k***i
发帖数: 62 | 1 我们实验室是做计算生物学的，也就是说，不会编程就没办法活。可是我们实验室偏偏
有这么一个人，我们叫他极品君好了，因为他不学无术，光靠着拍老板马屁，混了三年
，什么都没有做，不要说写程序了，连unix下面基本的命令都不会用。本来大家各做各
的课题，这个人跟我也没什么关系，可是最近发生的一件事，让我觉得像吃了一个苍蝇。
我自己一直在做一个课题，做了两年了，最近好不容易有了点结果写了篇文章，一作是
我，通讯作者是老板，并没有其他人。正在改，准备投。结果上个月的组会上，老板忽
然当着全组人的面，对极品君说：“你去再找几个数据让她跑一下，然后你就可以做
middle author了。”我听了犹如晴天霹雳。这个人从来没有帮我做过任何事情！而且
更荒谬的是，老板只叫他找10个数据（就是10个fasta file!），然后就可以不劳而获
了。
之后我马上私下找老板沟通，表示极品君完全没有contribution，不能做author。老板
只非常含糊地说，要看最后的贡献而定。还说，他想帮助一下极品君，让他“可以快点
进入做研究的正轨”。
然后改paper又改了几个礼拜。昨天在组会上讨论我的paper的时... 阅读全帖 |
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C*********m
发帖数: 213 | 2 不知道版上各位有没有碰到过:
blastall -p blastp -d wwpdb -e 0.01 -F F -m 8 -i a.fasta | awk '$3 > 90'
wwpdb 是pdb 里所有蛋白序列，ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_
seqres.txt,a.fasta 是 NP_113671.3 序列 (862 a.a)，blast 2.2.15给出8个结果，
blast2.2.25只给出 7个,缺失的那个2p4r_T 只有25 a.a, 好像是 -F F 在 2.2.25版
本里不起作用． |
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发帖数: 1 | 4 On your computer with web browser
1. go to https://www.gtexportal.org/home/datasets
2. You will be asked to login, so login with your google account
3. Randomly choose a small file to download (such as "GTEx_Analysis_v7_
Annotations_SubjectPhenotypesDD.xlsx"), this is to trigger the
authentication process
4. open developer console, run
"gapi.auth2.getAuthInstance().currentUser.get().getAuthResponse().id_token"
5. Copy this token
On your Linux command line
6. run the following commands to obtain ... 阅读全帖 |
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h*****5
发帖数: 566 | 5 古代的爱尔兰
古希腊和古罗马的著作家以及教会的神甫们，关于爱尔兰都讲述得很少。
但是还存在着相当丰富的地方文献，虽然在十六世纪和十七世纪时有许多爱尔兰的手稿
已经毁于战火。这些文献包括短诗、文法、辞典、年表和其他历史著作以及法律汇编。
不过，除去极少数的例外，所有这些至少包括了八世纪至十七世纪这一时期的文献，都
只是手写本。用爱尔兰语出版书籍是不久以前才开始的，恰好是在这种语言已开始消亡
的时候。因此，原有的丰富材料只有极小的一部分可以被利用。
在年表中最重要的是“提格尔纳赫神甫年表”（该神甫于1088年去世），“奥尔斯脱年
表”，特别是“四教长年表”。“四教长年表”是1632—1636年圣芳济派教士迈克尔·
奥克莱里领导其他三个seanchaidhes（编年史家）在多尼果耳修道院编成的，他们所根
据的材料现在几乎已经完全散失。这部带有批注并附有英译文的年表是奥顿诺凡于1856
年据现在还保存着的多尼果耳修道院原手稿出版的。[注：由约翰·奥顿诺凡博士出版
并附有英译文的“四教长编爱尔兰王国年表”七卷集，1856年都柏林第2版四开本（《
Annala Rioghachta Eirea... 阅读全帖 |
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e****e
发帖数: 3450 | 6 我按这个readme来的
Software Requirements
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1. GCC is required to compile most tools.
2. FASTA-Clipping-Histogram tool requires Perl, the "PerlIO::gzip",
"GD::Graph::bars" modules.
Installing the perl modules can be accomplised by running:
$ sudo cpan 'PerlIO::gzip'
$ sudo cpan 'GD::Graph::bars'
3. FASTX-Barcode-Splitter requires the GNU Sed program.
4. FASTQ-Quality-Boxplot and FASTQ-Nucleotides-Distribution requires the
'gnuplot' program.
