m***o
发帖数: 272 | 1 在做5-race，目的是得到一个蛋白的short form。已经得到了一个从exon6开始转录的
短的RNA，而且也得到一些UTR序列在5intorn。 用的是ambion First choice RLM RACE
KIT. 得到的片段测序，mRNA起始的位点总是不一样。起始点最长有60bp的差别。而且
在UTR序列里面有3个ATG都在读码框架里，请问怎么知道哪个ATG是真正的翻译起始点？
除了RACE，还有什么实验可以确定mRNA的起始点呢？
另外一个问题，在做另一个蛋白的RACE时候，得到过两次先表达Exon5,然后是exon2的
序列，有这样的exon rearrangement 吗？就是先转录下游的exon然后再回过头转录上
游的exon? 第一次得到这个结果的时候觉得可能是artificial，但是用不同的primer又
得到了一次这样的结果。而且还是complete的exon序列。请各位发表点意见建议吧，我
google也没有找到类似的事情。 |
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h********n
发帖数: 4079 | 2 我们有个KO老鼠, 把一个gene的exon 5 切掉, 引起frame shift(exon 6开始不远的地
方出现stop codon), 结果homozygous KO胚胎致死; 而同样这个gene, 把exon 4切掉
引起frame shift(exon 5开始不远的地方出现stop codon), homozygous KO胚胎一点问
题都没有, 老鼠长得很好.
各位觉得会是啥问题呢?
谢谢 |
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b****r
发帖数: 17995 | 3 exon一样有可能做出copy来啊，这个exon有2个copy，那个exon有三个。
只是现在因为capture 的bias还不能被充分even去掉，所以copy 的change看不太出来
而已，理论上不用多久应该就会被解决的
no coding region 的copy# change，有些肯定也有功能，但是有意义的可能性还是要
比exon小很多。起码最近几年我觉得还不是富矿。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 key words:
5fC; 5 caC; pre-mRNA splicing; Pol II; hetrochromatin or H4K20
cited from
Nat Struct Mol Biol. 19: 1061-4. (2012).
New functions for DNA modifications by TET-JBP.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23132381
>the ability of 5fC and 5caC to decrease the transcription elongation rate
of Pol >II may facilitate the interaction of Pol II with diverse
transcription elongation factors, chromatin regulators, histone-modifying
enzymes and factors involved in pre-mRNA splicing. Shukla et al.34... 阅读全帖 |
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l***y
发帖数: 4671 | 5 DNA-level 上的检测的确如此，但临床上比较有前途的不是 GWS，而是 targeted/
selected PCR and deep sequencing，也就是说，还是要预先知道并且能够 narrow
down 到感兴趣的已知 gene mutations 上去。这些新的临床应用的核心是 PCR 技术 -
- 如何更有效更有选择性地 PCR 想要的 DNA regions，而不是 DNA-seq 的部分。
RNA-level 上的 NGS 则目前还没有显著优势。
这个区别依然在于：DNA 上多是定性研究，RNA 上多是定量研究。NGS 对定性很有效，
但对定量则目前还无法和 microarray-based assay 竞争。
举个例子哈，做发育过程中的 isoform/splicing 的变化，在经费一样的情况下，上
RNA-seq 还是 exon array？要是我来设计，可能会在最关键几个时间点上用 RNA-seq
看一下全貌，其它大量 conditions/time points/repeats 都用 exon arrays。而当
RNA-seq 和 exon arr... 阅读全帖 |
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B*********h
发帖数: 800 | 6 ☆─────────────────────────────────────☆
littletshirt (小仙鹤) 于 (Thu Jan 25 17:44:03 2007) 提到:
ZT:
There are N balls. Out of the N balls, there are M black balls and N-M white
balls. Permutate all balls in a round circle. What is the probability that
at least X black balls are in a row (e.g., WWBBBBBWWWWBWBW....)?
