i*****g
发帖数: 11893 | 1 dNTP 可以买大包装的
Taq 自己做啊，我都做过几次，好像是依照 1992年那篇analytical biochem那篇典范
。反正仅仅是genotyping么，做的Taq 用上N久 |
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l******n
发帖数: 520 | 2 reviewer needed: bacterial genotyping, genetic diversity, molecular evolution
thanks! |
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b*******n
发帖数: 605 | 3 目前用的是Jackson lab的quick dirty protocol, 如下：
NaOH extraction (quick "dirty" DNA preparation). Reference: Truett GE et al.
2000. Biotechniques 29(1):52-54
Cut 2mm of tail and place into an Eppendorf tube or 96-well plate
Add 75ul 25mM NaOH / 0.2 mM EDTA
Place in thermocycler at 98ºC for 1 hour, then reduce the
temperature to 15°C until ready to proceed to the next step
Add 75ul of 40 mM Tris HCl (pH 5.5)
Centrifuge at 4000rpm for 3 minutes
Take an aliquot for PCR (use... 阅读全帖 |
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s******5
发帖数: 513 | 4 其实偶是学统计的，现在有一个project，要simulate 四倍体的genotype，找了一个下
午网页，也没找到合适的~~~
以前是simulate diploid，现在换了tetraploid，就晕了~~
如果大家知道什么软件的话，请回复一下，谢谢了~~ |
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i****e
发帖数: 1527 | 5 问一下诸位，如果让实验员帮忙做常规的PCR来Genotyping老鼠的话，
一般情况下，会把名字列为共同作者么?
Thanks, |
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j****g
发帖数: 406 | 6 No.
1. Genotyping is too trivial
2. TAs are usually not listed as co-authors, at least in the labs that I
have stayed
3. However, your boss makes the decision and it's probably better to follow
whatever he/she wants to do |
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p*****m
发帖数: 7030 | 7 没人死命反对的话应该列。。
问一下诸位，如果让实验员帮忙做常规的PCR来Genotyping老鼠的话，
一般情况下，会把名字列为共同作者么?
Thanks, |
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y******0
发帖数: 6296 | 8
恩，是的是的，我现在就是不清楚怎么做genotyping |
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s*********y
发帖数: 579 | 9 我们最近引进了两种Cre小鼠，一种是持续表达的，一种是诱导的(ERT2-Cre)。请问
ERT2怎么genotyping?怎么设计primer？我找了plasmid,是pCAG-ERT2CreERT2，没有找
到ERT2 site。 |
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i*********0
发帖数: 915 | 10 就genotype cre就可以了。大部分的cre的primer序列都是一样的。Jax lab的网站上有
。 |
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s*********y
发帖数: 579 | 11 我把两个feamale（一个是Cre,一个是Cre-ERT2）在一个cage 里harem breeding。结果
两个的Ear tag 都丢了，我现在需要知道哪个是ERT2 的。所以想用tail genotype.
这个上面http://www.addgene.org/14797/
只给出了cre site，没有说哪个是ERT2. |
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i*********0
发帖数: 915 | 12 bro, 你的sunday算是毁掉了。不同的line，你居然可以在一个cage里面。一王二后也
不是这么玩的。
cre的female和cre-ERT2的female的offspring你还是要做genotyping。
Cre-ERT2的parental plasmid可能都是一样的，你去google 一下做个引物看看吧。
要是老鼠怀孕，没有生产的话，赶快分开！ |
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D*a
发帖数: 6830 | 13 问作者要，如果作者没有，就查这个老鼠的文献的引用文献的引用文献的引用文献，总
能找到plasmid的构造的，然后分别设计引物就行了。
其实既然你们有两只老鼠，最好是用能区别开两只老鼠的genotype的引物，否则你不知
道一阵子之后是不是还有这种问题。有时候老鼠房给你们弄混了也不是不可能。所以也
不算浪费时间。 |
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j**W
发帖数: 89 | 14 当时还没有homozygous. 今天刚做了genotyping证实拿到了homozygous。这样不管用
nested PCR还是用qq007说的方法，都要比heterozygous好。多谢！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 15 GC contents of that P2 to AscI site if >65% DMSO 5% to buffer or try
Clontech GC rich kit
Cycle time 35 that is no problem
pls refer
GC-rich PCR concerns DNA templates with high GC content, which is defined as
the percentage of guanine-cytosine base pairs. When amplifying templates
with >60% GC content (i.e 5' ends of most mammalian cDNAs), the three
hydrogen bonds shared by GC pairs lead to enhanced thermostability, which is
problematic for un-optimized Taq polymerase systems.
