P****d
发帖数: 564 | 1 The answer is no. What you're doing is a typical genetic epistasis analysis
. Here's a nice tutorial --
http://wormbook.org/chapters/www_epistasis.2/epistasis.html
It's a bit long and may be intimidating, but epistasis is the core of
genetic analysis, be it applied to developmental biology, cell biology,
cancer, or the likes. So you'd benefit in the long run to understand it
once for all. |
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c*****g
发帖数: 21627 | 2 http://en.wikipedia.org/wiki/Outbreeding_depression
A concept in selective breeding and zoology, outbreeding depression refers
to cases when offspring from crosses between individuals from different
populations have lower fitness than progeny from crosses between individuals
from the same population. (In selective breeding, the concept is opposed to
inbreeding depression). This phenomenon can occur in two ways.
First, selection in one population might produce a large body size, whereas
in anothe... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 3 不说别的，ES cell clone screen, microinjection, 养老鼠，phenotyping，这些减
到一定程度成本不能再少。
还有，告诉你个秘密，就是C57BJ/6N 可能有重大问题，某些基因的mutation 导致的
phenotype 使得用B6N做的KO老鼠对某些领域的研究基本没用。不过我不能细说。NIH正
在研究这个问题，这两年你会看到文章的。以前某领域不少用B6N发的文章，基本都废
了。
至于多个基因协调，靠这类方法，还是只能找找correlation，看看表面现象。还有，
多个基因协调作用要看具体情况。Gene network这种概念非常笼统。你要找的话，很多
基因都可以联系到一起，用不同interaction，比如epistasis, physical interaction
，expression control，post transcriptional and postranslational regulation等
等。但如果不能定量或不把量化信息放进network，就没多少prediction power。比如
physical inte... 阅读全帖 |
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l**i
发帖数: 8144 | 4 《中国转基因专家的背景和中立性遭受严重质疑》
文章来源：中国经营报 作者：安邦咨询
“转基因”是中国近几年绕不开的话题。实际上，安全未获考证时，此类食品已经充斥
在老百姓的生活中。近日中国转基因专家的背景在网上曝光，因其中多数人身份与赞助
推进“转基因商业化”的洛克菲勒基金和转基因巨头孟山均有千丝万缕的关系，广大网
友对其能否保持科学的中立性产出巨大的怀疑。
根据网络曝光的名单，推进转基因水稻商业化的“急先锋”张启发教授，其实验室最大
的合作伙伴是美国孟山都公司，同时兼任“美国洛克菲勒基金会水稻生物技术国际合作
计划科学顾问委员会”委员和“孟山都奖学金评定委员会”主任。此外，转基因的推行
者郭三堆、贾士荣、黄季焜、吴孔明等科学家均在曝光之列。
众所周知，转基因饱受争议的两大问题——食品安全问题和产业安全问题，在全球范围
内不仅没有形成共识，而且分歧日益突出。然而正是在这样的科学与政治经济背景之下
，转基因革命居然成了中国的国策。如今，中国转基因专家的身份被曝光，深受民众怀
疑。如此看来，“转基因”对中国意味着什么?如何才能守住中国“非转基因”的领地?
事实还没那么简单。
附：《转基... 阅读全帖 |
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b******k
发帖数: 1874 | 5 买买提(或者浙江)真是人才济济阿:)
象您这样专业又认真的真是少见,再敬仰一下,呵呵.
