c***d
发帖数: 142 | 1 最近投序列到GenBank，会不会暂时拿不到序列号？ 试过的人说说。 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 2 最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Molecular Virology and Microbiology,
Baylor College of Medicine上学或者工作。
至于他对新冠病毒的... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 3 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 4 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 5 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
|
|
n********n
发帖数: 8336 | 7 http://www.bydnacoding.org/WHY.html
客观地说，进化论诞生一百多年来，经历了无数的争辩，每次都以进化论的胜利告终。
因此，进化论在生物科学界，被认为是无可争辩的真理。
人们不禁要问，你们凭什么可以倾覆进化论？
我们的回答是：仅仅凭着两件简单的武器，这就是DNA编码和中学级别的数学。DNA编码
来自基因银行（美国NBIC GenBank）；数学是指数、对数运算和骰子理论。
就人类而言，DNA编码包含着人类全部的遗传信息。是DNA编码承载的“物质的遗传信息
”决定了人体和人体生理特征；“非物质的遗传信息”表达出人的聪明、智慧等特征。
DNA编码表达的事实，和进化论完全对立。而数学是DNA解码的有力武器，因为数学能最
深刻、最直接地表明哪些是不可能产生的假说，哪些是必然发生的事实。
“数学不是理论的构建者，也不是假说，但是，它却是理论和假说的法官、是理论和假
说必须服从的裁判者。没有数学的认可，既没有规律可以遵守，理论也得不到解释。”
( 美国数学家、天文学家，本杰明·皮尔斯Benjamin Peirce ,1809 – 1880）
“neither is ... 阅读全帖 |
|
f*****h
发帖数: 228 | 8 给你贴了吧，大家想用都可以
#!/usr/bin/perl -w
#############################################
#Author: Jiang Li
#email: r**********[email protected]
#Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
#Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
#############################################
use strict;
use warnings;
=pod
=head1 SYNOPSIS
Given a genbank format file (.gb), parse its feature parts (mRNA feature to
get exon regions) to get information like transcript id, gene name, etc.,
and store the result in gtf format
=he... 阅读全帖 |
|
l****u
发帖数: 46 | 9 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
Sequence Read Archive (SRA) and Trace Archive repositories have been
discontinued
Due to budget constraints, NCBI will be discontinuing its Sequence Read
Archive (SRA) and Trace Archive repositories for high-throughput sequence
data. Closure of the databases will occur in phases. SRA and Trace will stop
accepting some types of submissions in the coming weeks, and all
submissions within the next 12 months. Over the next several months, NCBI
will be working with sta... 阅读全帖 |
|
H***u
发帖数: 1091 | 10 https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/11227/why-does-the-wuhan-
coronavirus-genome-end-in-aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
Why does the Wuhan coronavirus genome end in
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa (33 a's)?
The Wuhan coronavirus's genome was released, and is now available on Genbank
. Looking at it...
