i*****g
发帖数: 11893 | 1 我搞错了，是mESC的东西
Here we show that mouse androgenetic haploid ES (ahES) cell lines can be
established by transferring sperm into an enucleated oocyte. The ahES cells
maintain haploidy and stable growth over 30 passages, express
pluripotent markers, possess the ability to differentiate into all three
germ layers in vitro and in vivo, and contribute to germlines of chimaeras
when injected into blastocysts.
不过，这样子很惊人啊，haploid ESC |
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a*****x
发帖数: 901 | 2 haploid hiPSC 都已经有了。 除非有haploid mouse，只是cellular水平没有什么特别
大的惊奇。 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 3 我以前不知道这个。 haploid在 体细胞是无法存活的 |
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s******r
发帖数: 2876 | 4 这个haploid细胞也不是他们发明的，之前就有人报道。 |
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C*****D
发帖数: 1299 | 5 这个比较厉害，以后弄个纤维母细胞，变精子。再想办法诱导成卵子就更厉害了。以后
造人，只要弄两伤口对接就行了。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22921399
Cell Rep. 2012 Aug 21. [Epub ahead of print]
Direct Differentiation of Human Pluripotent Stem Cells into Haploid
Spermatogenic Cells. Easley CA 4th, Phillips BT, McGuire MM, Barringer JM,
Valli H, Hermann BP, Simerly CR, Rajkovic A, Miki T, Orwig KE, Schatten GP.
Department of Obstetrics, Gynecology, and Reproductive Sciences, University
of Pittsburgh School of Medicine, Pittsburgh, PA 15108, USA; ... 阅读全帖 |
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y******y
发帖数: 107 | 6 yeast有两大类， 一是Saccharomyces cerevisiae，二是 Schizosaccharomyces pombe。
Saccharomyces cerevisiae 主要有三种，1, mating type a haploid； 2, mating
type alpha haploid； 3, diploid (这个是一种还是两种？）。
那么Schizosaccharomyces pombe 有几种类型呢？ google了，但是没有发现有价值的
结果。谢谢 |
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a****o
发帖数: 1786 | 7 I assume it is not S. cerevisiae, if it is Yarrowia, you can design PCR
primers for matA1, matA2 and matB1, matB2 and perform colony PCR. If it only
gives product for A or B, then it is haploid; if it gives product for both
A and B, it is diploid.
If it is S. cerevisiae, then you should not have called it non-conventional
yeast. Then you can plate lawns of tester strains and streak/replicate you
strain on them.If you strain inhibits growth of either tester strain, it is
haploid with the opposite... 阅读全帖 |
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a*****x
发帖数: 901 | 8 难道是用pentamer? 这个成本也不小。而且siRNA或者shRNA的off-target effect是主
要问题。个人认为继续发展haploid cell比较有前途。已经做出human iPS的haploid
cell了。
library |
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T****u
发帖数: 424 | 9 NIBS:
王晓东: Several key molecules in necroptosis(RIP3,MLKL etc)
邵峰: Mechanism of pathogen-host interaction
(key:NLRC4 recognize flagellin)
李文辉 NTCP as HBV receptor <======milestone
张宏: Delineate autophagy in C.elegan
朱冰：Histone code
厦大：
韩家怀: one key molecule in necroptosis(RIP3)
上海生化所:
徐国良mechanism of DNA demethylation;
李劲松 haploid ES
动物所
周琦 transgenic mice using androgenetic haploid embryonic stem
北京大学
邓鸿奎 CiPS <======milestone
CiPS is more important... 阅读全帖 |
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E**********t
发帖数: 56 | 10 Xuebiao Yao, Dasheng Li and Gang Pei recently wrote an essay to Nature
