m*********n
发帖数: 158 | 1 哪个兄弟姐妹给个protocol把，主要想看一个protein 在不同得condition 下得
cytosol 和plamsic membrane enrichment,
有好得protocol或是好得kit可以推荐一下把，
谢谢 |
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y***n
发帖数: 109 | 2 You can draw a line ROI across the cell.
Compare the intensity of the two side peaks (plasma membrane) and of the
center (cytosol). |
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m*******n
发帖数: 124 | 3 如果对单个细胞，用imageJ,很容易，直接用鼠标圈起来，measure一下memberane 和
cytosol就可以。。。 |
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L****S
发帖数: 89 | 4 Thanks for the discussion. I know which papers you are talking about. We
have to think about immunology here.
In the endosomal compartment, for dsRNA, ssRNA, DNA, TLR3/7/9 sense them
accordingly. No big question here.
In the cytosol, dsRNA is a strong "danger" signal showing viral infection
. That's why every cell has PKR, RIG-I/MDA-5, etc. So I speculate, when
liposome delivers ssRNA, RIG-I/MDA-5-mediated cytosolic response dominates
the TLR3 signal, quantitatively or qualitatively.
In the pape... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 220 | 5 做subcellular fractionation 提取nucleus， 我的target 蛋白应该在cytosol和
nuclear fraction 都有。
可是用kit，只看到核有，用自己找的一个protocol只看到cytosol 有，也不知道核蛋
白提出来没。
请问nuclear loading control用什么好呢？ 我借了个lamin a的抗体，居然只在
cytosol里面有，不合理啊。
作为nuclear loading control， anti－histone是不好点？ 谢谢了。 |
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b******y
发帖数: 627 | 6 Some proteins do need chaperone for folding and stability and there are
plenty in cytosol, for example, heat shock proteins. Protein surface
disulfide bonds are rare in cytosolic proteins although there are some in
interior of the proteins. 糖基化 is not that common for cytosolic proteins,
either. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 7 Please go to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2518226/
>Overall, our results suggest that PUB22 and PUB23 coordinately control a
drought signaling pathway by ubiquitinating cytosolic RPN12a in Arabidopsis.
Subcellular Localization
The sGFP cDNA clone was fused in-frame to the 59 end of the full-length
PUB22 and PUB23 coding region and ligated into the pBI221 transient
expression vector. The sGFP-PUB22 and sGFP-PUB23 fusion constructs
were transformed into protoplasts prepared from wild-typ... 阅读全帖 |
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r******k
发帖数: 446 | 8 小弟最近做cell fractionation。 用的pierce的kit。 结果用alpha tublin做
cytosolic marker， p-a84做nuclear marker。 竟然观察到tublin在nucleus也有少量
表达，这是为啥呢？难道真有cytosol的污染？ 还是应该换一个cytosolic marker呢？
跪谢！ |
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j****g
发帖数: 406 | 9 谢谢老大的建议，下面是introduction的第一段。版面有限估计贴不了更多的了，如果
老大，或者是其他哪一位有兴趣的话我可以发到邮箱里。谢谢。
The balance between protein synthesis and degradation is important for
normal function and survival of cells. While the ubiquitin-proteasome
pathway is responsible for specific clearance of short-lived proteins, long-
lived proteins are delivered to lysosomes by autophagy, which is the major
inducible pathway for general turnover of bulk cytoplasmic components
including entire organelles such as mitochondria (Klionsky and ... 阅读全帖 |
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a***a
发帖数: 40617 | 10 查到一篇paper
Induction of cytosolic aspartate aminotransferase (glutamic oxaloacetic
transaminase) was observed in rat liver on administration of a high-protein
diet. The enzyme activity in the liver of rats given 60% and 80% protein
diet increased to 1.8- and 1.9-fold that in the liver of rats maintained on
20% protein diet, with about 2-fold increases in the levels of functional
sGOT mRNA, measured by in vitro translation. Whereas the activity of
mitochondrial aspartate aminotransferase did not i... 阅读全帖 |
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b****n
发帖数: 311 | 11 呵呵，看看薛红卫，去掉了20几篇plant cell以下的。
1: Wu GZ, Xue HW. Arabidopsis β-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase i
is
crucial for fatty acid synthesis and plays a role in chloroplast division
and
embryo development. Plant Cell. 2010 Nov;22(11):3726-44. Epub 2010 Nov 16.
PubMed
PMID: 21081696; PubMed Central PMCID: PMC3015132.
