K*****n
发帖数: 23 | 1 I guess your problem might be the directory of fftw. If you do install fftw
2.1.5 under the directory of /fftw-2.1.5, then your link variable should
look like:
-I/fftw-2.1.5/include
-L/fftw-2.1.5/lib
Just specify the home directory of /fftw-2.1.5 is not enough.
the
do |
|
l********r
发帖数: 175 | 2 In fact, I installed fftw-2.1.5 at several different places. One is to use
the default address, /usr/local/include and /usr/local/lib. I found fftw
related files there. I also installed it from scratch at ~/fftw2/ directory.
It also has /include and /lib directories. They are also fine. Anyway,
after using the correct address for the fftw part, I still got the same
error message.
One thing I am wondering is about this part:
SYSLIB= -ldfftw -ldrfftw -I/usr/local/lib
here, why it should be -ldfftw |
|
l***g
发帖数: 1035 | 3 that's because you didn't use the fftw in matlab..
>> help fftw |
|
l******n
发帖数: 9344 | 4 you do not use the fftw right, the compilor could not fined the definition
of fftw subroutines
check your makefile and directory of fftw3.la
destroy |
|
O******e
发帖数: 734 | 5 For LINKFLAGS and SYSLIB in the makefile, are those really supposed to
be absolute paths? The -L/usr/local/lib looks fine, but these
-L/mpich2-install/build/LINUX/ch_p4/lib/
-L/fftw-2.1.5/
are not right unless you really did install them at the / directory.
Check whether these should be
-L/usr/local/ . . . /mpich2-install/build/LINUX/ch_p4/lib/
-L/usr/local/ . . . /fftw-2.1.5/
or something similar. |
|
l********r
发帖数: 175 | 6 Thanks. I think the fftw-2.1.5 was installed completely. But I still got the
error message complaining about the reference of fftw_destroy_plan and so
on. Reading the fftw.la file, I could see that it just do linking. It did
not list the function as "fftw_destroy_plan" at all. So what else could I do
? thanks again. |
|
l********r
发帖数: 175 | 7 well, there is a test program could be used after installing fftw2. I used
command make test, it passed the test. So I think the fftw was installed
correctly. I don't know how to write a small program to test fftw. Do you
have one to send me so that I could test my installation? Thanks a lot. |
|
k**f
发帖数: 372 | 8 FFTW is an implementation of FFT. If you apply FFT (as defined in the link
below) on a time series, the output has the dimension of angular frequency \
omega.
http://en.wikipedia.org/wiki/Fft
You need to read FFTW's document to find out whether it follows the
definition. |
|
A*g
发帖数: 102 | 9 The fft function in matlab uses fftw too, and it's pre-optimized. |
|
h***z
发帖数: 233 | 10 这种library的问题是最讨厌的, 别忘了把你的fix送给fftw的作者. |
|
l********r
发帖数: 175 | 11 When trying to compile lammps source code using fftw-2.1.5 and intel
compiler, I always got following error message:
fft_3d.o: In function `fft_3d_destroy_plan_c':
fft_3d.c:(.text+0x1788): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft_3d.c:(.text+0x1793): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft_3d.c:(.text+0x17a3): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft_3d.c:(.text+0x17ae): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft_3d.c:(.text+0x17b9): undefined reference to `fftw_destroy_pl |
|
l********r
发帖数: 175 | 12 Hi, In fact, I installed the fftw-2.1.5 several times on Ubuntu system and
by testing it, it looks right. How to make sure it was really installed
correctly? thanks again. |
|
O******e
发帖数: 734 | 13 You need to specify the path for the FFTW library somehow. Try using the
-L compiler option.
destroy |
|
l********r
发帖数: 175 | 14 here is the makefile I used. I installed intel-f and intel-c compiler. My
source code is lammps2001. But I added some programs into it, so it prefer
to use the old edition. Thanks a lot.
# Makefile for Linux cluster
SHELL = /bin/sh
.IGNORE:
# search path for fortran, C, and include files (GNU make specific)
vpath %.c .:..
vpath %.f .:..
vpath %.F .:..
vpath %.h .:..
