u*********1
发帖数: 2518 | 1 最近看GWAS的文章；GWAS一个很重大的bottleneck就是missing heritability。比如
XXX的GWAS鉴定出的位点只能解释10%的遗传作用。
我是很好奇，这个10%是怎么计算出来的呢？到底指的是什么？
1.比如GWAS研究了1000个patient，最后只鉴定出5个variants；而这5个variants只在
100个patients中出现；剩下的900个无法解释。
2.鉴定出的5个位点都是low-effect的，就是单独一个或者5个全加起来对disease的影
响都不大，disease-causing power只有10%
请问哪个解释是正确的呢？
thx |
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g*********3
发帖数: 177 | 2 文章已经提得很清楚了，GWAS和Regulatory region有很大的overlapping，不知道你有
没有看paper~
个人认为ENCODE可以很好的说明GWAS的价值~
当然了GWAS SNP result到底能explain多少，找到的SNP怎样解释，这个不是GWAS的事
情！ |
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c**o
发帖数: 56 | 3 最近拿了个薄厚的offer
做GWAS的，老板是个院士，和医院合作做某个疾病的研究，底下大概有10来号人，虽然
有不少nature，nature genetics的文章，但是都是那种几十个人署名的，自己独立的
paper很少。funding不少。没有了解到实验室以前的人的情况。
以前从没有做过gwas，但是“感觉”gwas 似乎是在走下坡路。不知道gwas是不是当非
常困难？或者去industry 机会多吗? 现在做的是非genome 类的bioinformatics，也
懂NGS的技术，实在不行就只好继续投NGS的业界工作了。
暂时不想转cs，感觉自己代码和科班有差距，尤其是C++水平太次，而且个人也比较喜
欢bioinformatics。
希望有经验的人能给点信息，谢谢！ |
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D***r
发帖数: 7511 | 4 啥都测，相当于“科学算命”。国家不管控要出乱子。
我也试了几个：
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你是一个有自控力的人吗？ SNP: rs6528024 | Gene: GPM6B
* Cases in this section is created by the users. WeGene is not responsible
for the curation of the contents. ?
所谓延迟享受，就是指延期满足自己的欲望，以追求自己未来更大的回报，这几乎是犹
太人教育的核心，也是犹太人成功的最大秘密。暂且不说你是喜欢延迟享受还是及时行
乐，让我们从科学研究的角度先了解下自己的基因是如何决定的吧～
在这篇文献中，通过对23,217位有欧洲血统的参与者关于延迟享受的能力进行研究，得
出最显著相关的单核苷酸多态性位点是rs6528024（P = 2.40×10 -8），位于基因
GPM6B的内含子中。
My Result: CC - 你在面对诱惑时相比其他基因型可能更不容易控制住自己！
Accurate 552
---------------
谁是最强大脑？ ... 阅读全帖 |
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x**********o
发帖数: 142 | 5 不错，二楼说的对，这是一个好办法，我当初就没有想到这样做，所以现在很后悔，不
过我前两天收到国内一位博士的来信，说现在的PI要招他，向我问一下他人怎么样，我
问了一下这位博士的情况，果不其然我现在的这位PI又犯了一样坏儿，向他吹牛说这里
多么多么有前途，能productive什么的，因为这位国内博士是做GWAS的，所以PI也说我
们将要做GWAS
我呸，做GWAS多少钱啊？他现在连多花100美元买只小鼠都心疼的不行，我告诉这位男
博士现在他的push程度有多厉害，给的钱也很少，一年之内走了五个博士后，两年一共
走了9个，最短一个只有三个月就走了
这位博士现在在国内非常不错的单位，国内老板对他也不错，但他一直想出国看看，所
以才申请了国外单位，他听了我的叙述之后非常感谢，他老婆现在正在怀小孩，如果贸
然放弃了现在国内工作，来到美国，又碰上这种老板的话，后果简直不堪设想
我也自己觉的欣慰，帮了国内同胞一把，避免又一个上当受骗的人 |
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W*T
发帖数: 359 | 6 谢谢大家的鼓励。
说几句如何写推荐信。 我想每一个人其实最了解自己工作的还是你自己，所以你可以
list你的工作的主要贡献，然后让相关的人给你推荐信。结合自己的例子我具体的说一
下如何做。
geneA was fist identified in GWAS study to associated with human disease N,
but it is biological function in human disease is unknown as GWAS could
generate false positive results. So my work provide the first evidence that
how geneA cause human disease N.TO Make this a strong point, I ask the
corresponding author of GWAS paper (science), professor A to give a
evaluation of my work,luckily the senior a... 阅读全帖 |
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l*****c
发帖数: 17 | 7 进来看到大家对GWAS的争论很多，自然大体上分为几类，完全反对，部分赞同/反对，
完全同意的。如果没有实际的大量研究成果，很难有说服力。同时也想让大家对整个生
