g*****g
发帖数: 3 | 1 Two postdoctoral fellow positions (2-3 year, extension possible) in
Statistical genetics and Bioinformatics are available in the Department of
Biostatistics at Virginia Commonwealth University (VCU, a top 100 research
university in US).
One position will focus on haplotyping, quantitative trait loci (QTL)
mapping, identifying gene-gene and gene-environment interactions for complex
traits with large pedigrees.
The other position will focus on genome-wide association studies (GWAS)
using genome-wi |
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g*****g
发帖数: 3 | 2 Two postdoctoral fellow positions (2-3 year, extension possible) in
Statistical genetics and Bioinformatics are available in the Department of
Biostatistics at Virginia Commonwealth University (VCU, a top 100 research
university in US).
One position will focus on haplotyping, quantitative trait loci (QTL)
mapping, identifying gene-gene and gene-environment interactions for complex
traits with large pedigrees.
The other position will focus on genome-wide association studies (GWAS)
using genome-wi |
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e*******n
发帖数: 872 | 3 本人是一个计算机类的会议的 program committee member，可以推荐审稿人,提供审稿
机会。审稿的
topic可以从下面的列表中任选。
请需要攒审稿冲EB1A的朋友联系我，站内邮件，把你的姓名，单位，职称，常用的
email地址一起发给我。
谢谢！
Topics covering industrial issues/applications and academic research into
intelligent computing will be included, but not limited to:
A. ALGORITHMS AND THEORIES
A1 Evolutionary Computation and Learning
A2 Genetic Algorithms
A3 Artificial Bee Colony Algorithms
A4 Cultural Algorithms
A5 Differential Evolution
A6 Memetic Algorithms
A7 Granular Computing
A8 Particle S... 阅读全帖 |
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M********7
发帖数: 81 | 4 NIW (National Interest Waiver) Recommendation Letter 国家利益豁免推荐信
RE: Form I-140 Petition of EB2 NIW (National Interest Waiver) for [The
petitioner]
Dear Sir or Madam:
I am writing in enthusiastic support for [the petitioner's] petition for
immigration to the United States. Specifically, I am writing to provide
evidence that [the petitioner's] work is in the national interest of this
country.
I was the major advisor of [the petitioner's] PhD degree studies in Genetics
and a committee member of [the... 阅读全帖 |
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M********7
发帖数: 81 | 5 NIW (National Interest Waiver) Recommendation Letter 国家利益豁免推荐信
RE: Form I-140 Petition of EB2 NIW (National Interest Waiver) for [The
petitioner]
Dear Sir or Madam:
I am writing in enthusiastic support for [the petitioner's] petition for
immigration to the United States. Specifically, I am writing to provide
evidence that [the petitioner's] work is in the national interest of this
country.
I was the major advisor of [the petitioner's] PhD degree studies in Genetics
and a committee member of [th... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 6 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: wayofflying (小破熊), 信区: WaterWorld
标 题: 研究表明，崇洋媚外违背基因变异和进化方向
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 5 12:40:56 2012, 美东)
研究结果表明，崇洋媚外的情节是违背基因变异和进化方向的。尤其是跟非洲人\中东
人和南美洲人结婚的,无论男女,每结婚一次,基因都会明显退化.