http://www.clon... 阅读全帖 |
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e**r
发帖数: 1144 | 16 knockout老鼠，只有一两个bp插入或缺失
直接在突变位点设计引物质量不好
有啥别的方便的办法做Genotyping没？ |
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n*******l
发帖数: 75 | 17 我刚开始做小鼠，所以从genotyping做起。
现在问题来了。第一次用相同的kit，primer做了结果挺好的。结果我repeat的时候，
用同样提取的基因组DNA竟然做不出了（PCR产物几乎看不见）。我试了不同公司的kit
，结果一样。
我保存基因组DNA的时候是-20，是不是反复冻融，DNA降解了呢。GENOSOME是加入
buffer和proteinaseK overnight，然后85度1小时。用上清做的PCR。
另外，我用别人提取的基因组DNA是做出来的PCR结果的。
今天又来了一批新样品，我重新提取了基因组，然后做，什么也没有啊，阳性对照说明
我的反应体系没有问题。难道，我提取的方法出问题了么？这批是老鼠的手指头。
实在想不通那里出问题了。好发愁啊。 |
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c*****8
发帖数: 49 | 18 找别的实验室要来的f/f小鼠，跟某种cre小鼠杂，得到的子代全部只有wt的条带，没有
mutant的条带，拿最早的要来的f/f小鼠做genotyping也是这个结果。给的protocol写
着wt应该有一条200
多的带，mutant会有100多的带，现在所有样品200多的带扩的很亮，100多的不管什么
样品都没扩出来过。已经优化了不少pcr条件了，但是还不行。我想一定是pcr有问题，
不可能对方给的全是wt啊。
大家有没有什么建议呢？先谢谢了！ |
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G******o
发帖数: 8 | 20 如果你自己或者知道朋友用Proteinase K处理小鼠组织做genotyping PCR，厂家寻求合
作，销售一个试剂盒，中国美国都可以。
厂家提供产品介绍和免费试用样品帮助你推销给客户，然后客户正式订货销售额的8-20
%的作为介绍费报酬，有兴趣站内，多谢。 |
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w******g
发帖数: 301 | 21 ttaccaccactc -> ttaccactc 的deletion用啥方法genotype比较好？
1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
4. 片段无法酶切，木有位点。
请教一下高手们，还有其他快速便宜的方法来做么？还有啥我木有想到的么？谢谢 |
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i*e
发帖数: 352 | 22 你有多少样本要genotyping？测序不算非常贵，也容易做，省下的时间比东摸西搞折腾
的划算多了。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 23 希望一次能genotyping 20-40个snp，也有STR， in del等。我知道有个技术是
autogenomics，不过那个机器贵还要一个标本一块芯片，贵。
似乎有人用multiplex pcr的办法，然后不同位点用不同长度片段和不同荧光，用测序
仪做，大家听过吗。或者还有什么别的技术吗 |
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b****r
发帖数: 17995 | 24 当然可以这么做
不过NGS 做这么一点点genotyping还是有点用牛刀吧，除非真的可以标本量很大 |
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发帖数: 1 | 25 genotyping PCR 结果是对的，但是WB结果显示目的基因没有被敲除
会是什么原因？ |
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发帖数: 1 | 26 是conditional KO
fl/fl + tissue specific cre
两者genotyping 都是对的。
请教会是什么原因？？ |
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发帖数: 1 | 27 是conditional KO
fl/fl + tissue specific cre
两者genotyping 都是对的。
请教会是什么原因？？ |
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f*******e
发帖数: 354 | 28 先假设抗体特异，cre好使，loxp正确。
你检测下你可以切掉的部分，有些时候切掉一个exon还能形成转录本，不frameshift还
能有蛋白。primer至少一头设计在切除的部分上。做个pcr。
: 是conditional KO
: fl/fl tissue specific cre
: 两者genotyping 都是对的。
: 请教会是什么原因？？
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m*****s
发帖数: 156 | 29 I am not sure what you want to do, but typical coding by allele frequency is
done like this. First calculate the allele frequencies of A,T and determine
the minor allele (frequency<0.5). Using the minor allele as reference
allele, you can code the three genotype by the count of the reference allele
. For example, if you have reference allele A, then code like this, AA->2,
AT->1, and TT->0 |
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l******o
发帖数: 3764 | 30 补充一下 不知道是不是我说的太不清楚了
我不是问怎么求每个SNP的allele frequency
而是想问有什么批量处理的方法能自动检测每个SNP的genotype frequency并且recode
成0 1 2
感觉大家给我的建议都是手动一个个的操作啊
如果不是这个意思的话 还请高手们给点详细的建议
多谢多谢 |
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z*i
发帖数: 58873 | 31 ft, 我记得去年已经讨论过一次了，这个就是记者胡搞。
The study only looked at these factors at one point in time, and cannot
demonstrate that coffee consumption ‘caused’ the tested breast volume, or
causes breasts to shrink.
