m******t
发帖数: 109 | 1 i pulled down chromatin with anti-acetyl H3k9 antibody and normal IgG as
control. then i did q-PCR to pick up a DNA segment in a promoter. i found,
compared with normal IgG, the specific antibody enriched hundreds -over 1
thousand times of target DNA segment. does it make sense? |
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p******g
发帖数: 180 | 2 一般是用anti-H3，anti-acetyl H3k9 一起做，anti-H3作为control。 |
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a**********s
发帖数: 8 | 3 和我前一段时间做的结果接近。IgG大约为Input的0.01％，Acetyl H3k9为10％ |
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g*********d
发帖数: 233 | 4 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 5 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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z***d
发帖数: 131 | 6 1.发现Overexpression of 蛋白A会导致gene B表达增高；
2.文献报道蛋白A是一个Non-histone chromatin remodeling protein，它能displace
HADC，从而增加acetyl-H3K9在另两个target genes(C and D)promoter regions处的结
合。
3.另有报道Gene B的表达受HDAC调控。
因此，我的Hypothesis是蛋白A也是通过相似的方式（displace HADC，增加acetyl-
H3K9在genes B promoter regions处的结合)来引起基因B的高表达。
可是今天的Acetyl-H3K9/K14 ChIP结果正好和假设完全相反：在蛋白A高表达的细胞中
，acetyl-H3K9在genes B promoter region和RPL 30 intron 2 (Positive control）
处的结合率显著降低。
疑问：1. 有acetyl-H3K9在promoter region处的结合率下降，但基因表达却开启的例
子吗？
2. 由于蛋白A本身又可以和Hi... 阅读全帖 |
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b**********8
发帖数: 349 | 7 2. 由于蛋白A本身又可以和Histone H1竞争与Linker DNA binding, 有无可能所见到的
acetyl-H3K9在genes B promoter region处的结合率降低是由于高表达的蛋白A本身取
代了endogenous H3 和acetylated-H3?
这个还真有可能。很多蛋白不但调节其他转录因子，他本身也可以作为转录因子直接参
与调控靶基因转录。要不再用A蛋白的抗体做个ChIP试试？另外，你可以做个western看
看pan-acetyl-H3K9的水平有没有降低。
楼下继续。 |
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g*********3
发帖数: 177 | 8 It is highly possible that there is no direct binding between protein A and
gene B sequence. If Protein A regulates another gene C and C regulate B,
ChIP doesn't work...
I don't quite understand what you mean by acetyl-H3K9在另两个target genes(C
and D)promoter regions处的结合。 Do you mean H3K9 acetylation level @ these
two promoters?
displace |
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r******k
发帖数: 446 | 9 我做H3K9的 methylation的变化，90v，90min，结果做出来一大团黑。。。。。太崩溃
了，但是其他的histone marker还很正常。 就这个H3K9的 总是一团黑，真心没法活了
。 大神们有什么建议吗？ |
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s**x
发帖数: 138 | 10 i am going to pull down acetyl-h3k9. is it necessary or required to use
Histone deacetylase inhibitor NAM+TSA??? |
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k*****n
发帖数: 323 | 11 where is your negative control? |
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z***d
发帖数: 131 | 12
另外，你可以做个western看
做过Western, pan-acetyl-H3K9没有减低，反而modestly increased. |
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D****g
发帖数: 275 | 13 1. Pull down and then mass spectrum to check the target protein.
2. After ChIP experiment, load the sample to a protein gel, run western blot
with this antibody and other antibodies for same protein, include the other
antibody (H3K9 pull down, include h3k27, and vice versa) as well, to make
sure that you do pull down the right target but not the wrong target.
.... |
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f*********9
发帖数: 258 | 14 如果做histone marker，做过三万的组织细胞核，做了H3K9 用的是diagenode 的kit，
测序完了，结果不错 |
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