m***c
发帖数: 637 | 1 中国上海联合利华招聘以下生物,食物,化学，物理，材料海外学者。
Assistant Research Scientist--Deposition
Assistant Research Scientist-- Spectroscopy
Assistant Research Scientist--Food Science 食品
Assistant Research Scientist--Microbiology 微生物
Assistant Research Scientist--Polymer
Assistant Research Scientist-- Tea 茶
Assistant Research Scientist--Skin 皮肤生物学
Assistant Research Scientist--Micro Materials-Functional Particulates Design
Assistant Research Specialist--Diabetes 糖尿病
If you are interested, please send CV to D****[email protected]... 阅读全帖 |
|
z********i
发帖数: 610 | 2 结构中心招回去了一个做cryo-EM的PI，文章还是不错，回去后就做了973首席，但是担
子太重有点拿不起。所以施就盯上了他，鼓动他回去了。
据说是这样的，道听途说。 |
|
s*********y
发帖数: 387 | 3 IT IS VERY EXPENSIVE A TOY!
DO YOU HAVE EASY ACCESS TO IT? |
|
g*****p
发帖数: 451 | 4 家家都有难念的经
如果有激情，想有所建树，把方法学推进一下或是创新一下那是值得鼓励
如果只是想当个工具玩玩
那还是跟你原来的工作差不多，看运气
而且看你数理背景了，数理背景好的，搞晶体学、电镜可以搞得透彻些
数理背景不好，也就只能当个工具玩玩了
运气好，样品好，cns
样品不给力，也就是凑点你以前的生化数据凑合着发了 |
|
s*********y
发帖数: 387 | 5 then, strongly support you go ahead with it.
You career will be greatly benefited than just general biochemical
techniques. |
|
z********i
发帖数: 610 | 6 对于做生物的人来说，电镜只是一个工具。
如果有你说的那样的条件，那么NB，早就转行了，也不用天天做WB了。 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 7 前两年做cyro－em找工作很爽啊 这两年不太清楚 要说这个领域的faculty位置饱和起
来感觉也会很快的 你去找这两年facultied的打听打听？ |
|
z********i
发帖数: 610 | 8 是啊，像你说的一样，open的位置比较少，这的确是一个短处。 |
|
W****g
发帖数: 690 | 9 由此可以看出行业的境况。生物物理（牵涉好像很广，什么X-ray，NMR，Cryo-EM，
Mass Spec等等）当之无愧的悲惨之王。 |
|
l*****e
发帖数: 42 | 10 在bio潜水很长时间了，看了不少前辈转行的经验，很是受用。自己也得到了身边同学
朋友的鼓励，可还在纠结中，所以来版上征求给位高人的意见。
先说下自己的情况吧，本人现在60名开外的医学院读博，第三年，夏天刚过qualifying
exam，应该算是PhD candidate吧。年轻的老板做蛋白结构，主要通过X-ray
crystallography，cryo-EM 以及tomography等手段。人很nice，手把手教解结构，用
电镜，不push，经常鼓励，实验室很轻松，基本是放羊。今年比较lucky，长了个晶体
，有篇8,9分文章待发。
考虑到自己对生物科研没有狂热的兴趣（只能说不反感做实验）和以后的出路，申请了
biostatistics，并收到了rank30左右一学校明年spring的offer，有意向转成PhD，或
以后申请PhD。按计划明年一月份就应该走了，也在九月份跟老板提了这事，他甚是惊
讶，挽留了好几次。说明理由之后，他表示理解，希望我过得happy，末了，给了我几
个选择，要么接着在实验是读博，四年毕业，同时在本校修个part time的
biostatistics M... 阅读全帖 |
|
l*****e
发帖数: 42 | 11 在bio潜水很长时间了，看了不少前辈转行的经验，很是受用。自己也得到了身边同学
朋友的鼓励，可还在纠结中，所以来版上征求给位高人的意见。
先说下自己的情况吧，本人现在60名开外的医学院读博，第三年，夏天刚过qualifying
exam，应该算是PhD candidate吧。年轻的老板做蛋白结构，主要通过X-ray
crystallography，cryo-EM 以及tomography等手段。人很nice，手把手教解结构，用
电镜，不push，经常鼓励，实验室很轻松，基本是放羊。今年比较lucky，长了个晶体
，有篇8,9分文章待发。
考虑到自己对生物科研没有狂热的兴趣（只能说不反感做实验）和以后的出路，申请了
biostatistics，并收到了rank30左右一学校明年spring的offer，有意向转成PhD，或
以后申请PhD。按计划明年一月份就应该走了，也在九月份跟老板提了这事，他甚是惊
讶，挽留了好几次。说明理由之后，他表示理解，希望我过得happy，末了，给了我几
个选择，要么接着在实验是读博，四年毕业，同时在本校修个part time的
biostatistics M... 阅读全帖 |
|
e********r
发帖数: 2352 | 12 请帮忙查一篇
Cryo-EM of macromolecular assemblies at near-atomic resolution
Nat Protoc 5:1697-1708
Email: l***[email protected]
多谢哈. |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 13 Exactly Experimental Physics:
also if sub Virus scale interactions observation should use below
electron cryo-microscopy with atom color label from 2012 now.