Installation
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e*******o
发帖数: 4654 | 7 Costco 买一个fasta track 能追溯一个月 25刀
含30 过路费 多省事
.. |
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c*****a
发帖数: 179 | 8 dnaman 和dna star可以么？
这两个我倒是用过
sequencing 结果很大。上百兆的fasta文件 |
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i*****l
发帖数: 51 | 9 上百兆的fasta文件？别吓我，那是什么序列啊？如果是N多条测序结果，比如CHIP-SEQ
这样的结果的话，还是找专门的软件或者专业的统计人员去分析 |
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A*****n
发帖数: 243 | 10 下个单机版的blast吧，或者尝试一下其他序列比对软件，比如bfast或者bwa。
反正都需要自己跑一些程序。上百兆的fasta，应该也不到1M条的序列。
你这里只是要和单个基因比较，应该也不需要太长的时间。
（相对和NR或者全基因组的比对而言） |
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c*****a
发帖数: 179 | 11 一个测序结果。做成了一个fasta文件。很多个contig并在一起那种
SEQ |
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k*******3
发帖数: 1909 | 12 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
hs_alt_Celera_chr20.fa
hs_alt_HuRef_chr20.fa
hs_ref_GRCH37_chr20.fa
这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
谢谢。 |
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y******8
发帖数: 1764 | 13 Did you check the raw files from sequencer? Or you just read the FASTA
results.
吗？ |
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z**********8
发帖数: 766 | 14 再次谢谢各位！也呼唤做过这方面的兄弟出来！
我做这个之前请教过做这方面的遗传牛人，一般测序病人样本是不需要做克隆的。因为
工作量太大。
关于测序结果，我只有FASTA results.没有running gel的raw data。
这些都不是问题，所以我想请教遗传大牛，一般只有搞突变这方面的才更有经验。
我用的样本是经过抗体瓷珠selected cells，不是tissue。
同一样本是指从一个病人的这些selected cells中提的RNA后RT所得的cDNA，三次PCR指
从同一管cDNA先后进行PCR，然后去测序。不是三次RT。 |
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z**********8
发帖数: 766 | 15 谢谢各位参与讨论!
我用我浅薄的遗传学知识为大家解释一下突变的问题.
大家说的PCR致突变大都是指做克隆时发生的点突变,做克隆时PCR酶可以导致点突变,连
接后单克隆挑出再提质粒后再测序,如果有突变,大多是这种情况.
寻找病人的基因突变不是这样的,因为每个病人做克隆是不现实的,而且很多突变不是纯
合,杂合突变如果去做克隆,没法选择挑几个克隆才合理或有可能的得到那个突变.所以
筛选病人突变时,不能用克隆的方法,而多用PCR产物直接测序,或者为了更省钱,设计好
PCR再酶切的方法去筛.
我因为是用PCR产物直接测序,这是个混合物,即时有些bp突变,不可能所有片段的那个bp
都突变,所以这就保证只有真正的突变才能被测序出来.因此,质疑PCR的朋友请不必再回
帖了.
回到问题,我有些奇怪的猜测,希望遗传朋友或懂测序的朋友指点.
1)有无可能有些肿瘤细胞出现三倍体? 有些细胞仍正常.
2)若突变细胞只是所有细胞一部分,会否导致缺失突变被测序时,两条链高低不等? 可相
差几倍吗? 一般的概念是等峰,我有些突变是这样.可还有些总是测序FASTA峰值差很多.
是否是因为突变的细胞比例低所致?
谢谢! |
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e*****t
发帖数: 642 | 18 可能这个格式节省一点空间吧，要转成fasta，还得用软件转，叫twobittofa.在Linux
下 make的时候又说library找不到，不知道为啥弄这么复杂。
哪位大虾能发个链接，有rat whole genome seq的。多谢了。 |
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y****n
发帖数: 8 | 19 举一列，如可以不用打开大文件而直接查看又多少条序列：
>less **.fasta | grep ">" | wc |
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K****n
发帖数: 5970 | 20 还是说fasta是一种内容很可以predict的文件？ |
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o********r
发帖数: 775 | 21 Ft...为啥用这么多|
grep -c ">" **.fasta |
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z*********8
发帖数: 1203 | 22 这个软件是免费的，你下再下来后， 把你的序列全部以fasta形式load进去，然后里面
附带的clustal w会给你做sequence alignment，然后会generate一个meg形式的文件。
用这个文件就可以generate phylogenetic tree。至于每个family的三角形，你现在把
phylogenetic tree做出来，然后我再给你讲，不然空讲听不明白的。选算法的时候可
以选neigbour joining，不要选maximum likelihood，那个算的时间很长的，如果很多
序列的话很可能要占用计算机n久还有可能算不完你计算机就crash了。 |
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m******i
发帖数: 73 | 23 虽然我的问题都很初级, 太感谢您的解答了.
探针设计,看来很复杂的东西, 比如说我想看1000个细菌, 如果
已知到他们的序列 (每个大概 3-400碱基序列),这种情况下,一般
您觉得需要多少个探针呢? 一般需要几个探针来确定一个细菌呢?
