h**********y
发帖数: 1293 | 1 这是link时候的完整命令：
BTW，-L 后面的路径会搜索下面的子目录吗，感觉似乎不行。。
/usr/bin/c++ -m elf_i386 CMakeFiles/foldit.dir/home/xxx/foldit/mini-
interactive-rna/mini/demo/interactive/game_dynamic.cc.o CMakeFiles/foldit.
dir/home/xxx/foldit/mini-interactive-rna/mini/demo/interactive/util.cc.o
CMakeFiles/foldit.dir/home/xxx/foldit/mini-interactive-rna/mini/src/
interactive/util/cwd.cc.o CMakeFiles/foldit.dir/home/xxx/foldit/mini-
interactive-rna/mini/src/interactive/util/local_version.cc.o -o foldit -
rdynamic -L/home/xxx/f |
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w*********g
发帖数: 30882 | 2 基因武器比核弹更可怕
综合《看世界》、《扬州日报）消息，2003年发生的非典疫情，全球确诊8437个病
例，死亡813人。非典病毒若复制成基因武器，将是人类的灾难。这种忧虑绝非祀人忧
天。2006-2007年，以色列科学家奥登里奇将携有名为“以色列急性麻痹病毒”的实验
用蜜蜂带到美国，少数蜜蜂意外逃跑，导致美国35个州的家养蜜蜂一起远走高飞，有些
养蜂场一小时内“出走”的蜜蜂就占到70％以上，造成北美农林产业140亿美元损失。
这种病毒正是奥登里奇研制的基因武器之一！
基因武器有3种类型
基因武器又称遗传工程武器或DNA武器，是采用遗传工程技术，用工程设计的办法
，通过基因重组，在一些致病细菌或病毒中接入能对抗普通疫苗或药物的基因，或者在
一些本来不会致病的微生物体内接人致病基因而制造成生物武器。它能改变非致病微生
物的遗传物质，使其产生具有显著抗药性的致病菌，利用人种生化特征上的差异，使这
种致病菌只对具有特定遗传特征的人们产生致病作用，从而有选择地消灭敌方有生力量。
目前，世界基因武器的发展... 阅读全帖 |
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y*****g
发帖数: 1822 | 3 游戏玩家破解蛋白质谜题，艾滋病研究有望获重大突破
仅用了三周时间，游戏玩家就解决了一个困扰科学家好几年的难题。一群玩家通过玩游
戏发现了一种蛋白质的结构，这种蛋白质在艾滋病毒生长过程中起到了至关重要的作用
。该发现标志着人类有望在艾滋病毒（HIV）和艾滋病（AIDS）研究领域获得重大突破
。这一成果刊登在《自然—结构与分子生物学》
在一款名叫Foldit的游戏中，玩家可以预测逆转录病毒蛋白酶的结构，这种酶在艾滋病
毒复制过程中起到了关键作用。从理论上讲，解开这种蛋白质的结构可以帮助科学家开
发阻止蛋白酶传布的药物。
“很多人尝试通过分子替代的方法解决M-PMV的晶体结构问题，但都失败了，于是我们
向蛋白质折叠游戏Foldit的玩家发起了挑战，让他们制作该蛋白质的精确模型。出人意
料的是，这些玩家制作的模型质量很高，可成功地用于分子替代和结构判断。这种更准
确的结构为设计抗逆转录病毒药物提供了新的见解。”
人类具有空间推理能力，这是计算机所不擅长的。游戏则提供了一个框架，把计算机和
人类的优势整合到一起。Foldit首席设计师Seth Cooper说到。
这项通过Foldit取得的突破不... 阅读全帖 |
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J*V
发帖数: 3150 | 4 基因武器已成为现实。
直言了，2012-03-13 | 2012-03-14 22:05:20。
http://zhiyanle.blog.hexun.com/73735052_d.html
两会上，有代表阐明了转基因技术的危害风险、说明了它可用来做杀伤武器，由此而提
出了中国需要建立“生物国防”体系的建议，其中包括对转基因技术产品的严格检验、
监控乃至限制或禁止等措施的建议。该建议妨碍了转基因既得利益集团的商业利益，于
是，他们雇用的枪手文人接连出来，说转基因技术可制造杀伤武器的说法是“危言耸听
”云云。其实，在美国，用转基因技术搞基因武器不但已经是现实了，而且已经开始公
开征集相关国防用品设计了。故事很多，下面就说最近发生的一个故事。
2012年开始，美国国防系统的“达尔帕”（DARPA）部门公开招标“蛋白折叠”软件设
计，项目名称是“FOLD-IT”（直译：折叠它）。所谓“蛋白折叠”，就是根据某基因
结构而形成某蛋白的过程；该蛋白发挥功能可使某生命体幸存发育或残疾死亡。要实现
某种预期的蛋白折叠，就先要实现某种基因结构。到目前，基因结构设计包括DNA-水平
和RNA-水平的两种设... 阅读全帖 |
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B******1
发帖数: 9094 | 5 A widely-accepted idea is that work and play cannot possibly be used in the
same sentence. Indeed, whoever thought they were must have heard wrong.
