u*********1
发帖数: 2518 | 1 当时感觉自己就像是个傻子，除了pcr，cell culture就什么都不知道，计算机不会
这种感觉当然是很不爽的，觉得自己很傻。
但如果只是别人把data给你，你做点计算机分析，那会是同样的equally的傻；感觉会
非常的莫名其妙。而且如果数据出现了异常，你也搞不清楚到底是咋回事。我过去就分
析一个family pedigree的exome sequences，看Y染色体的reads alignment会发现人家
压根把爸爸和妈妈给label错了；那么我自然不相信这个pedigree的任何label，他们能
把父母label错，那或许也会把小孩label成父母，父母label成小孩，对吧？所以你要
重新做haplotype的分析来确定他们的关系。
所以最有满足感最科学的就是，自己同时做bench产生数据，自己分析；一切命运掌握
自己手中 |
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a**e
发帖数: 5094 | 2 next generation whole exome sequencing科研用，最后自己肯定还要verify.
我们这边的测序中心要排队，实在是太慢了，我觉得每天做在bench旁边无所事事的灌
水和八卦很浪费老板的钱。。。。 |
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w****w
发帖数: 521 | 3 http://manuelcorpas.com/tag/exome/
这家伙把家人的测序结果都release到public domain了。
我来做个调查:
1.大家是否能用这些数据想些课题出来？
2.如果有想法，要对这些数据做怎样的处理？自己是否有能力处理？
我主要想知道，除了SNP/INDEL calling之外还有哪些分析可做。
我觉得以后这样的数据会越来越多，想开个提供测序数据处理和其它Customized服务的
网站，不知道是否有市场。
上次问的MiSeq的问题，居然没一人回答，难道这是trade secret? |
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m******g
发帖数: 467 | 4 PNAS 14.05.06
稍微了解一下：
1. Hypermutable DNA chronicles the evolution of human colon cancer
A simple PCR-based assay
Interrogating somatic variation in hypermutable polyguanine (poly-G) repeats
2. Exploration of sequence space as the basis of viral RNA genome
segmentation
小知识：
1. Patterns of coding variation in the complete exomes of three Neandertals
2. Horizontal transfer of an adaptive chimeric photoreceptor from bryophytes
to ferns |
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d******1
发帖数: 709 | 5 现在病理学研究正逐渐从看片子，染染色体转向sequencing. 一个exome sequencing
去年不到1000，现在应该更低了，也许过几年就降到200一个人。最大的瓶颈就在于序
列分析。。。。 |
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W***o
发帖数: 6519 | 6 what exact suggestions are you looking for?
a problem clearly explained is already half-solved.
analysis |
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w*****s
发帖数: 230 | 7 谢谢。他的测序在这个地方做的，
https://www.bcm.edu/research/medical-genetics-labs/index.cfm?PMID=21319
我们家宝宝6个多月被医生诊断为晚期肝硬化，必须换肝。从PICU回家后改为食用高MCT
奶粉在家等待换肝期间， 身体状况不断改善，目前不需要立即换肝。根据我们观察，
感觉宝宝身体积累长链脂肪酸到一定程度就开始伤害他的肝。可是医生不这么认为，认
为我们观察到的只是偶然巧合，可我们认为三次了不算巧合：
第一次在PICU， 食用长链脂肪酸非常高的奶粉病情急剧恶化。
第二次回家换奶粉后，病情改善完全出乎医生预期。
第三次最近食用鸡蛋半个多月，结果去年住院前的症状重现。
在我们尽力争取下做了全基因组测序，可是没有任何有用的结果。就报告来看，孩子应
该一切健康。我们怀疑的NICCD基因报告里没有显示任何不正常。
可是有的文章说这个基因的genotype和phenotype没有确定联系。而ncbi那里似乎东西
也挺全的，没有道理不报告出来。我们是在baylor medical center做的。目前还没有
要到原始数据，而根据他... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 8 这么严重的应该不是23andme测的那些SNP，或者别的公司测的那些大规模测序估算糖尿
病风险之类的，再找那些公司测也没有用。很可能是突变或者隐性遗传的。隐性遗传的