Review in MCB Which is entitled “In focus: molecular and cell biology
research in China”. Here is the link: http://www.nature.com/nrm/journal/v14/n9/full/nrm3638.html In this article, they discussed the past, present and future of molecular and cell biology research in China. One part which interested me is the key MCB discoveries in China. Although most of the work are nice and likely solid work, few of them are breakthrough... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 11 不是
这是说，本来女性有两个Ｘ，男性有一个Ｘ，所以女性里面有个Ｘ是没有活性的，来保
证男女都只有一个Ｘ激活
但是这个区域在Ｘ Ｙ染色体上都有，所以不管男女都有两个copy
所以既不需要，实际上也没有失活
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2435358/
THE X AND Y CHROMOSOMES
The human sex chromosomes (X and Y) originate from an ancestral homologous
chromosome pair, which during mammalian evolution lost homology due to
progressive degradation of the Y chromosome [1]. The X-chromosome in
placental mammals represents approximately 5% of the haploid genome and the
gene content is almost complet... 阅读全帖 |
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X*******8
发帖数: 3895 | 12 下面两个资料，上面的来之美国官方的解释，下面来自方舟子自己网站上一个人的翻译
部分！读者自己理解！
http://www.uspto.gov/web/patents/classification/uspc800/defs800.htm
298 Higher plant, seedling, plant seed, or plant part (i.e.,
angiosperms or gymnosperms):
This subclass is indented under subclass 295. Subject matter wherein
the plant, seedling, plant seed,
or plant part is a higher plant, i.e., an angiosperm or gymnosperm, both of
which produce seeds.
299 Haploid:
This subclass is indented under subclass 298. Su |
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k*****e
发帖数: 22013 | 13 【 以下文字转载自 Queer 俱乐部 】
发信人: university1 (guagua), 信区: Queer
标 题: Generation of viable male and female mice from two fathers
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 18 00:29:26 2011, 美东)
Biol Reprod. 2011 Mar;84(3):613-8. Epub 2010 Dec 8.
Generation of viable male and female mice from two fathers.
Deng JM, Satoh K, Wang H, Chang H, Zhang Z, Stewart MD, Cooney AJ, Behringer
RR.
SourceDepartment of Genetics, The University of Texas M.D. Anderson Cancer
Center, 1515 Holcombe Blvd., Houston, TX 77030, USA.
Abstract
... 阅读全帖 |
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w****m
发帖数: 1245 | 14 染色体病是由于染色体数目或结构异常而发生的疾病。染色体数目异常比结构异常更为
常见。
遗传病类型：染色体病
1.数目性染色体畸变 染色体的数目异常可表现为非整倍体(aneuploid)，即其数目
并非单倍体(haploid)的整倍数，在数目上出现多或少于整倍体，如45或47条染色体。
还可表现为多倍体(polyploid)，即染色体数目整倍多于单倍体，如三倍体(triploid)
69条，四倍体 (tetraploid)92条。常见的非整倍体患者是某对染色体不是2条而出现3
条，称为三体综合征(trisomic syndrome)。如果某对染色体缺少1条，则称为单体综合
征(monosomic syndrome)。多倍体患者很少见，可见于肿瘤细胞和流产胎儿。
染色体数目异常几乎全是减数分裂不分离(non disjunction)或分裂后期迟延(
anaphase lag)的结果。在第一或第二次减数分裂时期，由于两条同源染色体未能分开
，而造成子代细胞染色体数目或多或少。
2.结构性染色体畸变 这种畸变是在细胞分裂过程中曾有染色体断裂所致。常见的
结构异常有缺失、环状染色体、易位、重复、... 阅读全帖 |
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X*******8
发帖数: 3895 | 17 下面两个资料，上面的来之美国官方的解释，下面来自方舟子自己网站上一个人的翻译
部分！读者自己理解！
http://www.uspto.gov/web/patents/classification/uspc800/defs800.htm
298 Higher plant, seedling, plant seed, or plant part (i.e.,
angiosperms or gymnosperms):
This subclass is indented under subclass 295. Subject matter wherein
the plant, seedling, plant seed,
or plant part is a higher plant, i.e., an angiosperm or gymnosperm, both of
which produce seeds.
