l**********1
发帖数: 5204 | 1 key words:
5fC; 5 caC; pre-mRNA splicing; Pol II; hetrochromatin or H4K20
cited from
Nat Struct Mol Biol. 19: 1061-4. (2012).
New functions for DNA modifications by TET-JBP.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23132381
>the ability of 5fC and 5caC to decrease the transcription elongation rate
of Pol >II may facilitate the interaction of Pol II with diverse
transcription elongation factors, chromatin regulators, histone-modifying
enzymes and factors involved in pre-mRNA splicing. Shukla et al.34... 阅读全帖 |
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L*******a
发帖数: 293 | 2 一是因为CTCF的确重要；另一个是因为CTCF的抗体非常非常好，几乎是你能看到的最漂
亮的ChIP-seq峰图，lol。是评估各类peak calling工具call punctate peak效果的标
准TF。。。 |
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s*********x
发帖数: 1923 | 3 没啥希望, encode的CTCF都做了十几个细胞系了，也没看出什么门道。 |
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t**l
发帖数: 109 | 4 cohesin原本是cell biologist在细胞分裂做的东西，现在搞的和CTCF一起做chip-seq
，和epigenetic还有transcription factor, 3d genome连在一起，是不是以后的一个
热点啊。CELL上的cohesion paper还挺多，都是从transcription这个角度，还不是从
染色体分离的角度。 |
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d****7
发帖数: 109 | 5 在ChIP-seq里，这俩一直都很火啊，尤其是CTCF，感觉仅次于histone和pol II
我对Jussi Taipale那篇文章很无语。。。。。。
seq |
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u*********1
发帖数: 2518 | 6 不了解
但就一个印象：你去看ENCODE的annotation，到处都是CTCF binding site
seq |
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A******u
发帖数: 61 | 7 主要是这货跟染色体的高级结构有关吧
热色体并不是一根直线，而是一团缠着的线，CTCF可以把远距离的两段连在一起，调控
基因表达。
直线式的染色体结构和调控已经研究得差不多了，有很多现象不能解释或者需要更深入
地研究，所以就转到3D结构和调控上来了。就像牛顿时空观到爱因斯坦时空观，科学范
式转换。
seq |
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t**l
发帖数: 109 | 8 感觉挺有意思的。这么说染色质的空间地理位置决定了自主性的基因调控。
这些地理位置的建立和维持源自于DNA本身的一些CTCF binding motif和结构蛋白
cohesin这类蛋白的帮助。 |
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L*******a
发帖数: 293 | 9 我觉得这个会是一个热点。一方面是因为technologically practical，技术进步让大
家能够从仅研究一维/线性的调控扩展到研究三维/长程的调控；另一方面三维调控本身
是个biologically interesting的问题。cohensin，CTCF这些调控因子影响到细胞核内
subdomain的形成。从线性角度的chromatin regulator binding在更高的维度上有long
range interaction。Actively transcribed基因在三维空间上互相靠近，形成co-
transcription中心。类似的，facultative heterochromatin里的repress基因也会相
互靠近，叫polycomb body。是higher-order chromatin structure水平的调控。
seq |
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t**l
发帖数: 109 | 10 我现在想研究一个gene是否和CCCTC-Binding Factor 有关系。
我想知道这个CTCF的consensus sequence: CCGCGNGGNGGCAG 时候存在我想研究的这个
gene的上下游和内含子中。我应该怎么入手，从来没做个bioinfo方面的工作。还有就
是想biochemially 证明这个CTCF可以结合到这个gene的DNA，但是我不知道哪个地方，
要是做CHIP,怎么选primer呢，总不能一上来就chip-seq， |
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e*****t
发帖数: 642 | 11 未发表的。大约20个细胞系。。。
我是做bioinfo的，seq alignment以后，怎么找一些生物学意义？比如，寻找一些有趣
的motif（这个比较不靠谱，我承认，但也能发文章）。或者，特定motif和gene
expression的关系，这个很有意思，可惜没有gene expression的data。