周5了,又是intersession,没有人了,俺也不想干活了:
如果作epistasis 分析,假设A -> B-> C正确, 那么刺激A,或者B,理论上都应该有C显著
的增加;事实上可能不会这样,估计B,C都是有瓶颈的 (设计一个果蝇的遗传筛选实验,看
什么药物,或者什么基因能够促进C,可能可以拿到很大的私人基金资助噢,呵呵),另外,从
C到A的正向反馈可能还会受到未知的D或者E的正/反调控. 所以,怎么样实现最优化的 A
>B>C 还是一个大课题,lz加油:) |
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y****2
发帖数: 65 | 6 术语叫加性效应，这个是最重要的。
非线性的关系指的的Epistasis,位点间的互相作用需要更复杂的模型来模拟吧。
这个模型是最简单的一个，负责additive effect and dominant effect。 |
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s******d
发帖数: 303 | 7 错。
另外如果父母一方非常聪明的话，生出来的孩子智商一般都不会超过那个聪明的父母。
这个已经很比较明确的。
有些特别特别聪明的孩子，父母并没有超出常人的智利，推断可能有什么epistasis... |
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w***x
发帖数: 265 | 8 大家好，俺刚从国内来，在某普通学校念phd。
俺们实验室做worm的，主要用whole-genome RNAi + 高通量whole-animal imaging做
quantitative epistasis networks。
老板试图说服我这是个有前途的方向。不过我觉得因为技术所限，现在通过imaging能
很好地quantify的phenotype大多很简单。。。稍微复杂一点的就很难做到whole-
genome了，离高通量还很远。
类似的技术在yeast里比较成熟了。2010年有篇science文章"The genetic landscape
of a cell"算是集大成了吧。
于是想听听大家对此类技术的看法~ |
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A********2
发帖数: 107 | 9 Thanks for the reference...I have read it through:
Evolution myths: Everything is an adaptation. Michael Le Page
This is an article for laymen I would say and the author's point is that not
every phenotype (or trait if you prefer) is fixed in population by positive
selection, with which I or other people working with evolution can't agree
more. Of course NOT all traits (mutations) fixed in population are neutral,
as a matter of fact, most spontaneous mutations would be either deleterious
or neut... 阅读全帖 |
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s******a
发帖数: 472 | 11 【 以下文字转载自 Dreamer 讨论区 】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: 发泄下，老板说要fire我(请转生物版）
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 23 20:28:23 2012, 美东)
为了客观，先说下老板的情况：犹太人，助教做果蝇，第五年了，四年内只有一篇
CNS和一篇IF>10的文章。实验室只剩最后一个RO1，养着四个博后，但只有我没有
fellowship。已经连续两年申不到钱，再没有文章就该关门了。
我是国内土博，去年来这个实验室，先做了四个月的筛选，筛到两个基因和表型给
了组内其他人（被他命令的）。八月份的时候发现很重要的一条信号通路在干细胞中有
功能，就开始做这个通路。到上个月为止已经知道了组织中的信号pattern，ligand表
达pattern，有哪些ligand参与其中，知道了ligand为何会表达，还做了从ligand到
receptor到transcriptional factor的突变表型，RNAi表型。基本了解了这条通路的作
用。现在就是不知道downstream... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 12 作为一个曾经0基础的菜鸟，我还是蛮有体会的。
想想一年前我连linux里的grep都不晓得是啥。老板说“grep”，我说gre。。啥？greb
吗？老板摇摇头说you really have a lot to learn...不过老板超好，想办法给我把
各种基础的东西讲清楚。。。包括RAM是啥。。汗。。。
做NGS/bioinformatics的，我觉得核心思想还是：如何利用计算机手段解决生物问题。
说起来简单但未必每个人都深刻体会的到。什么python/bash/perl啥啥的，要入门很快
，但也绝对不是什么两个星期就搞定。我现在和python打交道也一年了，但也完全就是
个皮毛，主要是你自己的project决定的。。如果你永远只需要简单的process下你的
text，而且text如果不大比如100MB，你可以永远for line in text。。或者readlines
（），但如果碰到很大的text，就不能readlines（）了因为cluster可能没有那么大的
memory to load the whole text.