1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct
61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact
121 cacgcagtat aattaataac taatta... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 11 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 12 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 13 Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pandemic caused by severe acute respirator... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 14 Moderately Strong Confirmation of a Laboratory Origin of 2019-nCoV
jameslyonsweiler in Cures February 2, 2020 585 Words
Moderately Strong Confirmation of a Laboratory Origin of 2019-nCoV
On the Origins of the 2019-nCoV Virus, Wuhan, China
James Lyons-Weiler, PhD
Dr. Marc Wathelet commented that he was puzzled about my report of a spike
protein gene homologous to part of the pShuttle-SN vector, given that spike
glycoproteins are found in bat coronavirus. He urged me to analyze the
homology (seque... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 15 相比较而言，石正丽的《Bat origin of human coronaviruses/蝙蝠是人类冠状病毒的
来源》是扎扎实实的抓蝙蝠，解剖蝙蝠，分离病毒，对比DNA,RNA后得出得结论。
请lobbock读一读，说一说，走两步！
http://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12985-015-0422-1
Review
Open Access
Published: 22 December 2015
Bat origin of human coronaviruses
Ben Hu, Xingyi Ge, Lin-Fa Wang & Zhengli Shi
Virology Journal volume 12, Article number: 221 (2015) Cite this article
Abstract
Bats have been recognized as the natural reservoirs of a large variety of
viruses. Special attention has ... 阅读全帖 |
|
|
d******e
发帖数: 1424 | 17 看过这样一篇文章，讲的也就是这些，蛮有意思的：
*****************************************************************************
海龟成精是海鳖，土鳖成精是土龟
在海外获得博士学位，然后回国谋职工作的人被称为海龟（即海归），叫海龟比叫
海归要亲切一些，也更容易和国内的土鳖类比。如果海龟的学士和硕士也是在海外完成
的，这种海龟被称为纯种海龟。
叫海龟也更客观，更科学一些。海龟可以游来游去，这就是所谓的来去自由。如果叫海
归，那就得像钱学森、钱三强他们一样，再也不离开了。
为什么要用“谋职”呢？
时代变了，用词也变了。白求恩当年来中国，是毫不利己，专门利人。现在外国人来中
国工作，必须要有政府的工作许可证。以前要工作做，那叫干革命。现在如果有人闹腾
，要工作干，则被称为上访。
土鳖是相对海龟而言的。凡是在中国本土获得博士学位者，被称为土鳖，具有土生土长
的意思。
海龟习水性（外国的一套），土鳖习土性（本土的一套）。
“水性”斗不过“土性”，这就是为什么再大的航空母舰也会有沉没的危险的道理，陆
地的阵地是最坚固... 阅读全帖 |
|
l******n
发帖数: 520 | 18 最近实在太多人跟我要PL。。。也很多人跟我要review。。。
(一)PL
PL涉及太多个人信息，删除这些个人信息后我觉得实在没什么借鉴意义。我是如何写PL
，在前贴也有讲过。现将我的PL中大家可能参考的部分贴上来（主要是开头和结尾几个
段落），至于中间部分，我觉得真的需要自己根据自己的研究项目好好写，多写，多改
，找不同的人帮看，提意见，别的没有什么好办法。
（二）review
这个比较容易攒，大家也很下功夫。但是我的原则是我不会找研究领域跟稿件差别大的
reviewer。而且我接的稿子非常少，希望大家理解。
最后祝大家好运！
Feb 23, 2011
RE: I-140 Immigrant Petition for Alien of Extraordinary Ability
Petitioner/Beneficiary: Dr. Pig Monkey, PhD
Classification Sought: 203(b)(1)(A)
Dear Immigration Officer,
... 阅读全帖 |
|
m*n
发帖数: 695 | 19 我觉得不如版上样本的总结得更详细些。律师们都要给我寄材料了。我说还得再改改这
个ｌｉｓｔ，他们就给我回信说，
" Also you don't have to change the List of Documents a lot because I use
