k****o
发帖数: 728 | 1 首先，ETD的optimized reaction time是proportional to 1/z2。ETD有利于high
charge state(CS>=+3)。不知道你的peptide大都是多少CS。对于tryptic peptides，
基本都是+2-+3，所以大多CID比ETD效果好。而现在越来越多地用到其他酶解的peptide
比如Lys-C, Glu-C等产生long peptide，那ETD的优势就很明显了。
Fusion用的软件比前几代仪器在data-dependent MS2的设计上有很多优化。你可以针对
不同的CS设定适合各自的CID或ETD（包括ETD的reaction time)。比如+2只用CID，+3和
+4的用both CID and ETD。高于+4的只用ETD。ETD对+3CS可以用60ms，+4就是60 * (3/
4)2= 34ms。其他对于>+3 CS的ETD time以此类推。
最后，不知道你对于MS2是用IT检测（低resolution)还是Orbitrap FT检测（high
resolution)。后者有利于看清long peptid... 阅读全帖 |
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s*****5
发帖数: 52 | 2 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: shxm725 (晓晓), 信区: Biology
标 题: 问有关质谱ETD/CID decision tree的问题
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 28 18:11:47 2015, 美东)
问版上做质谱的行家，有重复过Josh coon几年前发表的那个ETD/CID decision tree的
方法吗?就是用ETD碎裂高电荷低M/Z的precursor,其他的用CID. 我最近在Orbitrap
Fusion上试图重复，发现ETD使CID的scan数也减少了很多，最后还不如只用CID。只用
ETD得到的蛋白数比CID少非常多，觉得可能是反应时间设的过长,但是设的短谱图质量
看起来很低。顺便求问如何优化ETD的参数及注意事项等，谢谢！ |
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s*****5
发帖数: 52 | 3 问版上做质谱的行家，有重复过Josh coon几年前发表的那个ETD/CID decision tree的
方法吗?就是用ETD碎裂高电荷低M/Z的precursor,其他的用CID. 我最近在Orbitrap
Fusion上试图重复，发现ETD使CID的scan数也减少了很多，最后还不如只用CID。只用
ETD得到的蛋白数比CID少非常多，觉得可能是反应时间设的过长,但是设的短谱图质量
看起来很低。顺便求问如何优化ETD的参数及注意事项等，谢谢！ |
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k****o
发帖数: 728 | 4 看你怎么看了。ETD确实是charge assumption的技术。如果想把precursor全部与ETD
reagent anion反应完，则需要比理论optimized reaction更多的时间，而这也同时带
来使First-generation fragment ions继续与reagent ion react产生internal
fragments和更多的small N- and C-term fragment ions。对于不大的peptide（比如
3000 Da以下的），延长reaction time来提高fragment intensity没什么大问题，因为
靠+1, +2 fragments你就能ID或characterize peptide了。 而对于大的peptide，这
样做会产生internal fragmentation（这些internal fragment你是看不到的，他们“
沉淀”成为MS2 background），会让比较small的terminal fragment ions增多（
signal增强），你只能得到比较好的terminal seq... 阅读全帖 |
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K******S
发帖数: 10109 | 5 行家不敢当,能买得起FUSION的都是牛LAB,我特喜欢QE,有FUSION的钱我会买2个QE
我觉得你蛋白检测数目提高不多是因为FUSION太快了,样品里该检测到的都几乎检测到
了.
我个人对ETD不感冒,因为我上学时候做的东西不用ETD,拿高电荷的肽段来说,>4+的肽段
的比例可以忽略不计,就算你把那些肽段打断了,你的MS2有足够的RESOLUTION吗?
MASCOT/SEQUEST/ANDROMEDA 这些检索工具能有效识别高电荷的FRAGMENTS吗? 很多人实
际上只用1-4+. 所以要想增加总蛋白检测数量,我认为ETD在FUSION上不会帮太大的忙.(
说错了的话还请ETD的高手见谅)
实际上你可以做个Hz vs Time的PLOT,看看你是不是已经检测到了样品里所有的肽段. (
如果饱和了的话你的Hz会接近最大值)如果没有接近最大值,你就根本不用担心增加蛋白
检测量这个问题了.