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exon (Exon! : )) 于 (Fri Jan 26 15:40:15 2007) 提到:
it is too difficult for me... :(
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exon (Exon! |
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w******y
发帖数: 4871 | 7 NOVEL THERAPIES
Gene therapy — The identification of the gene responsible for the
dystrophinopathies led to initial excitement that transfer of a functioning
dystrophin protein (whether by transplanted myoblast or direct genetic
manipulation) may provide substantial benefit to or even "cure" affected
patients. Although myoblast transfer has been attempted in humans, the
results have thus far not been encouraging [47]. However, in one patient who
received a bone marrow transplant for severe combi... 阅读全帖 |
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l****1
发帖数: 168 | 8 我国内有个亲戚得病了，肺癌，可能有转移。目前突变是
EGFR exon-19 was mutated, exon-18 and 21 are wide type.
for K-ras exon-2, codon-12 and 13 are wide type.
请问这里懂医的帮助我们一下，用什么靶向治疗的药物？听说易瑞沙（gefitinib ）已
经出二代了，有人在美国已买到？是真的么？
万分感谢！！ |
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c********e
发帖数: 2726 | 9 楼主很牛啊！最近几年xon招的中国fresh PHD近乎被MIT,Stanford等名校垄断了。即便
这几个名校出来的能拿到return offer的也不多。除非你学术上特别牛，或者你有配偶
/父母等直系亲属在exon任要职.否则，任凭你找N多个exon师兄师姐也帮不了你。你自
己斟酌吧。
当然能进exon肯定比进shell好。 |
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Z*****N
发帖数: 112 | 10 Hi everyone,
I plan to make a point mutation (ACT->GCT) on the target gene and generate a
knock-in mice. I found out that ACT just locates exon-intron junction (e.g.[exon A]--intron--[CT exon]). Does the point mutation likely affect RNA
splicing? If so, any suggestion?
Many Thanks. |
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H****N
发帖数: 997 | 11 It seems to me that your western is not reliable. As to the RT-PCR, you
should use primers spaning the dedleted exon to check that exon is actually
gone. Remember, after deleting one exon, the rest of the gene can still be
transcribed and make a deleted mRNA.
member |
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D*a
发帖数: 6830 | 12 还有要看你们当时是怎么决定的KO的strategy吧
像我们的老鼠敲掉的是跨膜蛋白的ligand结合位点的exon，然后敲掉之后在下一个exon
中造成移码突变，然后造成几个stop，这样就确保蛋白质没有作用。
还有我们的引物设计是这样的
引物a －－loxp－exon－－引物b－－loxp－－反向引物c
这样wt和lox是靠bc来区别，ac相比之下太长扩增效率很低，ko之后就是ac扩增，这样
wt lox excised都可以用这三个引物来区分。我觉得这种pcr比你的好些，要不你自己
重新设计引物试试吧。 |
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a*****g
发帖数: 543 | 13 what kind of Cre did you use?
If you happened to have SOX2-Cre, you will be able to get good KO( of target
ed site).
I'm assuming you are doing appropriate control of the genotyping, with both
WT primers and recombinant primers...
How big was the targeted exon? where is your qRT-PCR targeting? Having one p
rimer locating in the exon may help to clarify whether deletion of the exon
occurred... |
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s******y
发帖数: 28562 | 14 可是有时候我们的知识并不是那么完善，敲的时候根据理论以为是最重要的
exon并不一定就真的是细胞里最重要的exon, 甚至有些隐藏的exon很多人
并不一定就知道。
所以敲完之后，必须要用northern blot and polyclonal ab WB 做验证，就是这个原因 |
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w***e
发帖数: 269 | 15 Here is the problem. We recently developed a mouse knockout line with a
company. The entire gene is knocked out with all the exons and introns
being replaced with a reporter gene (lacZ) cassette. We got the
heterozygous (+/-) mice and I did the breeding. But now I have trouble
genotyping to find out the knockout mice (-/-). I tried two pairs of
primers in that gene to PCR out ~400 bp fragments in the last exon (the
biggest exon which codes the functional domain of the protein). PCR with
one pai... 阅读全帖 |
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h********n
发帖数: 4079 | 16 就我自己用的KO老鼠, exon 4 deletion --> reading frame shift ---> early
termination. 我用realtime-PCR测过这个gene的mRNA的每个exon, 除了切掉那个确实
是0以外, 其它exon的量都没有变化. |
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j*p
发帖数: 411 | 17 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 18 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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b*****o
发帖数: 150 | 19 就是这个道理，这是很正常的。有时候做KO的人没有考虑到去掉EXON后前面和后门的
EXONS还能连在一起。就是碱基数是３的倍数（IN FRAME）。如果是这样的话，有些功
能蛋白去掉一些片段仍然有功能，尽管功能会降低。如果要KO的蛋白功能研究的非常清
楚，这时就要敲除关键的蛋白片段对应的EXON。
domain |
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l**********1
发帖数: 5204 | 21 pls try Multiplex PCR by A, B and C three primers set (below figure that
X, Y, Z as A, B, C primers)
PMID 19936220
Generation and characterization of mice carrying a conditional allele of the
Wwox tumor suppressor gene. (2009).