例子见http://matt.might.net/articles/my-sons-killer/ 一个类似的例子，他们四岁多才确诊（找到基因），突变的我在网上遇到过一个国内的（聊过几句），是有症状之后两年多确诊，这么“快”可能是因为这个基因导致的遗传病是很清楚的，可能确认什么罕见病折腾了一阵子。这边的很多罕见病的病人自述也有不少是半年多一年多才确诊的，而且貌似不知道病就没法测基因，上面那个例子是exom测序，因为不知道什么病，没办法挑基因去测，估计大部分罕见病人不是这么弄的。楼主也没说清楚到底是一般测序还是全基因组测序还是SNP还是芯片还是什么的。楼主虽然说全基因组测序但是貌似只测了几个跟代谢有关的基因，这不叫全基因组测序，--不是挑刺，因为很多人可能会理解错了。也许联系一下罕见病的机构会有帮助，bless！ |
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w***a
发帖数: 4361 | 9 那应该就是测全部Exome序列了。
如果这个测出来没发现问题，就说明基因的编码区没问题，
搞不好是重要的调控序列出现了突变。应该就是很rare的case了。
话说回来，既然你们发现饮食调整会有作用，就先坚持下去。
医生都是follow protocol的，但是对于罕见病，他们也不见得有什么靠谱的建议。 |
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w*****s
发帖数: 230 | 10 我们当初想当然认为whole exome sequencing肯定是最好的，听你说里面细节还是很
多。
能给我们推荐一下读物，还有哪里好？
大家熟悉genedx这个公司吗？我们下一步准备自费用这个公司的665 Hyperammonemia,
urea cycle and ... (total 41 genes, 含slc25a13)。每个测试都是好几千，我们也
不可能测试更多，不知道这个是不是比wes好些。 |
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l*e
发帖数: 1402 | 11 你这个本来就是whole exome,不是whole genome
, |
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m*********y
发帖数: 79 | 12 哦，不好意思 没有看到data 那个确实已经是exome的data了
如果可以trust data的话，那么如果确定排除相关通路的point mutation 和indel
想详尽的话可以测RNA-seq 看看有没有可能的fusion
还可以做下whole genome， 看有没有translocation 和 copy number的variants。
当然如果都做可能花费会高一点，但是我给你提到了TGEN， 他们是non-profit的，可
能一个tech不到2000吧，反正应该肯定比商业的要便宜很多。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 13 不好意思，我也不是做基因组测序的，楼上的bmwcar说可以帮你引荐一下，他是做类似
方面的，你去跟他私信联系看看，应该比较有帮助。
如果你已经测过了，如果想再找社会上的盈利公司测序，首先他们是不是有诊断资质，
例如23andme被FDA禁就是因为宣传他们的测序结果跟医疗相关，其他很多出报告的也是
这种情况，打擦边球，给的都是正常人里面的高低区别，不是病理的情况的测序。其次
千万要弄清楚他们测的到底是什么，先想想这个报告为什么不行，再想应该测什么，再
去找相应公司/医院/大学。你最新的帖子还是把这个结果叫全基因组测序，可见还是没
怎么弄明白。我这么说可能你觉得要求太高了，我也知道这些东西很让人混淆，尤其是
你现在要照顾宝宝就占很多精力，再从头学这些完全陌生的东西更是很大的压力了，但
是你是你的宝宝最能依靠的人，还是坚持啃一点相关的内容，尽量把这些东西搞清楚，
如果你认识一些做生物方面的人，最好是让他找一两个小时，给你当面解释一下，包括
exome，楼上说的调控序列的突变，这些东西都是什么，以后跟医生交流还是更有利一
些。楼上lingzhuzi说得也有道理，一般的罕见病，包括确诊了的那些，... 阅读全帖 |
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i********f
发帖数: 206 | 14 这个$200的应该只是array.如果做Exome Sequencing成本都不够. 不过23&me本来也是
在烧钱 |
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y***k
发帖数: 40 | 15 先bless这位可敬的母亲，你可能没时间看那些书了，我根据我的知识提供一些看法。
1 全基因测序是不是有很多遗传病其实也测不出来，是不是和数据库有关？
基因组测序做的是检测目标对象和参考基因组（reference genome）的变异。 目前的
基因组测序主要有全基因组测序（WGS）和全外显组（WES，也就是你做的）测序。外显
组测序只测编码蛋白的部分（最有可能发生导致遗传病的变异部分），覆盖率高，操作
得当的话对 应该可以检测大部分目标区域的简单变异（SNP），当然不可能是完全的，
而且作为医学报告，他们一般报告他们把握大的部分而容忍遗漏（high accuracy and
lost sensitivity ）,具体数据前面有个网友提供了一些信息（不过25%太低了吧）。
WES对大的结构变异的检出能力很差。 全基因组测序理论上可以可以提供全面的信息
，不过因为覆盖率低平均检出率会低很多，成本也要高很多。所以你可以认为他们给出
的一般是真的，不过遗漏了很多。
目前的情况，如果有肯能，希望他们提供原始的测序数据，可以先对结果做个评估在
考虑下一步的遗传检测。另外代谢方面的检测可以提... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 16 能把突变的基因放到pathway里面看看那些pathway受到影响吗?（Ingenuity?)