this kind of list for all successful NIW, EB-1a and EB-1b cases."
烦请前辈们给提提意见。
谢谢！
LIST OF DOCUMENTS:
1. FORMS G-28, I-140 AND ETA-750B, A CHECK FOR $580.00;
2. COVER LETTER;
3. DR. XXX’S ACADEMIC CREDENTIALS
AND CURRICULUM VITAE;
4. LETTERS FROM EXPERTS IN THE FIELD;
5. PUBLICATIONS BY DR. XXX;
6. PRESENTATION AND ABSTRACTS;
7. ... 阅读全帖 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 20 最近处理一些数据，鉴定到了几百个unique的transcripts，对应一百来个基因。这样
很多
transcripts其实是一个gene的不同isoform。现在因为要annotate这些isoform而有些头
疼。
1. 哪里有高质量又比较全的isoform数据呢？
我希望用已知的isoform的一个集合做reference，来确定我们鉴定的isoform，哪些是
之前已
经被发现的，哪些是我们新近鉴定出来的。
我个人喜欢用RefSeq数据，但是挑了几个基因，发现RefSeq记录的isoform数量还是挺
少的。
UCSC Known gene没有经过human curation，很多记录仅仅基于genbank数据。我担心会有
很多artificial的序列
GenCode/ENSEMBLE 数据，一直没太搞明白，Gendoce的level 1+2的数据似乎质量还可
以，
但是也不知道他们具体的annotation的流程
CCDS似乎就是ENSEMBLE和RefSeq的交集，coverage估计是个问题
Alternative Splicing的数据我不太熟悉，看过一些数据库，很... 阅读全帖 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 21 科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因
2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅
狄格大学的遗
传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库
中的大约
1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因组数据受到了人类DNA的污染，样品处理有可能是
导致DNA数据
库广泛污染的最主要原因。这一研究报告引起了生物研究人员及各大权威媒体的高度关
注，《科学
家》（The Scientist）杂志以及《自然》（Nature）杂志均在其官方网络上第一时间
对这一事件
进行了报道。
Mark Longo等在报告中呼吁科学家们需更加努力以确保测序获得的基因组不受到污染，
并应对来自
公共基因组数据库的基因组进行潜在污染检测。
“基因组污染是一个大问题，但却不是一个新问题，”加州大学进化生物学家、美国能
源部联合基因组
研究所系统发育基因组学计划负责人Jonathan Eisen说：“这篇论文或可帮助提醒人们
注意这一问
题。”
污染有可能在测序的任何一个阶段导入到基因组序列中... 阅读全帖 |
|
T*********l
发帖数: 298 | 22 谢谢热心的大姐姐。5个大包子送上！
其实我要的是这样的file:
MicrobesOnline ID Locus tag Alternative locus tag gi strand
begin end name desc COG EC num evidence
VIMSS565331 PMED4_00001 PMM0001 33860561 + 174 1331
dnaN DNA polymerase III, beta chain COG592 2.7.7.7 GenBank/
CRITICA/GLIM2/GLIM3
VIMSS565332 PMED4_00011 PMM0002 33860562 + 1333 2040 NA
conserved hypothetical protein NA NA GenBank/CRITICA/GLIM2/
GLIM3 |
|
U******m
发帖数: 2349 | 23 什么白痴审稿人！GenBank一看，什么玩意儿，直接咔嚓掉。:D
你就把序列发给审稿人，告诉ta你这序列和GenBank里哪个已知序列从某位置到某位置
完全一致。 |
|
d******a
发帖数: 32122 | 24
Nature 431, 302-305 (16 September 2004) | doi:10.1038/nature02878; Received
28 April 2004; Accepted 20 July 2004
Genetic evidence supports demic diffusion of Han culture
Bo Wen1,2, Hui Li1, Daru Lu1, Xiufeng Song1, Feng Zhang1, Yungang He1, Feng
Li1, Yang Gao1, Xianyun Mao1, Liang Zhang1, Ji Qian1, Jingze Tan1, Jianzhong
Jin1, Wei Huang2, Ranjan Deka3, Bing Su1,3,4, Ranajit Chakraborty3 & Li
Jin1,3
State Key Laboratory of Genetic Engineering and Center for Anthropological
Studies, School of Lif... 阅读全帖 |
|
b*********3
发帖数: 1709 | 25 又来了！生物和心理的双重恐吓
谐和。
2020.01.21.