PLoS One. 4: e7775.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19936220
or refer
Biology版 - 有没有可能出现假KNOCKOUT的情况?
hashuoy
2010-09-09 13:52:31
来自: 192.168.
1从公司订制的KO老鼠,带CRE基因,大半年折腾下来去掉CRE并拿到大量杂合子,按照公司
给的DATA SHEET, GENOTYPING双引物鉴定老鼠各基因表型正常,符合孟德尔遗传,但在对
培养的野生型和纯合子MEF细胞鉴定时,我发现虽... 阅读全帖 |
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W*********n
发帖数: 775 | 22 真核生物的基因 （转录出来的是mRNA），打算看一下调控它的转录因子（
transcription factors）,请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游？
以我的知识我认为：基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II，而 RNA聚合酶
II 的转录因子应该是在上游的（不知道这么说是否正确？）。
因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部，第一个Exon（500bp）
和第一个Intron（4500bp）比较长， 所以我想知道分析这个基因的转录因子，应该从
第一个Exon之前分析呢，还是应该从翻译起始位点之前分析？
谢谢！ |
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a****d
发帖数: 1919 | 23 准备建一个hESC reporter line, 有几个问题向有经验的大牛们请教。
我准备在目的gene末端插入XFP，那么在HDR之间是否应该这个顺序： last exon(stop
codon removed)-T2A-XFP-UTR？
目前在last exon上面找到了一些sgRNA序列，在stop codon上游大概50-150bp. 请问在
这个距离上double nicking是否可行？
另外选择好了sgRNA后，选择HDR是不是按照double nicking位置向上游选700-1000bp，
然后从last exon(stop codon removed)-T2A-XFP-UTR开始向下游选700-1000bp？没有
其他的特殊要求？
准备donor plasmid时，考虑到很难找到特异的酶切位点去匹配几个不同的片段，这种
几个大片段连接，是不是选择Gibson Assembly Cloning更容易一些？ |
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O********4
发帖数: 113 | 24 看来你不常做分子生物学。RT的产物不需要nick repair 或ligation啊，就像通常做就
可以了。RT 的产物是linear DNA的，只不过跨过circRNA特有的splice Junction. 比
如你用一个基因里反向的引物做PCR， linear mRNA 就没产物，而circular RNA 才会
有产物， 再一测序发现你的产物上exon 4连到exon 3 的5' end 了，这就证明了是环
状。
<- ->
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
还有你可以用外切酶RNase R 处理一下，线性的RNA被降解而环状不降解。
最早发现circRNA 的是通过90年代开始大规模测EST （那时还没有RNA-seq ) ， 发现
许多mRNA 的exon order 反了, 这不是由于trans-splicing 就是由于 back splicing
，结果这两种splicing方式都存在。还有circRNA 是可以被翻译成protein 的，所以也
不能说它纯粹是非编码，呵呵。 |
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i*e
发帖数: 352 | 25 没有啥能100%万无一失的，BatchPD那个估计common SNPs都已经考虑了，rare的不清楚
，不过rare的话碰到的概率也小很多。此外individual个体还可能有未知的rare
variants，这个就更控制不了了。
看你之前所说，感觉是用来做validation不是detection的，所以万一有那么几个
readout不一致，换对引物或者用其他方法再验证一下。
我有可能记错，不错homopolymer和repeats在exons没有在3‘或者5’端频繁，有碰到
再分别单个手工设计引物好了。
我自己那个script，主要针对自己的实验目的，是WGS的variant validation，主要是
SNVs和小的Indels，也不单单是exonic，所以大多数面向exons的predesigned primers