# System-specific settings
#TARGMACH = -tp p7 #Intel Xeon
TARGMACH = #AMD Athlon MP
# Note: fftw requires a single |
|
l********r
发帖数: 175 | 15 I checked the fftw-2.1.5 and decided to install it again. I used "make
clean" to clean the files I built before. Then did following:
>./configure. by piping the output and reading the output
,it is ok
> make piping and reading the output
carefully, it is also ok.
> make install I changed myself into superuser first, and
piped the output to log.make_install file, which looks ok. but on the
screen, it showed me following |
|
l******n
发帖数: 9344 | 16 do you use the same compilor for installing fftw and compiling your codes?
I once had a problem on this issue.
you said you tested, and it was fine?
the
do |
|
K*****n
发帖数: 23 | 17
directory.
why
some
whether -ldfftw or -lfftw depends on the way you compile fftw. If you
enalbed |
|
l********r
发帖数: 175 | 18 Thanks for all those information. I found that I installed intel-f and
intel-c, but when installing mpich2, I did not specify using ifort. So it
should use the default one: gcc or g77. Could that make trouble for me? I
did not see any choice to install mpich2 using ifort. But for fftw, I used
ifort to install it. |
|
i****r
发帖数: 1803 | 19 FFTW is one of the fastest. And it is free. |
|
c*******h
发帖数: 1096 | 20 谁在cluster上跑过fftw？发现process越多跑得越慢，但因为数据量大没办法只用少量
的process。想找个人讨论一下有没有什么trick |
|
m*****k
发帖数: 58 | 21 我用的是c语言版的fftw3, 可能会不一样.
r2c 是有hermite symmetry. f(-k) = f(k)*, 它的相位是[0, 2\pi*(N-1)/N], r2c 就
会有f(n) = f(N-n). fftw偷懒, 只存了一半的系数, 后一半全是0, 不会有 (0,20,40
)这样的mode.可能是你的计数方式搞错了吧. |
|
w*******U
发帖数: 256 | 22 C语言程序用到 fftw, 如何将 plan 作为参数传递给子程序？下面的调用对么？
int main()
{
void myfun(int n1, int n2, int n3, double *phys, fftw_complex *spec, fftw_
plan pf, fftw_plan pb, ...);
......
int n1=64, n2=64, n3=64;
int n3c, n3r;
n3c=n3/2+1; n3r=2*n3c;
int rank=3, n[rank];
n[0]=n1; n[1]=n2; n[2]=n3;
double *phys; fftw_complex *spec;
phys=(double*)malloc(sizeof(double)*n1*n2*n3r);
spec=(fftw_complex*)fftw_malloc(sizeof(fftw_complex)*n1*n2*n3c);
fftw_plan pf, pb;
pf=fftw_plan_dft_r2c(rank, n, phys, spec, FFTW_MEASURE);
p... 阅读全帖 |
|
i*********d
发帖数: 15 | 23 用了fftw library.
周期为L，样本 为N. 一阶导数对应的是ik*(?)， 试了（2pi/L）,(2pi/N), 也在后面
注意了normalize。结果总是不对，是什
么呀？
谢谢 |
|
s***e
发帖数: 403 | 24 今天收到一封邮件，组里以前一个韩国人问我FFTW怎么用。我就回复了一下。回复以后
我看到邮件之前的内容，里面写了印度阿三告诉他FFTW可以用来做离散fourier变换。
我当时就有点恼火，因为fftw那套东西编程方法是我在组里自己琢磨出来的。然后告诉
了一个我觉得做人很fair的白人。我和那个白人讨论的时候烙印也在场，听到了以后就
开始搞了。然后FFT这套东西他就当成是他的credit了。
看了以后决定反击一下。给老板，韩国人，白人和烙印集体发邮件，内容如下：
These days I am busy working on xxxxxx, so I may not have spare time on our
XXX project. (xxxxx是老板最近催我的，这个xxx project就是老板决定改用fourier
变换的）
Anyway, from previous emails it looks like XXX(烙印名字) have a good
understanding on FFTW. As it is urgent to finish this project, I... 阅读全帖 |
|
n*******l
发帖数: 2911 | 25 网上有人说Matlab的FFT就是调用的fftw, 我用Profile仔细分析了一下我的
Matlab程序，它的FFT的性能是跟fftw一样的。
对于n＝1024， 二维（nxn）的实数数据，12001次FFT 耗时141.538秒。
对于一维FFT，它的运算量是 5N log_2(N). 所以我的程序里的FFFT应该对应
N＝2^_20，它的FLOPS是
5 * 2^20 ＊20*12001/141.538 ＝ 8459 M FLOPS.
