n*******3
发帖数: 128 | 1 1月5日，孟山都宣布与哈佛大学-麻省理工学院的Broad研究院就新型的CRISPR-Cpf1基
因组编辑技术在农业中的应用达成全球许可协议。新的CRISPR-Cpf1系统与CRISPR-Cas9
系统相比，在针对性的改善细胞DNA方面有望变得更加简单和精确，是基因编辑技术领
域的重大进展。
研究人员相信CRISPR-Cpf1系统相较于CRISPR-Cas9，在改善农业产品方面，能够带来
更多的好处，包括更加灵活的编辑方式以及编辑发生位点。此外，体积更小的CRISPR-
Cpf1系统使研究人员能够在多种作物中更加灵活的运用基因编辑技术。
“CRISPR-Cpf1系统是基因编辑领域最新的一个重大发现，我们很高兴能够获得该系统
的许可授权，并将其添加到我们快速发展的基因编辑工具库中。”孟山都的生物技术总
监Tom Adams博士说道，“这个新的系统带来了一个技术上的革新，能够通过多种方式
改善作物。同时研究人员也获得了更大的灵活性和新功能来通过基因编辑这个新兴技术
来改善农业。”
“CRISPR-Cpf1系统是基因编辑研究领域中一项革命性的应用成果。” Broad研究院的
首席商务官Issi... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 2 首先 我不觉得有很多人重复了fig3c，有的看到了gfp下降，但是并没有看到indel数据。
然后14年高温的ttAgo是不能切割线性质粒的，文章中称ttago的切割需要负超螺旋结构
，切割的产生需要dna结构的帮助，而这个切割基因组的切割活性并不能确认。
退一万步讲，ttAgo在高温下能产生给切割，并不是说NgAgo在37度下就一定能切割，反
过来，如果NgAgo没有切割活性，也不能证明ttAgo就也在高温下没有活性。。这是两个
物种的ago系统，这两个之前没有什么必然的逻辑联系。
最近的例子，张锋的cpf1系统，张锋鉴定了好多物种的cpf1，很多在体外都有切割活性
的，都是cpf1系统，但是在哺乳动物细胞内，只有两个cpf1系统能够有效切割基因组。 |
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发帖数: 1 | 3 I do not care where the work was done and by whom, but the work should be
solid and repeatable.
To my surprise, so far, there is no any further publication following Han's
publication which was online on May 2nd 2016. This might be because of the
massive success of extensive application of CRISPR/Cas9 in genome editing.
Looking at the fate of Cpf1, which is called the "CRISPR 2.0", Zhang
published Cpf1 data in Oct 2015, since then there were not much further
articles regarding this protein, unti... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 4 Argonaute (Ago) proteins are complexed with small DNA or RNA guides and
cleave nucleic 24
acid targets whose sequences are complementary with the guides1. Agos in
eukaryotes bind 25
to small interfering RNAs (siRNAs) or microRNAs (miRNAs) to suppress gene
expression by 26
degrading mRNAs in a targeted manner, a regulatory process known as RNA
interference 27
(RNAi). Agos in eubacteria and archaea are complexed with DNA or RNA guides
and function 28
as defense systems against foreign mobile genet... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 5 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- 发布时间：2016年8月16日
- 发布平台：twitter
- 发布方国家：日本
- 发布方城市：东京
- 发布方研究机构：Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science東京都医
学総合研究所
- 实验室PI：Dr Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
- 应用验证实验详细信息：