就无用了，再说SNPs也没有被先排除。
设计引物的时候，input是VCF，已知的common和rare SNPs （dbSNP142）都有先
flagged，然后primer3的结果只取第一个output，之后in silico PCR再过一次，没过
的重新滚... 阅读全帖 |
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T*****e
发帖数: 247 | 26 我知道enhancer可以在exon里，特别是有的exon对于有的transcript并不是真的exon。
有没有系统讲这个的文章？我只是有这个印象，这对找enhancer其实是非常关键的一件
事。 |
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f*********9
发帖数: 258 | 27 你说的这种是intronic lncrna吧，做下race或者northern确定下，根据ranseq设计跨
exon primer， 这里的exon是你的lncrna的exon |
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p*********e
发帖数: 32207 | 28 ☆─────────────────────────────────────☆
carbonfiber (碳纤维) 于 (Mon Jan 5 17:12:58 2015, 美东) 提到:
早几年在美国年销量根本不入流，危机后这几年做得不错啊
14年美国总销量都超过18万辆了，超过了Lincoln（不到10万辆）、Infiniti（不到12
万辆）、Acura（不到17万辆）、Caddy（17万辆多一点）……
Caddy这几年感觉没有找对增长点，新车进步不小，但销量反而连续下滑啊……
Acura现在越来越靠SUV，轿车这一块慢慢在下滑，尤其是高端市场一直打不开……
Infiniti和Lincoln更是已经被远远地抛开了……
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BRZ (*86) 于 (Mon Jan 5 17:16:49 2015, 美东) 提到:
我看分析主要是a3,q3增长多，a4,q5基本不变。看起来主要是多了些适合文艺青年的车
型。看销量我最看不懂的是克莱斯勒。到处是说克莱斯勒的质量不行，可是市场不在乎
，销量好... 阅读全帖 |
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m****g
发帖数: 530 | 29 近日，中科院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康科学研究所孔祥银课题组
张振国等人发现基因重复后基因剪
接信号演化特点，以及这些变化对基因新结构形成的影响，该成果在线发表在《基因生
物学》(Genome Biology)杂志
上。
在物种进化过程中，基因重复是经常发生的。那么基因重复后，基因结构是如何演化的
？张振国等人发现基因重复后，
早期阶段外显子剪接增强子（Exon splicing enhancers）和外显子剪接沉默子（
Exon splicing silencers）快速变
化，然后逐渐饱和。基因重复后，外显子剪接增强子严重丢失，这些改变主要与同义突
变相关；剪接信号的改变同时导
致基因新的剪接形式的发生。这一发现有助于理解新基因结构是如何演化的。
早年毕业于中国医学科学院的孔祥银博士是今年中科院院士增选初选入选者，他获得了
许多分子遗传学方面的成果，曾
成功克隆了遗传性牙本质发育不全I型基因(DSPP)，进入2009年，他所在的分子遗传学
研究领域又接连获得了许多新成
果。
第一篇“Divergence of exonic splicing ele |
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c**i
发帖数: 6973 | 30 (1) Keith Bradsher, Offshore Oil Helps Brazil Lead Boom. New York Times, Oct
14, 2011.
http://www.nytimes.com/2011/10/11/business/energy-environment
/in-brazil-energy-finds-put-country-at-a-whole-new-power-level.html?scp=1&sq
=brazil%201954&st=cse
Quote:
"Petrobras’s huge offshore oil discoveries in recent years now enable its
leaders to contend that it could surpass Exxon Mobil * * * as the world’s
largest publicly-traded oil company.