Where did the story come from?
Dr Helena Jernström and colleagues from Lund University and Malmo
University in Sweden, carried out this research. The study was funded by The
Swedish Research Council and several other Swedish foundations. The study
was published in the peer-reviewed medical jour... 阅读全帖 |
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P******l
发帖数: 1648 | 32 These are just google results from Apologetics websites for further study
and thoughts. Those who try to mess up with malicious attitude will get what
they deserve. On the other hand, we welcome sincere questions and are
willing to discuss about these together with mutual respect. Thanks.
http://askjohnmackay.com/blood-groups-how-a-b-ab-o-rh-blood-groups-from-adam-eve/
About the author: Diane Eager
Diane Eager has a background in medicine, and was a lecturer in biomedical
sciences at Univer... 阅读全帖 |
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i***r
发帖数: 1035 | 33 【 以下文字转载自 Programming 讨论区 】
发信人: iiiir (哎呀我最牛), 信区: Programming
标 题: python code performance --- normal or too slow?
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 7 11:21:52 2014, 美东)
file is 2.5GB with 18,217,166 lines
my python script took about 20-30 minutes to finish
seems slow?
Thanks!!
input file data structure (showing first two lines, wrapped):
chromo pos ref alt dc1 dc2 dc3 dtm bas din
crw itb ptw spw isw irw inw ru1 ru2
ru3 im1 ... 阅读全帖 |
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i***r
发帖数: 1035 | 34 file is 2.5GB with 18,217,166 lines
my python script took about 20-30 minutes to finish
seems slow?
Thanks!!
input file data structure (showing first two lines, wrapped):
chromo pos ref alt dc1 dc2 dc3 dtm bas din
crw itb ptw spw isw irw inw ru1 ru2
ru3 im1 im2 im3 im4 xj1 xj2 qh1 qh2
ti1 ti2 glw mxa rwa ysa ysb ysc cac jaa
jac
chr01 242806 G ... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 35 （CRISPR的背景资料请参阅Feng Zhang的“Genome engineering using the CRISPR-
Cas9 system”，Nature Protocols 8, 2281–2308 (2013)）
背景
我们是作一个与激素相关的肿瘤的。这个肿瘤的治疗方法已经相当完善，就是让身体里
不能生产激素或用一个小分子化合物抢占激素受体上激素的结合部位。但多年治疗后，
会有相当比例的病人产生抗药性。这个抗药性机理相当复杂。我们实验室一直致力于筛
选和现有药物不同的机理的小分子化合物，包括受体和DNA的结合或其他与受体相关的
pathway的inhibitors。前几年成功地筛选出了几个不同机理的化合物，个别在细胞水
平达到了nM的级别，动物测试也在10 mg/kg的水平。
最近在这个领域对抗药性肿瘤的研究发现，部分病人的抗药性是因为受体激素结合部位
发生了突变。一个或几个氨基酸的突变就能导致肿瘤细胞的生长不能被现有药物抑制。
所以，我们很想知道我们筛选出来的化合物对这些突变受体是不是也起作用。理论上来
说，我们的化合物不和激素竞争，突变不会影响我们化合物的效果。但只... 阅读全帖 |
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w******4
发帖数: 488 | 36 I think this is a split-plot design, where genotype is the whole-plot factor
, time is the sub-plot factor. You can try this:
proc mixed data=long;
class rep genotype time;
model y=genotype time genotype*time /outp=check;
random rep(genotype);
lsmeans genotype*time;
ods output tests3=results;
ods output lsmeans=lsmeans;
by gene;
run; |
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发帖数: 1 | 37 这个第三作的文章，比较有意思。。 在正常人身上做的这个working memory 的测试，
很有意思。。。这402 healthy adults的取材比较讲究吧，。。她是遗传系的。。为什
么不找家族（pedigree)来做这个实验，这样结果会更丰富。。不是都说，精神病
scheziphina是遗传的吗？
欢迎，各位老师加入讨论啊。。。
Catechol-O-methyltransferase (COMT) genotypes and working memory:
associations with differing cognitive operations.
