由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: cid
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s*****5
发帖数: 52
1
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: shxm725 (晓晓), 信区: Biology
标 题: 问有关质谱ETD/CID decision tree的问题
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 28 18:11:47 2015, 美东)
问版上做质谱的行家,有重复过Josh coon几年前发表的那个ETD/CID decision tree的
方法吗?就是用ETD碎裂高电荷低M/Z的precursor,其他的用CID. 我最近在Orbitrap
Fusion上试图重复,发现ETD使CID的scan数也减少了很多,最后还不如只用CID。只用
ETD得到的蛋白数比CID少非常多,觉得可能是反应时间设的过长,但是设的短谱图质量
看起来很低。顺便求问如何优化ETD的参数及注意事项等,谢谢!
s*****5
发帖数: 52
2
问版上做质谱的行家,有重复过Josh coon几年前发表的那个ETD/CID decision tree的
方法吗?就是用ETD碎裂高电荷低M/Z的precursor,其他的用CID. 我最近在Orbitrap
Fusion上试图重复,发现ETD使CID的scan数也减少了很多,最后还不如只用CID。只用
ETD得到的蛋白数比CID少非常多,觉得可能是反应时间设的过长,但是设的短谱图质量
看起来很低。顺便求问如何优化ETD的参数及注意事项等,谢谢!
k****o
发帖数: 728
3
首先,ETD的optimized reaction time是proportional to 1/z2。ETD有利于high
charge state(CS>=+3)。不知道你的peptide大都是多少CS。对于tryptic peptides,
基本都是+2-+3,所以大多CID比ETD效果好。而现在越来越多地用到其他酶解的peptide
比如Lys-C, Glu-C等产生long peptide,那ETD的优势就很明显了。
Fusion用的软件比前几代仪器在data-dependent MS2的设计上有很多优化。你可以针对
不同的CS设定适合各自的CID或ETD(包括ETD的reaction time)。比如+2只用CID,+3和
+4的用both CID and ETD。高于+4的只用ETD。ETD对+3CS可以用60ms,+4就是60 * (3/
4)2= 34ms。其他对于>+3 CS的ETD time以此类推。
最后,不知道你对于MS2是用IT检测(低resolution)还是Orbitrap FT检测(high
resolution)。后者有利于看清long peptid... 阅读全帖
k****o
发帖数: 728
4
看你怎么看了。ETD确实是charge assumption的技术。如果想把precursor全部与ETD
reagent anion反应完,则需要比理论optimized reaction更多的时间,而这也同时带
来使First-generation fragment ions继续与reagent ion react产生internal
fragments和更多的small N- and C-term fragment ions。对于不大的peptide(比如
3000 Da以下的),延长reaction time来提高fragment intensity没什么大问题,因为
靠+1, +2 fragments你就能ID或characterize peptide了。 而对于大的peptide,这
样做会产生internal fragmentation(这些internal fragment你是看不到的,他们“
沉淀”成为MS2 background),会让比较small的terminal fragment ions增多(
signal增强),你只能得到比较好的terminal seq... 阅读全帖
K******S
发帖数: 10109
5
ETD sensitivity/efficiency比CID低是肯定的
CID在ION TRAP里还是最快的
FUSION叫TRIBRID是你可以同时做3件事情.我觉得如何利用这个优势更重要.比如在
ORBITRAP做MS1或者HCD的时候别让ION TRAP闲着.
CID FRAGMENT的时候是M/Z FOCUS的,意味着如果PEPTIDE上的修饰容易掉的话,就不会有
很好的BACKBONE FRAGMENTS (因为修饰掉了M/Z就变了), ETD可以解决这个. 但现在有
HCD了,是QUADRUPOLE FRAGMENTATION (修饰掉了还可以继续FRAGMENTATION),对修饰的
PEPTIDE效果也不错.
尤其FUSION的速度太快了,15HZ ORBITRAP, 20HZ ION TRAP. 那这个当QE使唤有些大材
小用了.
k****o
发帖数: 728
6
请教三个metabolites的CID脱GlcA(Glucuronic acid,见第二个附图)的难易程度。
这三个分子,CID MS/MS 用default的35% energy时,GlcA几乎都掉了。然后减小CID
MS/MS 的colision energy,发现A相对最不容易掉GlcA。怎么解释?