另外，有没有可能对照一个正常小孩子的 exome data （哪个数据库里面会有？）看看
那些通道有显著的正负变化吗？ |
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a**e
发帖数: 5094 | 17 做任何事情成功的要素：get the right people on the seat, get the wrong people
off the seat.
说到现在，你们有没有先做genetic counseling？自己猜来猜去的效率多低下？有没有
social worker帮你们解决费用的问题？你一开始用的BMC那个whole exome sequencing
，read depth是多少？coverage是多少？geneDx个人用过一次，感觉不好。结果8-12周
才能出来，怎么催都不能加急。rep一问三不知。
我要是你的话，会找local的一个academic center pediatrician，refer 做genetic &
GI/liver serivce counseling。然后要求social worker support，nutrition
counseling。如果不满意的话，要求second opinion。
cirrhosis |
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n******2
发帖数: 11 | 18 That sounds too few. Maybe the variants had been filtered based on allele
frequency and what you saw are only the rare ones? |
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y***k
发帖数: 40 | 19 终于有人忍不住下手了，可是到哪里找业务去喂饱这个巨兽呢
=================================================
SAN DIEGO & SHANGHAI--(BUSINESS WIRE)--Mar. 10, 2014-- Illumina, Inc. (
NASDAQ:ILMN) and WuXi PharmaTech (Cayman) Inc. (NYSE:WX), a leading
pharmaceutical, biotechnology, and medical device R&D outsourcing company
with operations in China and the United States, today announced that the
WuXi Genome Center has purchased an Illumina HiSeq X Ten sequencing system.
This new investment will enable WuXi’s clinical genomic ser... 阅读全帖 |
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m****e
发帖数: 489 | 20 Original article: Exome sequencing identifies a COL14A1 mutation in a large
Chinese pedigree with punctate palmoplantar keratoderma
J Med Genet 2012;49:9 563-568
Please send to a********[email protected].