所以我觉得就是现学现用，除非你是CS系科班搞计算出身... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 13 这几年学基因统计和流行病的满大街
我觉得这个领域，一个是NGS/bioinformatics，主要是计算机对data的处理比较应用；
另外一个方面是GWAS/epidemiology/epistasis，这种好像是更偏数学统计模型。。。
两个还是很不一样的，虽然我觉得modern geneticist两者都要学，至少都要了解。。。
当然了，有的专门做NGS的methology/compuation，有的专门搞biostat，有的比如我这
种“jacks of all trades but master of none"什么都学一点
我觉得每个小的分支好像都要求不太一样吧。。还求高人指点。。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 14 既然你有了全基因组的序列，就赶紧在这些SNP上下功夫；先不说association的问题，
如果你的hypothesis是rare/novel variants导致这个phenotype（也就是上面说的
effect size很大），那么你的1500个SNPs完全可以那去和数据库的common variants做
比对，找出罕见的同时改变protein序列的missense mutation或者影响splicing的，甚
至miRNA target啥的，也就是annotation。我不是做线虫的，但我估计也肯定是有相关
的database的吧。这一步大家一般用annovar这个软件
如果你的phenotype是个罕见的missense mutation导致的，那么你的9个样本中哪怕出
现了2个都是很有意义的。当然我的这套办法都是对于human genome的，如果你寻找的
是common variants或者更复杂的epistasis啥的就当我上面的没说。
association study往往是对于comman variants的，最经典的就是用plink。不过plink
也是好复杂... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 15 Science 14.03.21
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m******g
发帖数: 467 | 16 PNAS 14.04.29
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m******g
发帖数: 467 | 17 PNAS 14.06.03
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m******g
发帖数: 467 | 18 Science 14.06.27
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w*******e
发帖数: 63 | 19 这个是对你刚才帖子的回复，不知道为什么你把原贴删了。
你的第一个问题：
:What is the independency of your mentor?
:Don't tell us that his as last author PNAS 2011 edited by whom is his :1996
1997 papers last author
:http://www.umich.edu/~zhanglab/publications.htm
我对你第一个问题的回答：
的确，张建之是Dr. Nei的phd学生，他的2011的PNAS也是直接投稿（Direct
Submission）后Dr. Nei编辑的。具体过程记不太清了，应该是Dr. Nei是推荐的三个
reviewer之一。李文雄（WH Li）应该是另一个推荐的reviewer（WH Li也是Dr. Nei的
学生，是张建之的师兄）。领域内的院士也就那么几个。
下面我想用几个理由说明张建之研究的独立性是很强的。
第一、张建之发表的绝大多数文章都没有博士和博士后导师的名字。张建之到目前为止
发了144篇文章，引用数超过10的... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 20 Science 15.02.06
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g*****n
发帖数: 241 | 21 我想确认一下两个基因的上下游关系。假设我研究的wildtype细胞size是20 unit,
mutant A的size是30, mutant B的是10, 双突变的size是24，这种情况怎么样确定上下
游关系啊？如果这个实验没法确定的话有没有其他什么实验能来验证？谢谢
PS: A和B的突变体都是null，但不知道它的homolog在这个功能上有没有redundant
function。 |
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S*****h
发帖数: 21 | 22 你这样无法确认上下游关系，因为mutant B自己有表型。你看到双突变体的表型居中，
可能是简单叠加的效果。当然，你也可以claim是b可能在a的下游。 |
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g*****n
发帖数: 241 | 23 我也觉得因为表型居中所以难以判断哪个suppress哪个。请问有没有什么实验可以进一
步验证？ |
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S*****h
发帖数: 21 | 24 我都没考虑也可以认为是a 抑制b. 做些在突变体背景中过表达的实验。epistatic
analysis 很多时候很难明确给出上下游关系。 也可以尝试用表型不明显的weak
allele，但你double 不一定会看到抑制。 还有就是辅助看蛋白的定位，表达之类。
: 我也觉得因为表型居中所以难以判断哪个suppress哪个。请问有没有什么
实验可
以进一
: 步验证？
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R******d
发帖数: 1436 | 25 人家有一堆数据要我分析，数据是这样：
yeast个体，已知一些基因突变会延长寿命，一些基因突变会减少寿命。
在引入一个延长寿命的突变后再引入另一减少寿命的突变。结果是寿命可能会增加，减
少或者不变（可能是基于平均寿命来说的）。
给我数据的人据此认为这两个不同的突变之间的关系可能不是线性的，算epistasis。
想要我分析两个突变之间的关系，包括dependence，independence，synergy等等。
我感觉这个做不了，求教大家了。如果不能找出dependence，independence，synergy等
这样的关系，这种类型的数据能做点什么分析呢？
多谢。 |
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