文件大小确实是个问题,但我的观点是软件/计算机硬件终归会赶上来的,现在这些最新
仪器上面下来的结果有的是可以有永久保存的价值的. |
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s*****5
发帖数: 52 | 6 谢谢你的建议，非常详细。 我打算不同的charge设置不同的reaction time试一下。看
您的意思是用OT做ETD的MS2 scan比较好，但是我的一个concern是这样会不会浪费时间
？因为ETD fragmentation是在ion trap里面做的，用OT扫描还要再运到c-trap。还有
一个问题想请教的是，ETD 搜库用什么软件比较好？感觉sequest对ETD的谱打分不太
friendly。
peptide
3/ |
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h*****t
发帖数: 1226 | 7 Tuning File和有没有Fragment没有什么关系．
ETD fragment的效率原本就不如CID, 你要看你的2nd scan event
里面的ETD reaction time, isolation windown width是不是合适．
还有，你要看看你的ETD ??source是不是工作．
MS |
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j*****8
发帖数: 3635 | 8 5月底带着耳塞在跑步机上跑了1个小时后左耳朵开始有些不舒服，过了几天去开医生，
医生说是infection，开了10天的口服药。然后我就回国内了。上周末回来美国，感觉
没什么好转（虽然也没变严重）。今天又去看那个医生，他说是ETD，给开了21片口服
的methylprednisolone。然后说如果还没好转，就安排我去看专科医生，因为他也不知
道具体啥原因导致的ETD。
基本症状就是平常呆着能感觉到左耳朵里面不适，有时候会痒，忍不住想去掏；偶尔有
点点小疼。有时候感觉里面有啥堵住似的。没有头晕，耳鸣的症状。
多谢！ |
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g*******e
发帖数: 62 | 9 I used ETD to ship about 400 pounds of stuff. Very worry-free experience.
Linda is very nice and trust worthy. I am going to ship more stuff via ETD.
Highly recommended. |
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K******S
发帖数: 10109 | 10 ETD sensitivity/efficiency比CID低是肯定的
CID在ION TRAP里还是最快的
FUSION叫TRIBRID是你可以同时做3件事情.我觉得如何利用这个优势更重要.比如在
ORBITRAP做MS1或者HCD的时候别让ION TRAP闲着.
CID FRAGMENT的时候是M/Z FOCUS的,意味着如果PEPTIDE上的修饰容易掉的话,就不会有
很好的BACKBONE FRAGMENTS (因为修饰掉了M/Z就变了), ETD可以解决这个. 但现在有
HCD了,是QUADRUPOLE FRAGMENTATION (修饰掉了还可以继续FRAGMENTATION),对修饰的
PEPTIDE效果也不错.
尤其FUSION的速度太快了,15HZ ORBITRAP, 20HZ ION TRAP. 那这个当QE使唤有些大材
小用了. |
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k****o
发帖数: 728 | 11 如果你的peptide比较长，以至于产生很多+3--+5甚至更高的fragment ions，那么无论
对于ETD还是CID，在OT里做high resolution的MS2都更有利。而ETD是有利于high
charge state，long peptide的fragmentation。所以，如果你的样品确实有很多long
peptide的话（你去raw data file，average一段MS1的data就有底了），用OT scan
MS2会让搜索效果更好。你搜索时记得把fragment ions的error window舍得很窄，这样
才起到high resolution的效果。比如10 or 20ppm，或者0.01 m/z，取决于你具体的
accuracy。你可以试试MS2用15000 resolution with 20 ppm error window。
关于省时间的问题。诚然IT确实比OT省时间，如果你用老一代的LTQ Orbitrap，这个确
实是个大concern。但技术在进步，Orbitrap Fusion已经在设计上提供了比过去快得多
的ion transmi... 阅读全帖 |
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s****h
发帖数: 31 | 12 最近使用LTQVelos＋ETD，使用Thermo自己提供的"Nth double play (ETD)"模板建立MS
方法。
Tuning采用AgiotensinI，1pmol/ul，能看见清晰的fragments。问题是，当我使用这个
tuning file做我的sample时，fragments几乎没有（CID的fragments是没问题的）。请
问各位大侠支招。不胜感谢。在线等。 |
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E****i
发帖数: 40 | 13 在码头大哥的感召下，我们也加入直邮行列，不遗余力减轻中西部代沟直邮中国的负担
，哈哈。直邮渠道特点如下：
1.每磅4美元（无首磅），2磅起算。
2.一个包裹可以3-5公斤。
3.适合衣服，保健品，婴儿用品，家庭用品等价值不高商品。
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5.可以提供打包服务，也就是说你可以一个大箱子寄给我们或者网站直接寄给我们，我
们按照你的要求来分包，打包费仅0.5美元一磅。
6.提供折扣美国国内label。
7.网上填单，全程网站跟踪包裹。
8.有待进一步补充~~
原有的寄大件的渠道继续保留，价格依旧。
欢迎来电咨询或Q聊。
ETD Express 芝加哥
地址：467 W. Fullerton Ave, Elmhurst, IL, 60126
电话：630-445-1555
QQ: 1714113120, 1711937336
邮箱：c*****[email protected]
网站： www.etdexpress.com/us/chicago |
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T*******6
发帖数: 222 | 14 呵呵,我也顶一下etd 不错的快递公司.