多谢!
图片看不到的话,请看3楼jpg格式。
f******l
发帖数: 710
7
好像同期申请的CID都是一样的
在学校没带卡,没有CID转不了CO。。。
多谢多谢!
r*****m
发帖数: 3619
8
CID 的缺点一个是看不到小于 precursor ion MW 三分之一的 fragment ion, 另一个
是容易打掉蛋白的修饰基团,对修饰基团的定位带来困难。
ETD 可以克服above两个问题,但是对sample的纯度和用量,都比 CID 高。
Fusion 真正高级的地方,是在做HCD时可以连续把 MSn 做下去。
s*****5
发帖数: 52
9
您说的很对,所以我之前试着搞了一个既用HCD-OT又用CID-IT的method,但是发现对
proteomics蛋白数检测提升不多,所以才想着看看能不能把ETD整进来,提高对高电荷
(>=+4)ion的coverage,因HCD/CID不容易碎裂高电荷的ion.不知道您对这个有没有什么
建议~
至于拿Fusion当做QE使,其实主要是data analysis方面有瓶颈,我们一般是做大批量
的label-free(30~40个LC-MS run),如果MS2 scan太多了,data processing就会很困难
. 因为Orbi做MS2 scan速度慢,scan数低,谱图信息也少却更精确,所以才选择这种模
式作为常规检测。自从FUSION出来之后,感觉大部分实验室结果是Ion trap做HCD效果
最好,这也是只有fusion才能实现的。
感觉您是真正的行家,希望有机会可以好好请教,我刚接触Fusion不久
w********2
发帖数: 632
10
Nice talk.
How about IRMPD on Fusion? Also Orbi on Fusion has 15 hz at which resolution?
What is the major new mode (selling point) for Fusion? Iontrap-HCD-Orbi at
MSn can be realized by Orbi Elit (LTQ Orbi), no need for Fusion.Just need
direct infusion to have enough sensitivity.
Maybe use Q as the mass filter to get rid of sample matrix, then IT-CID-Orbi
? But then it is not unsupervised anymore.If Q after IT as the IT-Q-CID-Orbi
, seems not much benefit gained.
l***h
发帖数: 9308
11
这会打出正常了,打出后,对方能显示出我的GV CID.
不过,你可能又动什么地方了。对于打入,原来incoming CID是正确的(真实对方号码
),现在显示的却是我的sipgate #
i********c
发帖数: 962
12
CID就是你的卡的ID啊.在卡正面的4个数字
S*****s
发帖数: 36
13
今天收到AMEX的SPG卡 CID居然是错的。。。还让我等10天再发新卡。。。这应该怎么处
理。。。
S*****s
发帖数: 36
14

哈哈。。不知道 又打回去了。。。接线员 让我等了10分钟气喘吁吁的跑回来。。说4-
5小时内帮我改好CID。。
s**a
发帖数: 1995
15
请教下,从北京飞到ORD,想转机去CID,发现价格是270单程,530来回,8月的机票。
为什么是这样的?才200miles而已啊。是一直就这么贵么?
求便宜些的旅行建议,从芝加哥到cedar rapids,谢谢。
谢谢。
s*****5
发帖数: 52
16

我们现在的常规方法就是把fusion当做Q-exative用使用,因为这样file size小很多,
mass accuracy高了之后database search的分数高。但是现在我就是想试试这个
decision tree,因为ETD,CID是比较complementary,希望对提高sequence coverage有
帮助
r*****m
发帖数: 3619
17
是的,Fusion 允许你在CID,HCD,ETD 自由切换,做MSn 时一下子多了几个手段

.(
(
w********2
发帖数: 632
18
Insightful answer. I remembered that when Fusion just came out, a Thermo
sales director from UK came to US to help to promote. He told me that Fusion
can do 21 MS2, whereas Orbi Elite can do only about 5 MS2. That confirms
your point.
But with more and more people favor data independent CID, maybe Fusion's
advantage is not so apparent?

Quantiva)
k****o
发帖数: 728
19
什么叫“对sample的纯度和用量,都比 CID 高”?