转一篇目前引起恐慌的短文
转：通过与我们NIH基因库(GenBank)里基因序列的比对，现在基本可以确定武汉发现的
新型冠状病毒就是南京军区军事医学研究所和第三军医大学2018年1月联合发布的中华
菊头蝠（在舟山捕获）所携带的SARS病毒的同源病毒！两者除了88%的序列相似度之外
，其特异标志性的ORF-8基因片段相似度高达94.2%！而且与2003年的非典SARS病毒(源
于云南中华菊头蝠)序列也有80%的相似度！所以，此次武汉暴发的新病毒属于SARS样或
者类SARS的2b组的Beta冠状病毒！由于南京军区军事医学研究所2018年初时即已明确报
导该病毒具有跨种属的传染性(人传人)，所以一定不能掉以轻心！目前统计该病毒感染
后重症率为14%，致死率4%。已发现有集聚性(即整个家庭感染)。重点防控地点应为农
贸市场，其中野生动物、禽畜等是重要源头之一！各位一线的朋友好自为之！
转文中提及的NIH 是美国国立卫生院的缩写（相当于中国卫生部和中国医学科学院加在
一起），美国佬这么快就“发现”了？！ 他们把这个正在引起恐慌的东西... 阅读全帖 |
|
s***d
发帖数: 15421 | 26 冬天吃狗肉是湖北湖南广西云贵的传统啊。
某一线钱佬微信纪录
武汉的病毒性肺炎，看rtpcr的数据和体外实验，只知道在狗的细胞里可以完整复制后
，可以非接触空气传播人和狗，在人的细胞中不完全复制，所以不人传人也叫有限人传
人，也就是说发病的人无法传染，携带病毒的可以传染，所以被他传染的无法再传染他
人，最近千万不要虐狗，接触狗的过程很高概率被传染。香港和武汉的RTPCR数据完全
不同。香港是流感有神经氨酸酶位点。武汉是冠状病毒。没有氨酸酶表达，武汉这个不
可以人传染人，狗和狗的传播。可以鸟媒或者人媒，可能眼部接触飞沫传染。不过狗传
染人只能空气和接触，新型冠状病毒的基因组序列已保存在 GenBank（登录号为
MN908947）上，可随时下载、共享及分析此数据。
下载链接：
http://virological.org/t/initial-genome-release-of-novel-coronavirus/319?from=timeline |
|
发帖数: 1 | 27 武汉封城病毒疑似人造
网络上有知情人爆料称：“武汉的类SARS冠状病毒就是来源于中共军方2018年从舟山蝙
蝠身上发现并分离的新型冠状病毒。病毒序列可以在美国国立卫生研究院的基因子据库
找到（NIH的GenBank)，由南京军区军事医学科学研究所递交。并且通过技术故意更改
舟山蝙蝠病毒，适于人类传播的新病毒。2003年SARS病毒被证实来自2013年发现的云南
蝙蝠病毒，其中一个证据就是RdRP基因（作用是适应宿主身体的基因）达到87-92%的相
似度。”
南京军区的 |
|
发帖数: 1 | 28 武汉封城病毒疑似人造
网络上有知情人爆料称：“武汉的类SARS冠状病毒就是来源于中共军方2018年从舟山蝙
蝠身上发现并分离的新型冠状病毒。病毒序列可以在美国国立卫生研究院的基因子据库
找到（NIH的GenBank)，由南京军区军事医学科学研究所递交。并且通过技术故意更改
舟山蝙蝠病毒，适于人类传播的新病毒。2003年SARS病毒被证实来自2013年发现的云南
蝙蝠病毒，其中一个证据就是RdRP基因（作用是适应宿主身体的基因）达到87-92%的相
似度。”
南京军区的 |
|
d****o
发帖数: 32610 | 29 下面不是解释了吗
wuhan-
Genbank |
|
发帖数: 1 | 30 尼玛的，polyA都不知道啊
wuhan-
Genbank |
|
|
C*I
发帖数: 4736 | 32 而华南农业大学更有趣，他们看到了了前几天也是google了国际基因库 GenBank 的资
料后，爬在桌子比较了半天，就开记者会，说我们呀，发现了穿山甲是病毒的原始宿主
。让后被取笑后，这两天也和那个马来西亚本科学生一样，把他们的比对结果自己也
upload到了bioRxiv上了。
这一下，廊坊的没有逼装逼的五毛就开始抱团庆祝，大事张扬是最权威的研究成果，定
论了，实锤了。 还和那个马来西亚本科学生一样，把比对结果弄了个图，用来装逼忽
悠社会，大肆造谣，误导试听。
麻痹的，他娘不让怪美国了，就又怪马来半岛，太滑稽，太无耻，太搞笑了！ |
|
发帖数: 1 | 33 “Data that support the findings of this study have been deposited in
GenBank database with the xxxx-xxxx accession codes and SRA database with
xxxx-xxxx accession codes”
这是什么意思啊？ |
|