同时我的系统对复数进行了12000次IFFT，耗时222.933秒，对应的FLOPS是
5383 M FLOPS。
这基本就是fftw在四核系统里的benchmark值。
这个FFT／IFFT是我的程序的主要部分，耗时占总时间的63%， 所以就算把程
序用C, C++ 或者Fortran重写，也基本没有什么改善了，除非放到更多核的
并行系统上去。要是想要利用GPU，倒腾数据是一个耗时严重的问题，要仔细
考虑一下。 |
|
t**********d
发帖数: 109 | 26 韩国人已经问过老印,然后又回来问你.这不恰恰说明老印不懂你的FFTW?
如果是这样的话, 感觉你把老印阴了,因为你群发信息说老印懂FFTW.
our
fourier |
|
k*****n
发帖数: 42 | 27 离散FFT很简单啊，网上有很多源代码可以调用啊，fftw也就是一个package，调用没啥
难度啊。。。难道fftw的源代码是lz写的？这就NB了。 |
|
s****a
发帖数: 238 | 28 I'd rather use blitz++ as the container, which claims to be as fast as
fortran, and pull out the pointer to data with data() so that gsl or fftw
can use them.
You can also write a wrapper for gsl or fftw, which makes the usage look
more like matlab |
|
M**L
发帖数: 8 | 29 fftw是通用的fft库，有2和3两个接口不一样的版本。
其他的数学库像MKL等都有自己的实现，但接口规范都和fftw一致（可能是2、3之一，
也可能都有）。
虽然是成熟的库，但需要注意FFT的输入参数有很多trick，要小心。 |
|
m********5
发帖数: 17667 | 30 单机是这样？！
太奇怪了，我没单独测试过fftw, 我自己的程序测出来都是MPI慢不少，可能我通讯多
了点。该不会是fftw实现的时候openMP有什么锁，而MPI是都有自己的数据拷贝，没有
锁导致的？ |
|
g****t
发帖数: 31659 | 31 1.
你应该找找10年EE版我讲电源的贴。那时候很多人和你现在的说法都是类似的。几年过
去技术换代，我可以肯定他们所在的公司都在这个圈子消失了。
后来出现的intc turbo boost 的项目，以及最近新闻说的某手机CPU变慢。这些算法相
关部分最早是我写。然后我司business man拿去做生意。现在我们组维护的人也是我培
训的。
2.
自己写多核调度可以提高矩阵运算。原因很简单，mill 优化的assumption不是
在specific的用户层。你的程序知道自己要做什么，所以根据多余的信息，完全可能你
可以进一步优化。
3.