谢谢楼上各位，再接再励。
有需要快递的朋友请联系。
QQ：1714113120
电话：630-445-1555
仓库地址：467 W.Fullerton Ave, Elmhurst, IL, 60126 |
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y*******g
发帖数: 185 | 15 不上门取货，说你自己给我们送过来
态度极其差，把自己当什么啊
还把我一个包裹给弄丢了，没有任何理赔的措施
把客户当什么啊，再也不用etd了 |
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s****s
发帖数: 185 | 17 想寄东西回国,有用过ETD express INC 的吗? |
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a********0
发帖数: 38 | 18 只知道一点，ETD会私自打开邮寄的包裹。并且态度比较差。 |
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M******3
发帖数: 78 | 19 我的ETD的经历也不是一般滴糟糕，那个女的很不靠谱，说了会在家，你去了不在，然
后你打电话要tracking number，她说你不该留给她家里那个人，她nnd，她电话里告诉
我留给家里那个人的！
后来我都用的kirkland叫Julia的那个，人家换三个盒子给我包装，为的就是从体积重
量上我能花最少的邮费~ |
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s*****5
发帖数: 52 | 20
我们现在的常规方法就是把fusion当做Q-exative用使用，因为这样file size小很多，
mass accuracy高了之后database search的分数高。但是现在我就是想试试这个
decision tree,因为ETD,CID是比较complementary，希望对提高sequence coverage有
帮助 |
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r*****m
发帖数: 3619 | 21 CID 的缺点一个是看不到小于 precursor ion MW 三分之一的 fragment ion, 另一个
是容易打掉蛋白的修饰基团，对修饰基团的定位带来困难。
ETD 可以克服above两个问题，但是对sample的纯度和用量，都比 CID 高。
Fusion 真正高级的地方，是在做HCD时可以连续把 MSn 做下去。 |
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s*****5
发帖数: 52 | 22 您说的很对，所以我之前试着搞了一个既用HCD-OT又用CID-IT的method,但是发现对
proteomics蛋白数检测提升不多，所以才想着看看能不能把ETD整进来，提高对高电荷
（>=+4)ion的coverage,因HCD/CID不容易碎裂高电荷的ion.不知道您对这个有没有什么
建议~
至于拿Fusion当做QE使，其实主要是data analysis方面有瓶颈，我们一般是做大批量
的label-free(30~40个LC-MS run),如果MS2 scan太多了，data processing就会很困难
. 因为Orbi做MS2 scan速度慢，scan数低，谱图信息也少却更精确，所以才选择这种模
式作为常规检测。自从FUSION出来之后，感觉大部分实验室结果是Ion trap做HCD效果
最好，这也是只有fusion才能实现的。
感觉您是真正的行家，希望有机会可以好好请教，我刚接触Fusion不久 |
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r*****m
发帖数: 3619 | 23 是的，Fusion 允许你在CID，HCD，ETD 自由切换，做MSn 时一下子多了几个手段
.(
( |
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k****o
发帖数: 728 | 24 Fusion的速度相当的快，我MS2用FT scan,15000的resolution足够得到很好的fragment
ion resolution，这时用ETD分析large peptide (CS>4)的优势就很明显了。
.(
( |
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r*****m
发帖数: 3619 | 25 ETD 对 precursor ion 的 ion abundance 要求高 |
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s*****5
发帖数: 52 | 26 On fusion, if use Orbi to do MS2 scan(just as what's going on QE), on
average we got 10-15 MS2 scans, which is definitely slower than using IT to
do the MS2 scan. Another limitation of QE is ETD can't be achieved.Orbi-
Fusion is better in terms of PTM analysis and targeted quantitation than QE.
No doubt that the cost performance of QE is much better than fusion.
in
QE
my |
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w********2
发帖数: 632 | 27 Theoretically qe can have etd in addition to hcd. Maybe the next model of qe
will have it. Irmpd can also be put in qe's ot.
to
QE. |
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k****o
发帖数: 728 | 28 QE是让旧时王谢堂前燕飞入寻常百姓家，是这个意思吧。如果以后百姓想要ETD了，就
会添上。
qe |
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m********o
发帖数: 13 | 29 【 以下文字转载自 MaiMaiJiao 俱乐部 】
发信人: maimaijiao (麦麦脚), 信区: MaiMaiJiao
标 题: 关于International Shipping，你不得不知道的...
