设计修改与访问控
制等方面获得许可的人员。UFC公司已经为大学工作人员提供关于FORAN软件的必须培训。
根据合作协议，技术支持中心将帮助把FORAN软件引进中国造船业并在关于FORAN软件本
地化和定制化方面协助SENER或UFC公司。
FORAN软件由西班牙SENER集团开发，该公司以船舶设计起家，已有50年的历史，具有40
多年的造船CAD软件开发和应用经验。目前在进行软件开发和应用的同时，仍然承接船
舶设计项目。FORAN软件是世界上应用最为广泛的大型造船专业软件之一。FORAN软件可
以用于各种船型的设计... 阅读全帖 |
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p*******e
发帖数: 480 | 16 【 以下文字转载自 IVF 俱乐部 】
发信人: pearllife (珍珠生活), 信区: IVF
标 题: 重新发一下胎停流产习流总结贴
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 26 02:00:38 2014, 美东)
胎停、流产或习惯性流产对女性的伤害非常大。这是因为它带来的不仅仅是身体上的伤
害，心理层面上的影响更深更远更可怕。在此对其各种原因进行一一探讨，希望可以帮
到一些需要帮助的朋友。
原因之一：不好的胚胎造成胎停，生化妊娠，早期流产或习流
究其原因又细分为：
A.卵子老化：卵子老化是大龄女性生育的头号杀手：因年纪大出现的染色体变异在女性
35岁以上显得更为常见。在42岁以后，这一变异的倾向更加厉害--几乎达到85%甚至更
高的变异率。
检查方法：出现胎停或流产，检查留出物中胚胎有染色体变异，但夫妻双方遗传基因染
色体检查均正常，主要就怀疑为卵子老化出现的染色体变异。如果试管婴儿的话，一般
染色体变异的卵子受精以后，不能发育成胚胎，或生存不到第五、六天。但也有部分可
以继续生育，却导致生化妊娠或者胎停/流产，主要取决于这个不正常的胚胎走得多远。
解决办法—-衰... 阅读全帖 |
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G*****h
发帖数: 33134 | 17 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: wayofflying (小破熊), 信区: Military
标 题: 中国又一核心关键技术获得重大突破
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 17 03:46:59 2011, 美东)
中国又一核心关键技术获得重大突破
我国在离轴三反光学系统先进制造技术上实现重大突破，为我国空间光学遥感器的
跨越式发展打下了坚实基础。日前，这一由中科院长春光机所完成的重大科技成果通过
鉴定。
自上世纪90年代以来，空间光学遥感器在国防、国民经济领域的需求快速增长。如
何解决高分辨率与大视场的矛盾，一直是高分辨率空间光学遥感器研究的瓶颈。离轴三
反光学系统可以同时实现长焦距与大视场，且没有中心遮拦，调制传递函数高，被公认
为新一代空间光学系统的发展方向。然而，由于其结构复杂性和非对称性，制造难度极
大，需要开发多项先进的加工、检测、装调技术予以支持。欧美制造商将离轴三反光学
系统制造技术列为核心关键技术，于90年代末取得了突破性进展，研制出在轨性能优良
的光学遥感卫星。鉴于该技术在国防、国民经济领域具有重要的意义，欧美国家采取了... 阅读全帖 |
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p******6
发帖数: 410 | 18 最近要弄些临床标本提DNA做array-CGH.有些case只有用过的FISH slides available,
有高手能指教一下这些能用来提DNA做CGH吗？FISH probes所在区域我们分析时会考虑
进去的。这些片子当初都denature过，不知道这种变性后单链的DNA好不好提取？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 19 谢谢回复
我目前想看的还没到那么细，我只想看整个gene的deletion/duplication
indel先不考虑，break point在gene内部的也不管
另外，我感觉已有的CNV data中间，大部分还是用的CGH-array检测的，这个自然也不
能对break point的精度有太高要求。而且我个人的感觉是，CNV和SV这两个词虽然很多
时候指同样东西，但是其实跟检测手段有关的。用CGH-array的看到的就是个荧光强度
，所以叫copy number很自然。用sequencing的需要通过alignment的信息来检测，所以
叫structural variation.