Reference:
//crystal.harvard.edu/PDFs/cosb_2011.pdf
//www.news.cornell.edu/stories/Feb08/Color.STEM.ws.html
//people.ccmr.cornell.edu/~davidm/Muller_publications.html
片S |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 14 Exactly Experimental Physics:
also if sub Virus scale interactions observation should use below
electron cryo-microscopy with atom color label from 2012 now.
Reference:
//crystal.harvard.edu/PDFs/cosb_2011.pdf
//www.news.cornell.edu/stories/Feb08/Color.STEM.ws.html
//people.ccmr.cornell.edu/~davidm/Muller_publications.html
片S |
|
M*****n
发帖数: 16729 | 15 一定要cryo吗？
parafin 可以吗？
那个容易切。 |
|
M*****n
发帖数: 16729 | 16 细胞不需要cryo-protection吗?
是不是可以直接放液氮，或者是干冰里面冻？ |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 17 if without Cryo then do solution SAXS below 1.0 nm scale that particle
signal might be read as wave
signal, then your CNS or N sub manuscript wrote that your group got a new
structure might belong to Wave patterns?
德布罗意
主条目：德布罗意波
1924年，路易·德布罗意构造了德布罗意假说，声称所有的物质都有类波的属性。他将
这个波长λ和动量p联系为：
这是对爱因斯坦等式的一般化，因为光子的动量为p = E / c（c为真空中的光速），而
λ = c / ν。
德布罗意的方程三年后通过两个独立的电子散射实验被证实于电子（具有静止质量）身
上。在阿伯丁大学，乔治·佩吉特·汤姆孙将一束电子穿过薄金属片，并且观察到了预
期中的干涉样式。在贝尔实验室，克林頓·戴維森和雷斯特·革末将他们的实验电子束
穿过一个晶体。
德布罗意于1929年因为这个假设获得了诺贝尔物理学奖。汤姆孙和戴維森... 阅读全帖 |
|
C*******e
发帖数: 4348 | 18 回头再详细拜读一下
如果真有cryo条件下做SAXS那学习了！
上面贴的那个图很有意思
所谓1 nm的分辨率是在q^-1 6－8 nm左右的地方
而做过 SAXS的人都知道SAXS数据最最重要最最有价值的是在q^-1 0-0.1 (A^-1)的这个区间
也就是10 nm分辨率
当然这个区间重要不代表q^-1 0.1以上都不重要
不过很多fix distance beam line测量的区间在0－0.3 A^1 (0-3 nm^-1)
我个人感觉SAXS这个领域还在方法、工具建立的阶段
new |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 19 if without Cryo then do solution SAXS below 1.0 nm scale that particle
signal might be read as wave
signal, then your CNS or N sub manuscript wrote that your group got a new
structure might belong to Wave patterns?