Work is something you do so that you have enough money for a decent method
of recreation. However, that is not always the case, as studies have shown
that interest in one’s subject quickens the rate of learning, which is true
if you think about it. If you find something intriguing, you would, at
any rate, be keener to learn about it. If you believe i... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 6 新冠病毒引发的新型肺炎在全球范围肆虐，这使得科研人员加快了研究的速度，这其
中就包括了华盛顿大学的一支科研团队，他们采取了一个新颖的方法 - 通过游戏来研
究新冠病毒。
这款游戏名为《Foldit》，最早于 2008 年推出，本作由华盛顿大学计算机科学、工程
学系和生物化学学系的科研人员联合开发。在游戏中玩家将通过折叠蛋白来研究了解其
结构，而科研人员则针对玩家构造出的蛋白来研究是否能够将其运用到现实的药物中。
华盛顿大学的研究人员表示这是「了解（蛋白质）工作方式，并将其与药物进行结合的
关键」。目前，他们基于新冠病毒而在游戏中加入了新的谜题，由于目前还没有针对该
病毒的疫苗，这也就带来了全新的挑战。
游戏对新冠病毒的描述是这样的：新冠病毒在其表面上显示出一种「钉状」蛋白质，该
蛋白质会与在人类细胞表面上发现的一种受体蛋白质紧密结合。如果我们能够设计出一
种与这种冠状病毒刺突蛋白结合的蛋白，那么它就可能可以用来阻止与人体细胞的相互
作用，进而阻止感染。
这十多年来，《Foldit》确实在研究方面为科研人员带来了很多帮助，根据开发者的说
法，现在还有成千上万的人在玩《Foldit》，而他... 阅读全帖 |
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d*****0
发帖数: 68029 | 7 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: daemonself (mit行为艺术专业博士后导师), 信区: Joke
标 题: 网游玩家破解蛋白质结构 结果获得科学验证认可
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Sep 21 01:01:05 2011, 美东)
网上玩玩游戏就可以在著名的英国《自然》系列学术刊物上发表论文？这听起来非常不
可思议，但《自然・结构和分子生物学》杂志近日发表了这样一篇有网络游戏玩
家署名的论文：《蛋白质折叠游戏玩家揭示一种单分子逆转录病毒蛋白酶的晶体结构》。
文中提到的蛋白质折叠游戏名为Foldit，是美国华盛顿大学研究人员开发的一款具有浓
厚科学色彩的网络游戏。游戏玩家要做的是，在给定一个目标蛋白质后，在遵守科学规
律的前提下，用氨基酸如搭积木一样把目标蛋白质“搭建”出来。
玩这个游戏其实不需要太多科学知识，只要遵守预先设定的规则就行。玩家每次游戏成
功都可获得积分，提升自己在游戏世界的知名度，碰到难题时还可以在网上和其他玩家
交流。
此次被破解结构的蛋白质名为M-PMV，是一种与猴类艾滋病病毒有关的蛋白质。科研人
员一直没能... 阅读全帖 |
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d********f
发帖数: 43471 | 8 网上玩玩游戏就可以在著名的英国《自然》系列学术刊物上发表论文？这听起来非常不
可思议，但《自然・结构和分子生物学》杂志近日发表了这样一篇有网络游戏玩
家署名的论文：《蛋白质折叠游戏玩家揭示一种单分子逆转录病毒蛋白酶的晶体结构》。
文中提到的蛋白质折叠游戏名为Foldit，是美国华盛顿大学研究人员开发的一款具有浓
厚科学色彩的网络游戏。游戏玩家要做的是，在给定一个目标蛋白质后，在遵守科学规
律的前提下，用氨基酸如搭积木一样把目标蛋白质“搭建”出来。