−参考2016年8月8... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 6 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- 发布时间：2016年8月16日
- 发布平台：twitter
- 发布方国家：日本
- 发布方城市：东京
- 发布方研究机构：Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science東京都医
学総合研究所
- 实验室PI：Dr Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
- 应用验证实验详细信息：
−参考2016年8月8... 阅读全帖 |
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f**o
发帖数: 12685 | 7 无论是在微信圈还是海外华人的论坛，人们不约而同地将韩春雨和麻省理工学院博德研
究所的核心研究员张锋联系起来。1981年出生的张锋同样来自石家庄，他以在基因编辑
领域的诸多贡献而被人们所熟知，包括首次报告了CRISPR-Cas9在哺乳动物体基因组编
辑中的应用，找到更小的Cpf1蛋白来替代Cas9酶。
与韩春雨一直在国内接受科学训练、从事研究不同，张锋有海外学习的背景，更有在知
名实验室研究的经历。11岁那年，张锋随母亲到美国爱荷华州的得梅因定居，高中时就
在一个基因治疗实验室实习，全奖进入哈佛大学学习化学和物理学，期间跟随知名华人
科学家庄小威做过研究，后来到光遗传学主要发明人之一卡尔·戴瑟罗特（Karl
Deisseroth）在斯坦福大学的实验室，参与到光遗传学发明的部分工作。在哈佛大学短
暂地停留之后，张锋受聘于博德研究所，一个科研经费和研究人员都可以在美国排到前
列的研究机构。
而在河北科技大学生物科学与工程学院的实验室，“离心机是‘飞鸽’牌，与国内自行
车品牌相同，从0加速到12000转大概需要1分钟的时间，”韩春雨不无幽默地说。
直到今天，韩春雨所在的的生物科学与工程学院还没... 阅读全帖 |
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S*********e
发帖数: 127 | 8 Cpf1 Is a Single RNA-Guided Endonuclease of a Class 2 CRISPR-Cas System
2015 Cell paper by Feng Zhang
Thanks, |
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S*********e
发帖数: 127 | 9 Cell. 2015 Sep 25. pii: S0092-8674(15)01200-3. doi: 10.1016/j.cell.2015.09.
038. [Epub ahead of print]
Cpf1 Is a Single RNA-Guided Endonuclease of a Class 2 CRISPR-Cas System.
Zetsche B1, Gootenberg JS2, Abudayyeh OO3, Slaymaker IM3, Makarova KS4,
Essletzbichler P3, Volz SE3, Joung J3, van der Oost J5, Regev A6, Koonin EV4
, Zhang F7. |
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w***a
发帖数: 4361 | 10 PAM序列到处都是，算不上多大限制吧。
用DNA做guide比RNA优势在哪儿？
另外，最近张峰搞的那个cpf1应该更拽吧，直接把目标DNA切成sticky end，改造基因
效率大大提高啊。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 11 好啊！我们可以集中一些特别感兴趣、有特长的人来一起做。微生物、生物信息、分子
生物学，最好有对某个领域有深刻了解的。
现在生物信息领域合作已经不受地域限制了，bench lab可以集中在某些lab做或者租实
验室做（我知道一些资源）。
如果想让更多人参与进来，可以继续在这里跟帖。如果想限制在小范围内，给我邮件或
者微信。
我先去学习一下这类蛋白和有类似功能蛋白。搜索新candidate同时我觉得可以做两件
事。1.问问作者或者literature search都有哪些古菌被研究过。张锋实验室肯定也是
把Cas9类似的蛋白和系统在各种细菌里都尽可能的去identify和test，不然也不会开发
出Cpf1。2.也许可以写信要质粒了，估计现在要质粒的信都快塞满作者的邮箱了吧。
第一个project也许不一定会成功，而且是在这个这么多竞争者这么高度被关注的领域
。但是这种模式以及合作的积累，以后第二个第三个第N个project肯定会有东西挖掘出
来。 |
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j******i
发帖数: 939 | 12 基因编辑的诺奖可能性比较大的情况是 1.ZFN,TALEN,Cas9各找一个发（没有NgAgo,
cpf1,以及以后将发现的各种RNA, DNA引导的细菌蛋白的事－因为它们都可算做Cas9的
延伸）2. 基因编辑共发两个诺奖－ZFN, TALEN加上更少见的Meganuclease各找一个发