德布罗意
主条目：德布罗意波
1924年，路易·德布罗意构造了德布罗意假说，声称所有的物质都有类波的属性。他将
这个波长λ和动量p联系为：
这是对爱因斯坦等式的一般化，因为光子的动量为p = E / c（c为真空中的光速），而
λ = c / ν。
德布罗意的方程三年后通过两个独立的电子散射实验被证实于电子（具有静止质量）身
上。在阿伯丁大学，乔治·佩吉特·汤姆孙将一束电子穿过薄金属片，并且观察到了预
期中的干涉样式。在贝尔实验室，克林頓·戴維森和雷斯特·革末将他们的实验电子束
穿过一个晶体。
德布罗意于1929年因为这个假设获得了诺贝尔物理学奖。汤姆孙和戴維森... 阅读全帖 |
|
C*******e
发帖数: 4348 | 20 回头再详细拜读一下
如果真有cryo条件下做SAXS那学习了！
上面贴的那个图很有意思
所谓1 nm的分辨率是在q^-1 6－8 nm左右的地方
而做过 SAXS的人都知道SAXS数据最最重要最最有价值的是在q^-1 0-0.1 (A^-1)的这个区间
也就是10 nm分辨率
当然这个区间重要不代表q^-1 0.1以上都不重要
不过很多fix distance beam line测量的区间在0－0.3 A^1 (0-3 nm^-1)
我个人感觉SAXS这个领域还在方法、工具建立的阶段
new |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 21 Zhuang XW STORM Stochastic Optical Reconstruction Microscopy
//www.nature.com/nmeth/journal/v5/n12/full/nmeth.1274.html
borrowed basic mathematic principle from 蒙特卡洛法:
below novel “Three body” noted that ball is laser they used in STORM
球越小结果越精确。
//zh.wikipedia.org/wiki/中微子
New speed of light... or was it just a dodgy cable? Scientists at Cern believe results were skewed
UPDATED: 07:54 GMT, 24 February 2012
//www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-2105353/Faulty-wires-CERN-test-results-debunk... 阅读全帖 |
|
N******K
发帖数: 10202 | 22 是不是糊弄 看长期表现
protein折叠这东西 我觉得还是测量仪器水平不够 现在不是用什么 cryo EM
我觉得生物学很多障碍 还是测量仪器功能不够强大 拿到模糊数据 然后yy一通 |
|
g***y
发帖数: 201 | 23 MAP2 from sigma, mouse monoclonal, #M9942
works great on 4% PFA fixed paraffin sections,
also works on cryo-sections, and IF of primary neurons. |
|
b*****g
发帖数: 26 | 24 我最近想build一个structure model. 现在已有receptor cryo-EM tetramer
structure . 有一个小protein 和这个receptor 有interaction,而且比例是1:1.
我们有一些关于protein-protein interaction的数据，也可以docking 到单体上。但
是四聚体就有一些问题。因为如果是1：1，在四聚体上就是4：4，一共8个protein。
所以请大家个我推荐个docking program ，可以解决这个问题。 先谢过了。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 25 En
Bio aspect:
兰州大学 生命科学部 畜牧学与草地科学 张金林 草类植物逆境生理
中国农业大学 生命科学部 遗传学与生物信息学 陈忠周 表观遗传学中重要蛋白质的结
构和功能研究
中国医学科学院基础医学研究所 生命科学部 遗传学与生物信息学 许琪 DTNBP1选择性
剪接异常在精神分裂症发病中的作用机制研究
中国科学院上海生命科学研究院 生命科学部 遗传学与生物信息学 王佳伟 植物小分子
RNA的生物学功能
中国科学院遗传与发育生物学研究所 生命科学部 遗传学与生物信息学 焦雨铃 遗传学
与生物信息学
复旦大学 生命科学部 遗传学与生物信息学 李辉 人类起源与进化
华中农业大学 生命科学部 园艺学与植物营养学 徐强 果树种质资源与基因组学
山东农业大学 生命科学部 园艺学与植物营养学 任仲海 蔬菜学
浙江大学 生命科学部 园艺学与植物营养学 杨建立 植物营养逆境分子生理学
中国农业科学院植物保护研究所 生命科学部 植物保护学 陆宴辉 农业昆虫与害虫防治
南京农业大学 生命科学部 植物保护学 陶小荣 植物病毒学
中国农业大学 生命科学部 植物学 毛同林 植物细胞骨架
中国科学... 阅读全帖 |
|
a********k
发帖数: 2273 | 26 看看这个复合物吧，20S，还是cryo和负染结合的。NSF的结构至今没解过，而且整个复
合物也是非常重要的。这年头CNS不太可能要negative stain 的EM结构的。不过我没看
elife那个结构，可能有过人之处吧。
Nat Struct Mol Biol. 2012 Feb 5;19(3):268-75. doi: 10.1038/nsmb.2237.
Structural characterization of full-length NSF and 20S particles. |
|
a********k
发帖数: 2273 | 27 看看这个复合物吧，20S，还是cryo和负染结合的。NSF的结构至今没解过，而且整个复
合物也是非常重要的。这年头CNS不太可能要negative stain 的EM结构的。不过我没看
elife那个结构，可能有过人之处吧。
Nat Struct Mol Biol. 2012 Feb 5;19(3):268-75. doi: 10.1038/nsmb.2237.
