由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: hmqc
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g**********n
发帖数: 4
1
工作描述如下, 本人的背景跟这个位置非常match,简历基本cover所有discription,
已经在线投简历,还请有关前辈多多指点,帮忙再push一下简历给Hiring Manager就太
好了!先谢了.
(在线简历是个德文网站,还要browser翻译成英文,最离谱的是还提示要用“原始语
言”投简历,以便recruiter筛选,算是奇葩经历了)
Job Description A health care company with global reach. A product pipeline
filled to the brim. A team committed to scientific advancement. Think what's
possible. Novartis and its associated companies are always looking for
talented employees globally. We are engaged in advance preparation for
potential position openings.... 阅读全帖
r*******e
发帖数: 971
2
【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: reclapple (加菲鲸), 信区: Chemistry
标 题: 有人对2D-NMR比较了解嘛?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 9 15:23:00 2010, 美东)
rt,看文献碰到这么一种谱。
[15N 1H]-CRINEPT-HMQC
全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT)
Heteronuclear Multiple Quantum Coherence (HMQC)
这个是用来解蛋白结构的。
我很不理解的是,怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来?然后又怎么
能通过cross peak 强度位置来算结构呢?
b******y
发帖数: 627
3
A protein of a few hundred amino acid residuals is sort of on the upper side
of NMR studies. Only hard core NMR labs should do it.
Just give you a bit info. You need to label the protein with N15 and C13 in
D2O given its size. Assign all the amide peaks on a 2-D HSQC or HMQC (again
hundreds of them, of course). Then take a series of 2-D HSQC or HMQC with
increasing concentrations of the ligand. Presumably the amide close to the
ligand will change and those far away remain unaltered. As such, you... 阅读全帖
r*******e
发帖数: 971
4
来自主题: Chemistry版 - 有人对2D-NMR比较了解嘛?
rt,看文献碰到这么一种谱。
[15N 1H]-CRINEPT-HMQC
全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT)
Heteronuclear Multiple Quantum Coherence (HMQC)
这个是用来解蛋白结构的。
我很不理解的是,怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来?然后又怎么
能通过cross peak 强度位置来算结构呢?
g*****n
发帖数: 36
5
每一个amino acid 在你说的CRINEPT 或HMQC谱图上对应一个cross peak,
这些只能给出蛋白的backbone信息,
如要解结构,这还远远不够,还得做很多3D实验。
另外也不一定用NMR,可以用X-Ray,
NMR灵敏度不太高,需要大量蛋白。
推荐一个NMR中文wiki
http://www.nmrwiki.cn
这里还有一个专业的NMR论坛
http://www.chinanmr.cn/forum.php
p****s
发帖数: 3153
6
你说得不对,他所说的CRINEPT-HMQC-TROSY是一个谱而不是几个。
我不太了解xray需要多少蛋白,不过做液相NMR就算是很大的蛋白我想几mg就够用了。
NMR和xray是互补的实验而不是相互竞争,真正做NMR的人也不会直接跟xray竞争。NMR
可以提供很多dynamics的信息,这是xray无法做到的;而且NMR可以做溶液里甚至是细
胞组织内的状态,而xray需要单晶(似乎也有用微晶的,我不懂了)。现在NMR已经发
展成了一个很强大的方法,通过single scan NMR,以后做real time估计都是可以实现
的。
从本质上来说NMR当然是不灵敏的方法,远没有其他光谱方法灵敏,但是我认为(当然
是我自己的观点)它能提供最接近生理条件的结构信息。“不用NMR也可以用xray"这说
法有点好笑,有些蛋白就长不出晶体,你怎么做xray呢,呵呵。当然NMR有分子量的限
制,要做大的体系首先还是应该考虑xray。我自己认为NMR是更有灵活性的方法,而且
就算解不出高分辨率的三维结构还是一样可以提供很多有用的信息。
p****s
发帖数: 3153
7
来自主题: Biology版 - 怎么保持蛋白结构?
测测correlation time,也许知道是不是多聚了。我觉得是多聚的可能性比较大,就算
是没折叠的,也不会峰很少
要不做做H-C HMQC,不过估计比较贵,哈哈
O*******f
发帖数: 926
8
捉摸了两天,头都大了。个人经验初步推测,3.79ppm可能是甲酯,那么3.88的就是氮
甲。但还是不清楚who is the major。
pfizer的专利WO2007/034278上有个OTf的衍生物(methyl 1-methyl-3-(
trifluoromethylsulfonyloxy)-1H-pyrazole-5-carboxylate)的NMR数据(page 56-57)。
看来只好再作一步,就应该清楚了。
HH cosy和HMQC都是好方法,单晶的结论更是无可争辩。大家有没有想过N15的NMR?
年前请大家吃包子。没有收到的,年后请给我发信。谢谢大家。虎年顺心吧。
O*******f
发帖数: 926
9
捉摸了两天,头都大了。个人经验初步推测,3.79ppm可能是甲酯,那么3.88的就是氮
甲。但还是不清楚who is the major。
pfizer的专利WO2007/034278上有个OTf的衍生物(methyl 1-methyl-3-(
trifluoromethylsulfonyloxy)-1H-pyrazole-5-carboxylate)的NMR数据(page 56-57)。
看来只好再作一步,就应该清楚了。
HH cosy和HMQC都是好方法,单晶的结论更是无可争辩。大家有没有想过N15的NMR?
年前请大家吃包子。没有收到的,年后请给我发信。谢谢大家。虎年顺心吧。
I******8
发帖数: 3
10
2D NMR, HMQC and HMBC.
I******8
发帖数: 3
11
2DNMR,HMQC and HMBC
g*****n
发帖数: 36
12
来自主题: Chemistry版 - 有人对2D-NMR比较了解嘛?
每一个amino acid 在你说的CRINEPT 或HMQC谱图上对应一个cross peak,
这些只能给出蛋白的backbone信息,
如要解结构,这还远远不够,还得做很多3D实验。
另外也不一定用NMR,可以用X-Ray,
NMR灵敏度不太高,需要大量蛋白。
推荐一个NMR中文wiki
http://www.nmrwiki.cn
这里还有一个专业的NMR论坛
http://www.chinanmr.cn/forum.php
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