物医学研究的前景或者成果有个整体的认识，想让各位在相关领域的人员提供一些有强
有力说服的例子，这样对未来的研究可能有些借鉴意义，而不是总在讨论某项技术如何
，这样也能从总体上了解研究成果是不是比by chance高些。因此，需要如下的例子：
（1）通过GWAS得到的标记，研究中有重大的效应，比如能解释某些表型（质量性状，
疾病），如果效应小于40%不算。
（2）通过GWAS得到的标记，能在临床中有应用，并且能证明确实有应用的价值
（3）其他通过分子生物学/遗传学研究手段，能在临床中有应用，并且能证明确实有应
用的价值
如果这些成果显著，比随机挑选一个基因得到成果的概率高，大体上可能还能说研究有
些价值。比如，如果疾病/表型有基因控制，现在已知的人类的蛋白质编码基因不到4万
个（目前没有确切的数值，可能未来的很长时间还没有，比如Ensembl预测的不断在变
化，人类的基因组组装也在变化）。如果有1000个实验室在做，每个实验室挑选 |
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t*d
发帖数: 1290 | 8 也许已经申请专利了。申请专利和发文章不矛盾。
国内好像做 GWAS 好的人都是一般的学校的。安徽医学院几年前也有一片NG 的GWAS。
这是为什么？
GWAS并不好做，很考验一个人的领导能力和组织能力。
to |
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s***n
发帖数: 392 | 9 agree. GWAS itself may cool down soon. But your option number one is
definitely a good opportunity for a bench scientist to expand his or her
research horizon and become productive - in general it is much faster to get
papers out in the field of population studies. Also you do not have to stay
in the GWAS field for your entire postdoc career. Once you are familiar
with the methods, you can move on to something else, like genetic
epidemiology or molecular epidemiology.
However it is a completely ... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 10 Please define GWAS, I think I am lost now...have to admit I am very naive
about GWAS...NGS V GWAS?? I thought one is technology, one is methodology..
.right? |
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p*****m
发帖数: 7030 | 11 所以你之前讨论microarry表达量测的不准啊样品用得多啊都应该打回去重写 呵呵 没
听说谁是用表达量（cDNA array)来做GWAS的，做GWAS无非就是几个办法，SNP array，
用得最多；genome tiling array，估计有些不差钱的人用。然后就是whole genome
sequnrcing,这个有了NGS估计会有很多人做。
不管哪个都和cDNA array没关系。。而且不管哪个也都解决不了GWAS本身不准的问题 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 12 这个定义很清楚吧。。你引得这个文章本身和GWAS一点关系都没有 其实我也不知道话
题怎么转到GWAS来了。。我好像就是随口说了个GWAS的统计问题 结果。。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 13 Please define GWAS, I think I am lost now...have to admit I am very naive
about GWAS...NGS V GWAS?? I thought one is technology, one is methodology..
.right? |
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p*****m
发帖数: 7030 | 14 所以你之前讨论microarry表达量测的不准啊样品用得多啊都应该打回去重写 呵呵 没
听说谁是用表达量（cDNA array)来做GWAS的，做GWAS无非就是几个办法，SNP array，
用得最多；genome tiling array，估计有些不差钱的人用。然后就是whole genome
sequnrcing,这个有了NGS估计会有很多人做。
不管哪个都和cDNA array没关系。。而且不管哪个也都解决不了GWAS本身不准的问题 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 15 这个定义很清楚吧。。你引得这个文章本身和GWAS一点关系都没有 其实我也不知道话
题怎么转到GWAS来了。。我好像就是随口说了个GWAS的统计问题 结果。。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 16 请教前辈解释下什么是autism里的data mining
是GWAS里去寻找rare SNP么？
我觉得GWAS都不靠谱啊。现在看到GWAS的文章直接略过
我是不是有偏见？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 sure
搞GWAS SNP RNA-seq 必看的 references:
@ARTICLE{Holmans09,
AUTHOR = {P. Holmans and E. K. Green and J. S. Pahwa and M. A.