299 Haploid:
This subclass is indented under subclass 298. Su |
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S*********o
发帖数: 1334 | 18 相似性不一定说明是同祖宗、变异进化而来的，也可以说明是同一个创造者的作品。
人类基因库总共有30亿对碱基对，里面只有1.5%是真正指挥蛋白质合成的，其他的都是
辅助或者无用的，当然这1.5%也不少，代表了4.5千万对的碱基对，其可能的序列有4的
4.5千万次方个可能，是近乎无限的可能性。请问2%的差别真的是那么微不足道吗？真
的是通过10万次随机变异就可以形成的吗？有一个说明书拼装可以拼装得起来，随机拼
装，难！
http://en.wikipedia.org/wiki/Human_genome
The haploid human genome contains ca. 23,000 protein-coding genes, far fewer
than had been expected before its sequencing.[1][2] In fact, only about 1.5
% of the genome codes for proteins, while the rest consists of non-coding
RNA genes, regulatory ... 阅读全帖 |
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S*********o
发帖数: 1334 | 19 进化论也是没有什么确定的结论，进化论并不能解释为什么有这么多无用的碱基，http://en.wikipedia.org/wiki/Human_genome提到：The haploid human genome contains ca. 23,000 protein-coding genes, far fewer than had been expected before its sequencing。所谓的解释都是事后诸葛亮，先射箭后画靶。
如果进化是按照你说的那种动态的随机过程模型进行的话，我们会看见生物以渐进的方
式一步一步的朝更加适应生存的方向进化，每进化一步就好象猜中一个字母，被适者生
存的法则所肯定，然后再猜下一个字母。但问题是我们看见很多的中间种类都灭绝了，
相反，原有的物种和新的物种都存留下来，这说明这些中间步骤是没有得到适者生存的
法则肯定的。所以，你的这个动态模型不适用。用猜密码来做比方，一个人猜密码，他
一个字母一个字母的猜，我们看见他每个字母会实验几次，然后猜到正确的字母就停住
，然后猜下一个，奇怪的是没有人告诉他刚猜的是正确的字母，他还没有猜完，这个密
码还不管... 阅读全帖 |
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a*****u
发帖数: 6 | 20 生物专业英语词汇——词素（词根）部分
一、 表示数量的词素
1. haplo,mono,uni ：单，一，独 haploid 单倍体 monoxide一氧化碳 monoatomic单原
子的
2. bi,di,dipl,twi,du :： 二，双，两，偶 biocolor 双色,dichromatic 双色的,
diplobacillus 双杆菌 dikaryon 双核体 twin ：孪生 dual 双重的
3. tri :三，丙 triangle三角 triacylglycerol三酰甘油 tricarboxylic acid cycle
三羧酸循环
4. quadri,quadru,quart,tetr,tetra：四 quadrilateral四边的 quadrivalent四价的
quadruped四足动物tetrode四极管 tetracycline四环素
5. pent,penta,quique五 pentose戊糖pentagon五角形pentane戊烷quintuple 五倍的
pentose戊糖 pentomer五邻粒
6. hex,hexa,sex 六 hexos |
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K**********e
发帖数: 188 | 21 我以为yinyang （YY)就是基因里比较中国化的了，结果还有这个......
来源： 李菠萝的日志
Proc Natl Acad Sci U S A. 1997 Jul 8;94(14):7475-80.
Three novel families of miniature inverted-repeat transposable elements are
associated with genes of the
yellow fever mosquito, Aedes aegypti.
Tu Z.
Department of Entomology and Center for Insect Science, University of
Arizona, Tucson, AZ 85721, USA.
j****[email protected]
Abstract
Three novel families of transposable elements, Wukong, Wujin, and Wuneng,
are described in the yellow fever
mosqu... 阅读全帖 |
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L********g
发帖数: 4204 | 22 I remember one of my TA labs using strawberry
mashed in the extraction buffer made of 100ml shampoo+15g salt in 1L water,
then add 1.5 teaspoon meat tenderizer. After filtered through cheesecloth,
go through ethanol precipitation (v:v 1:1) . Stir with a glass stick and you
will see the white sticky strawberry DNA. Since strawberry has multiple
haploid so very easy to get DNA.