============================================================
基因图谱证明汉人基因是世界上进化最艰难与最复杂的基因体系, 而日本人则是除非洲
外离汉人基因图最远的一个种族。
(环境是造成基因突变主要原因,也是使人种进化更聪明人的主要原因)
M168 (出非洲,约5-6万年前)
M130(小矮棕人,海上移民标记,沿海路,澳大利亚洲,日本人8.5%,外蒙55%,满族6%,约5万
年前,)
YAP (小黑矮人,日本人34.7%)
M89(中**变)
M9(伊朗高原突变-->欧亚部落,约4万年前)
M45 (向北--中亚突变... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 7 基因图谱表明外嫁违反进化规律因此多数不幸福 而外娶多数和和美美
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jun 25 12:11:02 2012, 美东)
人类基因图谱证明华夏基因进化最完备 外嫁违反基因进化规律 外娶遵守基因进化图谱
文章提交者：nwtnt 加贴在 中国历史 铁血论坛 http://bbs.tiexue.net/bbs73-0-1.html
研究结果表明，崇洋媚外的情节是违背基因变异和进化方向的。
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[ 转自铁血社区 http://bbs.tiexue.net/ ]
基因图谱证明汉人基因是世界上进化最艰难与最复杂的基因体系, 而日本人则是除非洲
外离汉人基因图最远的一个种族。
(环境是造成基因突变主要原因,也是使人种进化更聪明人的主要原因)
M168 (出非洲,约5-6万年前)
M130(小矮棕人,海上移民标记,沿海路,澳大利亚洲,日本人8.5%,外蒙55%,满族6%,约5万
年前,)
YAP (小黑矮人,日本人34.7%)
M89(中**变... 阅读全帖 |
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m****c
发帖数: 244 | 8 just found out that i have some money has to spend.
if you can answer two questions regarding most of the following words, and
need support for the summer and beyond, contact me.
1. p-value
2. bayes factor
3. mcmcmc
4. em
5. haplotype
6. heritability
7. grep
8. extern |
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S*********4
发帖数: 5125 | 9 （转贴）人类基因图谱证明华夏基因进化最完备 供参考
http://tieba.baidu.com/f?kz=858990143
研究结果表明，崇洋媚外的情节是违背基因变异和进化方向的。
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基因图谱证明汉人基因是世界上进化最艰难与最复杂的基因体系, 而日本人则是除非洲外离汉人基因图最远的一个种族。
(环境是造成基因突变主要原因,也是使人种进化更聪明人的主要原因)
M168 (出非洲,约5-6万年前)
> M130(小矮棕人,海上移民标记,沿海路,澳大利亚洲,日本人8.5%,外蒙55%,满族6%,约5
万年前,)
> YAP (小黑矮人,日本人34.7%)
> M89(中**变)
> M9(伊朗高原突变-->欧亚部落,约4万年前)
> M45 (向北--中亚突变->欧洲人起源,约3.5万年前)
> M207(向西殖民突变)
> M173(欧洲中部雅利安人突变)
> M343(西欧现代英国人)
> M21... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 10 研究结果表明，崇洋媚外的情节是违背基因变异和进化方向的。尤其是跟非洲人\中东
人和南美洲人结婚的,无论男女,每结婚一次,基因都会明显退化.
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基因图谱证明汉人基因是世界上进化最艰难与最复杂的基因体系, 而日本人则是除非洲
外离汉人基因图最远的一个种族。
(环境是造成基因突变主要原因,也是使人种进化更聪明人的主要原因)
M168 (出非洲,约5-6万年前)
M130(小矮棕人,海上移民标记,沿海路,澳大利亚洲,日本人8.5%,外蒙55%,满族6%,约5万
年前,)
YAP (小黑矮人,日本人34.7%)
M89(中**变)
M9(伊朗高原突变-->欧亚部落,约4万年前)
M45 (向北--中亚突变->欧洲人起源,约3.5万年前)
M207(向西殖民突变)
M173(欧洲中部雅利安人突变)
M343(西欧现代英国人)
M214 (向南--南亚/东南亚突变)
M20 --陆路-南亚(印度集团)
M175--海路-缅甸/云南丛林高山黄种人突变,另一说M175是从M45在天山以... 阅读全帖 |
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d********f
发帖数: 43471 | 12 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: wayofflying (小破熊), 信区: WaterWorld
标 题: 人类基因图谱证明华夏基因进化最完备 没有之一 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 1 17:32:54 2012, 美东)
发信人: wayofflying (小破熊), 信区: Military
标 题: 人类基因图谱证明华夏基因进化最完备 没有之一
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 1 12:49:28 2012, 美东)
人类基因图谱证明华夏基因进化最完备 没之一
文章提交者：nwtnt 加贴在 中国历史 铁血论坛 http://bbs.tiexue.net/bbs73-0-1.html
研究结果表明，崇洋媚外的情节是违背基因变异和进化方向的。
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基因图谱证明汉人基因是世界上进化最艰难与最复杂的基因体系, 而日本人则是除非洲
外离汉人基因图最远的一个种族。
(环境是造成基... 阅读全帖 |
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E*****m
发帖数: 25615 | 13 稍微查証一下就知道這是胡扯， 講到
cohen modal haplotype, wikipedia 查一下就知道這不是猶太人
專有的。
要看DNA 研究就看點正經的，光看楊百翰大學的東西是不行的。
另外貼篇給你看。 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 14 http://en.wikipedia.org/wiki/International_HapMap_Project
HapMap计划，目的是描绘人类基因多样性分布规律，研究人类基因的不同变型对人类健
康、疾病和适应能力的影响。
这个项目成果发表在《自然》等顶级科学杂志上，比如这篇２００７年的：
Genome-wide detection and characterization of positive selection in human
populations.