做MS2之前都是要isolate precursor ions。
k****o
发帖数: 728
20
Fusion和Elite都是dual pressure ITs了,Velos好像也是。
一个high pressure做CID,一个low pressure做analyzer.

do
one
is
k****o
发帖数: 728
21
如果你的peptide比较长,以至于产生很多+3--+5甚至更高的fragment ions,那么无论
对于ETD还是CID,在OT里做high resolution的MS2都更有利。而ETD是有利于high
charge state,long peptide的fragmentation。所以,如果你的样品确实有很多long
peptide的话(你去raw data file,average一段MS1的data就有底了),用OT scan
MS2会让搜索效果更好。你搜索时记得把fragment ions的error window舍得很窄,这样
才起到high resolution的效果。比如10 or 20ppm,或者0.01 m/z,取决于你具体的
accuracy。你可以试试MS2用15000 resolution with 20 ppm error window。
关于省时间的问题。诚然IT确实比OT省时间,如果你用老一代的LTQ Orbitrap,这个确
实是个大concern。但技术在进步,Orbitrap Fusion已经在设计上提供了比过去快得多
的ion transmi... 阅读全帖
l***h
发帖数: 9308
22
别人打入电话,通过GV -->SG -->SS -->ATA,在ATA上显示的是SG的号码,而
不是真正打入者的CID。
google搜了一下,发现可以解决这个问题,但涉及ruby plan,不知道怎么改。
http://www.mysipswitch.com/forum/viewtopic.php?t=1799
关键就是不知道该怎么套用下面这段
name = req.Header.from.FromURI.User.to_s ## if name =~ /^$|D/
下面是我目前的dial plan
#Ruby
# Dial Plan Generated by Rubyzard v0.1
# If you need help, please post in our forum
# http://www.mysipswitch.com
# SIP tracing : true or false
sys.Trace = false
sys.Log("call from #{req.Header.From.FromURI.ToString()} to #{req.URI.U
l***h
发帖数: 9308
23
拨出不行,不知道跟现在sipgate网站登不上去有关
拨入能显示真正打入者的CID了
l***h
发帖数: 9308
24
那个“只接听”选不选,都不影响打出。
现在可以往外打了,但outgoing CID显示的不是GV号码,而是sipgate
你那里面sip供应商,应该可以增加吧,我想增加个GV,但网页总说“登录超时,请重
新登录”
d********8
发帖数: 74
25
According to the IRS, 75% of the tax cheating is done by individuals—mostly
middle-income earners. Most of the rest of the cheating is done by
businesses. Cash-intensive businesses and service providers, from self-
employed handypeople to doctors, are the worst offenders.
How People Cheat on Their Taxes
Most cheating is from deliberate—actual or willful—underreporting of
income. This is called tax evasion—the most commonly charged tax crime. A
government study found the most underreporting of in... 阅读全帖
T*x
发帖数: 786
26
翻译好了,包子拿来!!!不是google translator翻的。
累死我了,手疼
==================================================================
按照美国国税局,75%的税作弊做个人 — — 大多是
中等收入的人士。考试作弊的其余大部分是通过
企业。资金密集型企业和服务提供商,从自我
受雇的 handypeople 的医生,都是最坏的罪犯。
人们如何欺骗他们的税
大多数作弊是从蓄意 — — 实际或故意 — — 少报
收入。这被称为逃税 — — 最常用征收税收犯罪。A
政府研究发现最少报的收入是由自我
受雇服装店主,食肆经营者,以及 — — 你无疑会
震惊 — — 汽车经销商。下一步,电话销售和销售人员位居其后
由医生、 律师 (天上 ! 这),会计师 (天上,再次 !),和
美发师。
企业负责人 over-deduct 与业务有关的开支 — — 如汽车和
娱乐 — — 骗子的流行歌曲遥远的第二个走了进来。
出人意料的是,美国国税局辩称只有 6.8%的扣除被夸大
或只是普通的骗子。
如果你是抓住了作弊
税收犯罪是最... 阅读全帖
l**n
发帖数: 7272
27
来自主题: WashingtonDC版 - 人生, 最好不相见
http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
http://www.w3.org/1999/xhtml">
http://gmpg.org/xfn/11">

音乐快递:【最好不相见】仓央嘉措诗 - 由没有期待发表 - 文学城



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w*******y
发帖数: 60932
w*******y
发帖数: 60932
29
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w*******y
