s****s
发帖数: 16 | 1 我们在一个基因启动子发现一个CpG island，Bisulfide sequencing证实高度甲基化。
用gel shift 检测DNMT是否和这个启动子binding：具体就是用PCR放大的启动子片断和
细胞核提取物室温下培养30 分钟，然后作native gel shift 电泳。在胶经Etbr染色后
，把shift DNA带切下来送mass spec。结果显示没有检测到任何DNMT，当然有一些其它
的核蛋白。我们的解释是：DNMT的pI ＝ 9.4，running buffer 的pH是7.4, 因此在这
种条件下DNMT是positive charge， 在胶上是往反方向跑。不知道这种介绍对不对？还
有其它的解释吗？谢谢。 |
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g*********d
发帖数: 233 | 2 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 3 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 4 个人觉得，En Li在norvatis有点小扯，他是甲基化与ES cell方向的牛人，但是去了
norvatis还是在做dnmt相关的基础项目。除了08年的Dnmt1 KO有点实际应用的方向外。
而不是想steve baylin和peter jones在真正push DNMT inhibitor的translational
research.
现在他回去后又在玩MeCP2,想在脑中一半表达mutant MeCP2的neuron中activate那份携
带正常copy但被slience掉得 X chromosome。
anyway,他在美国一个postdoc在做epigenetics的drug,据说有上到phase II,不知后续
如何哈。
说曾 |
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t**l
发帖数: 109 | 5 用5-azacytidine, （ DNMT inhibitor）处理细胞后，发现有些基因重新表达了，但是
DNA还是methylated.
相反，还有一个基因的DNA demehylated,但是却没有表达。怎么解释？
我感觉第二个情况好解释一点，因为还有其他的因素，比如polycomb? (求纠正）
但是第一种情况不太明白，之前是methylated的时候没表达，但是用DNMT inhibitor处
理之后，却表达了，但是DNA还保持着methylation 状态？ |
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z*t
发帖数: 863 | 6 tumor的global hypomehylation是一个挺consistent的现象。和dnmt的表达其实没有关
系。
： 已经测得三种甲基化转移酶在一肿瘤组织中的表达呈现上调，但pyrosequencing 的
结果显示
：该肿瘤组织样品中整个基因组的甲基化修饰却是降低的， 这个逻辑上怎么解释呢？
因为无论是正常的RT-PCR， 蛋白水平，以及 RNA seq，都可以看到dnmt均是上调的 。 |
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z*t
发帖数: 863 | 7 他现在怎么不追epigenetics?
要我说现在structral biology其实对epigenetics更有指导意义哈，比如emory的
Xiaodong Cheng，从结构里推测DNMT3L可能得结合H3K9me3，并形成DNMT scaffold，相
当有指导性，还有不能不提的Dinsaw Partel对RNAi相关蛋白的结构和一系列Histone相
关的结构，对目前epigenetics很有帮助哈 |
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z*t
发帖数: 863 | 8 有active demethylation与passive demethylation，passive指抑制DNMT活性通过cell
division来“稀释”甲基化水平，而active demethylation在很短的时间内发生，在
胚胎发育早期（合子阶段）一般是1-2个细胞周期左右时间，global甲基化就都消失了
，其中paternal在受精后先消失，maternal再消失。
还有一个问题就是，基因组水平去甲基化后有重建甲基化的过程，那么有什么来指导甲
基化的重建？ |
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t*****t
发帖数: 773 | 9 已经测得三种甲基化转移酶在一肿瘤组织中的表达呈现上调，但pyrosequencing 的结
果显示
该肿瘤组织样品中整个基因组的甲基化修饰却是降低的， 这个逻辑上怎么解释呢？ 因
为无论是正常的RT-PCR， 蛋白水平，以及 RNA seq，都可以看到dnmt均是上调的 。 |
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a******r
发帖数: 786 | 10 楼上说的对，global hypomethylation 已经测出来很多次了。
癌症里还要看cancer suppressor gene 会有hypermethylation，特别是promoter
话说dnmt expression 跟 methylation level 好像没有必然联系，这个我不记得
citation 不过没看过强调有联系的。欢迎指正 |
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b**********k
发帖数: 1262 | 12 没买很多 心里没底 还是得感谢大熊猫 DNMT |
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b**********k
发帖数: 1262 | 13 这几天太忙， 没时间盯盘， 我在底部买的 9.8 进的， 后来average up到10.3卖了一
部分套利， 后来又加仓均价到 11.04， 然后一直拿了差不多两周，猪了一个星期，
看着其他人的股票都上下翻飞的， 我也忙不过来，看不过来， 今天要上不上的，我懒
的再看了。
还有一个我跟DNMT 说了好久的pick 他不敢进， 呵呵 HGG
我有好多自己看好的pick 都没时间一直看.
最近做股票 很难静下心拿， 好像大家都在超短线， 都希望买了之后放个3-4天就爆，
难免受这个影响， 呵呵. |
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