Bruder GE1, Keilp JG, Xu H, Shikhman M, Schori E, Gorman JM, Gilliam TC.
Author information
Abstract
BACKGROUND:
Catechol-O-methyltransferase (COMT) is a strong candidate gene for
schizophrenia and cognitive functi... 阅读全帖 |
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i***r
发帖数: 1035 | 38 代码：
import sys
pop=98
def ped(genotype):
if genotype=='00':
ped='1 1 '
elif genotype=='01':
ped='1 2 '
elif genotype=='10':
ped='2 1 '
elif genotype=='11':
ped='2 2 '
else:
ped='0 0 '
return ped
def write_ped(filename,out):
fn=open(filename,'r')
fn_ped=open(out+'.ped','w')
fn_map=open(out+'.map','w')
modern_human=range(9,93) # 15+69
for ind in modern_human:
ind_genotype=''
fn.seek(0,0)
for line in fn.readlines():
lis=line[:-1].split("\t... 阅读全帖 |
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s****h
发帖数: 184 | 39 http://retractionwatch.wordpress.com/2011/09/28/you-can-do-that
You can do that? A massive correction in Nature, but no retraction
This past April, Amparo Acker-Palmer and colleagues published a study in
Nature, “Ephrin Bs are essential components of the Reelin pathway to
regulate neuronal migration.” Within a day of its publication, Nature
readers were raising questions about many of its figures. They started like
this:
Andy Gu said:
Looks like Fig 1a, the two middle figures are actuall... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 41 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: CornucopiaX (丁春秋), 信区: Faculty
标 题: Re: 北大95生物系女生，海归，潜水不幸遇难
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 1 12:25:50 2017, 美东)
这个第三作的文章，比较有意思。。 在正常人身上做的这个working memory 的测试，
很有意思。。。这402 healthy adults的取材比较讲究吧，。。她是遗传系的。。为什
么不找家族（pedigree)来做这个实验，这样结果会更丰富。。不是都说，精神病
scheziphina是遗传的吗？
欢迎，各位老师加入讨论啊。。。
Catechol-O-methyltransferase (COMT) genotypes and working memory:
associations with differing cognitive operations.
Bruder GE1, Keilp JG, Xu H, Shikhman M, Schori E, Gorman JM, Gilliam TC.
Autho... 阅读全帖 |
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d*a
发帖数: 60 | 42 Bless 楼主
关于特效药方面，给你点鼓励。Gilead公司的全球首个口服治疗丙肝的药马上就上市了
（不用和干扰素一起使用），就14年。去年年底FDA批准的，这个药的好处是，口服12
周治愈率达到90%左右，复发的比率只有10%左右，比以前interferon注射连续52个星期
的好很多（干扰素注射的有效率只有40%左右，而且副作用巨大，复发率也极高）。
之前也有人提到genotype，这个也很重要，不同的genotype对药物的反应也不一样。如
果你是genotype 2和或者3，那么治愈的可能性就更大了。目前比较难治疗的是
genotype 1，这个在美国占到60-70%的丙肝病人，但是Gilead的药物的治愈率是达到90
%左右的，Genotype2和3，好几个公司目前研究的药物临床的治愈率都达到了100%.