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/downloads/presentations/Sabeti20
Sabeti, P.C., Varilly, P., Fry, B., Lohmueller, J., Hostetter, E., Cotsapas,
C., Xie, X., Byrne, E.H., McCarroll, S.A., Gaudet, R., Schaffner, S.F.,
Lander, E.S., and The International HapMap Consortiu... 阅读全帖 |
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l*****c
发帖数: 17 | 15 GWAS进行了10几年了，刚开始的时候大家用标记少的原因，后来基因组出来了，说样本
少，现在什么都有了，用统计方法，群体等等无数的可能生物学原因来解释。在Nature
Genetics经常看到文章对同一个疾病有不同的位点，这就是不能重复，然后又用不同
的科学名词来解释。还有，如果大量的群体实验不能重复或者结果只能解释1%的群体，
那研究又有多大价值？
现在我们假设这些结果是对的，那么应该可以快速的应用这些标记去找到或者诊断疾病
了，遗憾的是没有什么进展吧，除了大量的NG文章外。
对于GWAS研究，我们首先做的假定是：人类的基因是由基因引起的，某些类型的突变能
导致疾病。
这个假定对所有的疾病正确吗？比如，人类的肥胖症，有基因引起的吗？把肥胖病人放
到非洲去看看还有没有肥胖症。有人用基因+环境互作来解释，如果基因的影响占不到
10%贡献，那我们为什么有那么的实验室来研究可能存在的不同基因极其互作？人类的
癌症是由单个基因或者几个基因引起的吗？现在NIH的癌症基因组测序了上千个癌症样
本的基因组序列，没有发现有效应的共有的SNP/Haplotype？
还有人提出的个体药物计划，如果每个个体 |
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y****2
发帖数: 65 | 16 那研究又有多大价值？
由主效基因的猜想转变成超多微小效应的位点控制的观点呀。。。
Different QTL segregate in different population 已经是共识了。
肥胖大概是非常复杂的一个病。肥胖是个表型，同一个表型可以由不同的代谢和基因控
制吧，像这种复杂的病目前不能了解也是可以理解。
人类的癌症是由单个基因或者几个基因引起的吗？现在NIH的癌症基因组测序了上千个癌症样
本的基因组序列，没有发现有效应的共有的SNP/Haplotype？ |
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n********k
发帖数: 2818 | 17 Joke of the day or what?
there is not a most shameless but more shameless!
Results: 33
1.
Viable fertile mice generated from fully pluripotent iPS cells derived from
adult somatic cells.
Zhao XY, Li W, Lv Z, Liu L, Tong M, Hai T, Hao J, Wang X, Wang L, Zeng F,
Zhou Q.
Stem Cell Rev. 2010 Sep;6(3):390-7.PMID: 20549390 [PubMed - in process]
Related citations
2.
Production of mice using iPS cells and tetraploid complementation.
Zhao XY, Lv Z, Li W, Zeng F, Zhou Q.