"Argentina ranked third in the world, after China and the Un... 阅读全帖 |
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w*****y
发帖数: 1201 | 31 不同油站确实差别大，我觉得油品不好说，但是酒精的含量，绝对不一样，按理说同一
个地区的油，distributor是一样的，唯一的区别就是送之前添加的additive和酒精。
我们mid atlantic，Exon > Shell/BP/Sunnco （平均水平）, 平均每加仑高2-3 mile
左右，costco的油确实最差，比一般的还要低2个mile，和我们这边Exon的差别在4-5个
mile，
差不多一箱油至少少开50-60mile，如果大部分开的是highway， 如果开local比较多的
话，看车了，可能差别不是太明显。 |
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e*******e
发帖数: 9616 | 32 买了exon mobileX5, bpx4, domino, engine filter($20 off auto part today)
还想继续完全空仓，结果一转眼exon mobile已经被操没了。
以后只玩ppdg－ink了。谢谢 |
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J*******p
发帖数: 1129 | 33
the
I
先赞一下自己做research,做思考！
如果这儿几位赞成支持common core 的，真心觉得 common core 和与之相连的
testing 就是好，那就快快采取行动吧！
一边是即有权（联邦和州政府）又有钱（Bill Gates, Pearson 集团，Exon Mobil）的
推动支持方， 一边是以草民父母为主力的反对方，加上一些教育界人士和政界人士，
虽然反对方中左派右派都有，虽然反对的人数逐渐增加，但是，如果论权或是论钱，反
方绝对不是推动支持方的对手。照说，推动支持方似乎不需要什么帮忙。
不过，不知是不是因为草根的反对声浪太大了还是别的什么原因，这个星期二在NYC出
现了一个支持CC的团体，Higher Achievement New York, 自称“an organized
platform” that will explain what the new standards mean for children, and
how they offer better preparation for college and careers, throug... 阅读全帖 |
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s***l
发帖数: 2236 | 34 ☆─────────────────────────────────────☆
JourneyUp (异乡人) 于 (Tue Mar 25 18:22:09 2014, 美东) 提到:
core
我不是为了反对而反对，又不是吃饱了撑的！
我反对的原因没说过吗？上次转的文章基本代表了。观点有互相冲突吗？还是反对的原
因和角度各不相同呢？那我列个一二三吧。
一，CC 的推手们向各州推动 CC的过程不公开不透明，各州是被 stimulus money 和
No Child Left Behind 的 waiver 所贿赂上船的。CC自我推销的语言多是空话，甚至
谎言。
CC说是 state led. 事实：它从来不是。
二，CC 从来没有在任何一个学校试验过。他们自己称有大量研究支持这个标准，但却
拿不出一个研究的 citation。我在 CC的官网没找到，如果那位找到了，请分享！
既然没有任何试点，没人知道 CC 是否真的能改进中小学教育。反正 Bill Gates 的孩
子们上的是学费超过 $20,000的私校（也是他的母校），一般公立学校的孩子作荷兰猪
，替大富翁作... 阅读全帖 |
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b******e
发帖数: 182 | 35 俺推荐Chase Shell Plantinum
5% gas back for purchase in shell gasstation
1% gas back for other purchase
First year no annual fee. $20 will be waived after that, if u make
at least 9 purchase in shell gasstation per year.