2: Dai C, Xue HW. Rice early flowering1, a CKI, phosphorylates DELLA protein
SLR1
to negatively regulate gibberellin signalling. EMBO J. 2010 Jun 2;29(11):
1916-27.
Epub 2010 Apr 16... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 220 | 12 做western blot， 一般nuclear marker用histone或者Lamin B, cytosolic的呢？ 看
到有文献用的是RhoGDI, 这个不是常用的把？ 一般广泛接受的cytosolic marker用哪
个蛋白好呢？
谢谢。 |
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b******y
发帖数: 627 | 13 those cytosolic proteins are translated in the cytosol and not through ER.
only membrane-tethered and secreted proteins are through ER. |
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B*N
发帖数: 455 | 14 如果你只想分离膜和cytosol，用0.05%digitonin在细胞上打洞，一离心，cytosol会从
细胞内挤出来到buffer中。
如果你一定要提plasma membrane，你用220mM蔗糖溶液重悬细胞，然后用针头或者玻璃
杵匀浆，通过差速离心，可以分离。但是质膜和内质网分不开。 |
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r******k
发帖数: 446 | 15 Hi 师姐～pierce那kit说 highest speed vortex nuclear extraction every 10mins
， 共40mins。 结果确实好少。。。。
你是先把cytosol protein抽出来以后，加NER（pierce的nucleus 裂解液） 以后，放
冰柜放overnight？ 然后再vortex 还是直接就离心呢？
最主要我cytosol protein也很少呀。 郁闷。 我还是过表达的。 每次用了pierce的
kit就跟抽风一样 protein level特别低。。。 |
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l******a
发帖数: 3339 | 16 进endosome, lysosome，golgi和ER跟cytosol是两个完全不同的概念。你能link一篇
reference吗？antibody也可以进endosome，并且被recycle出来，但是进不了cytosol。 |
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H****s
发帖数: 301 | 17 兄弟，我可以非常确定他们用的系统是把蛋白输送到cytosol里面去。当时是去参加了
一个会，会上有个哈佛的人做了关于这个的专题讲座。好像是利用anthrax细菌的毒素
输送系统。会后我和这个人聊了二三十分钟，知道他们在尝试不同的蛋白（主要目的是
在试各种可能性，以获得足够的数据去证明Proof of concept来获得更多的经费资助。
他们好像申请了好几个专利）。我问的问题是他们是否尝试输送抗体到细胞质里面去，
他们说还没有，主要原因是抗体分子太大，并且结构不是很flexible（使用他们的那个
系统，被输送蛋白必须要融合到另外一个蛋白上去，才能输送）。但是他们试过scFv，
没有问题（这个我有点怀疑，因为他们回答得含糊其词，不是很有信心的样子）。我对
抗体这部分不感兴趣，我感兴趣的地方在于，到底什么蛋白可以进入仍然有活性，什么
蛋白彻底不可进入，这其中的规律是什么。
cytosol。 |
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w*********1
发帖数: 27 | 18 最近从别的实验室要了一个pEGFP-Tubulin质粒，转染HeLa细胞后本想拍活细胞里的微
观的，但是发现GFP信号无论在间期还是有丝分裂期看上去都是cytosolic without a
sniff of a tubule。起初怀疑是人家给我的质粒有问题，就自己找模板构建载体了，
自己构建了两个载体，一个是Tubulin-EYFP, 另一个是EYFP-Tubulin, 就是一个EYFP在
Tubulin C 端，一个在N端， 测序看读码框啥的都没问题。 但问题也来了，EYFP在
Tubulin C端的（Tubulin-EYFP）质粒表达效率特别低，虽然转染效率还可以，就是
EYFP的信号特别特别弱。 换成EYFP在Tubulin N端的（EYFP-Tubulin）质粒转染Hela之
后，效率倒是相当之后，荧光强度也超赞，但是和人家给我的质粒问题一样，都是
cytosolic without a sniff of a tubule。 请问各位老师有没有遇到相同的问题以前
？谢谢啦。 |
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k**e
发帖数: 2728 | 19 Answer:
1. C
Glycogen degradation is coupled with skeletal muscles contraction due to
calcium-mediated myophosphorylase activation. The neurotransmitter
acetylcholine stimulates the contract of muscle, and then causes
depolarization of the muscle cell and release of calcium from the
sarcoplasmic reticulum into the cytosol. Increase calcium in the cytosol
binds troponin C to cause muscle contraction and also activates muscle
glycogen phosphorylase to provide energy for the working muscle.