Ferreira and S. M. Purcell and P. Sklar and {the Wellcome Trust Case-
Control Consortium} and M. J. Owen and M. C. {O'Donovan} and N. Craddock},
TITLE = {Gene Ontology Analysis of GWA Study Data Sets
Provides Insights into the Biology of Bipolar Disorder},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = ... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 18 穷举法是否能行得通确实只是我数学上的预测，但是这个和gwas还是完全不同的，gwas
其实是能找到大概位置的，啥都找不到的并不是很多，统计学上的阳性率不会是凭空冒
出来的，只是现在gwas找不到致病的真正突变，治疗和机制就无从谈起。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 19 作为一个曾经0基础的菜鸟，我还是蛮有体会的。
想想一年前我连linux里的grep都不晓得是啥。老板说“grep”，我说gre。。啥？greb
吗？老板摇摇头说you really have a lot to learn...不过老板超好，想办法给我把
各种基础的东西讲清楚。。。包括RAM是啥。。汗。。。
做NGS/bioinformatics的，我觉得核心思想还是：如何利用计算机手段解决生物问题。
说起来简单但未必每个人都深刻体会的到。什么python/bash/perl啥啥的，要入门很快
，但也绝对不是什么两个星期就搞定。我现在和python打交道也一年了，但也完全就是
个皮毛，主要是你自己的project决定的。。如果你永远只需要简单的process下你的
text，而且text如果不大比如100MB，你可以永远for line in text。。或者readlines
（），但如果碰到很大的text，就不能readlines（）了因为cluster可能没有那么大的
memory to load the whole text.
所以我觉得就是现学现用，除非你是CS系科班搞计算出身... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 20 de novo SNP 是啥？既然叫做polymorphism，那人群里起码1%，de novo怎么可能有这
么高的频率
你说SNP有small effect，理论上当然可能性是存在，但是我刚说了，起码目前做了这
么多GWAS，重复性就是非常差，绝大部分在功能上也没能解释，这个是目前的事实
至于将来的发展，还是我前面说过的，没人能预料，最安全的搞法，只能不把自己钉死
，啥热就搞啥，还有就是和医生联系起来，最好自己能拿到标本。只能仰人鼻息
至于copy number，现在做的工作还是相当少的，远远不如GWAS那种水平，你不要急于
下结论。做法的话，如果你先想到的是NGS，显然你还相当不了解这个领域，这也从另
一个角度说明了这个领域还是比较有东西可挖的。用CMA或者SNP array都可以call
copy number variation,而且比NGS便宜太多了，分辨率也不是什么10M，现在几百K可
以说很容易call出来，几十K也是常有的事。当然，现在主要还是针对基因区域。我在
clinical lab，CMA发现基因缺失或者gain并能够解释病因的比例不能说低，加上便宜
，现在来个疑... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 21 只是我瞎说说个人看法。我觉得GWAS对于研究决定common disease的common variant的
correlation很直观有效，以后如果新生儿测序提上日程，再加上完备的医疗记录，
GWAS应该会变的很routine（目前GWAS的几大缺陷也可以得到有效解决，比如
publication bias, population structure之类的），就像现在的测序一样常见，估计
就很难像几年前那样发容易文章了，个人幻想应该会像现在查基因序列一样，十年之后
可以查到各种疾病、性状的对应major SNPs。 |
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m******g
发帖数: 467 | 22 只是我瞎说说个人看法。我觉得GWAS对于研究决定common disease的common variant的
correlation很直观有效，以后如果新生儿测序提上日程，再加上完备的医疗记录，
GWAS应该会变的很routine（目前GWAS的几大缺陷也可以得到有效解决，比如
publication bias, population structure之类的），就像现在的测序一样常见，估计
就很难像几年前那样发容易文章了，个人幻想应该会像现在查基因序列一样，十年之后
可以查到各种疾病、性状的对应major SNPs。 |
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x*********i
发帖数: 325 | 23 死马甲，滚蛋吧
gwas(gwas)个人资料
[gwas的博客]
身份： [用户]
伪币： 0.10
可用： -0.10
上站次数： [6]
发文数： [1]
经验值： [10](新手上路)
表现值： [9](努力中)
生命力： [730]
信箱： [ ]
在线状态： 目前不在站上 |
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b*****h
发帖数: 3386 | 24 ☆─────────────────────────────────────☆
badfish (badfish) 于 (Mon Jul 20 13:55:04 2009, 美东) 提到:
内线朋友告诉我，是因为很多科研机构的刺激计划的拨款还未落实，预定的设备被暂时
halt了。 导致上个季度miss。 在第4季度应该恢复。
现在这个股比前一个月下降了25%， 我正式建议大家用自己的投资账号或退休账号
buy on dip。 这是未来几年的明星企业， 在新一代测序技术问世并商业化前，
Illumina将统治这个行业至少3-5年。 我今天入1/2仓。
☆─────────────────────────────────────☆