现在油价这么贵，5%的gas back还是很好的。比如现在在俺们这嘎嗒，
Shell $1.56. BP $1.57 76$1.55 Crown $1.55 Exon $1.57
5%之后，就是$1.49. 是最便宜的油了。而且，个人感觉, Shell比Exon和BP
差点，但是比Crown和76要强。
BTW: 上周刚申请到的，给了$10000的limit. 很爽呀，不过估计是没有用完的
那一天。hoho |
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E*********r
发帖数: 4984 | 36 So, who's on the chopping block? Despite Stratasys boasting about seven
times the sales of its smaller competitor, ExOne looks to be a bit big for
Stratasys' price range. Stratasys would be expected to pay a hefty premium
on the present value of any successful company in the fast-growing 3-D
printing industry and, with ExOne's market capitalization currently at
nearly $700 million, Stratasys would need to raise a lot more capital to
finance a takeover. Sweden-based Arcam might be a contender, wi... 阅读全帖 |
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q*****y
发帖数: 470 | 37 http://seekingalpha.com/news/1507491-exone-issues-q4-warning-pe
哭啊
ExOne (XONE) now expects 2013 revenue of $40M-$42M, below prior guidance of
$48M and a $48M consensus. The revised guidance implies Q4 revenue of $11.2M
-$13.2M, well below a $19.6M consensus. (PR)The 3D printer maker mostly
blames "machine sales not yet completed for customers in Russia, India,
Mexico and France, some of which involve approval processes that were
deferred into 2014." Four high-end S-Max 3D printer sales are said... 阅读全帖 |
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s**e
发帖数: 1523 | 38 这个白人同事K比楼主早来公司两年，背景是computer biology的博士，但是对生物很
多都不懂（他以前搞蛋白结构的，算是化学背景）。怎么个不懂法呢，就是楼主说一个
基因的start codon是在第二个exon，他就跳起来说不可能，所有的起始子都应该在第
一个exon。如果基因序列删除了一部分，他不知道怎么样翻译成新的错码蛋白。等等。
反正分子生物学和遗传学基本不了解。我们做的项目是给癌症病人样品测序，然后全基
因组分析。楼主刚来的时候抱着努力干活的心态，这个同事说来给我培训， 我就把每
一个案例分析好，然后他拿去做报告。因为大老板要听报告，所以基本上苦活累活都是
楼主干了，他主要负责说，然后就是在会上拍大老板马屁。我们两个同属一个经理A管
，但这个印度小经理是不懂癌症这一块的（他也是计算机背景），比较擅长的遗传疾病
，所以基本上都是这个K向经理汇报楼主的表现。因为和大老板打得火热，K对经理也有
点不放在眼里。经理呢英语不好，也不是喜欢出风头的（估计也出不了风头），加上K
有意无意在大老板面前下下绊子，所以不太受大老板喜欢。
后来小组招人，又来了个伊斯兰女生S，也是同一个经理A... 阅读全帖 |
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J**K
发帖数: 1407 | 39 3'UTR can be wholly or part of the last exon.
Actually,3'UTR of the transcript,ENST00000373020 is separated by intron 7-8,
so the whole of last exon,ENSE00001459322 is part of 3'UTR.
UTR. |
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E*****n
发帖数: 1565 | 40 ☆─────────────────────────────────────☆
PL133 (吃顿好细软跑) 于 (Sat Apr 21 10:51:27 2012, 美东) 提到:
和前女友分手十个月了，中间不停的联系她找她想和她和好，但是都不成。。。这是我
第一次恋爱（25岁，够卢瑟），爱她爱的也很深，可能很多事情处理的不够好，分手时
也是一时赌气，在最关键的时期最需要我的时期没有去挽留，唉。。。后悔死了！
后来就再也不接我电话，今天废了九牛二虎之力好不容易接了电话，告诉我说再骚扰她
就报警！还说新找了男朋友，我当时真是一个晴天霹雳！为了她，我等了将近一年。。
。共同的朋友说，都快一年了，你还能期望别人在原地等你？是啊，快一年了，我还在
原地等她！
男子汉要胸怀宽广，那是安慰别人给别人打气的话，放到自己身上，谁不伤心难过？前
女友找了别人你不难过那是没心没肺胡说八道。
看看我们一起的照片，和一起用过的东西，眼泪都快止不住了。
做个小小的update:ex最近可能要跟其他几个男人去另一座城市创业，五个人里就她一个女的，给她的职位估计也比较不符合她的心气，是什么采购活动组织文... 阅读全帖 |
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b*z
发帖数: 48 | 41
yes/no.
a gene directs the synthesis of one polypeptide. a protein may
contain more than two different polypeptides and require more
than two genes.