Structural characterization of full-length NSF and 20S particles. |
|
s******y
发帖数: 28562 | 28 我对这个是三脚猫。但是在我的印象里，cryoEM的样品制备可麻烦了。
而nenetive straining 则非常容易做。所以除非有必要，否则没有人自讨苦吃去做
cryo。 |
|
i***0
发帖数: 160 | 29 作cryo-EM的难度相当于蛋白结晶，一般要耗３－６月摸索条件。快速冰冻来防止冰晶
的形成，在偶然条件下形成单分子冰层（保持液相的特征）。需要有液氮ｈｏｌｄｅｒ
的电镜，和空气湿度的严格要求来确保图像质量。要达到高分辨率，要收集足够的图像
，是个体力活。目前的软件水平也参差不齐，ｐｉｃｋ ｐａｒｔｉｃｌｅ基本靠手，
几万个ｐａｒｔｉｃｌｅ，坑爹啊。目前ｃｒｙｏＥＭ最成功的就是病毒颗粒的结构，
因为它高度对称，可以大幅缩小到达高分辨率的图像数，所以才有所谓几个Ａ的分辨率
出现。
Negative stain相对要简单很多，对电镜要求也少一些。上手快，成功率高，只要蛋白
不聚集，找到合适的浓度把蛋白分子颗粒均匀分布在ｇｒｉｄ上，ｓｔａｉｎ合适，图
像对比度会比ｃｒｙｏＥＭ清晰很多。但因为有重金属铀的覆盖，解出来的结构分辨率
就上不去了。
最牛的是２Ｄ－结晶，用电镜作ｘ－ｒａｙ衍射和数据收集，用晶体学的运算解出二维
晶体的结构。不过目前只有水通道这一个成功的例子。 |
|
c********9
发帖数: 562 | 30 不做cryo-em, 主要还是这个技术不够普及。 |
|
s******c
发帖数: 331 | 31 电镜的优势是很大的，当然技术问题也是很多的。但是用cryo EM来做membrane
protein dynamics的东西，局限性还是很大，不如其它很多的biophysics的手段好。 |
|
n*********p
发帖数: 151 | 32 如果真对Science感兴趣，去做optics，laser 和spectroscopy，电镜在生物学上的应
用已经到头了。Cryo,Tomo等只是做电镜的搞的没价值小把戏。 |
|
z********i
发帖数: 610 | 33 cryo-ET 分辨率太低，也就能看个大概。看原位的东西，对样品的厚度有要求。 |
|
v*******a
发帖数: 759 | 34 可以电脑编辑/打印的A4 sheet.
实验室在用cryobabies (USA Scientific)，产品介绍说可以放液氮，可每次都有一些
在液氮里掉下来，搞混样品就惨了。求推荐一种液氮里不会掉的。 |
|
h******y
发帖数: 106 | 35 感兴趣的话请跟我联系。没有cryo EM经验，有TEM的经验也可以。 |
|
G**********s
发帖数: 74 | 36 谢谢。
我phd是做single molecule tracking 和membrane protein mobility的，对于他做的
cryo EM和晶体相关的东西也还有些犹豫，要不要彻底转到这一块。我和我phd老板讨论
，我总想找一块不太一样的领域做postdoc，但是也能用到我phd期间学习到的技术的。
感觉有点难啊~~~ |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 37 No.
pls check
>The high frame rate (10–40 frames per second) of new CMOS-based direct
cameras provides a means to correct for such image blurring by recording a
‘movie’ throughout the exposure. That is, a single exposure is
fractionated into a number of subframes with sufficiently short duration
such that the motion is frozen to an acceptable level13. The drawback is
that although the signal decreases with fractionation, the camera readout
noise on each subframe remains constant15. Even so, in t... 阅读全帖 |
|
|
e****s
发帖数: 1125 | 39 这也太绝对了。
Cryo EM 做大复合物的结构上还是有很大的优势的。而且和结晶有时候会互补。
比如，这几年最著名的结构之一GPCR-Gs 复合物在结晶以前就先通过EM做了一边，发在
了PNAS上。最近GPCR还会有一个复合物结构的大文章出来，据说里面也有Cyro EM的数
据。 |
|
r*********n
发帖数: 49 | 40 我不能相信TRP的cryo-EM结构能到3.3A,如果说2D crystal diffraction还有可能。
希望早日看到paper and released pdb
BTW: 上周我还在RCSB能看到这个结构在unreleased里面，今天一看怎么什么没有了，
在released里面也没找到。哪位有PDB code么？
3x! |
|
n**********u
发帖数: 77 | 41 这个是什么信号？怎么解读。
辣和热
辣和热在物理上完全不同，但是
为什么英文问食物有多辣（spicy），可以用多热（hot）？
原因是进食辣味物体时，人的口（和唇）可以同时有两种感觉：
辣和热；
不过，辣味并不提高口腔（或唇）的温度。
那么，为什么人同吃辣椒时会同时感到辣和热？
这一司空见惯的“常识”，其原因在1997年被揭开。
旧金山加州大学（UCSF）的David Julius教授，于1980年代在Richard Axel实验
室开始用当时算比较新的方法（表达克隆，expression cloning）寻找五羟色胺的受体
。十几年后，他继续用这一方法，改为寻找辣椒素（capsaicin）的受体，于1997年找
到了一个被辣椒素激活的蛋白质分子VR1，而且发现VR1还被加热所激活，因为辣椒素已
知与痛觉通路有关，所以这一工作，同时揭开了温度感受的机理（Caterina et al.,
1997）和痛觉的外周感受的部分机理，其中痛觉的研究当时还需后续实验（如Julius实
验室的Tomi... 阅读全帖 |
|
E******g
发帖数: 170 | 42 Cao E, Liao M, Cheng Y, Julius D (2013) TRPV1 structures in distinct
conformations reveal activation mechanisms. Nature 504:113-118.