pippo (pippo) 于 (Mon Jul 20 14:03:44 2009, 美东) 提到:
用投资帐号or退休帐号means real-long-term play？
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badfish (badfish) 于 (Mon Jul 20 14:13:... 阅读全帖 |
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w***t
发帖数: 8175 | 25 NEW YORK (Reuters) - Prosecutors charged a computer programmer with stealing
software code valued at nearly $10 million from the Federal Reserve Bank of
New York.
They charged Bo Zhang, who worked as a contract programmer at the bank, with
illegally copying software to an external hard drive, according to a
criminal complaint filed in U.S. district court on Wednesday.
Both the New York Fed and the Federal Reserve Board in Washington declined
requests for comment.
Authorities said the software, o... 阅读全帖 |
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l******r
发帖数: 18699 | 26 是的。其实搞生统的很惨，永远跟在生物学家屁股后面跑，结果做的东西生物学家根本
不用。而且生物学发展很快，从gwas到next generation sequence才几年，结果几年前
那些靠做gwas成名的所谓的生统“大牛”不得不重新转到ngs上面。
以上这些，如果生物data没造假也还好，做的生统也算有点意义。怕就怕在如果生物
data都在造假，这些生统phd 花费5年时光提出的统计分析方法立刻进入垃圾箱，惨得
很呢！ |
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g******t
发帖数: 18158 | 27 提GWAS就是不懂大数据，CDC介绍GWAS都是吹概念
你这些具体看法显然都是傻逼的看法，细节没有必要再往下看了啊 |
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x********e
发帖数: 35261 | 28 wk GWAS是你自己举的例子好吧。去CDC看个定义就知道GWAS是做什么怎么做的，您老人
家太牛了！ |
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m*******l
发帖数: 12782 | 29 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: wneat (鲁牛), 信区: Military
标 题: U.S. charges man with stealing software from NY Fed
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 18 19:13:57 2012, 美东)
NEW YORK (Reuters) - Prosecutors charged a computer programmer with stealing
software code valued at nearly $10 million from the Federal Reserve Bank of
New York.
They charged Bo Zhang, who worked as a contract programmer at the bank, with
illegally copying software to an external hard drive, according to a
criminal complaint filed in U.S.... 阅读全帖 |
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t**r
发帖数: 3428 | 30 一位中国籍程序员周三在纽约被警方逮捕，他被控在为纽约联邦储备银行的一个项目工
作时窃取了私有的源代码。
住在纽约皇后区的32岁张宝（Bo Zhang）在纽约联邦准备银行担任约聘程序员，被控盗
窃了“Government-Wide Accounting and Reporting Program（GWA）”的源代码。根
据起诉书，张宝被控将银行的源代码非法拷贝到外置硬盘。GWA所有权属于美国财政部
，开发成本约950万美元。张宝承认将源代码拷贝到办公室的私人电脑和家用电脑。起
诉书说，张宝将软件用在他经营的私人企业，训练学员怎么编程。张宝的律师证实张是
中国公民，但拒绝评论检方控罪。张宝告诉调查人员，他拿这套程序“仅个人使用，以
便失业之后，还有这套东西可以用”。张宝被控窃取美国政府财产，面临最高10年有期
徒刑和25万美元罚款。
悲剧啊 |
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m*******e
发帖数: 29 | 31 中山大学附属七院（深圳）高薪招聘助理研究员和博士后启事
因科研工作需要，拟招收助理研究员1-2名，博士后2-3名。初步定于9月中旬面试，现
面向全球招聘。有意者请将个人简历、研究兴趣及科研成果（如发表文章原文），以压
缩文件方式打包发送至[email protected]，主题请注明“助理研究员应聘”或“博士
后应聘”。
一、职位简介
1、单位：中山大学第七附属医院科研与国际交流中心
2、地点： 中国广东省深圳市
3、主要研究领域：
1）B细胞发育和成熟分化的分子调控机理；
2）肿瘤干细胞生物学和免疫学；
3）免疫细胞在自身免疫性疾病和心血管疾病发病中所起的作用。
二、助理研究员和博士后待遇及要求
助理研究员年薪38-42万（税前），博士后年薪35-45万（税前），发表文章以及申