Thanks! |
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m***T
发帖数: 11058 | 22 MiSeq的read数好像只有15-20M，不够Exome和RNA-seq的。NextSeq应该能满足，但和
MiSeq&HiSeq不同的是新机器似乎只有两个颜色，所以是不是相应的algorithm也有不同
？买之前最好弄清楚
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7 |
|
m****c
发帖数: 244 | 23 ARRA Autism Sequencing Collaboration
dbGaP Study Accession: phs000298.v1.p1
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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m****c
发帖数: 244 | 24 ARRA Autism Sequencing Collaboration
dbGaP Study Accession: phs000298.v1.p1
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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m****c
发帖数: 244 | 25 得pi申请，还得通过学校。和申请grant类似。等待时间几周到几个月不等。也有悲剧
的。Simons 那个有得等呢。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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s****l
发帖数: 10462 | 26 有人愿意讨论这里面提及的测序技术吗？优缺点，可行性，第一手经验等等
这里面谁现在是赢家很清楚，但是可见的将来和更远的将来谁会赢？
http://cen.acs.org/articles/92/i33/Next-Gen-Sequencing-Numbers-
全文拷贝如下
试试看图能不能贴上
/1407973177171.jpg
/1408028636124.jpg
OVER STORY
Next-Gen Sequencing Is A Numbers Game
As technical and cost barriers fall, instrument firms move their systems
into research and clinical markets
By Ann M. Thayer
Department: Business
Keywords: instrumentation, gene sequencing, diagnostics, genomics, cancer
[+]Enlarge
09233-cover-Openercxd_17647969-690
A... 阅读全帖 |
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k***a
发帖数: 636 | 27 1年半后要毕业了，fresh phd，有几篇不疼不痒若干作文章，有些学生工作leadership
经历，口语还行。会做NGS分析，但不是牛人， 感觉自己的简历有些鸡肋。 请问一下
版上有没有懂行的前辈，关于phd进工业界做bioinfo或者computational biology的难
度以及opening是否很多？重点看什么呢？也是文章吗？
我去瞅了眼genentech， GSK等公司，能看到有几个opening，随便摘一个genentech的
要求：
A PhD preferably in Bioinformatics, Biostatistics, Computational Biology or
similar fields
Enjoy working closely with bench scientists to collaboratively solve complex
biological problems
Have experience working with one or more types of large-scale genomic data (
e.g. ... 阅读全帖 |
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k***a
发帖数: 636 | 28 1年半后要毕业了，fresh phd，有几篇不疼不痒若干作文章，有些学生工作leadership
经历，口语还行。会做NGS分析，但不是牛人， 感觉自己的简历有些鸡肋。 请问一下
版上有没有懂行的前辈，关于phd进工业界做bioinfo或者computational biology的难
度以及opening是否很多？重点看什么呢？也是文章吗？
我去瞅了眼genentech， GSK等公司，能看到有几个opening，随便摘一个genentech的
要求：
A PhD preferably in Bioinformatics, Biostatistics, Computational Biology or
similar fields
Enjoy working closely with bench scientists to collaboratively solve complex
biological problems
Have experience working with one or more types of large-scale genomic data (
e.g. ... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 29 测序前景肯定是一片大好的，这个不用怀疑。
现在illumina的市场占有率是99%，接下来比例肯定是下坡路，不过pie也是越来越大。
至于三五年后还是不是illumina，没人知道。
楼下的说array，这个是做array的偷换概念。array能测出来的东西和NGS做出来的
很match，问题是那些做不出来的，array就是0. 而且ngs价格下降太快，现在都是$1k
级别了，别说array了，我看exome seq都要被挤死了。现在的问题是政策速度跟不上，
比如FDA的regulation，保险公司等。 |
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g**********y
发帖数: 423 | 30 Below are two SNPs I obtained for two samples from Exom DNAseq and Sanger.
From Sanger's results, it seems both SNPs are heterozygous, while GATK(v3.2)
call one sample as homozygous.
Does this mean we still need to do filtering based on sequencing depth,
which is hard filtering, then why do we need the machine learning-based soft
filtering?
If we need to do filtering based on sequencing depth, what threshold would
you recommend?
Sample1:GATK Sample2:GATK Sanger for both samples Sample1:IGV Sampl... 阅读全帖 |
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t*******w
发帖数: 107 | 31 very neat work~
28/54 successfully spliced
4/28 successfully recombined using ssDNA oligos.
basically, only 4/54 (7.4%) worked for the purpose of therapeutics in
treating Beta-thal.
Considering that 2 off-target sites were founded in 6 samples by exome seq,
the odds to select a healthy (not considering non-coding region mutation)
working embryo is less than 1.5%~.
The therapeutic value in treating inborn error is none in a forseeable
future. But it is a very strong tool in animal gene editing.