Caterina MJ, Schumacher MA, Tominaga M, Rosen TA, Levine JD, Julius D (1997)
The capsaicin receptor: a heat-activated ion channel in the pain pathway.
Nature 389:816-24.
Caterina MJ, Julius D (2001) The vanilloid receptor: a molecular gateway to
the pain pathway. Annu Rev Neurosci 24:487-517
Cosens DJ, Manning A (1969) Abnormal electroretinogram from a Drosophila
m... 阅读全帖 |
|
n***y
发帖数: 114 | 43 按你的要求，只能用这个蛋白的胞外区跨膜区17aa来验证你的假设。CD只能告诉你
alpha-helix,beta-sheet等在整个蛋白中的比例，你加入ligand后，17aa假设有变化，
在整个蛋白和ligand（如果是蛋白的话，就算是其他的chemical可能也有影响）在CD的
变化中，你也不能说变化就是这17aa的。
你可以找个Cryo-EM看看。 |
|
e********r
发帖数: 147 | 44 你说得太清楚了，涨了不少姿势。不过，Cryo-EM太高大上了，能否就用遗传或生化的
方法搞搞再说？ |
|
e********r
发帖数: 147 | 45 同意，全长有78 kd。不过我们已经构建了这个受体激酶全长的proteoliposome,激酶活
性还相当不错。不过这玩意毕竟是的nano颗粒，结构生物学的方法不好使啊.....正因
如此，想能否用遗传或生化的方法解决。NMR, X ray,Cryo EM感脚难度过大，也不懂。 |
|
p****s
发帖数: 3153 | 46 哈哈，居然已经做到这种程度了啊。Cryo EM对你来说分辨率太低了，17个氨基酸估计
最多也就2 nm，很难看出差别。如果你预测有构象能导致距离变化的话，也许可以用
EPR，但是需要修饰。 |
|
Z********n
发帖数: 796 | 47 http://www.ibp.cas.cn/kyjz/zxdt/201404/t20140425_4101270.html
朱平、李国红研究组合作在Science杂志发表30nm染色质左手双螺旋高级结构解析重要
成果
2014-04-25 | 【大 中 小】【打印】【关闭】
4月25日，Science杂志以长幅研究论文（Research Article）形式发表了朱平研究
组和李国红研究组合作利用冷冻电镜三维重构技术解析的30nm染色质左手双螺旋高清晰
三维结构这一重要研究成果。
61年前的同一天（1953年4月25日），沃森和克里克发表的DNA双螺旋结构模型使生
命科学研究深入到分子层次，开启了分子生物学时代。但任何有关DNA的生命活动都是
在DNA及其所缠绕的组蛋白组装形成的染色质这个结构平台上进行的。由于缺乏一个系
统性的、合适的研究手段和体系，目前对于30nm染色质纤维这一超大分子复合体的精细
结构组成还具有很大争议，染色质的高级结构研究一直是现代分子生物学领域面临的最
大挑战之一。
近年来，冷冻电镜（cryo-EM）技术在结构生物学领域发展迅速，为研究30nm染色
质的... 阅读全帖 |
|
A******y
发帖数: 2041 | 48 Yup, people didn't realize that 4.5 A in Cryo-EM is different than crystal
structure resolution...hint, I'm a chemist and never claim to know much. |
|
l********a
发帖数: 61 | 49 最近会有全长的cryo-EM结构出来（接近原子分辨率），这个领域确实很久没发展了
样子 |
|
|
