c***r
发帖数: 1132 | 1 刚请教了个专家，说他们需要同时染十几个颜色，所以尽管不喜欢用pe-cy5，但是也不
得不用
了，跟apc在同一个管子里，有overlap，但是也还行。
专家说不喜欢pe-cy5，也不喜欢percp-cy5.5，能不用就不用。但是没有其他更好的选
择的话，用也就用了。
专家在某世界级大药厂任职，是专门做流式的scientist，他们site专门做流式的组，
有20来人，天天只做流式，不干别的。
结论：pe-cy5可以和apc同时用，但是如果有更好的选择，尽量用别的。 |
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a***a
发帖数: 40617 | 2 第一次用这玩意儿，大概40nt，5' cy5 label
不是说cy5是water soluble的吗，我用水和ph8的tris，感觉这玩意儿不怎么溶啊。。。
正常吗？跑胶一片smear，我悲剧了。。。 |
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s******9
发帖数: 283 | 3 没啥经验，不想被评审挑剔，请教大牛怎样才是普遍接受的组合？
FITC, green?
Cy3, red?
Cy5, blue? |
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x*****o
发帖数: 441 | 4 最近需要cy3, cy5做标记, 发现实验室有的已经过期了, 今年5月过期的. 很纠结是重
新定一些还是就用这些过期的. 这个好像很贵, 一包200多. 实验室还有5,6包.
这种dye过期了有很大影响吗? 上网查了一下说是会影响label的产率和dye的亮度. |
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p******h
发帖数: 163 | 5 想染色两种不同蛋白，cy3和cy5能同时使用么？信号会不会互相干扰？ |
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k*****n
发帖数: 323 | 6 完全没问题。microarray用的就是CY3 VS CY5 |
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s*****i
发帖数: 315 | 7 没有问题，如果二抗浓度太高，信号太强的话Cy3会向Cy5微微bleed-trhough |
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s********o
发帖数: 91 | 8 最近实验室买了zeiss的远红filter，就试着用了羊抗兔的cy5二抗。但发现在high
magnification （63X）照相后，信号递减特别明显，基本上照一次之后就没有信号了
。同时拍照的还有hoechst和gfp。已经尽量缩短曝光时间了。是不是我用的时候出问题
了？ |
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c****u
发帖数: 584 | 9 换Alexa or atto dye. Cy5 是臭名昭著的弱 |
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r***l
发帖数: 593 | 10 可以给讲讲怎么用吗？
比如我要检测Cd3-PAC和cd4-PE/cy5，我是一次只能开一个laser吗？还是可以都打开，
不会影响？
谢谢！ |
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c***r
发帖数: 1132 | 11 不是高手。
我做过pe-cy7和apc一起染的，完全没问题。pe-cy5的和apc可以一起用。 |
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c***r
发帖数: 1132 | 12 这跟开几个laser没什么关系啊，一般的不是默认laser全都开的吗？
影响也不应该是laser有影响，而是不同颜色之间的spill over。但是apc是很好的，跟
fitc、pe、pe-cy7都几乎不存在spill over，几乎不用做compensation。我觉得apc跟
pe-cy5的spill over应该也很小，大概可以忽略不计。 |
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r***l
发帖数: 593 | 13 虽然他们的激发波长不同，可是他们的emission不是完全重合吗？比如当你要采集APC
的信号的时候，PE/cy5不也都被采集进去了吗？
不好意思，新手！ |
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r***l
发帖数: 593 | 14
谢谢回复。请问是每个machine都有这样的功能吗?我看的那篇说PE/cy5和APC能一起用
的文章好像用的是BD的machine，我们这里的这个是Cyan ADP，有人说这俩不能一起用
，我不知道是不是？ |
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a******1
发帖数: 10 | 15 几乎天天做流式，个人经验告诉你PE/CY5和APC最好不要混一管，补偿太大，要用
percp5.5和APC的，不知道版上回复可以用的，是个人亲身操作过，还是凭推测？ |
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h*********o
发帖数: 19006 | 16 准备用Cy5 label 一个ribosomal 蛋白,这个蛋白有一个自带的Cys基团,是在一个loop上
,晶体上看起来跟别的部分没有什么interaction. 但是从做的alignment上看,这个Cys是
conserved的.如果用Cy5和这个cys反应,会不会对功能有影响?
还有一个蛋白sequence alignment 的问题, 从CLUSTAL的结果来看,不明白那个一个点的
,semi-conserved substitution (similar shape),这个是什么意思阿?