；然后Cas9系列再发一个奖（卡彭特，多纳，张峰均分)。NgAgo得奖的可能性不大，因
为一是可以算作CRISPR/Cas9的延伸，二是gDNA不大适合病毒载体装载，大大限制的它
的用途，应用范围上比不过CRISPR/Cas9。 |
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j******i
发帖数: 939 | 13 1. 对于基础研究，Cas9／gRNA比NgAgo/gDNA好用多了。既可以用病毒deliver，也可以
用瞬时的RNP；既可以体外用也可以体内用，还能加个筛选标记。
NaAgo当然可以用DNP deliver，但很难用病毒deliver. RNP/DNP在细胞系效率还行，在
干细胞中就困难了－不是转不进去就是死一大片（电转）。所以对于难转的细胞或者转
体内，还是得依靠病毒载体。还有，小片段的DNA可能被基因组捕捉，造成‘off-
target’; gRNA就没有这个问题了。
2. 对于临床，无论cas9/cpf1还是NgAgo对于zfn/talen就没什么优势，甚至是劣势了－
因为临床只要有几个好用的核酸酶就够用了。反而细菌蛋白诱导免疫反应的可能性比较
大。临床上走在最前面的是zfn. 最近还有用病毒载体装载zfn上病人的临床了，所以不
用太害怕病毒载体，害怕来自不了解。
事实上，对于基因治疗，基因编辑能不能最后取代病毒载体还是个疑问呢！慢病毒载体
就比很多人想象的要安全，而且慢病毒基因治疗药物马上就要出来了－这还不包括car-
t呢。
3. i) 诺奖要是给整个基因编辑领域发，那N... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 14 嗯，你和zxt说的有一定道理，NaAgo的确不适合用来做筛选，而且不像Cas9／gRNA可进
可退既然用RNP也能用病毒。不过你说的那个转干细胞效率低的问题，难道不能直接用
基因枪（金颗粒裹上核酸和蛋白）来暴力转么？因为其实考虑到将来的医疗前景，对于
转干细胞，才是最需要用瞬转的场合。从原理角度上来说，NaAgo适合瞬转，而且适合
针对特定部位进行改造，不是指简单的切除，而是指Knock-In，因为筛选的标记放在
Knock-In片段上即可。NaAgo因为不需要PAM序列，而且脱靶率低，用来做 Knock-In最
合适。
对于你说的小片段DNA被捕捉，我猜你的意思是说那个小片段不小心贴错在什么地方然
后被某个不长眼的聚合酶当成primer 来用了？这个取决于哺乳动物的系统如何处理5'-
phosphate, 因为哺乳动物内部是用的３'-phosphate。那么上游的聚合酶合成到那个被
当成primer的gDNA那里的时候，会出现5', 3'段都有磷酸基的情况。系统如何处理这个
是一个有趣的问题。但是我想应该以前就有人研究过这种情况了。
对于你说的医学前景，我不同意你说的cas9/cpf... 阅读全帖 |
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l*****7
发帖数: 8463 | 15 主导，控制和利益的对决:
韩春雨的阿狗,
不管结局如何，
都已牵涉到了各方,各路大小神仙们的利益,
决不是什么小事
References:
1
CRISPR/Cas9 - Academics fight over patent rights to an important technology
Stephanie Wroe
Two groups of academic researchers are battling in various jurisdictions
around the world to secure patent rights to a revolutionary gene-editing
technology. For the reasons discussed below, it is possible that there could
be a different winner in different jurisdictions. One group is lead by
Professor Doudna (University of California)... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 16 我来说说ngAgo的局限：
1.ngAGO是否真如文章所述，不和ssRNA结合。我觉得需要通过通过高通量测序进行验证
，电泳胶的灵敏度太低，看不到不代表没有。
2.ngAgo是否和内源ssDNA或ssRNA结合，如果它的结构和TtAgo类似（包含PIWI，PDZ以
及MID domain），那么这些保守的domain也存在于与ngAgo同源的argonautes（Ago2）
中，需要利用灵敏度比较高的手段才能说明这个问题，保不齐ngAgo会对PIWI或RNAi通
路有影响，5‘p-ssDNA以及5’p-ssRNA在细胞中存在，尤其是在germ cell的分化过程
中以及很多种类的癌细胞中，如果ngAgo和它们结合的话，这将大大限制其在此类细胞
中的应用。
3. ssDNA loading 的问题，目前对于ssDNA load到Argonaute形成DNP的机制尚不清楚
，在细胞内ssDNA load到Argonaute是不是需要其他蛋白质（比如伴侣蛋白，热激蛋白
等）的辅助，甚至Argonaute折叠成functional protein是否需要ssDNA的帮助，这些都