还能干些啥？大家来讨论讨论。多谢。 |
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g**********t
发帖数: 475 | 12 都是什么细胞系？病理的还是正常的？不同组织的？ |
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e*****t
发帖数: 642 | 13 都是不同组织的正常细胞，比如纤维细胞，上皮细胞。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 14 能包装慢病毒的，knockdown效率高的，能否给个sequence和vector的信息？最近整这
个，用的plenti lox3.7，在sigma的网站上抄了4条shRNA,买回来自己退火连接做克隆
，转到293T里面，western blot发现都没效果，郁闷死了。 |
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h******y
发帖数: 1374 | 16 为啥不直接买Open Biosystems的lenti shRNA |
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b**********8
发帖数: 349 | 17 谢谢关注，我们是参考公司网站公布的序列自己订的oligo回来退火克隆的， |
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b**********8
发帖数: 349 | 18 嗯，昨天跟boss讨论了下，认为这个钱还是要花的，准备买他家的那个shRNA set，用
的PLKO.1 vector，一个set里面5个克隆，就是想问问有谁用过这个吗？5个里面有几个
OK
？万一买回来都不行，退货倒是小事，关键是时间赔不起。【 在 hellowhy (夹死do
it) 的大作中提到: 】 |
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q******g
发帖数: 3858 | 19 我用过。5个里面当时有两个比较好。但是，用PUROMYCIN筛选比较麻烦。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 20 实在是非常感谢你的回复。
只要有两个就够了，免得只有一个有效的话到时候reviewer又要提offtarget的问题了。
这下不犹豫了，直接买了。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 22 http://insulatordb.uthsc.edu/
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D188-94. doi: 10.1093/nar/
gks1165. Epub 2012 Nov 27.CTCFBSDB 2.0: a database for CTCF-binding sites
and genome organization.
Ziebarth JD, Bhattacharya A, Cui Y. |
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b****r
发帖数: 17995 | 26 这里面的重要功能肯定是很多的，promoter那么大，怎么调控的，靠近的几个基因为什
么有时候一起表达有时候又完全独立表达，不同细胞里同一个基因是怎么被不同的调控
的，这其中有很多重要的生物问题和医学问题 |
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A******u
发帖数: 61 | 27 跟高级结构有关吧。基因和调控元件应该不是示意图画的一根直线，而是立体的。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 28 好多paper都在预测这预测那里，但是这个领域最难说的就是ground truth, 哪方面的
数据可以作为ground truth来讨论其他数据呢？我知道这个问题很宽泛，希望大家能不
吝赐教。
我个人现在理解，对基因表达来说，只有RNA的表达才能算是ground truth, histobe只
能算是"推测"基因表达对吧？enhancer和promoter之间的相互作用，现在主要还考猜对
吧？还有什么CTCF和三维结构，也是主要靠猜，没有广泛认可的ground truth对吧？
希望大家多多赐教 |
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s*********r
发帖数: 22 | 29 我们组经常做25万细胞的 chip-seq.
polII,ctcf,cohesin. h3k27,h3k4. |
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b********g
发帖数: 46 | 30 听胖头鱼老师的言论挺有意思，受启发了。
之所以发这篇帖子是突然发现自己对分裂间期DNA的结构存在误解。此处省略283字。
从体积而言，细胞完全没有必要compact DNA，细胞核有非常充足的空间容纳DNA；从长
度而言，细胞核短了些，所以，细胞核需要folding DNA. 细胞自然是需要提供这些辅
助DNA folding 的蛋白供我们研究的。folding 过程中一个很重要的过程是DNA 的折叠
（bending etc)，一根长长的DNA需要打很多很多的折子（每个折子长约数微米）才能
容纳于细胞核。细胞想了想，打太多折子并维持着，似乎很费力，加点核蛋白 （
histone）吧，虽然增加了体积 （增加体积了也不是什么坏事啊，根据万有引力定律，
信号分子从核孔进来，更容易找到DNA)，但是折子的数目就减少很多了。每个折子之间
加些蛋白 （CTCF, SMC, cohesin etc)来固定下，形成了3C热爱研究的DNA looping。
同一侧的折子上的DNA，也许可以相互作用，就是promoter-enhancer 相互作用了。 同
一侧的折子上的某些基因不需要表达了，直接加些H... 阅读全帖 |
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