2. C
hy |
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b***1
发帖数: 668 | 20 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东没有经过北京生命科学研究所公开演讲和选拔的正常途径，私自聘请
魏丽萍。
魏丽萍根本达不到北京生命科学研究员的资格，更不要说资深研究员。研究
员要通过两次国际评审，经过高级研究员、资深研究员。
北京生命科学研究所... 阅读全帖 |
|
L*****E
发帖数: 658 | 21 coldsteel - 马甲追踪
排名 疑似马甲 IP相似分 发贴版面相似分 总分
1 i50 0.570536288194 0.382192301133 1.00664544192
2 rainlion 0.518864200562 0.0267792860837 0.546653826293
3 two2 0.349900675443 0.240959022152 0.518524124652
4 leela 0.504779678545 0.0 0.504779678545
5 yobsdia 0.369480240936 0.171687815848 0.496350752067
6 wryoung 0.443086376552 0.0353817150131 0.474440688355
7 fatalme 0.362510415942 0.148875807221 0.47044847... 阅读全帖 |
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b***1
发帖数: 668 | 22 ◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
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王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东没有经过北京生命科学研究所公开演讲和选拔的正常途径，私自聘请
魏丽萍。
魏丽萍根本达不到北京生命科学研究员的资格，更不要说资深研究员。研究
员要通过两次国际评审，经过高级研究员、资深研究员。
北京生命科学研究所高级研究员都有Cell Nature Science论文，魏丽萍一
篇都没有，却高出这些人一级，没有经过国际评审，当了资深研究员。魏丽萍
2004年才有自己的课题组，年资不高，而且成绩平平，之所以能在北京生命科学
研究所当上高级研究员，是因为王晓... 阅读全帖 |
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m********n
发帖数: 4570 | 23 ☆─────────────────────────────────────☆
kakana (nana) 于 (Fri Dec 25 09:11:29 2009, 北京) 提到:
和男友刚订婚，住在一起半年才发现他对吃特别挑剔。
我能理解不要放太多咸盐对身体不好。但他用矿泉水煮粥。汤。我决定特别没必要。
洗衣粉也不能放多量。有一次，我多放了一点，他就把内衣，袜子一个个闻，把味道重
的跳出来，又要洗。我站在旁边无语。一个袜子，至于吗。。。
我上厕所，他也要敲门，问我为啥这么长时间。他又不上厕所。还有问我为啥要在厕所
，一边看书，一边上厕所。。。我不知道他要干吗。
周末我好不容易睡个懒觉，他就把他一个上午作出的所有事情都告诉我。问我为何要躺
在被子里懒。半天都过去了。我每次都懒得理他。
可我现在决定我嫁了一个唐僧。麻烦死了。。我还不如一个人。
晚上要我把脚指头一个个洗干净，他还要一个个检查。我靠。。。。
谁有病。。。
☆─────────────────────────────────────☆
mannbo (mannbo) 于 (Thu Dec 24 2... 阅读全帖 |
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b*********r
发帖数: 2532 | 24 【 以下文字转载自 ChinaNews 讨论区 】
发信人: bixu1 (2-39), 信区: ChinaNews
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:22:46 2011, 美东)
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
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王晓东... 阅读全帖 |
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c*******o
发帖数: 27734 | 25 ☆─────────────────────────────────────☆
benchmarker (maine) 于 (Wed Apr 6 00:41:15 2011, 美东) 提到:
发信人: bixu1 (2-39), 信区: ChinaNews
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易 (转载)
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发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
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M********e
发帖数: 2528 | 26 我不知道你是从哪里来的概念，比如“超过3个月以上喂养的实验概不算数？”，比如
科学实验从来不test超过3个月什么的，你是否读过任何文章啊？
下面是引用的综述的文章。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0278691511006
在table3里列了很多研究转基因玉米及其他对动物的影响。在这个就有好几年研究啊。
这些研究结果都没发现转基因比传统育种的更risky。
不过我觉得我的确太闲了。
Table 3.
Impact of GM plant diets in multigenerational studies.
Plant Trait Reference & Funding Species Duration Parameters
Group (n = number of individuals per group) Mai... 阅读全帖 |
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i*****r
发帖数: 65 | 27 RESEARCH ARTICLES
Local and Long-Range Reciprocal Regulation of cAMP and cGMP in
Axon/Dendrite Formation
Maya Shelly,1,* Byung Kook Lim,1,* Laura Cancedda,1,2 Sarah C.