我对CNV比较感兴趣是因为它比SNP还是靠谱多了，对disease的贡献很大 |
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d*******2
发帖数: 340 | 20 http://www.edphoton.com/en
Wuxi OptonTech Ltd. specialises in diffractive optical elements (DOEs) and
computer generated holograms (CGHs) for flat-top (also referred to as top-
hat or super-Gaussain) beam shaping and other general beam shaping, beam
splitting, beam homogenizing (diffusing). Examples of general beam shaping
include multi-line patterns, square, view finder, crosshair, grids, rings,
etc. Typical applications of DOEs include phase gratings for optical linear
encoders, DOEs for motio... 阅读全帖 |
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w********t
发帖数: 12853 | 21 (文学城网友评论）
说两句 发表评论于 2011-11-17 08:15:57
这篇文章写得不错。特别是前面的那一段用地球人和外星人的对话来比喻很是精彩。赞
一个。
关于经济方面的理论、政策、实例，就是花上几天几夜也说不完，俺在此也就简单提两
句吧。
一， 中美两国都十分清楚自己的立场及利益；美国希望中国货币与国际接轨，这样美
国潜在地可利用自己强大的金融实力侵消、控制甚至打击中国。而中国也十分清楚一旦
接轨后的人民币所处的复杂、严峻的环境，特别是担心通货膨胀对国内企业及人民生活
的影响以及证卷市场的冲击，所以，中国政府是能拖多久就拖多久，而迟迟不肯与国际
接轨。
二， 别说奥巴马笨，他聪明的很，而且比小布什精明多了。奥巴马的班子已经成功地
挑起了中日之间、中国和南海诸小国之间的摩擦，甚至中印之间的潜在冲突。至于美国
国内的问题，这是小布什留下的烂摊子，而非一两届政府班子可解决。
三， 至于奥巴马要求人民币增值，其实质和小布什班子时一样，是政治家的把戏，目
的是找外界原因给选民们看。中国政府也清楚奥巴马的用意，而且也愿意把人民币增值
之事做为一个亮点给国内老百姓看。人民币增值之争还将继... 阅读全帖 |
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c****y
发帖数: 101 | 22 http://www.genomeweb.com/print/1446176
世界首例经MALBAC基因组扩增高通量测序进行单基因遗传病筛查的试管婴儿2014年9月
19日在北京大学第三医院出生，标志我国胚胎植入前遗传诊断技术已处于世界领先水平。
本例夫妻，男方为单基因显性遗传病患者，经历了多次手术治疗，非常痛苦。该疾病主
要是因为基因序列上发生了单个碱基的缺失，后代中无论男孩女孩都有二分之一概率患
同样的疾病。夫妻在北医三院生殖中心就诊，期望通过胚胎基因诊断帮他们挑选正常胚
胎，避免让自己的孩子患上同样疾病。
他们通过辅助生殖技术共获得18枚囊胚，医务人员利用显微操作技术获得极少量的细胞
，采用本研究组研发的单细胞基因组MALBAC扩增技术，将这些极少量胚胎细胞中的DNA
均匀扩增上百万倍以满足基因分析的需求，结合PCR技术与高通量测序技术，经过低深
度的测序（平均0.1X），可同时观察到全部染色体数目及结构是否异常，并能实现准确
的、单位点的关键基因检测。研究者从18枚胚胎中挑选出3枚既不包含致病位点又不包
含新发现的突变位点，同时染色体正常的胚胎，选择其中一枚移植到女方子宫内，胚... 阅读全帖 |
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m*******e
发帖数: 1598 | 23 加入收藏|设为首页|本地新闻|同城生活信息|手机留园 注册 | 找回密码 | 用户名:
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加拿大华裔演员卧尸好友家 疑抗匪不成遭杀害(组图)
新闻来源: 缘聚加拿大 于 2016-09-25 10:17:46 大字阅读 敬请注意:新闻取自各大新
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加拿大著名真人秀节目主持人乔治史特朗布罗保罗斯(George Stroumboulopoulos)
在美国洛杉矶租住的房屋周五传出命案，41岁加拿大华裔演员Richard Hong相信是遭人
谋杀后，卧尸保罗斯的好莱坞租屋处。
由于警方抵达案发现场前，曾经接获爆窃投报，因此不排除这是一起抢劫杀人案。
洛杉矶警方称：“目击者表示，看到一名黑人男子，从案发现场逃走后就不见踪影
，目击者形容嫌犯是一名黑人，身高大约5尺8... 阅读全帖 |
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D**s
发帖数: 6361 | 25 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: moonshade (月影姐姐), 信区: Military
标 题: 洛杉矶华裔主持人被黑人劫匪锤杀家中
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Sep 25 12:06:40 2016, 美东)
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加拿大华裔演员卧尸好友家 疑抗匪不成遭杀害(组图)