玩这个游戏其实不需要太多科学知识，只要遵守预先设定的规则就行。玩家每次游戏成
功都可获得积分，提升自己在游戏世界的知名度，碰到难题时还可以在网上和其他玩家
交流。
此次被破解结构的蛋白质名为M-PMV，是一种与猴类艾滋病病毒有关的蛋白质。科研人
员一直没能探明它的具体结构。华盛顿大学研究人员于是把这个蛋白质设为目标，放入
Foldit游戏中。没过多久，就有玩家找出了可能的氨基酸组装方式。
华盛顿大学研究人员随之用X射线等对游戏玩家给出的结果进行了验证，发现这个玩出
的结果是准确的。于是在有关论文的作者中，出现了Foldit游戏中... 阅读全帖 |
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m*****u
发帖数: 15526 | 9 新华社伦敦9月19日电(记者黄堃)在网上玩玩游戏就可以在著名的英国《自然》系列学
术刊物上发表论文？这听起来非常不可思议，但《自然·结构和分子生物学》杂志近日
发表了这样一篇有网络游戏玩家署名的论文：《蛋白质折叠游戏玩家揭示一种单分子逆
转录病毒蛋白酶的晶体结构》。 www.6park.com
文中提到的蛋白质折叠游戏名为Foldit，是美国华盛顿大学研究人员开发的一款具
有浓厚科学色彩的网络游戏。游戏玩家要做的是，在给定一个目标蛋白质后，在遵守科
学规律的前提下，用氨基酸如搭积木一样把目标蛋白质“搭建”出来。 www.6park.com
玩这个游戏其实不需要太多科学知识，只要遵守预先设定的规则就行。玩家每次游
戏成功都可获得积分，提升自己在游戏世界的知名度，碰到难题时还可以在网上和其他
玩家交流。 www.6park.com
此次被破解结构的蛋白质名为M-PMV，是一种与猴类艾滋病病毒有关的蛋白质。科
研人员一直没能探明它的具体结构。华盛顿大学研究人员于是把这个蛋白质设为目标，
放入Foldit游戏中。没过多久，就有玩家找出了可能的氨基酸组装方式。 www.6park.
com
华盛... 阅读全帖 |
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g********d
发帖数: 4174 | 10 Online gamers help UW researchers solve AIDS mystery
Puget Sound Business Journal
Date: Monday, September 19, 2011, 4:53am PDT
University of Washington University of Washington Latest from The
Business Journals Pac-12 could become Pac-16Behind the Scenes with Patti
PayneUW No. 42, WSU No. 115 on college ranking list Follow this company
researchers have teamed up with gamers to make a breakthrough in AIDS
research that could unlock new drug treatments.
TechFlash reports the game at the center ... 阅读全帖 |
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t******g
发帖数: 17520 | 11 Using a game called Foldit, gamers build enzyme models that may be crucial
to understanding how many diseases do their damage. Scientists couldn’t
solve the crystal structure of the M-PMV retroviral protease for more than
10 years. Gamers solved it in 10 days. Zoran Popovic is one of the
conceptual designers of Foldit - a kind of 3 dimensional Tetris.