请到引进项目 或科学基金等资助另有奖励，提供深圳市人才安居房（2居室或者3居室
），安排子女入 学。博士后可申请博士后启动经费60万人民币，优秀者可保送到海外
高端实验室联合培养，卓越出站者可推荐到中大七院高级职称岗位。助理研究员和博士
后在项目课题启动 和推进上有独创... 阅读全帖 |
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O*D
发帖数: 17 | 32 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: ODD (缺啥补啥), 信区: Biology
标 题: Postdoc offer 选择
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 3 13:52:19 2011, 美东)
有2个postdoc offer，
1） 方向是GWAS，主要是验证某个SNP和某疾病的相关性。经费未来5年都比较充足。学
校是某一大牛校。PI是此疾病领域的临床医生，应该在该疾病领域比较牛。
2） 方向是脂肪细胞分化，主要研究brown adipose tissue分化。经费未来5年充足。
学校是中牛校，PI是AP。
1）的优点是大牛校，PI也牛，缺点是GWAS这个领域水分比较大，不知道对我未来的
faculty前景是否会有不利影响，另外本人也不大喜欢functional genetics，感觉这个
领域很容易做到头。不知道各位对该领域有何看法。
2）的优点是领域比较热，研究前景似乎不错，缺点是PI是新AP，目前还没有好的文章
发表，虽然PI的博后老板是大牛，博后发的文章也不错。也就是说有一定的风险。本人
倾向2），但是因为博士期间做的是癌症相... 阅读全帖 |
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o*********r
发帖数: 446 | 33 我想首先应该给IO明确的是，能被实验验证的Bioinformatics工作是非常非常重要的和
有影响力的。Bioinfo这个学科就是给做benchwork一个guide，从来不会告诉一个准确
的结果，但是换句话说你的工作是非常有前瞻性的，因为你给别人指明了一个方向（当
然，实际中是不是难说了）。具体来讲，实验证明的GWAS说明两个方面，一个就是验证
了你的方法在当前的研究中正确，另外一个就是你的方法对别的项目也是可以用的，或
者说对别的GWAS或者tanslational项目是有引导性的影响。 |
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w****s
发帖数: 122 | 34 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: wszcas (roy), 信区: Biology
标 题: 真诚求审稿机会:statistical genetics and genetics epidemiology
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 27 17:01:23 2014, 美东)
PhD in statistical genetics and genetics epidemiology, currently a post-doc
at UCSF.
expertise: genome-wide association studies, disease heritability estimation,
population stratification and candidate-gene based/genome-wide association
analysis, admixture mapping,Meta-analysis of GWAS,confounding and
heterogeneity in GWAS
Thanks!!! |
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m*******l
发帖数: 12782 | 35 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: moneybull (moneybull), 信区: JobHunting
标 题: U.S. charges man with stealing software from NY Fed
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 18 21:23:47 2012, 美东)
发信人: wneat (鲁牛), 信区: Military
标 题: U.S. charges man with stealing software from NY Fed
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 18 19:13:57 2012, 美东)
NEW YORK (Reuters) - Prosecutors charged a computer programmer with stealing
software code valued at nearly $10 million from the Federal Reserve Bank of
New York.
They charged Bo Zhang, who wo... 阅读全帖 |
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c********e
发帖数: 6158 | 36 【 以下文字转载自 Dreamer 讨论区 】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: Man charged with stealing software from NY Fed - Bo Zhang
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 18 19:27:27 2012, 美东)
NEW YORK (Reuters) - Prosecutors charged a computer programmer with stealing
software code valued at nearly $10 million from the Federal Reserve Bank of
New York.