Heilshorn,1, Hongfeng Gao,1 Mu-ming Poo1,
Cytosolic cyclic adenosine monophosphate (cAMP) and cyclic guanosine
monophosphate (cGMP) often mediate antagonistic cellular actions of
extracellular factors, from the regulation of ion channels to cell
volume control and axon guidance. We found that localized cAMP and cGMP
activities in |
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t*x
发帖数: 1065 | 28 呵呵，谢谢详细的回复！
那我就用RIPA buffer试一下
不过像你说的，如果这种现象正常的话，估计换了buffer也应该差不多的趋势。:)
刚开始的时候没有用sonication，只是0.5%triton X-100 30min 冰浴裂解
后来听别人建议，加了sonication,发现跑完westernblot，结果很一致，都是处理12小
时之后，在镜下观察发现vacuole都消失差不多了，才看到lc-3II的增加
呵呵，我以为是开始时lc3-II在vacuole膜上镶嵌，没有裂解下来，而时间长了
autophagosome跟lysosome结合吞噬，lc-3II被从膜上释放出来，成为cytosolic形式才
能被我检测到呢，所以一直在找比较强的裂解膜上蛋白的方法。
你这样说，我就比较放心了，恩，非常感谢！
western |
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A******y
发帖数: 2041 | 30 I am not really in the field. However, there are tons of evidence showing
the amyloid plaques are either protective or doesn't really cause AD. First
, transgenic mice with tons of plaques don't have any disease phenotype.
Second, drugs destroy plaques in human don't do anything to improve the
outcome for patients. Third, scientists have been looking only at one side
of the amyloid, why happen to the cytosol part that's also cleaved off.
Anyone still fighting for amyloid theory to be even pa |
|
t********n
发帖数: 64 | 31 能，TIRF上的单分子不就是这么做的么，蛋白表达在非常低的浓度，尽可能让每个分子
seperate出来，不过刚开始做的时候找表达量合适的细胞会费点劲，另外，如果你的分
子是cytosolic protein，据说现在也有照胞内单层平面的类似TIRF的技术 |
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j*****a
发帖数: 658 | 32 Don't quite understand your question.... You want to detect the
phosphorylation of a protein, why not use western? Even if you do ELISA to
see p-protein, no need to sonicate....RIPA is strong enough to get all your
cytosolic and nuclear protein out. Sonication mostly is used to break down
chromatin, DNA or chop down plasma membrane to release cytoplasma membrane
protein....If I am wrong, please someone corrects me.. So I think in your
case, you probably don't need sonication at all.
Also, freez... 阅读全帖 |
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n***w
发帖数: 2405 | 33 would you please be more specific?
If it's inactive in the cytosol, and it is redistributed to membrane after
phosphorylation. It may be due to changes to cytoskeleton and motor proteins.
If it is normally a nuclear protein or cytoplasm protein, somehow it is
translocated into the subcellular compartment like mitochondria or other
organelles, it may interact with some proteins that have those translocation
signals. |
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b*****l
发帖数: 9499 | 34 随便点开十几个 connections，一半以上是错的。nnd，太佩服 IPA 了。
想到举个例子，就随手又点开一个：BCL2 activates BID。这不是胡扯么？双击
connection 看文献，明明写着：
Ingenuity Relationships
activation [4]
In cytosolic fraction from HL 60 cells, human CASPASE7 [CASP7] protein
increases activation of human CIF [BID] protein that is decreased by human
BCL2 protein.
无语啊，眼泪哗哗的。。。 |
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s******y
发帖数: 220 | 35 好不容易，被针扎了以后，结果有了improve：）
我提取了nuclear fraction后，那个suspension很黏糊糊的，应该是DNA很多的原因吧？
anyway，我用针头fitler了好久，然后做WB。
结果能看到我要的带，但是背景很高，看图，
我又把膜多洗了几遍，也没明显效果，请问有什么办法，能消除背景吗？
很明显，旁边的cytosolic 同一个蛋白，就没这个背景问题，谢谢。
BTW, 目标蛋白是150kd左右的那个，图片上是不同的曝光时间的结果。 |
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s******y
发帖数: 220 | 36 要检验一个transcrption factor的activation。（Cn-NFAT pathway）,
NFAT被去磷酸化后，从cytosol入核。所以打算提取nuclear fraction检验NFAT 蛋白水
平。
我用了pierce 的kit， 不好用， 结果不make sense。
自己试了几个protocol， 背景太高，结果也不理想。
请教做过类似实验的xdjm 推荐个protocol，或者kit也成，能提取nuclear fraction
！多谢！ |
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L****S
发帖数: 89 | 37 Great question! I think it may be all about location. And transfection
reagents alter the distribution of ligands to different subcellular
locations.