另外回到F#,
FFTW is arguably the world's fastest Fourier transform implementation and is
used in many commercial applications including MATLAB as well as being
freely available and prepackaged for almost all Linux distributions. The... 阅读全帖 |
|
h****y
发帖数: 61 | 32 谢谢～～
由于偶的程序中就只要一次FFT，所花时间也不多，最后偶决定还是用最土的办法，直
接算三重积分得到fourier transform coeffients. 对比用FFT得到的结果，发现两者
还是怎么都对不上，除了常数项外。
对于一个有inversion symmetry的周期性体系的势，做fourier transform 后，起
fourier transform coeffients的虚部应该为零，可 FFT后给出的结果则不是这样的。
偶怀疑到底FFT后直接给出的是不是就是fourier transform coeffients啊？这个FFT变
换后各个fourier transform coeffients究竟是怎么布局的？
一维的FFT情况已经清楚了，我的理解是三维的FFT不就在每一维度上先后做一次一维的
FFT吗？我的程序是用Fortran写的，这也是为什么最初选择用FFTPACK,而没有用FFTW的
原因。对3D的情况，FFTW中可以容易的找出如n1=-2，n2= 2, n3=0 对应的系数吗？ |
|
l******n
发帖数: 9344 | 33 fotran用fftw也很方便呀
你说的这个直接作cos或者sin transform就可以了
fftw里边也有直接的函数可用 |
|
|
q********g
发帖数: 10694 | 35 Core-Shell模型使用dl-poly是最方便了。因此只好用了。
1.确定你的机器安装mpich2，我装的版本是1.2.1p1。compile的时候确定使用--enable
-f90 --enable-cxx FC=(你的fortran编译器）
2.安装fftw，我使用的2.1.5，不确定fftw3是否支持。编译时保证有--enable-mpi --
enable-fortran --enable-threads F77=(你的fortran编译器）。默认安装了双精度之
后。再安装单精度--enable-float --enable-type-prefix。
3. 安装：显卡驱动程序，cudatoolkit与SDK。我使用版本是3.1。root权限下sh ./
cudatoolkit.***.run安装即可。
把以上bin与lib或lib64设置PATH与LD_LIBRARY_PATH环境变量。（版本不一定是越新越
好，主要是看你用的软件写的时候用了什么版本。这里用了老版本主要是和我正在使用
的LAMMPS保持一致。）
把source/CUDA目录下的Makefile_CUDA复制... 阅读全帖 |
|
d********f
发帖数: 43471 | 36 cygwin下面只用两个fftw和lapack两个库，居然两台机器给不同的结果。。。。 |
|
a**********y
发帖数: 2367 | 37 并行计算？are you sure 你使用了matlab的并行计算吗，这个可不是自动的，是需要
编程解决的，matlab的并行很呆瓜，但对于一些固定的计算也可以将就一下
大型的并行计算fft很成熟了吧，并行效率很高，这个据说是最快的，但是你得会用http://www.fftw.org/ |
|
w*******U
发帖数: 256 | 38 it could be better to use fortran or c to call fftw. this should be much
faster than matlab. fortran or c generates binary code whereas matlab runs
line by line and is pretty slow for doing loops. |
|
a********a
发帖数: 61 | 39 Density functional theory 的快速计算一般会用到快速傅里叶变换。快速傅里叶变换
软件 水很深。有非常成熟的软件。不知道楼主的程序是否打败了 现有的 开源实现
FFTW 和 Intel MKL数学库里的实现？ |
|
a********a
发帖数: 61 | 40 如果楼主程序优化水准达到了 打败（比如大部分条件下性能高5%以上吧） FFTW 和
MKL FFT 的程度，找计算机这边的工作应该不是问题。 |
|
m****1
发帖数: 30 | 41 完全对401K没有概念，看到这么多选项，不知道应该怎么选。有那些参数是应该要关注
的，除了回报以外。
多谢版上牛人赐教。
Investments 1 YR 3 YR 5 YR 10 YR Life As of Date
Stock Investments
Large Cap
ALPS/WMC VAL INTSN I
Inception Date 11/02/1998 2.48 20.77 -0.61 4.34 3.35
03/31/2012
MAINSTAY LG CAP GR I
Inception Date 04/01/2005 8.91 23.76 6.90 N/A 8.50
03/31/2012
SPTN 500 INDEX INST
Inception Date 02/17/1988 8.50 23.39 2.00 4.06 9.51
03/31/2012
Mid-Cap
BARON GR... 阅读全帖 |
|
s**u
发帖数: 2294 | 42 麻烦同胞给refer一下，多谢，老婆过几个月要生孩子了，希望尽快解决工作问题，多
谢！
附上我的技术总结供参考。
Skills
• Quick and adaptive learner able to absorb and apply technology to
solve a wide variety of complex problems
• Object-oriented code design and implementation based on software
engineering principles
• Software development using C/C++, Python, Matlab and Fortran 77/
90 in a Unix, Linux or Windows environment
• Excellent knowledge of high performance computing architectures
using Message Passing Int... 阅读全帖 |
|
s**u
发帖数: 2294 | 43 我是化工的博士，但是从本科到博士都修了几乎所有计算机的课程，在博士毕业后在th
计算机做的博后，又去了一个研究机构也做的计算机方面的工作。主要是做高性能计算
，并行计算等，各种语言写程序也不错。
我主要做高性能计算，在并行计算和代码优化方面有很多项目经验。数学基础也比较好
。自己写代码方面，Unix, Linux and Windows; C/C++, Fortran 77/90, Matlab and
Python; MPI, OpenMP, PETsc, Trilinos; gdb, Totalview, Valgrind; Code level
tuning with Vtune and Oprofile; BLAS, LAPACK, FFTW, direct and iterative
solver都没问题。
因为之前想做研究，所以看到一个老师和我可能有互相弥补合作能做好文章，就到美国
来博后了。事实上，因为各有所长，半年了我的东西已经差不多了，可以写文章了，也
是这个领域少有人做的东西。不过因为funding等问题，老板到期不准备再续了。而我
也觉得自己非常希望回到计算机领域... 阅读全帖 |
|
p******t
发帖数: 228 | 44 原来BLAS, LAPACK, FFTW, direct and iterative solver也可以写上啊Orz |
|
l******n
发帖数: 9344 | 45 no way ...