Nat Protoc. 2010;5(5):963-71. Epu... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 18 What an AMAZING woman! seriously!! I vote her to be a next Nobel laureate
and a first Chinese and it is a girl too....
http://english.cas.cn/accessory/twows4th/twowsaward/201006/t20100627_55793.html
Professor Fanyi Zeng was born in 1968. She received her B.A. in University
of California San Diego, CA, USA in 1991. In 2005, she got her Ph.D in
University of Pennsylvania, PA, USA.
Professor Zeng has led a research team that has made substantial and long-
lasting contributions to the developmental ... 阅读全帖 |
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t**k
发帖数: 16 | 19 haploview虽然能给出一些risk haplotype, 但是老板让我作功能相关的研究，验证这
些结果，非常挠头，不知道从哪里下手，有人跟我说，针对p值高的分析一些dna 蛋白
结合，EMSA, 但是我感觉很多SNPs都很难说，有点瞎猫碰死耗子的感觉。
老板一心想深入下去，而且还在作进一步的sequencing，并且给我很多比hapmap和
1000genom project 里面更全的genotypes data。 弄得我都不知道怎么利用这些东西
了。 |
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l****u
发帖数: 46 | 20 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
Sequence Read Archive (SRA) and Trace Archive repositories have been
discontinued
Due to budget constraints, NCBI will be discontinuing its Sequence Read
Archive (SRA) and Trace Archive repositories for high-throughput sequence
data. Closure of the databases will occur in phases. SRA and Trace will stop
accepting some types of submissions in the coming weeks, and all
submissions within the next 12 months. Over the next several months, NCBI
will be working with sta... 阅读全帖 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 21 为啥偶听到的seminar和lz讲得不太一样阿
首先，亚洲人有眼褶是因为蒙古高原风沙大，被普遍认为是一种保护作用
高加索人种，鼻梁高，服色浅是对于当时欧洲大陆气候寒冷，日照少的适应
从线粒体角度来讲
非洲黑人的耦联度最高（highest efficiency),白人耦联度最低
同样进化学上认为，白人的mitochondria slightly more uncoupled to generate
heat,而非洲大草原上面跑步逃命最重要，所以要高度耦联
至于mitochondrial haplotype,很复杂，当时没听懂 |
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z****a
发帖数: 310 | 22 mitochondrial haplotype 就是说线粒体的DNA只有一份的，
线粒体的DNA基本上从母系来的。
人的常染色体是双份的，一份来自父系一份来自母系 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 23 不是吧，mitochondrial haplotype是指mtDNA上特定的一个cluster of DNA的序列特征
，有点类似于SNP |
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A********2
发帖数: 107 | 24 Thanks for the reference...I have read it through:
Evolution myths: Everything is an adaptation. Michael Le Page
This is an article for laymen I would say and the author's point is that not
every phenotype (or trait if you prefer) is fixed in population by positive
selection, with which I or other people working with evolution can't agree
more. Of course NOT all traits (mutations) fixed in population are neutral,
as a matter of fact, most spontaneous mutations would be either deleterious
or neut... 阅读全帖 |
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T***a
发帖数: 457 | 25 之前我一直以为妈妈的骨髓用作给孩子移植的话不是最好的选择，因为妈妈的骨髓不会
与孩子的完全匹配，只有同胞兄弟姐妹的才可能100% match。最近有一个想要做骨髓移
植的地中海贫血的小孩，他妈妈与他作骨髓配型，居然配出来10个点位全配。开始我还
以为医院造假或者搞错了。后来问了一个意大利的专家，他的答复是：
a mother can be 100% phenotypically identical if she shares one haplotype
with her husband..
首先，麻烦谁翻译一下这句话？我不是医学或者生物专业的，不太看得懂。
是不是就是说，在很少有的情况下，妈妈的骨髓也是可以和孩子匹配的？那么用这个妈
妈的骨髓作移植应该是很好的选择了对么？
人命关天，盼答复！
附件里是妈妈和孩子的骨髓配型单，请懂的人帮忙看一下？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 26 LZ can join in one
NextGenerationSequencing soft platform Bio统计 Master program at Stanford:
//biox.stanford.edu/clark/wong.html
then while you can understand one of below topics:
then many jobs will await you.