x********e
发帖数: 35261 | 34 变动时间大概在今日0点到2点之间。因为有几个数据点我的annotation有问题我返回
GISAID核查，发现数据变动了。左边是变动前的截屏，右边是现在的截屏。除了对照
CDC新闻做annotation，我把NCBI GenBank#也加进去了。曾经上传了数据的2名加州撤
侨患者和德州游轮第一名确诊数据都被禁了。GISAID显示总样品数仍是108，但
phylogeny上不显示这三点。另外，NCBI上也没有这三名患者的基因组。相当于美国CDC
偷偷把这三名开除美国籍了？ |
|
x********e
发帖数: 35261 | 35 **************************前言******************************
这个数据分析是受到华农最新文章的影响。初心是想独立验证一下华农文章里分组的合
理性已经对病毒起源演化的推论。华农文章掀起了一股“美国投毒阴谋论”。我个人立
场是，我只做数据分析并进行有限推测，如果数据不足或者采样有偏差，我倾向于等信
息更充分再更新结论。
**************************原帖******************************
我抽空利用GISAID的数据库和美国官方发言做了个比对，锁定“零号”病人。顺带证明
一下我一个月之前所说加州要沦陷的预言。再顺便评两句华农新文章的准确度。
Figure1：我把GISAID 108个病毒基因组按照divergence cluster，得到两个分型很独
特的clade。
发散状的clade对应华农的C group，树状分支的clade对应B group。每一支是一个样品
，包括107个病人样品和1个海鲜市场的环境样品。支的长度代表分化程度。注意！这图
只是按分化程度作图，并不等于中心点是“... 阅读全帖 |
|
|
n*********8
发帖数: 1137 | 37 美国病毒改造监控计划始末：为改造全新病毒 从中国拿走上万件样本？
送交者: 两极的世界[♂★★★声望勋衔13★★★♂] 于 2020-02-29 17:41 已读 469
次 大字阅读 两极的世界的个人频道
“最危险的人造病毒”：病毒学家争相改造病毒研究引发公共安全担忧
2014年10月17日下午，病毒学家Ralph Baric博士没有照例来到他在北卡罗来纳大学教
堂山分校的实验室，他正在为自己女儿周末的婚礼做最后的准备。 此时的他并不知道
，奥巴马政府由于对实验室使用SARS, MERS和流感等病毒，进行功能获得性(gain of
function)改造的研究，对公共健康构成的潜在威胁的担忧，通过白宫科技政策办公室
联合美国卫生与公众服务部发布禁令，宣布中止对类似研究的资金资助[1]，并要求相
关领域的研究人员立即停止相关的研究，直到研究项目的风险和收益被美国国家生物安
全科学顾问委员会(NSABB)和美国国家学院国家科学研究委员会(NRC)的专家进行评估后
方可继续[2]。
这其中就有武汉病毒所石正丽博士的研究团队与Ralph Baric博士的合作项目：一个正
在进... 阅读全帖 |
|
d*********o
发帖数: 6388 | 38 http://science.caixin.com/2020-03-20/101531574.html
【财新网】（记者 杨睿）新冠病毒在繁殖倍增的过程中若发生了基因突变，会否影响
其感染能力？3月17日，论文预印平台bioRxiv上发表了一篇与新冠病毒的受体结合结构
域（RBD）突变有关的研究，称突变增强了新冠病毒表面刺突蛋白的结构稳定性，突变
病毒株与受体结合的亲和力显著增强。论文作者强调，病毒的传染性还受其他因素的影
响，尽管如此，传染性提高应该是大概率事件。
这篇题为《从流行的新冠病毒序列中发现的RBD突变会增强刺突蛋白结构稳定性及
传染性》的论文，由南方医科大学公共卫生学院教授张其威、暨南大学生命与健康工程
研究院张弓共同担任通讯作者。研究团队从公共数据库（NCBI GenBank和GISAID等）下
载了244条新冠病毒毒株的基因序列全长，并筛选出S蛋白及其RBD区域发生突变的序列
进行分析。从研究者绘制的毒株序列分布地图来看，现阶段这244个新冠病毒毒株中绝
大多数毒株的S蛋白受体结合结构域（RBD）没有发生突变。只有10条序列在RBD区域存
在氨基酸突变，它们分别采集自... 阅读全帖 |
|
b*********3
发帖数: 1709 | 39 ‘Scientists knew the risk – urgent action was needed’
When coronavirus reared its ugly head, there was plenty of early warning.