A... 阅读全帖 |
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q******o
发帖数: 17 | 32 我们是一家以基因检测分析以及提供长期疗养咨询意见为业务的新兴startup公司，主
要服务于来自中国的客户，由于业务增长需求，该团队现正在招纳新成员加入，成员具
体要求如下：
生物信息：熟悉next-generation sequencing数据与文件格式，有具体whole-exome
sequencing，whole genome sequencing或者RNA-seq分析经验的人才
具体技术：sequence read质量控制，alignment, variant calling(SNPs/indels/
structure variations)，其他NGS相关软件包；Linux环境与shell，Perl/Python或C++
/java编程，统计分析。
分子生物学：在遗传学，基因学以及癌症研究方面有经验的人才。
有意者请联系 [email protected]
/* */，并附件发一下自己的CV. 我们会在24小时内联
系您。
谢谢！ |
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d*****3
发帖数: 167 | 33 现在的NIPT是只测3条染色体的。有没有产前做whole exome sequencing 用于临床的？ |
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b****r
发帖数: 17995 | 34 国内很多地方有想法，或者有病人，有稀有动物标本但是没钱测序，华大有钱，和人家
商量好帮人做测序做一些数据分析然后拿通讯作者，这种情况很多。我现在也有一篇文
章，没钱自己做exome只好让出钱做测序的人拿了个并列一作
华大这些年的钱哪里来的，你不会觉得他们是自己挣来的吧
当然我不否认接下来华大说不定能赚钱做得不错。王俊没有过接触，他的视频我得看看 |
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发帖数: 1 | 35 内容包括：SNV/INDEL calling from whole-genome, exome, target sequencing; RNA
-sequencing data analysis; Copy number calculation; statistical analysis.可
以独立完成分析并产生可以发表的图片。有兴趣的也可以合作完成科研项目。
有意者请联系：
[email protected]
/* */ |
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r**********e
发帖数: 587 | 36 而且现在大部分做bioinformatics的工作,基本就是用现成的工具,加上一点Python等程
序, 就可以搞定大
部分问题, 说白了其实没什么技术含量
非常赞同。我也是biology背景然后读bioinformatics phd。我有很多NGS whole-
genome/exome/RNA-seq的经验，就是我可以把现有的pipeline成功跑起来，根据我的生
物医学的兴趣目的，来挖掘信息。
但是数学和statistics还真是没有系统学过，只能是bioinformatics里需要什么就现成
去学。所以每次看到indeed/linkedin招聘里写的要会一堆语言和statistics就觉得心
虚。
所以如果就找bioinformatician/genomics的工作，到底最看重什么呢？是NGS的经验吗？
我这种情况是不是去上下很多online course，恶补一下statistics的理论知识？
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--------------... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 37 而且现在大部分做bioinformatics的工作,基本就是用现成的工具,加上一点Python等程
序, 就可以搞定大
部分问题, 说白了其实没什么技术含量
非常赞同。我也是biology背景然后读bioinformatics phd。我有很多NGS whole-
genome/exome/RNA-seq的经验，就是我可以把现有的pipeline成功跑起来，根据我的生
物医学的兴趣目的，来挖掘信息。
但是数学和statistics还真是没有系统学过，只能是bioinformatics里需要什么就现成
去学。所以每次看到indeed/linkedin招聘里写的要会一堆语言和statistics就觉得心
虚。
所以如果就找bioinformatician/genomics的工作，到底最看重什么呢？是NGS的经验吗？
我这种情况是不是去上下很多online course，恶补一下statistics的理论知识？
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--------------... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 38 从来就只用现成的package （alignment, GATK, haplotype, WGS, exome, RNA-seq,
structural variation）
会一些python perl R，但都是皮毛
完全没做过统计分析
我的工作主要就是寻找 genetic variation....
这也是为什么我觉得自己bioinformatics其实很弱。。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 39 PhD临近毕业。老板MD，主要做disease genetics,PhD前半部分是纯bioinformatics，
寻找疾病mutation或者risk lock；后半部分就是研究这些位点的功能，做了很多实验
分子细胞RNA等等基础研究（已后悔）。好处是啥都懂一些，坏处是不精通。
技能方面，不会自己写package，从来就只用现成的package （alignment, GATK,
haplotype, WGS, exome, RNA-seq,
structural variation）,会一些python perl R，但都是皮毛,完全没做过统计分析
bioinformatics方面我的工作主要就是寻找 genetic variation....这也是为什么我觉
得自己bioinformatics其实很弱。。
未来的事业方向我非常非常清楚和坚定，就是clinical genetics，只想做临床or疾病
的基因组分析，坚决不做基础生物研究。但有个选择问题是继续一半实验+一半生物信
息的模式，还是下定决心彻底做生物信息
1. 一半实验+一半生物信息：还是对有实际应用价值的医学基因组学很... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 40 从来就只用现成的package （alignment, GATK, haplotype, WGS, exome, RNA-seq,
structural variation）
会一些python perl R，但都是皮毛
完全没做过统计分析
我的工作主要就是寻找 genetic variation....