发帖数: 60932
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q***z
发帖数: 543
31
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w*******y
发帖数: 60932
32
US Appliance
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w*******y
发帖数: 60932
h****9
发帖数: 381
34
*** SALE或COUPON专贴,请JMs将有关信息贴这个专贴里,以方便大家查找 ***
*** 请JMs存下这个贴子的链接,我会尽量每周都来更新,如果大家看不到这个贴子,我更新就没有意义了。 ***
只是想跟JMs说明一下,为了方便大家查找,我答应版版MM帮助收集和整理我所
知道的以及JMs提供的COUPON/DEAL信息,我会尽量及时更新coupon专贴的主贴,
也欢迎更多JM将coupon贴在这个贴子里,在此一并感谢所有提供COUPON/DEAL
信息与大家分享的JMs,并感谢在COUPON专贴出问题时给予我很大支持与帮助的steedzhu、BelugaWhale及brightsmoo几位版版MM。
除了某些 BRU/TRU COUPON可能是扫描件以外,其它基本上都是printable coupons,请需要的JM用链接打印啊。JMs可以在文摘区找到更多coupon信息
包括交换等信息(请从首页找起)。
★ 有JM问起,觉得这个贴子太长了,慢的原因可能是图片太多,我将图片显示出来是想方便JMs很快找到自己想要的DEALS(我可以将图片略去,如果更好的话)。简介一下主贴的内容啊... 阅读全帖
p***d
发帖数: 2171
s******e
发帖数: 493
36
来自主题: Database版 - sql question?
There is a table with gene_ids (‘gid’) and clone_ids (‘cid’). Each gene
only resides on a single clone and each clone may contain multiple genes. How
do you find how many genes are on each and every clone? Please provide the
SQL.
My ans:
select count(gene_ids.gid)
from gene_ids inner join clone_ids on gene_ids.cid = clone_ids.cid
group by (clone_ids.cid)
or
select(count(gene_ids.gid)
from gene_ids, clone_ids
where gene_ids.cid = clone_ids.cid
group by (clone_ids.cid)
Are they correct?
b******r
发帖数: 1106
37
来自主题: Database版 - Why does this Stored procedure fail ?
I have a stored procedure
ALTER PROC mysp
@ID int,
@CID int,
@Status varchar(10) = NULL
AS
UPDATE mytable
SET CID=@CID, Status = @Status,
WHERE ID = @ID
declare @ClosureFlag char(1)
set @ClosureFlag = '0'
if @Status = '2'
begin
--update myothertable
delete from myanothertable where CID = @CID
INSERT INTO mythirdtable (CID, 'something deleted')
VALUES (@CID, @message)
-- set the flag for C# code use
set @ClosureFlag = '1'
end
select @ClosureFlag as ClosureFlag
Most time it r
w*******y
发帖数: 60932
38
Pimperlime, an affiliate of Gap, is having quite a nice sale on Brooks
running shoes! These are going for WAY less than retail and half the price
of eBay auctions! I picked up two pairs of Brooks Beast. I think they might
be an older model but I'm not fashion conscious when I run-- I prefer to be
comfy.
Limited sizes are available, get yours before they run out!!!
Use code FREEPL for free ship
Men's Brooks:
http://piperlime.gap.com/browse/categorySearch.do?searchFilter=4&searchFilterName=Vendor&... 阅读全帖
x*****p
发帖数: 1707
39
Customer(cid, name, address, phone)
Order(oid, product, cid)
The query is
SELECT c.cid, c.name, c.address, c.phone
FROM Customer c, Order o
WHERE c.cid = o.cid
GROUP BY c.cid
HAVING count(*)<=2
w****m
发帖数: 1245
40
来自主题: NextGeneration版 - 推荐两款舒服的内衣
今天去Victoria Secret试了不少内衣,觉得这两种不错,
感觉挺舒服,现在买还送$10 rewards card.