如果已知序列, 有没有什么软件,可以优化探针的设计?
另外的话,如果我们做454 pyrosequencing, 测序中心
给我的数据是什么格式的? 是fasta还是其他的呢?
是不是也会给出primer和barcode 的序列?
如果这些都有了, 有没有什么软件能比较样品组之间的细菌种类和强度的差别.
我听说有个东西叫Mothur,不知是干这个用的吗?
很抱歉,太多的问题,好不容易逮着您这个懂行的.
RNA |
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a***e
发帖数: 1010 | 24 请问 那里能找到 transposon序列文件 .fasta格式的
多谢多谢 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 25 linker-based PCR
plus
iMapper soft:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18974167
//geocachingsoftware.com/imapper.html
more details
please to to E-Book
Chapter 2:
its link:
FTP://ftp.sanger.ac.uk/pub4/theses/kong/chapter2.pdf
citation:
>Based on these expectations, a web-based server called iMapper (Insertional
Mutagenesis Mapping and Analysis Tool) was developed for the efficient
analysis of insertion site sequence reads against vertebrate and
invertebrate Ensembl genomes. Taking linker-based PCR se... 阅读全帖 |
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c********b
发帖数: 363 | 26 最近处理一批发表过的数据，完全没有经验，求大家给科普一下。
拿到的数据format如下（恳请告知是什么format）：
ACAAACGACTCTCGGCAACGGTTGT 2
ATATGAAGACAAGTAGTGCAGCTCGGAGACGGG 1
ATAATAGAGGTTTTGCAAAACAAT 1
后面的数字代表read number。
我想把这个data换成fasta格式的，不知道什么软件合适，几个million，也不知道自己
的机子能不能搞定。最好是能够有简单的UI，不然搞不定啊，555. |
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u*********1
发帖数: 2518 | 27 我觉得你要解释更清楚点这到底是什么数据
一般的sequencing reads的数据，首先最短的reads也有36bp，其次所有的base都是有
想对应的phred value的；所以你这肯定不是sequencing数据
印象中一般都是reference genome是fasta格式，所以我猜测你这是什么species的ref
sequence？但不懂后面的1，2是什么意思。
总之不知道是什么。还求高人指点。 |
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c********b
发帖数: 363 | 28 不好意思，是小RNA的deep sequencing （不是genome sequence），后面的number是表
示read number（abundance）。
我就想把它变成fasta或者其他可以被下游软件识别的格式。
ref |
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u*********1
发帖数: 2518 | 29 Sanger sequencing的话得到的都是.ab1的文件吧
其实我一直有个问题，如何把.ab1 file转化成fasta/fastq格式然后可以按照ＮＧＳ的
方法来做？
如果只找比如罕见突变，我自己用的program叫novoSNP,觉得还不错
如果要看ＬＤ啥的，估计就是那个broad的haploview吧，我自己也没做过，不确定
）, |
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F*****d
发帖数: 23 | 30 GSE38379 has Supplementary file, probably contains bed file for peaks.
For raw data, you need to re-analyze the data. Basic steps include:
convert SRA to fasta, map to genome, find peaks, map peaks to genes, perform
motif discovery, etc.
There are many software packages (almost all on linux), I recommend Homer,
as it covers all steps including motif analysis.
Alternative, if your lab has funding for this, you can buy analysis service,
e.g.
http://goo.gl/k389Yr |
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h*****t
发帖数: 1226 | 31 让他找100个fasta. :)
不过这其实和你说的JP Labmate没什么关系, 其实是你老板有点JP.
蝇。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 32 非常感谢！！！
能直接上传的是BED文件么？
如果是FASTA格式的源文件要用什么软件读呢？
大家用本机的类似CisGenome这样的软件能读得开么？ |
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d****7
发帖数: 109 | 33 用UCSC genome browser
BED文件也得看是什么bed文件，如果是peak calling出来的bed文件，很小，直接上传
就行，但是如果是mapped reads的话，没法上传也没法看
如果是mapped reads的话，一般用bedtools把它转成bedGraph，再用bedGraphTobigWig
转成bigwig(转成bigwig的好处是loading快，只load当前窗口区域的data，而不是整个
file)，如果测序比较深的话，bigwig也比较大，我们的chip-seq出来的bigwig一般都
好几百MB，没法上传，给自己机子架一个ftp或者http，把链接贴上去就行
fasta或者fastq应该是map之前的raw reads，对与chip-seq来说，看的事map之后的
signal track。想看raw reads的quality，有好多软件，fastqc是比较受欢迎还比较傻
瓜的一个，R里面好像也有一些能读raw reads的package
cisgenome可以，而且支持windows，还有图形界面，不过如果只是想看看track的话，
IG... 阅读全帖 |
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y**********n
发帖数: 478 | 34 我觉得现在一个重要的事情是拿到宝宝相关基因的序列，有三种情况：
1.基因上所有位点都跟正常人的一样，这样基本排除了这个基因
2.有些位点跟正常人不一样，但跟不在hgmd已知致病突变一样 －－ 症状是这个基因导
致的可能性很大
2.有些位点跟正常人不一样，但跟已知致病突变也不一样 －－ 这些突变有可能是未知
的致病突变，也可能是正常SNP
几个有用的连接：
正常SLC25A13序列 － NM_014251
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/171906609?report=fasta
>gi|171906609|ref|NM_014251.2| Homo sapiens solute carrier family 25 (
aspartate/glutamate carrier), member 13 (SLC25A13), transcript variant 2,
mRNA
AATGGGCGGGCAGCATCCACATGACCCGCGCCGGCGGGAGGGCGTGGGGAGGCAGGCCAGGAACGCACGC
TGCCTGGCCGTATCGC... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 35 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Put your sequence in FASTA format, for example
>primer1
AGCTACAGCTACTAGCATCGACTGCGATG
>Primer2
ATGACTAGCTGGATAGCTAGCTACGATCA
>primer3
...