For TLR4, it's surface vs. endosome.
For dsRNA, it's endosome vs. cytosolic.
Maybe a cell biologist can tell us how liposome tranfection works? |
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S****r
发帖数: 982 | 38 Thanks! endosome vs cytosolic, it nicely addressed the question tangled me
long time. |
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u*******r
发帖数: 27 | 40 我没有trivialize。
遇到过一个在他实验室中干过的兄弟，提到其提纯还是运用了Ni柱。此外，所有的蛋白
都是从inclusion body中来，当然在crude solution中就比cytosol中的得到的高。但
是最终产物时常有aggregate，但就是遮着掩着。
99% |
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m***o
发帖数: 272 | 41 加TRIreagent时，发现分化的细胞，因为lipid比较多，就离心了一下，然后发现离心
后，我做的这个gene RT-PCR 比不离心要多出来很多。但是这个离心对没分化的细胞变
化就不大。这样我比较分化和没分化时的gene 表达就会因为这个离心而不同。
离心后，分化的细胞有些pellet，估计是没有裂解的细胞核。这样离心后cytosol的RNA
就会多很多。但是没分化的细胞因为细胞量少，所以裂解的充分些。
请问该怎么做才能最客观检测变化呢？ |
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h******y
发帖数: 351 | 42 Actually, tumor cells do not prefer to use oxygen. The so-called Warburg
effect is the observation that most cancer cells predominantly produce
energy by a high rate of glycolysis followed by lactic acid fermentation in
the cytosol, rather than by a comparatively low rate of glycolysis followed
by oxidation of pyruvate in mitochondria like most normal cells.
Unlike what we would think, malignant rapidly-growing tumor cells typically
have glycolytic rates that are up to 200 times higher than thos... 阅读全帖 |
|
g*********3
发帖数: 177 | 43 我觉得每个人根据自己的研究领域都可以对system biology有一个定义吧。我个人认为
什么时候能够根据各种数据Infer network from nuclear gene expression to
cytosolic metabolism 那就算是开始有用了。
找biomarker貌似用不着system biology吧，proteomics or microarray就能提供一些
信息了。
颜色，轮廓等这些数据我觉得都是一些浅层的数据，如果能profile细胞内各种代谢物
浓度等等啥的就好了。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867409015
我觉得这篇文章还是说明了system biology的一些价值的。 |
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c****g
发帖数: 93 | 44 我们用这个lysis buff：
10 mM HEPES/KOH, pH7.6
1.5mM MgCl 2
10 mM KCl
5 mM EDTA
5 mM EGTA
250 mM Sucrose
Adjust pH 7.6 with 10N KOH
然后过过15次#7 needle，低速离心后上清基本是cytosol，无nuclear protein。
10
H3 |
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z*t
发帖数: 863 | 45 Beutler得奖，Medzhitov会不会有意见？
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761309002
Ruslan Medzhitov
This year marks the 20th anniversary of a publication (Janeway, 1989) that
in many ways revolutionized our understanding of the immune system. As part
of the proceedings of the Cold Spring Harbor Symposium on Immune Recognition
, the paper authored by the late Charles A. Janeway, Jr. was not a standard
peer-reviewed publication. In fact, Charlie used to refer to it as “the
best paper I've ... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 46 //webdoc.nyumc.org/nyumc/files/sun-lab/attachments/CPCB.ch03.Cell%
20Fractionation.pdf |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 47 HTTP://www.sendspace.com/file/k8dabu
that 10.9 MB pdf file now on there. |
|
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a*****x
发帖数: 901 | 49 被reviewer要求用pulse-chase看一个endogenous cytosolic protein degradation。
我们没有S35的执照，做起来很烦。此外这个蛋白发现30年了，half life还是不清楚，
仅有的两篇做过它的pulse-chase，得到的条带也是上上下下，没有明确的half life。
想找替代方法。Biotin只能label膜蛋白。还想过用siRNA或者cycloheximide，但都觉
得不很理想。 版上大牛有没有更好的方法，不吝指教，包子附上。如若成功，附赠多
次投CNS经验～ |
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