新闻来源: 缘聚加拿大 于 2016-09-25 10:17:46 大字阅读 敬请注意:新闻取自各大新
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加拿大著名真人秀节目主持人乔治史特朗布罗保罗斯(George Stroumboulopoulos)
在美国洛杉矶租住的房屋周五传出命案，41岁加拿大华裔演员... 阅读全帖 |
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A**l
发帖数: 2650 | 26 好像有点问题
字母虽然只有26个，但是是可以重复使用的吧？
abc
cde
efc
cgh
ha
这样c自己形成了环，不知道是不是合题意？
, |
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A****B
发帖数: 335 | 27 谢谢回复。
这个测试的简称叫CGH。我给保险公司打了电话，他们要CPT code(procedure code)，
然后我又给医院打电话，医院说他们不会给这个测试用单独的CPT code,而是会作为CVS的一项附加检测
(extra lab work)来build paper work。所以我的理解是应该能cover的，就签字检测了。 |
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v******y
发帖数: 4134 | 29 主妇被骑电动滑板车少年撞倒，病情牵动全岛
2016-09-22 新加坡眼
一位53岁的洪姓母亲，在路边被一名骑电动滑板车（e-scooter）的17岁青年撞翻，在
送院过程中就陷入昏迷，至今没有醒来。让他的家人，丈夫和一子一女更不能接受的是
----虽然已经动了两次大手术，她的病情每况愈下，濒临生命垂危。他们甚至已经接受
医生的劝告，做了她会离世的最坏打算。
▲e-scooter：怪我咯？！
悲剧发生在上个星期六（17日）的上午10点左右，家住新加坡东部的洪女士像往常一样
，骑脚车去采买杂货。家人无论如何都想象不到，那是最后一次见到清醒状态下正常的
她。因为他们后来被警察告知----她在巴西立1通道附近（因为她的自行车是在那里被
发现的），被一辆e-scooter撞倒了，而当时她并没有骑在车上。
至于被撞的确切地址，以及被撞过程，家属都不甚了了。警察只能证实，是因为鲁莽行
动导致了严重的伤害，现正调查中。洪女士的22岁儿子，就抱着一线希望在网页上求助
，希望能找到事件的目击证人。
▲上图和左图：推断可能的出事地点；右图：受害者洪女士
在不少网友的大力转发求助推文下，就有一名女子提供了有... 阅读全帖 |
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t******e
发帖数: 1646 | 30 嘿嘿 有的是有点贵 但是我们可以借鉴呀！比方说F我就在ross买到形状一模一样但不
是实木的只有15块钱，再比方说CGH我们都可以自己做呀！ |
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s******n
发帖数: 7 | 31 寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家
我们也想借未鸣空间的宝地，公开求贤，寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家，共同创
业。
专业方向:
Gene expression microarray data analysis
Array-based CGH Data Analysis
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欢迎有这方面专长的学者来函洽谈。
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Email:c*****************[email protected]
联系人：Steve Sun, Ph.D. |
|
s******n
发帖数: 7 | 32 寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家
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s******n
发帖数: 7 | 33 寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家
我们也想借未鸣空间的宝地，公开求贤，寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家，共同创
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t*d
发帖数: 1290 | 34 Normalization 的方法很多。个人比较喜欢这篇文章用的算法。
Cancer Cell. 2006 Apr;9(4):313-25.
High-resolution genomic profiles define distinct clinico-pathogenetic
subgroups of multiple myeloma patients.
简单的说，就是把每个sample 的众数（mode) 搞到一样就行了。
据说Partek这个软件用来做aCGH分析不错。俺没用过。 |
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y***u
发帖数: 1467 | 35 没有任何bioinfor的背景，以前的facility提供分析，可现在新用的一家不提供，只好
自己试试。有人建议用dChip.我得到的raw data 好像是用Agilent Feature
Extraction Software 做的，txt file 包含结果。
里面的logRatio 是base 10的。我的土问题就是，是不是应该把这个结果先转换成base
2的。还有这个data 是不是已经经过牛normalized?