多谢! |
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x*****o
发帖数: 441 | 17 准备用Cy5 label 一个ribosomal 蛋白,这个蛋白有一个自带的Cys基团,是在一个loop
上,晶体上看起来跟别的部分没有什么interaction. 但是从我做的alignment上看,这个
Cys是conserved的.如果我用Cy5和这个cys反应,会不会对功能有影响?
还有一个蛋白sequence alignment 的问题, 从CLUSTAL的结果来看,我不明白那个一个
点的,semi-conserved substitution (similar shape),这个是什么意思阿?
多谢! |
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x*****o
发帖数: 441 | 18 由于实验需要,只能用Cy5.如果不用Cy5, 有什么建议没有? |
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c******d
发帖数: 564 | 19 我是外行，有个关于荧光光谱的问题请教。 比如下面这大约十种荧光集团，单靠光谱
分析能分出来吗？
或者转化成另外一个问题，MAx EM 只差 5， 6 nm，这两个基团能靠光谱分析分开吗？
溶液环境一致但是较复杂，是PCR反应产物，里面有0.5mM MgCl2，0.05mM dNTP，DNA，
痕量protein等。
多谢指点
Dye Max. EX (nm) Max.EM (nm)
6-FAM 494 515
JOE™ 520 548 BHQ-1,
TET 521 536
Cal Fluor® Gold 5401 522 541
HEX2 535 555
Cal Fluor Orange 5602 540 561
TAMRA™ 555 576
Cy3® 550 570
Quasar® 5703 548 566
Cal Fluor Red 5904 565 588
ROX™ 573 602
Texas Red® 583 603
Cy5® 651 674
Quasar 6705 647 667
Cy5.5... 阅读全帖 |
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a***k
发帖数: 1038 | 20 现在公开的对8个造谣者之一采访暗示老的萨斯基因检测盒对新病毒也是阳性，所以一
线医生12月就传出萨斯再现的风声。我对基因检测一窍不通，版上懂行的觉得可能吗？
我查些了些萨斯试剂盒常见的引物和探针以及互补或者反向序列，都没有在新病毒里找
到对应。倒是在金银潭的医生在柳叶刀的文章上发现一个闹不明白的事情。我没在公开
的序列里找到他们用的引物5′-TCAGAATGCCAATCTCCCCAAC-3′和反向引物5′-
AAAGGTCCACCCGATACATTGA-3′，只找到了探针的对应序列5′CY5-
CTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGC-3′BHQ1. 倒是在别的试剂盒里见到了他们用的引物。难
道引物不是应该对应序列吗？ |
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a***k
发帖数: 1038 | 21 现在报道中国的新萨斯试剂盒及不可靠，感觉随便拿个别的病毒的试剂盒恐怕也会给出
类似的结果。
金银潭医院用的引物是5′-TCAGAATGCCAATCTCCCCAAC-3′，反向引物是5′-
AAAGGTCCACCCGATACATTGA-3′，我在公开的序列里没有找到对应。倒是在别的病毒的试
剂盒里见到了他们用的引物，难道是设计者偷懒，不小心复制粘贴了别的试剂盒的引物？
探针的序列是5′CY5-CTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGC-3′BHQ1，倒是找到了对应序列，
然而这个探针的序列太短，造成假阴性或假阳性的几率太大了？作为对比，老萨斯试剂
盒的探针序列就长多了。 |
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a***k
发帖数: 1038 | 22 你漏了许多重要的事实，所以得了离谱的结论。
12月25号就有两个医院的不少医护人员感染，这个消息当时就在武汉的医疗系统内传开
了，这是中青报采访五院的医生得到的。
12月27号华大基因给了基于基因组的阳性萨斯结论， 同期的12月底另外的机构通过别
的方法检测到了类萨斯基因，参看小山狗的长文。
中国的试剂盒可能设计错误：金银潭医院用的引物是5′-TCAGAATGCCAATCTCCCCAAC-3′
，反向引物是5′-AAAGGTCCACCCGATACATTGA-3′，在公开的序列里没有找到对应。倒是
在别的病毒的试
剂盒里见到了他们用的引物，恐怕是设计者偷懒，不小心复制粘贴了别的试剂盒的引物
。探针的序列是5′CY5-CTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGC-3′BHQ1，这个探针的序列太短
，造成假阴性或假阳性的几率太大. 作为对比，老萨斯试剂盒的探针序列就长多了。 |
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B******u
发帖数: 23763 | 25 Cy5,好熟悉的名词阿，
俺们正在用那玩艺呢。
不过，俺一点都不懂。
loop上
Cys是
点的 |
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a****a
发帖数: 3905 | 26 oligo microarray实际上不是print, 而是在solid surface上合成.
