r****o
发帖数: 105 | 1 这大概是最普及的multiple alignment的方法了。我这里还
补充另一个免费的网上资源，BOXSHADE(用google搜一下就知道了)。
Clustal W 出来的结果文件是原始排列文件，不具备发表文章的
质量。这个BOXSHADE可以把原始文件转换成比较漂亮的具有
发表质量的排列。 |
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B******a
发帖数: 54 | 2 谢谢各位，我一直是从BLAST直接选取导入到clustal所以没有色彩这个选项。如果单独
用clustal的话就可以了 |
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j****x
发帖数: 1704 | 3 如果我没有理解错的话，你需要对3000条长度3kb左右的序列进行多序列比对，是这样
吧？
这里的计算量不小，普通PC处理起来并不轻松，尤其是使用经典的clustal算法（
bioedit和mega应该都用的这种算法），由于存在两两比对并建树的过程，时间/空间复
杂度很高，内存不足很容易就溢出了。
对于这种情况一般推荐使用Muscle，如果序列之间的相似度较高（既然都是来自病毒的
同种片段），可以采用“最快”模式（牺牲一定的准确性），时间复杂度可以降低到O(
NL^2),意味着时间和序列数成线性关系。clustal上可能跑需要一年的工作，不到半个
钟头就能搞定了。当然，由于空间复杂度仍然较高，对内存还是有很高的要求，anyway
，眼下内存早都白菜价了。 |
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C*I
发帖数: 4736 | 4 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 5 一个加州理工毕业的说（引用他的话，是用来驳斥的。在没有RaTG13之前，他说的其实
有理。）
“
I performed BLASTn and Clustal alignment on the Wuhan coronavirus and cross-
annotated missing CDS regions. I found that Bat SARS-like CoVZXC21 and Bat
SARS-like CoVZC45 are the most similar coronaviruses. The sequences are
different at quite a few silent point mutations but sufficiently close (95-
93%) to indicate a lineage that has not diverged significantly- this is a
recent strain with a close common ancestor. Some regions don’t even have
sile... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 6 Puma2019 发于 2020-01-29 08:58, 论坛:
标 题: 跟一个朋友聊了会，这次武汉病毒不像合成的。
quote 如下：
I performed BLASTn and Clustal alignment on the Wuhan coronavirus and cross-
annotated missing CDS regions. I found that Bat SARS-like CoVZXC21 and Bat
SARS-like CoVZC45 are the most similar coronaviruses. The sequences are
different at quite a few silent point mutations but sufficiently close (95-
93%) to indicate a lineage that has not diverged significantly- this is a
recent strain with a close common ancestor. Some region... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 7 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 8 Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pandemic caused by severe acute respirator... 阅读全帖 |
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h*********o
发帖数: 19006 | 10 准备用Cy5 label 一个ribosomal 蛋白,这个蛋白有一个自带的Cys基团,是在一个loop上
,晶体上看起来跟别的部分没有什么interaction. 但是从做的alignment上看,这个Cys是
conserved的.如果用Cy5和这个cys反应,会不会对功能有影响?
还有一个蛋白sequence alignment 的问题, 从CLUSTAL的结果来看,不明白那个一个点的
,semi-conserved substitution (similar shape),这个是什么意思阿?
多谢! |
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x*****o
发帖数: 441 | 11 准备用Cy5 label 一个ribosomal 蛋白,这个蛋白有一个自带的Cys基团,是在一个loop
上,晶体上看起来跟别的部分没有什么interaction. 但是从我做的alignment上看,这个
Cys是conserved的.如果我用Cy5和这个cys反应,会不会对功能有影响?
还有一个蛋白sequence alignment 的问题, 从CLUSTAL的结果来看,我不明白那个一个
点的,semi-conserved substitution (similar shape),这个是什么意思阿?
多谢! |
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z*********8
发帖数: 1203 | 12 这个软件是免费的，你下再下来后， 把你的序列全部以fasta形式load进去，然后里面
附带的clustal w会给你做sequence alignment，然后会generate一个meg形式的文件。
用这个文件就可以generate phylogenetic tree。至于每个family的三角形，你现在把
phylogenetic tree做出来，然后我再给你讲，不然空讲听不明白的。选算法的时候可
以选neigbour joining，不要选maximum likelihood，那个算的时间很长的，如果很多
序列的话很可能要占用计算机n久还有可能算不完你计算机就crash了。 |
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s********9
发帖数: 132 | 13 RT。
我用clustal这种软件，可是序列的编号只能从1开始，有无软件可以任意指定起始数字？
多谢。 |
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a*****i
发帖数: 361 | 15 有个上课的project老师建议用clustalw做alignment，但是我安装上clustalw上总
是出现错误信息“cann't locate Bio/Tools/Run/Alignment/Clustal我.pm.有人做过
？ 可不可以告诉我怎么安装clustalw？ clustalw-2.0.12-win.msi和clustalw-2.0.12
.tar.gz是不是两个都要安装？
非常感谢！ |
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