我知道我的问题实在是很弱，很土，见笑了，希望这里的牛牛们给点帮助吧，我整天对
着这些data大眼瞪小眼的，很难受。
谢谢！！！ |
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t*d
发帖数: 1290 | 36 没有必要换成log 2. 因为信号小或者大一倍并不表示真正的copy number 少或多一倍。
查查 Feature Extraction software 的软件吧。记得他们好像用什么方法normalized
了一下。最好把图画出来，自己看看。比如那些应该不变的chromosome 的均值是不是
在 0 左右。
自己做的话，如果研究的基因组变化不是太多的话，用median值进行 normalize 就好
了。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 37 我就是去那个list然后每个看着要phd的都申请，大概十个出头，没多少。
我觉得他们看重的，排名不分先后
你过去的遗传方面的经历。 next gen的做molecular比较吃香，质谱啥的则适合
biochem的fellow，做过G带FISH、CGH的cyto fellowship会喜欢
你对临床医学，人类疾病病理生理的理解
你对这种工作有多了解，是不是真的会喜欢从事这种每天发诊断报告，管理一个团队的
工作
推荐人推荐信怎么样
性格如何，因为将来会需要和一个打团队一起工作
英语口语如何，可能会需要向医生和病人解释复杂的结果
暂时想到这么多 |
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a***u
发帖数: 155 | 38 去到一个新的实验室，他们在CGH测序时发现某染色体缺失跟胰腺癌的病程有关，由此
推测此染色体上某一基因是肿瘤抑制
基因，由我接手研究此基因的功能，所采用的策略就是过表达此基因看phenotype. 我
做了大半年了，很郁闷，我试了很多种
细胞，只有一种转入该基因抑制生长。我也试了很多种方法，改变 microenviroment
看能否 push出 phenotype，但还是
没效果。我以前不是做 cancer的，我注意到文献中很多关于 tumor suppressor 都是
直接上 knock out 小鼠的，好象很少
有 overexpression来研究的。但我的二老板就是认为是我本身的原因做不出来，对我
很有意见。有做 cancer的同学能给点
建议吗？ |
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d*******e
发帖数: 1649 | 39 现在的NGS对copy number variation的处理还有一些问题，整个方法还没有成型。传统
上array CGH还是可以的，但你一定要看NGS的东西的话自己找paper看吧，或者找做这
个的人直接问。
see |
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l******u
发帖数: 936 | 40 早都有了，有FISH的时候就开始研究这个了，后来有了array CGH 就方便很多了，现在
的测序技术更是极大提升了这方向的研究能力。 |
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l******u
发帖数: 936 | 41 array CGH 就是GWAS 的， 比10年前就有了。
GWAS |
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w***a
发帖数: 133 | 42 A genes up/down regulated in aCGH result does not equal to its protein
expression.
I guess only 50% of the expanded genes in aCGH really have significant
protein expression. It is what happened to me 2 years ago. |
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t*d
发帖数: 1290 | 43 随便给一篇吧：
A genetic screen for candidate tumor suppressors identifies REST. Cell 2005 |
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t**********8
发帖数: 223 | 44 "很多gain/loss其实都是无关紧要的随机事件，从遗传上来说，你发现的gain/loss很
有可能只是和真正的driver连锁了"我现在就是充满了这种疑惑。
loss |
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Z******5
发帖数: 435 | 45 08年有一篇号称cell年度十佳第一的文章就是用这个技术结合RNAi高通量筛选，一下子
找到了十几个oncogene.
Please cite this article in press as: Zender et al., An Oncogenomics-Based
In Vivo RNAi Screen Identifies Tumor Suppressors in Liver Cancer,
Cell (2008), doi:10.1016/j.cell.2008.09.061 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 46 我倒不一定想做science
只是觉得这涉及很多的sequencing/genomics/bioinformatics,一方面很有趣；另外好
像找工作（不管是学校还是industry）是不是比较有前景？
所以想接受这方面（sequencing/bioinformatics)的训练
另外我在烂校，老板MD-PHD的AP；但老板的老板是超级大牛
按照你的说法，什么方向都是人满为患，大家都不用做了。
而且我读了一些paper，现在published的各种疾病的whole-genome structural
variants的研究，比较靠谱的结果还仅仅是基于array CGH的成果；而不是next-gen sequencing，因为一方面next-gen sequencing还是比较贵的，做不了大规模;另外基于sequencing data的各种鉴定软件的结果根本都自相矛盾，还需要软件进一步的开发当然更重要的是测序技术本身的发展（比如更大的read length）
当然了，我上面说的估计牛人们早开始谋划了，只不过还没publish出来
个人想法，说的不对请指正
的AP faculty了。俺们... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 47 这个microarray做一下多少钱？保险应该不cover的吧？ |
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s******m
发帖数: 137 | 48 接近2000刀，医生给申请了专门的funding，说能批下来，可能因为B超的结果实在不好
，她的ob直接说从没见过这么高的值，他看不，立时推荐给基因专家了。 |
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s******m
发帖数: 137 | 50 谢谢，看来这种microarray的结果大家还都是很信任的，但是如果只有90%的话，误诊
的可能性还是挺大的吧。她的医生上周介绍羊水穿刺的时候，说准确性是100%，他们非
常肯定这个羊水如果检查出有问题就一定有问题。所以我朋友总觉得要不是100% for
sure能准确诊断的话，如果检查结果说有什么毛病决定流产了，可是实际根本是正常的
就太可怕了。我不是搞生物的，可我的专业里也没有什么100%肯定的东西，都是有置信
区间的，所以我觉得100%的说法也不太靠谱，可是microarray的90%好像也还是低了点。
我还是想帮她看看专业研究的论文，清查站内，双黄包表示感谢。
MD |
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