They charged Bo Zhang, who worked as a contract programmer at the bank, with
illegally copying software to an external hard drive, according to a
criminal complaint f... 阅读全帖 |
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D**0
发帖数: 2048 | 37 ☆─────────────────────────────────────☆
gwas (gwas) 于 (Sun Jan 12 22:30:22 2014, 美东) 提到:
大家好，我是12月份寻夫贴暗指当事人（原贴请见http://www.mitbbs.com/article/SanFrancisco/34089345_3.html）。发帖人MRT真实姓名为郑s（英文名Brenda），大概2011年下旬来到美国后居住在纽约附近。我和郑s从未交往甚至有过任何关系，和她的认识仅限于多年前的一面之br />
2012年初她多次打电话到我办公室推销国内的理财产品以及托我搞一份I-20帮她留在美国被我拒绝。郑s先威胁要收拾我，后在mitbbs发了第一个寻夫贴，对我和我的家人造成了极大伤害。
我2012年底搬到现在的学校。郑s在2013年11月多次打电话到我以前大学的办公室，并
在11月20日打了十几个电话到我现在的学校，在电话里对我进行威胁，又发了辱骂
email。12月24日，郑s在bbs上发了第二次寻夫贴。在网友的质疑下郑s又贴出伪造结婚
证。
为保护自己和家人，我于2013... 阅读全帖 |
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s*******d
发帖数: 17566 | 38 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: gwas (gwas), 信区: Biology
标 题: 寻夫系列贴的澄清
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan 12 22:37:33 2014, 美东)
大家好，我是12月份寻夫贴暗指当事人（原贴请见http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31862615.html）。发帖人MRT真实姓名为郑s（英文名Brenda），大概2011年下旬来到美国后居住在纽约附近。我和郑s从未交往甚至有过任何关系，和她的认识仅限于多年前的一面之交，及2012年初她多次打电话到我办公室推销国内的理财产品以及托我搞一份I-20帮她留在美国被我拒绝。郑s先威胁要收拾我，后在mitbbs发了第一个寻夫贴，对我和我的家人造成了极大伤害。
我2012年底搬到现在的学校。郑s在2013年11月多次打电话到我以前大学的办公室，并
在11月20日打了十几个电话到我现在学校的办公室，在电话里对我进行威胁，又发了辱
骂email。12月24日，郑s在bbs上发了第二次寻夫贴。在网友的质疑下郑s又贴出伪造结
婚证。... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 39 全基因组测序和GWAS可不是一回事
GWAS基于的是common disease common variants 的hypothesis，而且华丽丽滴忽略了
copy number variation这个比SNP更大的variation
而全基因组测序直接就是hypothesis free的，直接把所有的东西都搞了出来。和
function assay也没有直接的关系，只是在最后确证阶段有可能用上一点 |
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C***k
发帖数: 1570 | 41 “
比较喜欢统计，想换到bioinformatics 或是genetics的实验室。一个实验室是
proteome informatics，老板是AP，人很NICE。文章也不错。另一个老板是ASSOCIATE
PROFESSOR，人也很好。研究 GWAS和其平台的构建。手下带出很多的PI，但是因为研究
方法，发的文章IF不是很高。想问一下大家该如何选择？
1。 对将来还没有特定的想法，公司或是学校都可以，但是不想当很久的博后。不知道
哪个方向发展的潜力更大一些。
2。 另外如果将来想回国发展的话，应该怎么样选择。
3。 不知道随着NEXT GENERATION SEQUENCING 的发展，GWAS 的发展会不会受到限制。
4。也有其他别的MEDICAL INFORMATICS 的选择（做NLP， MACHINE LEARNING），但是
怕计算机方向的知识不够，学习太难。
先谢过大家啦！” |
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l******u
发帖数: 936 | 42 如果你说到疾病，从clinical的意义上说，可以看这些Pathway/Network 一些重要基因对
这个疾病的 prognosis 的意义如何，这个在临床上的指导意义非常重要。
我曾经跟Zurich一个Pathologist 谈到现在 GWAS 在临床上的应用的指导
意义的时候，也问过类似的问题。他们说这些 GWAS 晒到的prognosis marker
对他们的工作有很大的指导意义。 而而Pathway/Network 本身成了paper需要的故事的
素材
个人觉得， IPA 不能帮你发现什么真正新的pathway， IPA的意义在于它集成了很多
前人研究的一些基因/蛋白的关系（有科学文献记载），而便于你研究这些相互关系网
络。我的理解可能还比较粗浅，bioinfor的高人可以再来补充。
我刚从human genomics的lab转到了mouse Lab， 发现做function study的人对pathway的
理解跟做genomics的人非常不一样。 |
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m*******e
发帖数: 1280 | 43 Two other points, after finally took a look at her research description as
pasted below:
1) She AIN't doing GWAS (Genome Wide Association Study). The array-based
GWAS has been concluded and announced as a big failure,she would have been
dumb for focusing on that.Sequencing is the way and it IS her approach.