Alex Azar, the health and human services secretary, became aware of the
outbreak of a virus in China as early as 3 January.
By 5 January scientists in Shanghai had obtained a complete viral genome
from an infected patient and reported it immediately to GenBank, the genetic
sequencing database of the US National Institutes of Health (NIH). By early
February, scientists w... 阅读全帖 |
|
b*********3
发帖数: 1709 | 40 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: beijingren3 (), 信区: Military
标 题: 又来了！生物和心理的双重恐吓
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 21 19:24:01 2020, 美东)
又来了！生物和心理的双重恐吓
谐和。
2020.01.21.
转一篇目前引起恐慌的短文
转：通过与我们NIH基因库(GenBank)里基因序列的比对，现在基本可以确定武汉发现的
新型冠状病毒就是南京军区军事医学研究所和第三军医大学2018年1月联合发布的中华
菊头蝠（在舟山捕获）所携带的SARS病毒的同源病毒！两者除了88%的序列相似度之外
，其特异标志性的ORF-8基因片段相似度高达94.2%！而且与2003年的非典SARS病毒(源
于云南中华菊头蝠)序列也有80%的相似度！所以，此次武汉暴发的新病毒属于SARS样或
者类SARS的2b组的Beta冠状病毒！由于南京军区军事医学研究所2018年初时即已明确报
导该病毒具有跨种属的传染性(人传人)，所以一定不能掉以轻心！目前统计该病毒感染
后重症率为14%，致死率4%。已发现有集聚性(即整... 阅读全帖 |
|
e******6
发帖数: 6 | 41 Job Description
Cooperation Introduction
GenScript is a contract research organization (CRO) specialized in
biological research and drug discovery services. Ever since its inception in
2002, GenScript has experienced rapid, constant, and organic growth. Now
GenScript has become a leading biology contract research organization (CRO)
in the world, with a global operating team of over 900 dedicated scientists,
staffs.
Headquartered in Piscataway, New Jersey, GenScript has become a leading
Biology C... 阅读全帖 |
|
o**********y
发帖数: 334 | 42 那种一个submission就好几百页的，怎么打印啊？能不能一张纸多打几页？
谢谢！ |
|
|
|
o**********y
发帖数: 334 | 45 律师的单子里有这条。回头问问他。大概也算contribution？ |
|
o*********r
发帖数: 446 | 46 应该只需打前一两页和有你名字的那页就行了，highlight任何有帮助的东西，IO才没
时间看全那玩意儿。
你能查到谁在paper里用过你的sequence／anotation数据，claim那个可能更有用。实
在不行，看看seqanswer或者bioconductor是不是有人说过。 |
|
w********a
发帖数: 324 | 47 1）如果reviewer的comments中有对文章很positive的评价，可以（放在contribution
里面？）吹吗？如何证明呢？是把reviewer comments的原始邮件打印出来吗？但是这
样的话，reviwer同时还提了一些尖锐的问题，岂不是一起打印出来了？
2) 学微生物的， 如果文章被列在NCBI中某个菌种的Genome sequence主页上作为
reference了（不是原始的那个介绍genome sequencing的文章），可以拿来吹吗？（看
到前面有人发帖问如何打印Genbank submission，不知道是什么情况？）
谢谢！ |
|
m******2
发帖数: 1056 | 48 诶，别这样，别慌。
我觉得你不差钱的话可以试试看1a，我同意ls的，你引用少了点，但是看其他的还不错
，你能挖挖有啥特殊的东西么？比如有没有啥杂志highlight你了什么政府文件用你了
之类的，就跟昨天那个问genbank的老兄一样。
但是其实公司这种地方出文件，都tm不情不愿，都差不多。
忍忍哈，忍忍过去了就好了。
加油哈！
话说你是1b，我一直以为你是1a。 |
|
|
|