in some cases a gene may contain more than two introns (inter-
rupted sequences) and exon (expressed sequences). an RNA
transcribed from such a gene may undergo splicing, that is, the
re-combination of introns and exons, resulting several mRNAs from
one single gene. these mRNAs may then be translated into a group
of proteins. usually such proteins |
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L******e
发帖数: 679 | 42 Gefitinib or Erlotinib 这两种药均对部分non-small-cell-lung cancer有效 （~10%
）。如果病人在EGFR 的 exon 19 有deletion 或者exon 21 有一个L858R点突变，75%
的这类病人对这两种药有效。如果病人的点突变在KRAS基因（G12或者G13），这两种药
物没有任何效果。 |
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h****g
发帖数: 439 | 43 不知道，帮顶。PS，你真够Lucky的
a
g.[exon A]--intron--[CT exon]). Does the point mutation likely affect RNA |
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J********3
发帖数: 3151 | 44 T变D或E啥的不行吗？实验证明非得T变A？
a
g.[exon A]--intron--[CT exon]). Does the point mutation likely affect RNA |
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h*****y
发帖数: 10 | 45 Thanks everybody for many useful suggestion!
I guess maybe it's my identifying problem because my ab is not good and my Q
-PCR primers are also just targeting another exon. I will try to design new
identifying primers tageting the deleted exon. |
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s******y
发帖数: 28562 | 46 可以有很多种情况啊。
比方说他们敲的时候只是敲掉了第一个exon,但是其他exon东剪切西剪切之后
在某个条件下又剪出一个有活性的truncate了 |
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c******r
发帖数: 3778 | 47 有几种情况：
1. 上面sunny同学说的很对。有alternative splicing等其他可能。
2. ko一般都是ko一两个exons，一般assume不完整的RNA或者peptide不稳定，会很快被
代谢掉。但是事实上经常不是这样。有很多蛋白即使ko掉几个exons后还有detectable
的peptide，虽然size shift了，但是确实western可以detect。
3. 如果是conditional ko就有ko效率，和部位，细胞种类等其他原因导致在一定程度
上可以detectable。
不论怎样，要证明ko都要从几个方面来证明：
1. 从genomic上，要跑southern，看到size减小as expected。
2. 从RNA上，northern，和western证明没有detectable的stable的蛋白。如果有，要
证明这个蛋白的功能被comprise了。
3. 从功能上证明这个蛋白的功能没有了。
4. 从phenotype上证明这个功能和这个phenotype直接的联系。 |
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E****A
发帖数: 184 | 48 多谢！
RT-PCR和Northern blot验证了两条mRNA的存在。
看了楼上的PNAS文章，说uORFs correlate with significantly
reduced protein expression of the downstream ORF.
不知first exon的uORF会不会对alternative first exon的ORF产生啥影响或抑制作用
呢？ |
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w****u
发帖数: 1078 | 49 Thank you for those two replied.
However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合?
2) gene 5‘end的序列 is before which exon? Some literatures said is before
exon1. But my boss thought it is before ATG.
3) also, based on Ensemble transcripts, there are 4 different transcripts.
Every one has different start exon. in this situation, which is correct?
thanks |
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Z******5
发帖数: 435 | 50 1）However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结合?
A.这个说起来比较复杂。
a. 和转录起始位置相关的一些组蛋白修饰看这篇文献 The mammalian epigenome.
Cell. 2007 Feb 23;128(4):669-81.
b. 聚合酶2的我忘了哪篇文献了，不过很好理解，基因的转录肯定需要聚合酶2的
结合，自然就会有聚合酶2的结合ChIP数据。你可以去UCSC随便找几个熟悉的基因看看
，比如GAPDH等。
c. 转录因子的ChIP在UCSC genome browser上的数据是有限的，现在已经有几十个
转录因子了吧，这个只是参考。还是那句话，找个你熟悉的基因，看看周围的结合情况
就知道了。
d. 再提一下RIKEN的问题，你可以参考下面几篇文献
Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of
transcriptional starting point and identification of... 阅读全帖 |
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