2) Neurologic/psychatric disease is a great direction. Latest data on US
School Age Children says the Autism rate is 10 times higher over 10 years
ago to a stunning 1%. Sure, there are arguem... 阅读全帖 |
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l******u
发帖数: 936 | 44 array CGH 就是GWAS 的， 比10年前就有了。
GWAS |
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n********t
发帖数: 1079 | 45 俺一直怀疑用NGS做GWAS能有啥用，GWAS本身的问题就是n太小，p太大，所以FN太多。
用了NGS后，n更小，p更大，是不是有点南辕北辙？
seq |
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O*D
发帖数: 17 | 46 有2个postdoc offer，
1） 方向是GWAS，主要是验证某个SNP和某疾病的相关性。经费未来5年都比较充足。学
校是某一大牛校。PI是此疾病领域的临床医生，应该在该疾病领域比较牛。
2） 方向是脂肪细胞分化，主要研究brown adipose tissue分化。经费未来5年充足。
学校是中牛校，PI是AP。
1）的优点是大牛校，PI也牛，缺点是GWAS这个领域水分比较大，不知道对我未来的
faculty前景是否会有不利影响，另外本人也不大喜欢functional genetics，感觉这个
领域很容易做到头。不知道各位对该领域有何看法。
2）的优点是领域比较热，研究前景似乎不错，缺点是PI是新AP，目前还没有好的文章
发表，虽然PI的博后老板是大牛，博后发的文章也不错。也就是说有一定的风险。本人
倾向2），但是因为博士期间做的是癌症相关的研究，对上述领域都不是非常熟悉。希
望懂行的人指点。
谢谢。 |
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s***n
发帖数: 392 | 47 GWAS is meant to generate hypothesis (rapidly and on a large scale), not to
test one. Therefore it is not surprising that most of its findings only
carry statistical significance, but lack of biological meanings. It is probably
useful to have a good understanding of its basics, including study design
and statistical methods involved, and know how to interpret the results. But
I personally don't find GWAS interesting enough and I wouldn't focus my
research on it. |
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n******7
发帖数: 12463 | 48 根本就不需要用这种词汇，这只会增加更多不必要争论
她就认为，统计检验是这样的：你不需要任何预先的假设，把数据弄上来一算，比如
chi-square test，然后根据p值(大于0.05还是小于）判断我们需要取哪个假设。并且
，她认为null/alternative hypo是对称的。
她的根据是，GWAS study里面，p>0.05了，大家就说某个SNP跟疾病没有关联了，这显
然是符合p<0.05去一个假设，p>0.05取另一个假设的。她翻来覆去的说，如果我说的是
对了，她学得所有的统计难道都不对？
我对GWAS不熟，但是我觉得大家说的其实是，p>0.05，某个SNP就不是跟疾病显著关联
了。为了控制type I error， 把可能有一定correlation的位点也算作没有了。 |
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i*e
发帖数: 352 | 49 这不用我去说啊
早就已经争吵多时了
严谨点说，应该是GWAS不能“完全”用来推测机理
它只test一部分（尚不知大多比例）复杂疾病/性状
就这能验证出来就很了不起了
再说了，没有replication，GWAS自个假阳性太多太多 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 50 这样测出来比GWAS还离谱吧 我知道有人做这种实验（microarray时代就有无数人这么
做cancer了） 但是这样解决的问题和GWAS是不一样的，或者说，试图解决的问题是不
一样的。。所以谈不上什么取代什么 |
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