Hope this may help. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 23 It is CS PhD and Biostatistic MD/PhD schlors both their duties, not wet bio/
medi MD/PhD's works.
pls check,
http://www.cs.helsinki.fi/u/vmakinen/
or
DAlign Computes the unit cost edit distance between a haploid and a
reference guided recombination of two diploids.
Maximal Unique Matches computed with a bidirectional BWT-index.
Traph. A software for RNA transcript expression prediction from RNA-
sequencing data. See RECOMB-seq and WABI 2013 papers below.
Normalized N50 calculator. A tool to extr... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 24 It is CS PhD and Biostatistic MD/PhD schlors both their duties, not wet bio/
medi MD/PhD's works.
pls check,
http://www.cs.helsinki.fi/u/vmakinen/
or
DAlign Computes the unit cost edit distance between a haploid and a
reference guided recombination of two diploids.
Maximal Unique Matches computed with a bidirectional BWT-index.
Traph. A software for RNA transcript expression prediction from RNA-
sequencing data. See RECOMB-seq and WABI 2013 papers below.
Normalized N50 calculator. A tool to extr... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 25 please go to
//evol.mcmaster.ca/cgi-bin/my_wrap/brian/evoldir/PostDocs/
then search web with key word:
Droso
match three
then click just one:
Postdoctoral Researcher in Drosophila Evolutionary Genomics
Potential start dates are between April 1 and July 1, 2012. Please
indicate the earliest start date you would consider.
Feel free to contact me with any questions (jpool (at) wisc.edu).
John Pool
Assistant Professor
Laboratory of Genetics
University of Wisconsin-Madison
jpool (at )wisc.edu
----
A... 阅读全帖 |
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r***e
发帖数: 2539 | 26 谁来科普下haploid ES cell吧。
Fig 1就没看懂。为什么做FACS会有4n，融合了？ |
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a*****x
发帖数: 901 | 27 我觉得这种拿Haploid human cell line screen一下有可能两个星期就出结果了。 记
得2009年的时候Thijn Brummelkamp几个月筛了几十个病毒的受体。 |
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S*********s
发帖数: 304 | 28 没有那么简单
绝大部分细胞都是不表达HBV受体的，这也是为什么建立
细胞和动物模型这么困难，更不用说haploid cell了。
Thijn也就是筛了几个病毒，没你说的那么夸张。
Thijn也只是claim factors used by pathogens for infection
不一定是受体 |
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m***i
发帖数: 4637 | 29 联想到haploid是可以活下来
然后再走sperm或oocyte |
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s**n
发帖数: 930 | 31 转自新浪微博
@生物在线Lab-on-Web 新浪机构认证： 【Nature：周琪等发现单倍体胚胎干细胞可获
得转基因动物】中科院周琪研究组和赵小阳研究组合作完成的研究首次实现了利用基因
修饰的单倍体胚胎干细胞获得健康成活的转基因哺乳动物，为灵长类等大动物的基因功
能研究及疾病模型的建立开辟了一条新的道路。http://t.cn/zlWrgKH |
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z*******o
发帖数: 1794 | 34 两年不见，小阳同学这么无敌了，我等loser掩面逃走。 |
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z*******6
发帖数: 679 | 35 无意中找到了当年隔壁宿舍哥们的一作Cell... 原来是这篇... 哎... |
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a***r
发帖数: 58 | 37 看标题以为单倍体小鼠问世了, 这不未来的诺贝尔奖吗! 仔细看了看, 原来小鼠还是
双倍体啊! |
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u**********d
发帖数: 573 | 38 我也挺好奇这个东西。
以前好多的报道，说很多重要的蛋白或者complex，在knockout后ES细胞的
