h****g
发帖数: 439 | 1 比较小白。
一般把loxp放到某个基因某个exon的两侧，比如exon3. 在cre的作用下，exon3被cut。
但这个DNA是不是还是要转录成mrna，只是中间缺少了exon3？这个残缺的mrna还翻译成
蛋白吗？
确实很小白，大家不要笑:) |
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D*a
发帖数: 6830 | 2 你要看看你exon3是干什么用的，多少bp
比如如果是膜蛋白，是不是胞外亲和ligand的位点，或者往胞外运输的信号，或者跨膜
部分，或者下面的kinase部分正好能被你切掉。
而且最好是少了exon3之后能造成exon4的移码突变，然后弄出几个stop来。
这样才能确保你真能ko掉
完了你得在老鼠上测测全长的mrna是不是真的下降了。 |
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G***G
发帖数: 16778 | 3 today I argued in one student's presentation about exon array with
friend.
given exon 1, exon 3 are up-regulated between cancer and normal,
but exon 2 are not up-regualted.
can we say we find exon1+exon3 junction?
My answer is no. but my friend said yes.
what is your answer?
if we want to find exon 3 and exon 18 splicing juntion,
does that mean we need to find exon 3 and 18 upregulated and 4 to 17 down-
regualted?
note: we are talking about only exon array not exon-exon array here. |
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a***e
发帖数: 1010 | 4 the answer is no. think about these possibilities:
(1) the exon 1 probe of the gene A also recognizes gene B, and the exon 3
probe of the gene A recognizes gene C. In cancer cells, gene B and C go up.
(2) there are alternative promoters and termination sites for exon 1/2/3
you have to identify the actual sequence of exon1-exon3 to make sure there
is a junction. |
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c*t
发帖数: 1063 | 5 一个dominant的老鼠，heterozygous breeding female根本不怀孕，所以无法得到
homozygous的老鼠。现在只能用heterozygote来找mutation。并且位点在比较大的
intro上，如何找这个mutation呢。。
大概图（exon 2 and 3 deletion）
exon1（70） （intron 60k） exon2（1800） exon3（400） （intron 20k） exon4
（140）。
欢迎各位前辈指教.
谢谢！！！ |
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g***y
发帖数: 201 | 6 设计一个vector应该尽量实现多重目的。
像你这个设计，我觉得实现的功能比较少。
你这个原则上就是个 complete knockout 的设计
如果你只是想把原基因的前两个exon替换成egfp，那么是想看在transcription level
这个基因的表达。
那么随便从什么地方买个 gene trap就可以了，为什么还要自己费劲做呢？
另外，你这个设计也有潜在的问题，就是如果egfp本身带了stop codon,我 建议你去搜
non-sense mediated decay.
如果efgp没有带stop codon,你想让它作为fusion protein 跟 exon3,4 接在一起，那
我不确定是不是后面的序列会影响
gfp fluorescence,可以随便在什么cell line 里表达看看。
总之，建议你多看看别人的conditonal knockout vector 的设计。 |
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