btw, fftw不是那个做离散fft的package? |
|
c**e
发帖数: 2558 | 46 ☆─────────────────────────────────────☆
fftw (angel) 于 (Thu Apr 23 21:51:51 2009) 提到:
★性别:女
★年龄:40
★所在地(起码给出state):弗吉尼亚
★职业情况(学生还是工作):工作
★简单的物理参数(身高cm/体重kg):164/55
★当前婚姻状态(从没结过婚/曾婚/丧偶):从没结过婚
★联系方式(email/IM/站内):f******[email protected]
★血型、星座（optional）：A
性格开朗，温柔体贴，知书达理，文雅、聪颖、健康、乐观向上，待人真诚，有责
任感，喜欢旅游、运动、音乐、阅读等等。由于以前对事业孜孜以求，太忽略个人情感
问题，但我相信爱情和缘分的存在，可惜等待这么多年，一直未能如愿。也许等待不是
唯一的办法，我于是鼓起勇气，开贴征友。岁月渐渐流逝，虽然已经不是如花的年龄，
但却拥有良好的遗传和气质，容貌佳，看起来要比同龄人年轻10岁。本人没有任何感情
上的挫折，也没有任何心理和生理上的问题，拥有一个年轻、善良的心，希望建立幸福
的家庭，愿携子之手， |
|
f***t
发帖数: 50 | 47 我全部下载下来看了，以前听过几节课，现在后悔没有好好听了。
听到fft时，小舒 讲的特别简单，让我顿时觉得fftw的神秘小了很多。
以素数为周期。 |
|
|
|
S******n
发帖数: 5022 | 50 NVIDIA正式宣布CUDA 6：支持统一寻址！
NVIDIA今天(2013-11-15)正式宣布了最新版并行计算开发工具CUDA 6，相比此前的CUDA
5.5有着革命性的巨大进步。
NVIDIA表示，CUDA 6可以让并行编程前所未有的轻松，能够显著节省开发人员的时间和
精力，而通过GPU加速可带来最多8倍于CPU模式的性能提升。
CUDA 6的关键新特性包括：
1、统一寻址(Unified Memory)：
可直接访问CPU内存、GPU显存，无需在彼此之间手动拷贝数据，可在大量编程语言中更
简单地添加GPU加速支持。
其实CUDA 4就开始支持统一虚拟寻址，x86 CPU、GPU内存池可在同一空间内进行寻址，
但那仅仅是简单的内存管理，摆脱不了手动数据转移。
CUDA 6则在现有的内存池结构上增加了一个统一内存系统，程序员可以直接访问任何内
存/显存资源，或者在合法的内存空间内寻址，而不用管涉及到的到底是内存还是显存。
不过注意，CUDA 6并不是完全不需要数据拷贝，只不过将这个工作从程序员那里接过来
自动执行而已，它仍然受制于PCI-E的带宽和延迟，因此和AMD hUMA异构统... 阅读全帖 |
|
