y***i
发帖数: 11639 | 1 我们有这样的老鼠的gene expression array 数据：
1. Control cell with geneA
2. Control cell knockout geneA
3. Tumor cell with geneA
4. Tumor cell knockout geneA
1~2 样本是配对的，3~4样本是配对的。第二张图的连线情况就是配对情况
PCA 的图和基因表达分析吻合的有两点：
1. control 和 tumor 基因表达pattern大不相同，基因分析结果也吻合：比较这两者
时有上千的基因显著的up or down regulated （比较红色和蓝色）
2. PCA 显示Normal sample中有无GeneA，基因表达变化不大。这个和array分析结果也
吻合。（比较红方块和红小球）
但有一点PCA 的图和基因表达分析不吻合：
1. PCA 显示 在tumor中有没有GeneA，表达pattern也应该有相当显著的区别，但我用
fold change>3; FDR<0.05的阈值算，只有58个基因有显著变化。（比较蓝方块和蓝小球）
奇怪的是当我把所... 阅读全帖 |
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W*T
发帖数: 359 | 2 谢谢大家的鼓励。
说几句如何写推荐信。 我想每一个人其实最了解自己工作的还是你自己，所以你可以
list你的工作的主要贡献，然后让相关的人给你推荐信。结合自己的例子我具体的说一
下如何做。
geneA was fist identified in GWAS study to associated with human disease N,
but it is biological function in human disease is unknown as GWAS could
generate false positive results. So my work provide the first evidence that
how geneA cause human disease N.TO Make this a strong point, I ask the
corresponding author of GWAS paper (science), professor A to give a
evaluation of my work,luckily the senior a... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 3 在一个endogenous site
想knock-in一个 GeneA-IRES-GeneB-polyA
理想状况下Gene A和GeneB会在一个大mRNA上分别translate出来
现在面临的问题是，理论上说，核内有一套和核外不同的non sense mediated decay机
制，负责降解stop code和polyA离得太远的情况。 在我的case里GeneA的stop code和
polyA是很远的，因为中间隔了一个IRES，
问问有经验的同学，这种情况下geneA有危险么？ |
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G***G
发帖数: 16778 | 4 hi
can anyone give us a definition of co-expression?
suppose we have two gene expression across 6 samples.
geneA expression={a,b,c,d,e,f}
geneB expression={A,B,C,D,E,F}
if corr(geneA,geneB) = 1, we say they are co-expressed.
if it is -1, can we still call it as co-expressed? |
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C***2
发帖数: 62 | 5 Hey, I am going to generate GeneA+GeneB Knockin mouse in one locus.Furin
cleavage site plus P2A or T2A linker are chosen to link GeneA and GeneB.
This way, co-translation of GenaA and GeneB under endogenous promoter should
be achieved. I googled Furin cleavage site sequence, but i can't find out
accurate and reliable sequence ever used in vivo. So, if someone used or
know furin cleavage site, would you please send me the information and
reference? Moreover, i just read the furin cleavage, do... 阅读全帖 |
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F***s
发帖数: 12 | 6 很多人都怀疑实验室一千老的实验数据造假。大家看看下面贴的2张图：一张是投稿前1
个月的结果而另一张是投稿时的结果。这张图是文章的核心：geneA调控geneB进而调控
肿瘤细胞的生长。这张图用到了geneA的shRNA knockdown及geneB的rescue。
是不是应该将此反映给杂志社？ |
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S**********l
发帖数: 3835 | 8 某collaborator,
gene A表达涨了两倍，
gene B表达涨了三倍，假如geneA和B开始一样多。。。
跟俺说如果其中1个基因上调了3倍， 还有另外一个基因也上调的情况下，加起来应该
上调了不止三倍。
跟他说了半个小时都说不清。后来俺说，
你有一个球，明天涨了三倍，你有三个球
我有一个球，明天涨了两倍，我有两个球。
那明天我们俩加起来是今天的几倍？
他老人家说，你的例子是有2个单独的球。而我的例子是两个gene可能控制同一个反应
。所以两个gene加起来表达应该是上升了5倍。最后老人家说"你的例子的已经被我找到
错啦,看看你怎么找到我的说法的错".
俺只好说，生物真是害死人啊。。。
咋办？他老人家一定要用5倍做图。。。 |
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j*****7
发帖数: 10575 | 9 从广义来说
可以这么理解
也可以参考丁道尔的另一种解释
http://www.edzx.com/chajing/New%20Testament/41Mark/41DT13.htm
30. 這世代必定是指耶穌在地上所服事的那一代，那一代的確有些人有生之年看
見耶路撒冷被圍困的慘狀。但耶穌所服事的那一代當然沒有看見基督的再臨，所以有些
人努力（不自然地）要將 genea 的意義解釋為「百姓」，指整個猶太國，這個國家在
基督再臨之前不會消逝。毫無疑問的，基督再臨（parousia）的耽延對早期教會是一大
困惑，他們當中有些人似乎期望在自己有生之年可以看見基督再來，所以當死亡把他們
一個接一個地帶走時，他們既悲傷又困擾（彼後三4）。所以，較好的作法是把這些事
侷限於發生在主後七十年當時的審判。但是，初代教會預期主在任何時刻來臨，並沒有
錯，因為每一世代都應該繼續熱切仰望並期盼主的再來（彼後三12）。在神的旨意中，
基督的升天與再臨之間不會再有其他事件，所以它永遠是近的。 |
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G***G
发帖数: 16778 | 10 how good does the knocking out work?
for example, for a tissue, after the knocking out gene A,
all geneA disappear in the tissue
all other genes remaine.
could we use Next Generation Sequencing prove this? |
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F***s
发帖数: 12 | 11 其实我觉得HA还不是最大的问题。投稿前1个月的图中2个shRNA都knockdown了geneA,但
其中一个并没有导致geneB下降，而右边的细胞生长曲线2个shRNA却是相似的。在投稿
时的图就被改过来了。
前1 |
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r**********e
发帖数: 587 | 12 我就是先MACS算出所有的peaks，bed format，chr:start-end
然后根据这个bed去intersect hg19 gene list
这样就得到所有至少含有一个peaks的gene的list
我的目的就是想看看至少含有一个peaks的gene到底是什么category的(但就会有gene
length bias这个问题)
“考虑过gene length之后算出来的一个list”
怎么算呢？如我说的，比如gene A，这个基因里有3个binding sites，然后基因长度是
10000，然后3/10000就是这个geneA的权重score？
然后人为的设置一个cutoff？比如score排名top 100的基因筛选出来进行 GO TERM? |
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