t**k
发帖数: 16 | 1 新人求教,现在手里有上千样本的病人和正常人的genotypes数据,用什么软件,或者有什
么办法能够分析得到更加准确的hyplotypes,并且进一步找到可能出问题的DNA片段所在
位置? |
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h*i
发帖数: 3446 | 2 What you are talking about are male Y hyplotypes, which usually do not
determine the appearance. |
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h*i
发帖数: 3446 | 3 这是由三个重要因素决定的。
1. 地理。 横断山是O迁徙扩散的一个可能路径。横断山地形复杂，具有造成人群隔离
的条件，这是hyplotype起源成型的必要条件。独龙族O3所处的地理符合这些条件，而
北欧一条也不符合。记住，人类是从非洲迁徙出来的，基因起源必然在从非洲出来的中
途发生，特别是很老的基因。
2. 基因年龄。N很老，O3很新。
2. 含量。独龙族O3含量很高，超过90％。芬兰N含量没有这么高(60%)，有低频I（30%
）的混入，说明N是芬兰的征服者，征服了以I为主的当地人，而不是N在芬兰起源的。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 5 免费的haplopview就可以估计haplotype，用的人也非常多。据我所知好像也谈不上什
么“更准确的haplotype”，大家没有几个人真正去大规模验证吧，都是refer出来的，
方法上各有优势，都有不少人用。
或者打算投啥杂志，看看主编的文章一般用啥软件 |
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n********t
发帖数: 1079 | 6 Haploview，不过数据量不能太大，这个软件的memory footprint大得惊人 |
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t**k
发帖数: 16 | 7 haploview虽然能给出一些risk haplotype, 但是老板让我作功能相关的研究，验证这
些结果，非常挠头，不知道从哪里下手，有人跟我说，针对p值高的分析一些dna 蛋白
结合，EMSA, 但是我感觉很多SNPs都很难说，有点瞎猫碰死耗子的感觉。
老板一心想深入下去，而且还在作进一步的sequencing，并且给我很多比hapmap和
1000genom project 里面更全的genotypes data。 弄得我都不知道怎么利用这些东西
了。 |
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s*****0
发帖数: 357 | 8 This is a really good opportunity to get exposure to the knowledge of the
association study. If you are interested in an industry job, this project
will definitely help.
You'd better formulate your question more clearly. What is your plan? Why
going directly to haplotypes without conducting single site tests? How large
and how dense of the coverage you want your haplotype to be? How would you
plan to use the statistical inference to guide your functional study?
Different software (PHASE, PLINK, ... 阅读全帖 |
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o***n
发帖数: 96 | 10 just read the initial post, yes,,, mom and dad share a common asian
hyplotype |
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