Make sure the primer sequence is longer than 20nt. So far this is the faste
st and most efficienct way I know. You can easily find out where the primer
s locate and whether there is any non-specific binding sites.
For pimer sequence shorter than 20nt, create four sequences by adding [AGCT]
to make it to 20n... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 36 这玩意儿是个大杂烩，垃圾多，有用的东西也多。
比如有GAF，有一堆fasta，有barcode和uuid的mapping文件。
我还看的，有clinical elements CDE的dictionary， 还有些xsd的估计大家不关心。 |
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g*********3
发帖数: 177 | 37 这种软件写了发不出去吧。
你这个问题shell script就应该能解决（repeat的primer可能不太好弄）：
把human genome fasta下载下来，然后准备好你的所有SNP的bed file，用
fastafrombed（类似这样的工具太多了）找出序列，直接在SNP左右加减比如300bp，随
机从两端选取20bp，countGC content。这样就足够了。
找个周围做bioinfo的，几分钟能帮你解决。 |
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发帖数: 1 | 38 sequence alignment的话MEGA就可以做，fasta输入。 |
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y****i
发帖数: 4109 | 40 习惯了用perl ，不过如果都没学过建议学python.
要学会多利用，修改别人写好的scripts。
感觉大部分工作都是可以利用别人写的东西。然后一些awk,grep,sed之类的。
Biopython bioperl 从来没学过，但是要知道怎么安装这些模块，否则一些软件用不起
来。操控fasta/q 用li heng 的seqtk可以解决大部分问题。
说实话生信分析，如果不是做算法做软件的话，对编程要求不高，对生物学知识要求反
而高,所以说还是一个大坑。但学好python和R是打好了数据分析的基础...你懂的... |
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S****6
发帖数: 214 | 41 抓紧过来和老李合一个影。。
谢谢你的工作。
我从2007年开始接触二代测序数据分析。那时候这个Solexa 技术刚刚商业化，被
Illumina 公司收购。
那时候用它自带的ELAND。还自己试着用过BLAT和FASTA，后者主要是作为自己写的寻找
indel 工具的一部分。
再往后就是 BWA, BOWTIE, novoalign |
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g*****x
发帖数: 3283 | 42 你说search fasta的时候？这个一般要设大一点，2。
trypsin的specificity和performance根本没那么好 |
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t*****w
发帖数: 254 | 43 When I had my job interview, they always tested my SAS skill.However I use R
all the time. To help your preparation, read my R codes to see how much you
can understand it.
%in%
?keyword
a<-matrix(0,nrow=3,ncol=3,byrow=T)
a1 <- a1/(t(a1)%*%spooled%*%a1)^.5 #standadization in discrim
a1<- a>=2; a[a1]
abline(h = -1:5, v = -2:3, col = "lightgray", lty=3)
abline(h=0, v=0, col = "gray60")
abs(r2[i])>r0
aggregate(iris[,1:4], list(iris$Species), mean)
AND: &; OR: |; NOT: !
anova(lm(data1[,3]~data1[,1... 阅读全帖 |
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h**n
发帖数: 981 | 44 looks like a nice feeder, the review is pretty nice as well. Awesome deal as
well, but consider the shipping bring it to $50+ for me and my cheap gun
doesn't need that much upgrade. I decide to go with a "Like New In Box"
fasta on pbnation for $25 shipped. Will get it soon to see how it treat me.
Upload a feed test when you get a chance. Should be fun. |
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c******g
发帖数: 19294 | 45 fasta is pretty good too
i paid $40 for vlocity, and i bought something else so i got free shipping
as
. |
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