http://www.msnbc.msn.com/id/44668197/ns/local_news-new_orleans_ |
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s********n
发帖数: 2939 | 12 Protein engineering满大街都在做，大部分都是修修补补，只有几个小组是真正在做
de novo design，他是#1。他的报告让我印象最深的有两点：
1. de novo design - 他有一个protein scafolds的数据库，里面的scafolds都已经通
过实验证明是可以表达，而且与预测结构相符合的。然后分析target reactions的
transition stages，提出可能的catalytic residues和binding residues及其空间分
布，然后就从数据库里调scafolds，找到能够维持催化和底物结合构象的scafolds，一
般有好几十个candidates，然后就是实验验证了（基因合成，蛋白表达和活性测定）。
一般能够得到Kcat/Km=1E4-1E5的artificial catalysts，这就差不多是catalytic
antibodies的水平了，当然离天然酶还挺远（1E8 - 1E12），但可以以此为模板做
directed evolution。感觉其最重要的一点是在于可以设计一些biocatalysts... 阅读全帖 |
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I*****M
发帖数: 622 | 13 这个关于FoldIt是游戏玩出来的是骗人的claim。就是大家贡献computing resources而
已。
小朋友的文笔和词汇量很赞。 |
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k******s
发帖数: 237 | 14 不要这样讲。 有一个game 叫Foldit就是玩game, design to solve cancer protein
folding problem. Winner is a teen boy, his solution is used in medicine to
cure cancer. |
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s***l
发帖数: 2236 | 15 ☆─────────────────────────────────────☆
kclskcls (kclskcls) 于 提到:
学校教的数学被数学家批评不是数学， 语文被语言家批评不是学语言 ，SOCIAL,
history被批评是 biased， 教育被教育学家批评摧残人性， 我还没看到批评其他学科
的书。 High stake standardized test批评最厉害， 指责迫使老师只教考试内容，
不考试的就不教。 现在是COMMON CORE， 不知道又被批评什么样。 有没有道理，个人
见地不一样， 我觉得这些批评家讲的有些道理。
该如何教, 个人有个人的教法, 各有好坏，我不做评论. 但我对的成功的教育很明确.
1. 智力成功 比较客观， 比如好的SAT的成绩 ,竞赛获奖
2. 精神成功 比较主观， 比如活的开心. 除了Golden Rule外, 个人的定义差异很大.
从有人开始哲学家就争这个问题。 我的标准只要自己觉得开心就好 。
至于HOMESCHOOL， 还是去学校 ，或是别的方法，我没异议。只要教育达到这个目标，
我定义教育就成功了。拿这把尺去... 阅读全帖 |
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r***v
发帖数: 12658 | 16 网络游戏。。。其实文中说的这个Foldit不能算是个游戏，应该算是个模拟蛋白结构的
专业软件。
只不过里面有一项功能是用户通过调整结构使得蛋白结构趋于稳定，用一个数值来体现。
我旁听的一门课还用这个软件来着
结课的时候就是给一段序列，学生老师助教一起，看谁能得到最低的数值（软件认为最
稳定的结构） |
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C******n
发帖数: 9204 | 17 其实foldit的玩家是被nature上的。。。 |
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k**********g
发帖数: 989 | 18
Try to combine computer graphics with interactivity and problem solving,
such as Foldit |
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s********n
发帖数: 2939 | 19 你可以下载一个3D structure的viewer，如PyMol, foldit都可以，导入你的蛋白A的结
构，然后显示那段序列就可以了。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 20 FoldIt的成功某种程度上说明，目前在生物信息领域，最实际有效的方法仍然是semi-
supervised method，但一两个人的力量还是太弱小，一旦通过网络的方式扩散，那确
实威力无穷。
你上次遇到的那个多肽数据库的问题，类似的方案没准也能解决，呵呵 |
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K**4
发帖数: 1015 | 21 谁给科普一下
这个foldit怎么看着还是profile search指导的同源模建呢？
人们平时也是这么做的阿
我感觉这个idea的特别之处就是，鼓励其他人参与这些手工的模建部分
对不对？
com |
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V***b
发帖数: 3419 | 22 Baker上次来我们这里做讲座，后半段大谈Foldit players，强调大家要share
receipes，不要关门造车，搞垄断。你们怎么就说Baker砸了别人的饭碗呢？
另外Baker也没有你们说的这么神乎吧？最后提问阶段好几个问题都没搞定。蛋白预测
和设计还是很初级的阶段。 |
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