这也是为什么我觉得自己bioinformatics其实很弱。。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 41 你这问题问得我感觉你可能对ngs基本上不了解，建议你去找个ngs方面的书或资料先看
一看。用ngs做的gene panels, whole exome等流程是怎么实现的及为什么。
现在出报告少主要还是data annotation and interpretation方面有短板，而且另一个
原因就是现在很多临床大夫不懂这些新技术，这也在一定程度上slow down了这个进程
。现在不少地方都在搞data annotation and interpretation方面的工作，包括oracle
，ibm，philips等“外行”公司也在搞。还有非常多的startups就更不用说了。至于最
后的病理报告，也有好几家公司和medical center在做 |
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m***T
发帖数: 11058 | 42 宣传会是不能太相信的，一般这咱会上讲的多是sales或marketing的。
看到你是oncologist，失敬。其实我现在的工作就是经常和oncologist还有
pathologist打交道的，当然主要是和大的genome center里的。我对你提到的oncotype
技术不太了解，简单google了一下，似乎是用rt-pcr技术做gene panel的。不谈别的，
仅从成本上来讲，我从wiki上看到的是oncotype的成本大概要4000-5000美圆，是不是
current你应该更清楚。同样的panel在ngs上只要几百就够了，差距还是很大的，而且
ngs成本还在不断下降。另外ngs非常容易scale up，这点相信是oncotype做不到的。现
在能进入临床上的基本上是gene panel和whole exome，全基因组进临床还需要时间， |
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m***T
发帖数: 11058 | 43 ngs的定价不会这么高的，最多也就一半不到。如果用multiplex，一次run可以做多个
病人的样本，成本会有显著性下降。我和reference labs以及payer也打过交道。目前
几个已经把ngs纳入保险的公司基本上都是gene panel，甚至还有一个whole exome，没
记错
的话panel定价都是2-300左右。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 44 WXS? whole exome?
是的我很赞同。我就是在找基于WGS成功寻找到疾病相关的CNV/SV的例子。
因为关于WGS的methodology已经发展了好多年了，估计从2009年到现在都五六年了，看
到一篇篇bioinformatics的方法学发的热火朝天。但却没看到什么在疾病里的运用，不
挺可笑么。另外，whole-genome seq到现在都没有普及么？比如测个20个WGS这个对于
一般lab都无法承受么？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 45 贵啊。不像exome现在都进clinical了，自然几千上万的测。
WGS这种，前两年还是太贵，做research只有玩玩。
1000 genome这种大project, 才敢做low-pass; TCGA这种超有钱的，只有
4000个，超过一半是low-pass. 现在大consortium做这个玩意儿还属于
pilot阶段，关键还是对治疗来说，WXS找到的东西actionable, WGS就算
找到也多半瞎瞪眼，这玩意现阶段只有小打小闹 |
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发帖数: 1 | 46 Bioinformatics lab http://jjwanglab.org at Mayo Clinic Arizona is recruiting outstanding
candidates for postdoc/staff positions in bioinformatics and computational
genomics. The lab is affiliated with Department of Health Sciences Research
and Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic Arizona and Department
of Biomedical Informatics, Arizona State University.
We currently focus on two main areas:
1) integrative analysis of multi-dimensional OMICs data for gene regulatory
network inferenc... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 47 恩，我感觉挺像的。。
看上了几个老板，其中一个做human genetics的是个MD，自己有病人样品，主要做
exome和WGS，后续做mouse model实验，paper档次应该更高一些
一个做cancer genomics的是个PhD，主要是做血液病和breast cancer的WGS， 好像实
验做
得少些。 paper也不错，稍微弱一些 |
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b********w
发帖数: 334 | 50 是对个人，不是对PI
1个样本起，QC+ GATK best practice |
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