不是很清楚。
... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 17 国际转基因技术协会原主席Montoliu博士建议不要再试图重复韩春雨实验结果
澳大利亚国立大学Gaetan Burgion今天撰写长文介绍他试图重复河北科大韩
春雨创立的NgAgo基因编辑技术的经过，得出结论：韩春雨的实验无法重复，而
且与韩在论文所说矛盾；《自然·生物技术》应要求韩公布原始数据；该技术显
然没有前途。
国际转基因技术协会创建者和原主席Lluis Montoliu博士根据这一结果以
及其本人实验室的实验结果，向国际转基因技术协会会员发出一封公开信，建议
停止继续试图验证韩春雨的实验，不要再浪费时间、金钱、人员和项目。
CRISPR谷歌群针对这项技术和韩春雨的文章的调查表明，140个调查回复中，
只有一个（中国神经所仇子龙？）回答该技术起作用，73个回答无效，63个回答
在验证。
From: [email protected]/* */ on behalf of Lluis
Montoliu To: ISTT List
Subject: [ISTT_list] Great disappointment with Ago: Long life to
CRISPR... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 18 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
项目 结题
date： 2017年8月2日
updated: 2017年8月4日
Note2017080401: added a few notable reviews/summaries
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- NBT retraction note：
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction2
原文引用
“Retracted online 02 August 2017
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natro... 阅读全帖 |
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j******i
发帖数: 939 | 19 韩红了主要是因为科研屌丝的身份＋重要成果的反差形成的新闻价值。NgAgo本身不会
那么火，基因编辑已经有了几乎完美的工具。NgAgo在技术层面上并没有突破，完全没
有像zfn,talen,crispr／cas9刚出来时，那种给人横空出世的感觉。这点也适用于后来
出现的cpf1,saCas9等其他基因编辑系统－大家已经对crispr/cas9很满意了，对于后来
出现的工具，基本反应就是－哦，又一个crispr。这也是国际上刚开始并没有什么反应
的根本原因。再者，NgAgo挂上国产的标签，也让其新闻价值爆表。 |
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发帖数: 1 | 20 人的干细胞基因编辑，尤其是Cas9-D10A和Cpf1的效率远远没有张峰文章里公布的效率
那么高，很多实验室都无法重复Cas9-D10A的结果，有的实验室做出来的，你无法知道
人家是不是用的野生型的Cas9的data，dont trust these guys too much。有人想
要在人的干细胞中做Cas9的编辑，强烈建议使用筛选系统，尤其是是对于时间不充裕的
博士生。 |
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a******r
发帖数: 786 | 23 Monsanto 这么有魔性的名字，怎么可能变。whole foods 就差拿non-Monsanto 当food
label了。
堪比中国金坷垃 |
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P*****e
发帖数: 25 | 24 今天有空去查了一下CRISPR专利的历史，UCB的专利已经有claim通过了审查（allow）
，只是还没有issue（时间问题）。我在后面列出来了其中一个通过了的claim，同时把
张锋issue了的专利里面的一个claim也列了出来。大家看能避开不？张锋后来的Cpf1看
着能避开UCB的Cas9。
有意思的是发现最早的一篇CRISPR相关专利申请其实是Luciano A. Marraffini（张锋
合作者）在Northwestern University时申请的，priority date Sep 23, 2008，早了
好几年。看看claim，只有interference，还没进化到切割，可惜一个claim也没批，居
然华丽丽的被一堆112给毙了，也就是审查员觉得那专利写的不清不楚，业内普通人士
看着不可能做出claim的结果，连101，102，103都没用上就挂了。西北也是早早的
abandon了，当年连PCT都没申请，可见并不重视。张锋专利里也没有Marraffini，虽然
science文章有他，我猜可能也是他只做真核interference方面的工作吧，张跟他合作
并进... 阅读全帖 |
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