1. Body by Victoria® Full Coverage Bra
这一款没有垫,比较薄,面积大,面料很柔软舒服,带子还比较粗,支持还不错
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clothes. Center bow.
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http://www.victoriassecret.com/ss/Satellite?ProductID=1265313135616... 阅读全帖
m**x
发帖数: 8454
41
文心 于 2012-2-24 14:49:38 发布在 凯迪社区 > 猫眼看人
刚才看到有网友对深圳卫视的方舟子专题有不同意见,其实何必人云亦云?该媒体视角
公正与否,自己不妨看看视频再评价吧。欢迎各当事人在逐点辩驳,呵呵。
1.抄袭疑云笼罩下的方舟子 2012-02-13
http://www.topway.cn/new2011/nnews-play.jsp?cid=46262
2.“神坛”上的方舟子:行为模式受质疑 2012-02-13
http://www.topway.cn/new2011/nnews-play.jsp?cid=46261
3.孙海峰:方舟子,回头是岸 2012-02-08
http://www.topway.cn/new2011/nnews-play.jsp?cid=45709
4.方舟子:一个打假英雄的诞生 2012-02-13
http://www.topway.cn/new2011/nnews-play.jsp?cid=46260
5.揭秘方舟子(一) “雇凶打人”事件引的“肖方之战” 2012-02-23
http://www.topway.cn/... 阅读全帖
m****s
发帖数: 18160
42
☆─────────────────────────────────────☆
SEEKETERNAL (追求永生) 于 (Sat May 1 16:09:55 2010, 美东) 提到:
是否已阅读?
1)《站规》- 是
2)《版务操作简易手册》 - 是
[申请ID]: SEEKETERNAL
[申请版面]: TrustInJesus(基督信仰)
[申请职务]: 版主
[版务经验]: 有做其他网站基督信仰论坛版主的经验
[申请纲领]:
按照治版方针,根据论坛版规,维护论坛定位,在版主的权利范围内履行相应的职责,
为实现网站的建立本论坛目的,为来到这个板块认真讨论的网友提供适宜的条件和气氛
,提供服务,管理版务。
论坛定位:基督信仰论坛是未名空间网站特定讨论和交流基督教信仰和实践的平台,用
于基督徒,慕道友,和各位对基督教有兴趣的朋友学习,讨论,了解基督教信仰和实践
;应该起到传扬福音真道,解答信仰疑问,拨正误解迷惑,批驳误导曲解的功用。
治版方针:在网站提供的网络条件和站务支持下,依靠众弟兄姊妹,争取一切可以争
取的力量,促使基督信仰版名正言顺,名副其实,努力实现网站建立... 阅读全帖
w*******y
发帖数: 60932
43
Xbox Live has Scott Pilgrim VS. The World: The Game:
http://marketplace.xbox.com/en-US/Product/SCOTT-PILGRIM-THE-GAME/66acd000-77fe-1000-9115-d80258410a2c?cid=SLink&DownloadType=Game#LiveZone&cid=majornelson&partner=majornelson
#LiveZone&cid=majornelson&partner=majornelson" rel="nofollow" target="_blank
" onclick="_gaq.push(['_trackEvent', 'thread', 'click', '2356747 - xbl-deal-
of-the-week-50-off-scott-pilgrim-vs-the-world-the-game-400-points']);">Scott
Pilgrim VS. The World: The Game [Scott Pi... 阅读全帖
w*******y
发帖数: 60932
44
I have no idea what I ordered, and unless one of you out there has more
patience than me to actually find what I bought-it will be a mystery till it
arrives.
Use springfreeship (lowercase) for free shipping. Appears a bit farther in
checkout.
Stack with CROCSSURVEY (uppercase) studyscoot
Three parts, $1 each:
Main body of "Large" Bag:
http://www.crocs.com/Large-Main-Body---Black/3100024-00141-0001,default,pd.html?cid=001&cgid=outlet&srule=price-sort-1-9
Simpsons Flap:
http://www.crocs.com/Large... 阅读全帖
w*******y
发帖数: 60932
45
I checked the Xbox Live sale thread and didn't see this posted. I have no
idea if this is a sale price or if it's gonna remain at 160 points....but it
includes the costume and helmet and from what I've seen in the marketplace
is that these costumes are usually 360-400 credits.