不要太担心，过去两年丙肝的药物开发上有巨大的突破，不再像以前那样了。不过总体
来说还是要多注意肝的保护，不要熬夜，不要喝酒，饮食上也多注意就好了。等你看过
专科医生就应该能知道更多的信息了。祝宝宝健康，早日康复！ |
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T*****n
发帖数: 274 | 43 去Gilead的官网看了下，其实对于有些种类的病人，Harvoni也需要跟Ribavirin一起服
用，
并且要服药24周。
“Harvoni is indicated for the treatment of chronic hepatitis C virus (HCV)
in adults and is recommended in treatment-naïve and treatment-
experienced cirrhotic and non-cirrhotic genotype 1 and 4 patients with a
treatment duration of 12 or 24 weeks depending on prior treatment history
and cirrhosis status. Eight weeks of treatment with Harvoni may be
considered in non-cirrhotic treatment-naïve genotype 1 patients. In
genotyp... 阅读全帖 |
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B********e
发帖数: 19317 | 44 =============side trip==============
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/genovspheno_01
Genotype versus phenotype
An organism's genotype is the set of genes that it carries. An organism's
phenotype is all of its observable characteristics — which are influenced
both by its genotype and by the environment. So in defining evolution, we
are really concerned with changes in the genotypes that make up a population
from generation to generation. However, since an organism's genot |
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x******0
发帖数: 1490 | 45 【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: xzxz0000 (凶涨凶涨), 信区: Statistics
标 题: R 编程面试题，被弄残废了，在这里求解，钱不多，但会鼎力散财，
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 14 20:21:09 2012, 美东)
面试了一个software职位，本以为很有戏，但考我的题基本上全是job description上
没有的R 编程，希望这里的大侠帮助解惑答疑，在下感恩不尽。
1）
An analytical technique used in a molecular biology lab involves dispensing
solutions of DNA in very
low concentration into 384-well plates. Consider the perfectly random
distribution of N=30 molecules
onto this device
a) What is the probability that two molecules fall... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 46 Sure
Sampling Tumor gDNA can not satisfied
Illumina high density SNP arrays while it below 5 ng even from 2015
now 2010 is 200 ng one sample
pls refer:
We also routinely run the high density array technique to genotype up to 1
million snps per subject. The available platform is from Illumina and is
able to generate genotypes for up 300-750 subjects per week depending on the
type of array chosen.
Required material 200 ng DNA per sample
Reaction format 96 wells
Detection machine iScan b... 阅读全帖 |
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o******n
发帖数: 511 | 47 谢谢你的回复。
如果我们不加kinship到model里，那么genotype就是一个有27个level的factor，R会
assume这些level是一样的，但其实它们之间的genetic distance并不一样，所以我们
想把这个信息加到model里。
让我困惑的就是怎么加。我想到一个办法就是把每个plant genotype跟其它所有
genotype的total genetic distance作为一个新的covariate放到model里。但我又觉得
，这个covariate和genotype不是collinear的吗？
plant breeding的人有时会把kinship matrix加到model里做association analysis。
不过我们的trait不是传统意义上的phenotype，也没有每株植物的SNP data，所以很多
软件/package不能用…… |
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o******n
发帖数: 511 | 48 谢谢你哦。我想你的意思是，把第一步算出的genotype的coefficients作为dependent
variable用kinship来model，对吗？那第二步的什么结果可以回答plant genotype和
trait的关系吗？
我们还知道有significant genotype by environment interaction，所以第一步的
model里面也会加入E和GxE，所以GxE也会被genotype relatedness影响。 |
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e*******n
发帖数: 2178 | 49 只有“大”突变才能产生新物种，是不对的。这里物种的定义是产生的生殖隔离。
举个例子，Drosophila simulans 和D. melanogaster他们的染色体数目都是一样多的
，而且除了及其个别的基因，都是共线性的。但是他们之间的后代要么不育，要么就干
脆死翘翘。
原因在于什么地方呢，在于他们的基因的功能不能incompatible了。
让我们假设一下他们共同的祖先的genotype是aabb，在某一个时候，这个祖先的
population被分割成两个population了，这两个population因为物理阻隔之间没有基因
交流了。在一个population里面，genotype变成了AAbb。在另外一个population里面，
genotype变成了aaBB。 假设这个时候物理隔离没有了，这两个物种又可以自由交配了
，那么后代的genotype是AaBb。这个时候大家要注意到在进化的历史上A，B这两个
allele并没有互相见到过，那么就没有理由保证他们一定能够在一起稳定工作，如果他
们不能一起稳定工作，从而造成hybrid死亡或者是不育。那么这两个原来被物理隔离的
p |
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d****z
发帖数: 301 | 50 一直折腾不出来.好几个月了.
牛细胞生长情况, 有两种细胞,3个时间点,每个有两个重复.
想找出差异表达的基因...
结果一直疯狂报错:
warning: Stopped because of infinite likelihood.
跪求建议意见!!!!
proc mixed data=long;
class rep genotype time;
model y=rep genotype time genotype*time /outp=check;
random rep*time;
lsmeans genotype*time;
ods output tests3=results;
ods output lsmeans=lsmeans;
by gene;
run; |
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