Topic
Haplotype Association
Convergence Rates of a Class of Density Estimates Based on Adaptive
Partitioning
Gene Network Inference II
100K Analyses
A Stochastic Model for Gene Regulation
A GWA Study for Bronchopulmonary Dysplasia
Learning Networks in Biological Systems
Non-canonical junc... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 27 新技术作为技术储备到花钱不多，但只要用起来，就收不住了，铺开来，有多少钱也能
花光。
另外，不是所有的技术都有必要实现。技术不成熟的时候，完全可以等待未来更成熟的
技术再大规模铺开应用。而现实是，往往一个新技术出来，大规模应用就开始了。比如
，做酵母的同学都知道yeast knockout collections （YKO)。当时做的时候，就没引
入loxP sites，就大规模做了。用YKO strains 做double KO 就不方便。现在用zinc
finger nuclease技术做knockout mice，其实也有很多问题，但也开始大规模铺开了。
希望Sigma没从NIH拿钱做这个。
发生这种有技术马上就大规模上马的原因，主要是个人和小集团利益。有新技术，就有
忽悠钱的机会。而且，大规模做，自己5年的funding就有保障了。而且肯定能产生结果
。至于有没有用，那也肯定有的，作为工具。
还有，对技术应用能解决多少问题，事先的评估是很不够的。基本就听申请人瞎吹。讲
个例子，无论是传统的SNP／haplotype mapping，还是新一些的arrays，还是最新的
Next... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 28 新技术作为技术储备到花钱不多，但只要用起来，就收不住了，铺开来，有多少钱也能
花光。
另外，不是所有的技术都有必要实现。技术不成熟的时候，完全可以等待未来更成熟的
技术再大规模铺开应用。而现实是，往往一个新技术出来，大规模应用就开始了。比如
，做酵母的同学都知道yeast knockout collections （YKO)。当时做的时候，就没引
入loxP sites，就大规模做了。用YKO strains 做double KO 就不方便。现在用zinc
finger nuclease技术做knockout mice，其实也有很多问题，但也开始大规模铺开了。
希望Sigma没从NIH拿钱做这个。
发生这种有技术马上就大规模上马的原因，主要是个人和小集团利益。有新技术，就有
忽悠钱的机会。而且，大规模做，自己5年的funding就有保障了。而且肯定能产生结果
。至于有没有用，那也肯定有的，作为工具。
还有，对技术应用能解决多少问题，事先的评估是很不够的。基本就听申请人瞎吹。讲
个例子，无论是传统的SNP／haplotype mapping，还是新一些的arrays，还是最新的
Next... 阅读全帖 |
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a*********n
发帖数: 2526 | 29 想必你们试验室是搞 human genetics, 这是为了找跟phenotype相关的haplotype用的 |
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t*m
发帖数: 4414 | 30 pcr (difficult), paired end ngs, phase haplotype |
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o*******a
发帖数: 242 | 31 抗青蒿素的虫子出现了。
--------------------
Nat Genet. 2013 Apr 28. doi: 10.1038/ng.2624. [Epub ahead of print]
Multiple populations of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum in
Cambodia.