Anon Costume Green - Male:
http://marketplace.xbox.com/en-US/Product/Anon-Costume-Green/00000ffc-b7af-b2e1-c835-ad13425607ed?cid=SLink
Anon Costume Blue - Male:
http://marketplace.xbox.com/en-US/Product/Anon-Costume-Blue/0... 阅读全帖
c***s
发帖数: 70028
46
2015年11月11日 ,深圳CID大楼,深圳CID三大队副大队长温妙洋(左)又成功帮助一个家庭团聚。
4月27日,深圳,“宝贝回家”志愿者云谷谈起反拐经历。
4月12日,被拐21年后,26岁的阿松在深圳市公安局刑侦局(以下简称深圳C ID )见到亲生父母。
阿松的父母放声大哭,他们带着发黄但保存完好的照片,从未忘记这个儿子。阿松看上去则要平静得多。血缘长存,但感情陌生。这才是真正的最熟悉的陌生人。阿松说,需要时间来适应。
2015年,深圳C ID成功帮助27个被拐家庭团聚,这一数据创下新高,从全国来看也占到7%。与此同时新发的儿童拐卖案仅5宗,创下深圳新低,且所有案件均告侦破。
在这背后藏着怎样的秘密?
“抢”回孩子
电影《亲爱的》中的田文军原型彭高峰终与儿子团聚
深圳C ID三大队副大队长温妙洋,从警已25年,干的都是刑警。虽然参与办过的大案要案不少,比如发生于1993年到1994年间的深圳19宗人车失踪案,举国震惊,温妙洋就曾参与过对穷凶极恶嫌疑人的追捕。
但是温妙洋频频出镜,被不少人熟知,却是近两年的事。“从去年开始,到央视录节目就录了四次。”温妙洋说的是去参加央视《等着我》的... 阅读全帖
d********e
发帖数: 6814
47
来自主题: ebiz版 - 求助关于macy网上用gc
刚才买了好多衣服。。。但是结账时候用gc,macy系统好像改过了,以前一个卡号都是
一起输入的,现在最后3,4位分开了。。。
结果问题就是,比如下面的这种cid只有3位的,我怎么都apply不上,说卡号有问题
937101012861537 PIN 888
按理说卡号是前面15位的,cid是3,4位
然后我用其他一张cid 4位的用,比如
937144404156323 PIN 2030
最后输入卡号输了16位,cid 3位就apply成功了。。。
这样的话,那些cid 3位的macy卡不是不能用么?
晕死了。。。有童鞋知道办法么?谢谢
d********e
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来自主题: ebiz版 - 求助关于macy网上用gc
刚才买了好多衣服。。。但是结账时候用gc,macy系统好像改过了,以前一个卡号都是
一起输入的,现在最后3,4位分开了。。。
结果问题就是,比如下面的这种cid只有3位的,我怎么都apply不上,说卡号有问题
937101012861537 PIN 888
按理说卡号是前面15位的,cid是3,4位
然后我用其他一张cid 4位的用,比如
937144404156323 PIN 2030
最后输入卡号输了16位,cid 3位就apply成功了。。。
这样的话,那些cid 3位的macy卡不是不能用么?
晕死了。。。有童鞋知道办法么?谢谢
H****r
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刚才在那边看到你发的消息……:P
不好意思回晚了啊。
我说的那个还是BSA的镜子,主要就是挺亮的,但和其他BSA比也差不多
795上的镜子,看你预算多少了。
我列几个参考的依次是:
http://www.google.com/products/catalog?cid=5639764894862389908
或者:
http://www.google.com/products/catalog?cid=16314916028747646192
这俩一个有.22调节轮,一个有密位分划;我的枪+常用弹五十码校了以后百码掉大概五
寸,简单分化加上简单调节轮的话,不太容易弄得准。
然后再多点钱:
http://www.google.com/products/catalog?cid=2686533725483467296
http://www.google.com/products/catalog?cid=7866080895280393861
Prostaff著名的性价比高,这两个都是专门的.22 BDC分划
然后再多点钱:
http://www.midwayusa.com/product/950... 阅读全帖
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