基本的原理是, 先将一个碱基固定上去,(当然, 是按照一定的pattern
固定大量的碱基在很小的一个区域内, 不过一个点只有一个), 然后通过
光化学反应合成oligo. 一次加入一个碱基, 每回光照的时候都通过
一个特定的mask, 所以有些点加入了这一碱基, 有些点没有.这样就
可以在一个chip上合成各种不同的oligo.
一般而言, 会由若干个不同的oligo代表一个gene, 有些是特异的,有些
是非特异的, 这样根据不同的hybirdization intensity就可以得出所
检测的DNA的量.
PCR类的, 从技术上讲要简单的多, 实际上就是把PCR产物通过极细的针尖
点在slide上, (就是一般的slide啦), 然后固化, 后处理. 一般而言, 在
2cm见方的区域内点上5000到6000个点是可行的.
Probe的标记一般是用荧光染料, Cy3-UTP和Cy5-UTP是最常用的. |
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h******e
发帖数: 44 | 28 大家一般喜欢用488 543 633.商业化的机器，滤镜组多数是为这个组优化的。另外常用
的激光器也多和这组match.
别的光主要可能你的机器并没有相应的滤镜组或激光器。另外405因为和核染料吸收发
射谱相近,在抗体标记时也少用。
我做的一般是405 488 561 633. alexa dye会比别的染料好一些。特别cy3 cy5时不时
会出现诡异的问题。
再多了会用quantum dot.
你需要看你的机器硬件来决定具体的选择。另外多色标记一般需要很严的对照，扫的时
候最好是弱激光，窄谱线接收，不然假的会很多。 |
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x*****a
发帖数: 972 | 29 其实我不太会操作flow的仪器，都是那个technician在做，他经验蛮多的，之前让他做
单染的，都挺好。这次是三染，就有问题了。我用的PE，Cy5, FITC。问题主要是PE的
部分。
之前我单染PE，试了很多浓度，找了个最合适的，效果挺好的。然后再三染的时候，PE
就开始乱七八糟了 |
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i*o
发帖数: 202 | 30 【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
发信人: ito (恩恩), 信区: Physics
标 题: 请教 2photon absorption and emission wavelengths
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 26 13:39:40 2010, 美东)
请教一下有没有人有以下各种dye 的2photon absorption and emission spectra 的资料
PE
PE Texas Red
PE cy7
PerCp-Cy5.5
APC
APC-cy7
Alexa Fluo 430
任何信息都可以 谢谢！！ |
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e****l
发帖数: 204 | 31 Cy3在 532 nm 激光的激发下，出来的荧光应该是绿色的
但是在普通的光线条件下，标记的样品看起来是粉红色的。这时候看见的应该不是荧光。
同样，Cy5的荧光是红色的。但标记的样品在普通光线条件下看起来是蓝色的。
emission |
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T**********t
发帖数: 1604 | 32 那是软件里为了区分不同荧光标记而设置的pseudo color吧，可以改的。你可以把它设
成自定义的任何颜色。显微镜捕捉记录下来的只是单色图像而已，颜色什么的都是软件
做的后处理。我曾经给它设过很漂亮的蓝紫色。
而且cy3和cy5的荧光用肉眼很难看见的，不信你直接用目镜看，绝对没有电脑屏幕上那
么亮的点。但是如果你眼力够好，用肉眼能看见，那荧光应该是绿色的。
据说女生的眼睛对cy3的荧光更敏感一些。 |
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c*******y
发帖数: 161 | 33 大家好,
最近在做一种昆虫木虱的FISH杂交实验,碰到了下面的问题:
我是用Cy5'做荧光分子,标记DNA分子的5'端,杂交木虱体内存在的细菌,由于木虱中还有
血淋巴,为红色,我的荧光信号也是红色,所以血淋巴的颜色会干扰我的荧光信号,引起假
阳性,有那为朋友知道如何解决这个问题,不知道血液FISH杂交是如何解决这个问题的.
希望了解的朋友能指导交流一下.多谢.