pluripotency仍然能够保留，但我觉得结论还不够可靠。因为他们都只是检测了一些
marker，其水平与WT不相上下就得出了结论，但是我还是希望看到rescue的数据。而且
我希望这个rescue不是说百万细胞中有一个能够rescue就行了的，那样跟iPS没多大区
别，最好是百分之好几十的。
单倍体ES也面临同样的问题。
可能维持pluripotency的网络本来就不大，删掉很多边和节点也没事；也很强悍，可以
容忍很多基因的表达量变化。但是我们需要更多可靠的证据。
cells |
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u**********d
发帖数: 573 | 39 在技术方面我有两点理解：
1. 可以用来研究gene imprinting；
2. 一代就可以做出transgene小鼠。不过tetraploid complementation也是可以一代就做
出transgene小鼠的。两种方法都太难，成功率很低，就是不知道比较下来优劣如何。 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 40 我理解这样，单倍体ESC，在胚胎很长阶段都是可以的，一直到形成 生殖腺牙胚（
gonadal 。。。），这个阶段，细胞发育停滞下来，一直到性成熟，开始形成性细胞，
（请大家回忆减数分裂的过程meiosis）减数分裂，形成了有生殖细胞和一些死的不含
任何染色体的小细胞
问题是，这个知识怎么用呢？想了半天，不得要领 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 体细胞单倍体 成了的话 当然可能是'等离子态'上的成,
然后 还能复原成双倍体
下一步 晚期的 Tumor Cells 或Parkinson Brain Tissue Cells 也搞成单倍体
然后让其失活 再复原成双倍体
能治愈患者不? -----胡思乱想一例 |
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g*********5
发帖数: 2533 | 43 this gene is not in TR Hughes library but in Damp library.
For Damp library,
haploid or heterozygous diploid formats
which one is better for the experiment?
thanks, baozi. |
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g*********5
发帖数: 2533 | 44 what different between Mat A and Mat Alpha?
one haploid one diploid? |
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V******t
发帖数: 444 | 45 同求问。我正在做screen，原来是用Haploid 细胞＋piggyback 做forward genetic
screen
现在也打算用CRISPR。求科普＋八卦 |
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c********n
发帖数: 225 | 46 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
项目 结题
date： 2017年8月2日
updated: 2017年8月4日
Note2017080401: added a few notable reviews/summaries
---------------------------------------
- NBT retraction note：
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction2
原文引用
“Retracted online 02 August 2017
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natro... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 47 allele: one of a number of alternative forms of the same genetic locus (from
wiki)
人是diploid，所以对于每一个人来说，每一个genetic locus上都有两个allele（XY除
外）。
allele是对于haploid genome来说的，对于人来说称作genotype更合适，例如AA Aa/aA
aa是三种genotype。楼主说的检测不同allele，我的猜测是检测携带homozygous AA/
aa genotype（而非allele）的细胞，因为细胞不可能是单倍体（除生殖细胞）。
SNP不止存在AT和GC变换，可以从ATGC中的任何一个变到ATGC中的任何另一个，有
transition和transversion的区别。
一个allele，可能存在多个snp吗？
这里概念搞错了。SNP是指一个位点上在群体里有不同的allele，比如你带AA，我带Aa
。而allele指的是A或a。
如果你的问题是，一个SNP，可能存在多个allele吗？当然可能，有tri-allelic的SNP
的... 阅读全帖 |
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d******a
发帖数: 32122 | 48 狐狸和狗没法杂交
相差太大，都不是一个亚科的
能跟狗杂交的，只有狼 澳大利亚野狗 金豺 非洲三色犬（无实例）豺狗（无实例）
都有７８条染色体
从图上可以看出，狗和大灰狼是同一种动物，图上跟他们最近的是郊狼，然后依次是金
豺，埃塞俄比亚狼（应该也是种豺），豺狗和三色犬。
而黑背豺和侧纹豺有７４条，即便杂交，也会类似马（６４）和驴（６２）。
狐狸只有30多条
http://2.bp.blogspot.com/-PV8froOj_7U/TjkUecXRk9I/AAAAAAAACmY/vo18yeLfFpo/s1600/canid_phylogeny.jpg
A List of Number of Chromosomes of Various Organisms
African Wild Dog 78
Alfalfa 16
Algae 148
Amoeba 13
American Badger 32
American Marten 38
American Mink 30
Aulacantha (protozoa) 1600 [highest]
Arabidopsis thaliana 10
B... 阅读全帖 |
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