发信站: BBS 未名空间站 (Tue May 21 22:47:26 2013, 美东)
FedEx International shipping规矩较多，和domestic有所不同。下面就Label, 海关
申报，包裹重量，Pickup fee，打包等五方面 谈谈International Shipping的注意事
项，欢迎大家补充。
Label：
以我们常用的 International Priority和Economy为例， 分为label页 和Commercial
Invoice 页两个部分， label的第一和第二页叫做Master label，上面的tracking也
是整个shipment的master tracking，后四页是Invoice，需要签字和写上日期的。前两
页Label加后四页的Commercial Invoice 一并放在第一个包裹的pouc... 阅读全帖 |
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x********n
发帖数: 206 | 34 在OPT期间申请过一年的ETD,然后就一直用H1B工作了(其间申请了485).
现在3年的H1B到9月就要到期了，但485还没有批。所以准备用485 PENDING下的身份申
请EAD (不想花钱RENEW ANOTHER 3 YEARS OF H1B).
准备材料的时候，说要附上copy of last ETD。所以迷惑了，OPT期间那个ETD算不算我
的last ETD啊？
谢谢回复！ |
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E****i
发帖数: 40 | 36 呵呵，这位对etd的评价不能说不客观，但是不知其二。我相信你所说的，但是我可以
肯定你不是直接联系的芝加哥etd,而是跟中国客服联系的发货。对这种货，虽然是从芝
加哥发出，客服却不是芝加哥提供。对于芝加哥提供服务的客户，我们是不可能无知地
承诺说电脑只收100的税，相反，对于电脑我们从来都毫不含糊地指出关税500。
至于几十公斤能不能走，走了就知道了，芝加哥etd不吹牛，呵呵～～ |
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h*****n
发帖数: 182 | 37 跟你说了， 这种分析纯扯淡。 因为在确定每个航线的时候， 飞机的ETD和ETA都要一
起确定。 ETD和ETA的确定也很复杂， 根据航线的繁忙程度和两个机场的open windows
等等。 同样确定一个航线很复杂， 更改一个航线也很复杂。 还得考虑更改起降时间
会流失的乘客。 日本二战后就是美国的走狗， 所以航线开通的早，人家也是从本国国
民的角度定的航线。 并不是日航和全日空蠢。 而且即使现在他们想改时间，也不是一
件简单的事情。 不是小孩儿过家家， 自己觉得上午的航班不挣钱， 就可以随便改到
下午的。会影响到整个机场的航班安排。至于棒子， 很可能是以前没挣到好时间段，
现在因为中国的客源， 反倒歪打正着而已。
至于国内的航空公司也都不是白痴， lz这些想法人家十几年前就已经keep in mind了
。 简单的例子， 海航花了很大心血和金钱，于前两年开通的北京-西雅图直飞。 没记
错应该是下午飞，中午到。 时间很不错。 刚开那段时间， 次次满员。 你能说国内航
空公司没想到这些？ 同样美西北飞这条航线， 只能晚上11点50到北京。 你也要说美
国航空公司都sb，想不到这些时间上 |
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s*****t
发帖数: 206 | 39 请问你是寄往德州Dallas的吗？
你所说的pending是已经批准正在制作ETD卡 （ETD卡pending）？还是"Case received"
.请问你网上查到的
状态是什么。
多谢。 |
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r********0
发帖数: 470 | 40 Bellevue那家24街ETD不好，最好别去这家不属于真正的ＥＴＤ，不正规，满天要价，
没有标准价格，看人下菜
碟
大华超市边上有家同舟快递不错，感觉比ETD正规，最起码还有个运单，有保险，包报
关。 |
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g*****g
发帖数: 34805 | 46 I show concrete examples and references, you go in loops making empty points
. Now it proves your ignorance that you don't even know what's syntax sugar.
This is an academic discussion why Linq is a syntax sugar. And back to
hadoop, if M$ chose it to call to Linq to HPC, wouldn't it sound like Linq
is so powerful it can be used to write a Hadoop framework effectively? The
end result, a complete failure.
http://etd.auburn.edu/etd/bitstream/handle/10415/2097/Ahmad%20M
[excerpt]
Syntactic sugar is ... 阅读全帖 |
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y*****s
发帖数: 1047 | 48 我不是说他的collision cell坑爹而是说放的位置很别扭
没看到说可以加个ETD在HCD的后面啊
也许是他的工艺或者成本控制还有问题吧
我想要是有第二家公司可以卖q orbitrap，肯定不会把collision cell这么摆
他这个布局基本和linear trap orbitrap一样，
可是他现在的LTQ Orbitrap 有两个linear trap，可以减少离子损失
就算这所谓HCD一定要放到ctrap边上也应该让用户选择是一个普通的collision cell在
Q后面还是一个HCD加ETD在c-trap边上 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 49 你没算 液相 跟 ETD 吧。
一个月前quote LTQ-Orbitrap Elite+ETD+液相 99w 刀，外加4年保修还有11w，总计
110w。
当然了，牛人总是能拿到好价格的，不要钱白送的都有 |
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