补充一下:
当时设计实验的时候没有想到血淋巴会干扰试验结果,所以出现了现在的情况.
是不是更换荧光的颜色是解决这个问题的一个不错的办法? |
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e****s
发帖数: 1125 | 34 这个很难说，除非你做了一遍。最好有方法验证一下标记后的蛋白还有同样的功能。
但觉对值得一试。
其实Cys在蛋白里就功能方面而言，相对于Lys等其他可以Label的基团是最安全的。特
别如果这个蛋白只有这一个Cys暴露在表面的话，大部分情况问题都不大。因为单位点
的表面标记的影响都很有限。Cy5好像有点大就是了，看看结构附近会不会影响其他基
团的空间位置。
loop |
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m*********7
发帖数: 5207 | 35 只能用cy5么？你不担心steric hindrance? |
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s********n
发帖数: 2939 | 36 他们使用polyArg和polyGlu，中间用protease的特异位点链接，当protease切下后，
Cy5标记的polyArg就和肿瘤细胞结合标记了，所以不用抗体。 |
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T**********t
发帖数: 1604 | 38 应该没有吧。
如果激发光是488nm，已经是介于蓝色和绿色边缘了。发射光的波长只会比激发光更大
，所以至少是绿色，甚至会是黄色。
看一下光谱： |
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s*********y
发帖数: 387 | 39 red emission dye intends to be bleached easily.
if possible, try Cy5 or Alexa647, or RFP if using genetic linked marker!
Good luck |
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e***o
发帖数: 344 | 40 thanks a lot for your reply. Cy5 and Alexa647 are indeed very prone to be
bleached. But I am not sure how fast it is? Ideally, I want something
could
go away (let's say 90%) in 1 min. Do you think you can bleach them by
strong
light in 1 min? or is there another way to shut down it, like oxidation?
I know there are some photoswitchable dyes, which could be useful for my
expt. But they are mostly reversible, which might cause problem later on.
Thanks again. |
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x*****o
发帖数: 441 | 41 DNA 还是RNA? 买来是deprotected的吗?
要是已经deprotected的了,就是你水加得不够,多加点水应该就溶了. 胶smear有可能
是orverload 或者盐分太多. 如果是overload就用大点的 well, 如果是盐就desalt一
下,或者乙醇沉淀一下或者过个柱子.
。。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 42 这种东西我们一向都是用DMSO来做stock
要用水也行，加TE buffer 后放在暗处/室温放过夜，然后离心去掉不溶部分。
。。 |
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f*****f
发帖数: 195 | 43 pseudocolor怎样都无所谓，都可以接受，看你主要想显示哪个通道了，因为人视觉原
因，最无关紧要的弄到blue，这样merge看得更清楚些。三色一般 red, green,blue，
四色一般magenta,red, green,blue |
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s******9
发帖数: 283 | 44 太感谢了！还想问两个问题：
关于四色，ImageJ四色默认为red/green/blue/gray。是不是magenta比gray要更受欢迎
？blue在黑色背景下有点暗，用cyan代替好不好？ |
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v***2
发帖数: 131 | 45 which type of fluorescence for Taqman probe? Fam? Vicor? cy5...
and what is your setting in machine? which step do you collect data?
More possible,it is your real time PCR instrument setting problem |
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l**********1
发帖数: 5204 | 46 LZ 用工作邮箱发询价电子邮件
到
//www.microscopyu.com/contact.html
//www.microscopyu.com/articles/superresolution/stormintro.html
就问以下的这款 配置 Total Package one unit how much USD? ( including tax)
Nikon TI TIRF/STORM/PALM
Primary tasks:
Single Molecule Fluorescence Microscopy
Total Internal Reflection Fluorescence Microscopy
Super-resolution Microscopy (PALM, STORM)
Scanning Stage Microscopy
Microscope: Nikon Eclipse Ti with Perfect Focus System
Objectives:
Nikon Apo TIRF 100x N.A. 1.49 oil
Nikon Plan Fluor 40... 阅读全帖 |
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a*q
发帖数: 2109 | 47 看怎么保存的了，一般说来没事。而且如果标记效率下降的话，多用点染料就是了。 |
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x*****o
发帖数: 441 | 48 按照包装上面说得, 4度保存. 里面是粉末状态存在的,应该没问题.
对,多用点染料应该就没事了. |
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h**********5
发帖数: 1636 | 49 我们lab，-80保存，用的都是10年前的dye |
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