Miotto O, Almagro-Garcia J, Manske M, Macinnis B, Campino S, Rockett KA,
Amaratunga C, Lim P, Suon S, Sreng S, Anderson JM, Duong S, Nguon C, Chuor
CM, Saunders D, Se Y, Lon C, Fukuda MM, Amenga-Etego L, Hodgson AV, Asoala V
, Imwong M, Takala-Harrison S, Nosten F, Su XZ, Ringwald P, Ariey F, Dolecek
C, Hien TT, Boni... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 32 另外随便说一句
比如做过SNP calling的人都知道GATK，就是Broad搞出来的
GATK是SNP calling的terminator；基本上GATK横扫其他所有的软件，他们把SNP/indel
calling的功能不管是深度（比如各种data clean和error-correction model以保证找
到的SNP是非常可信的）还是宽度（满足各种不同project的需求，功能多样化，比如
haplotype inference或者推广到population level）都做到极致，据说都要开始商业
化，不free了
另外包括sequencing library preparation protocol，data storage/processing等等
, 我感觉基本NGS这一块Broad做了太多原创工作，算是sets up a standard
那为什么Broad可以做到？我相信因为他们有足够的funding做sequencing，大量的来自
哈佛的patient samples，懂得计算工程的coding和data processing的人才，以及横扫
生物/计算/... 阅读全帖 |
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v***r
发帖数: 1046 | 33 It sounds interesting. But may not be applicable. Since mutation rate on Y-
chr is low (i mean, SNPs), and it could be difficult to find a last name
specific y-haplotype. That is why y-chr is more useful for tracing
population origin. |
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u*********1
发帖数: 2518 | 34 上面是我的经历，下面说下我的感想感悟：
1. 永远别怀疑自己的能力；尤其bioinformatics这一行。说白了我到现在也是个大外
行，不懂计算机。但bioinformatics ！= 计算机，bioinformatics ！= coding。除非
你做什么algorithm的开发，对coding技术要求很高，不然的话对我们大部分所谓的
bioinformatician，我们都是用人家已经开发好的program，什么BWA，什么GATK；你觉
得你开发的过人家Broad的那群天才吗？相反，我觉得很多CS出身人压根不懂生物或者
医学，他们能做的就是写点什么新的程序，然后证明下自己的计算power比已有的要强
，发个文章，他们也不maintain他们的program，N多bug，也不会有人用他们的program
；在我看来他们就是制造垃圾paper的。所以bioinformatics的本质不是coding，而是
等你有生物医学的问题的时候，你要会用计算机来解决你的生物问题。这才是核心。很
多不懂生物医学的计算背景的人，他们无非是看bio的funding多，钱多人傻来忽悠忽悠
，混口饭吃罢... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 35 当时感觉自己就像是个傻子，除了pcr，cell culture就什么都不知道，计算机不会
这种感觉当然是很不爽的，觉得自己很傻。
但如果只是别人把data给你，你做点计算机分析，那会是同样的equally的傻；感觉会
非常的莫名其妙。而且如果数据出现了异常，你也搞不清楚到底是咋回事。我过去就分
析一个family pedigree的exome sequences，看Y染色体的reads alignment会发现人家
压根把爸爸和妈妈给label错了；那么我自然不相信这个pedigree的任何label，他们能
把父母label错，那或许也会把小孩label成父母，父母label成小孩，对吧？所以你要
重新做haplotype的分析来确定他们的关系。
所以最有满足感最科学的就是，自己同时做bench产生数据，自己分析；一切命运掌握
自己手中 |
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v***r
发帖数: 1046 | 36 这个是什么软件算的？大部分haplotype区域很难定成欧亚独有的吧 |
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r******g
发帖数: 600 | 37 你cross het 和 het 时，把 male的精子pcr一下，看看是不是根本木有ko haplotype！
如果是睾丸特异的，分析一下减速分裂！ loxp是个好主意！ |
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g*********3
发帖数: 177 | 38 她前一段研究集中在positive selection: 其中的 haplotype range, frequency.etc
这些方法其实都不是她原创。不过02年的nature(我说错了不是science：）)算是第一
次将这三种方法结合起来，但也是小规模。
后来有了1000genome，她的paper紧随其后，应该是1000genome的data她能实时拿到吧
，不然不可能这么快。她的方法在大规模的数据上用了一遍，发现了很不错的结论。
不过LS的说的很对，招她看的是潜力，确实是这样的，因为她做的一系列工作positive
selection随着NGS的出现而有一系列的发现是很显然的。
LS说的关于病毒方面的研究我确实不知道,但是她的malaria工作确实展开很久了，这种
host-infection.etc coevolution确实很有意义 |
|
s*******n
发帖数: 37 | 39 according to Bing Ren's most recent nature paper,most genes have 1.7:1
expression ratio for two alleles.30% is close to 1.7:1.
Integrative analysis of haplotype-resolved epigenomes across human tissues |
|
r**********e
发帖数: 587 | 40 从来就只用现成的package （alignment, GATK, haplotype, WGS, exome, RNA-seq,
structural variation）
会一些python perl R，但都是皮毛
完全没做过统计分析
我的工作主要就是寻找 genetic variation....
这也是为什么我觉得自己bioinformatics其实很弱。。 |
|
r**********e
发帖数: 587 | 41 PhD临近毕业。老板MD，主要做disease genetics,PhD前半部分是纯bioinformatics，
寻找疾病mutation或者risk lock；后半部分就是研究这些位点的功能，做了很多实验
分子细胞RNA等等基础研究（已后悔）。好处是啥都懂一些，坏处是不精通。
技能方面，不会自己写package，从来就只用现成的package （alignment, GATK,
haplotype, WGS, exome, RNA-seq,
structural variation）,会一些python perl R，但都是皮毛,完全没做过统计分析
bioinformatics方面我的工作主要就是寻找 genetic variation....这也是为什么我觉
得自己bioinformatics其实很弱。。
未来的事业方向我非常非常清楚和坚定，就是clinical genetics，只想做临床or疾病
的基因组分析，坚决不做基础生物研究。但有个选择问题是继续一半实验+一半生物信
息的模式，还是下定决心彻底做生物信息
1. 一半实验+一半生物信息：还是对有实际应用价值的医学基因组学很... 阅读全帖 |
|
r**********e
发帖数: 587 | 42 从来就只用现成的package （alignment, GATK, haplotype, WGS, exome, RNA-seq,
structural variation）
会一些python perl R，但都是皮毛
完全没做过统计分析
我的工作主要就是寻找 genetic variation....
这也是为什么我觉得自己bioinformatics其实很弱。。 |
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r******g
发帖数: 600 | 43 integration site 不知道的话，文章一样发啊
90年代 做transgenic mice 很多都不知道loci的
你准备怎么cross 老鼠呢？ 讲来听听，我挺好奇的。我自己从来没遇到过这种情况
我想了想，觉得 先cross 出heterozygous A+/-. B+/- 然后 再跟WT cross
直接 同时PCR A和B, 得到double positive 为成功的haplotype。 貌似用这种办法，
screening strategy比较简单
lz准备怎么操作？纯属好奇
same
routine
kinds |
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l***7
发帖数: 50 | 44 Budowle, B., Sinha, S. K., Lee, H. S., and Chakraborty, R.
Utility of Y-chromosome short tandem repeat haplotypes in forensic
applications
Forensic Science Review (2003) 15:153–162.
email:[email protected]/* */
Thank you! |
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s******s
发帖数: 13035 | 45 hmmm
现在的caller用普通WGS/WXS还做不到AF 0.1%, 连1%都做不到。
你看了error rate，就知道搞个Q30其实就等于把Q30以下所有的evidence都扔掉了，所
以error rate才重要。到了mutect2里面，虽然文章还没发，但是用的haplotypecaller
engine, 很多variant貌似只要很少的haplotype support就能call出来，这样每个
reads以及quality score应该更重要了。
你说的reads direction, 其实很可能是bias. 建议去看Broad dToxoG, OxoQ的文章，
这种bias在call出来以后是应该filter掉的。 |
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x****a
发帖数: 68 | 46 I need to do haplotype analysis using PHASE. I have some questions regarding
this
software. Thanks a lot for sharing in advance! |
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a*******g
发帖数: 80 | 47 I used it long time ago. You could use SAS Genetic to estimate the
haplotype.
regarding |
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a***r
发帖数: 420 | 48 我第一年，在做rotation，所以大家可以看到我的求助帖种类比较多样。。。
不过这个rotation的内容确实是genotype imputation和haplotype phasing：） |
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