h******u
发帖数: 131 | 1 一种柱子，从公司买的。如果你的基因有homologue, 或者多个isoform. 也有可能出现
这种情况。 |
|
s*********t
发帖数: 600 | 2 用来做293FT和ES细胞的内源的MeCP2的western blot／
我用了abcam的，号称ChIP级，但是好难用啊／
还有，这个MeCP2的human和mouse的两个的isoform分子量计算的都在53kD左右，怎么WB
检测的都是75kD呢？差的
也太多了吧？为毛啊？
谢谢！！ |
|
s*********t
发帖数: 600 | 3 MeCP2，不管人还是老鼠，两个isoform计算的分子量都是53kDa左右，但是WB检测却在
75。
差一点我可以理解，但是着也差的太多了吧？
为何会这样？
谢谢！ |
|
M*****e
发帖数: 279 | 4 Totally agree what you (chugol) said.
Suprisingly, Yao Yi did not appreciate the importance of aquoprin,
conceptually, biologically, and medically.
Do you know that Yao Yi graduated from Jiang Xi Medical College? He may not
learn this fact when he was at medical college: Physcians had long known
that mercury can cause insipidus (too much urine), but did not know the
mechanism until the discovery of aquoprin.
No water, no life. Water preservation is primarily achieved by kidney that
expresses so ... 阅读全帖 |
|
M*****e
发帖数: 279 | 5 Totally agree what you (chugol) said.
Suprisingly, Yao Yi did not appreciate the importance of aquoprin,
conceptually, biologically, and medically.
Do you know that Yao Yi graduated from Jiang Xi Medical College? He may not
learn this fact when he was at medical college: Physcians had long known
that mercury can cause insipidus (too much urine), but did not know the
mechanism until the discovery of aquoprin.
No water, no life. Water preservation is primarily achieved by kidney that
expresses so ... 阅读全帖 |
|
V***b
发帖数: 3419 | 6 还有一种可能性是一个蛋白，比如Nrf1有好几种isoform，每种分子量都不一样。不同
物种，人和老鼠的也不一样。再有就是乌龙，80kd的带白，在40kd有个带，质控的人也
不懂生物，就是它了。 |
|
|
V***b
发帖数: 3419 | 8 Nuclear factor erythroid 2-related factor 1。不是啥流行蛋白，找个抗体都困难。然后mRNA有好几种variant，在蛋白层面有好几种isoform，功能明晰的好像是最大的那个，头疼。
4度存储还好了，抗体结构稳定，不爱坏。 |
|
b*****l
发帖数: 9499 | 9 先看是不是在 RNA level 的变化：PCR 钓出相关的 mRNA 再转 cDNA 测序看一下 mRNA
的长度和构成有没有变化，isoforms 都有哪些，是不是 splicing/modification 有
不同。有条件的话，RNA-seq 一下。
另外，有没有试试在 E. coli. 里面和原来的 gene side-by-side 地表达一下？ |
|
h*****b
发帖数: 492 | 10 Title:Enhanced Nerve–Mast Cell Interaction by a Neuronal Short Isoform of
Cell Adhesion Molecule-1
J Immunol 2011 186:5983-5992; published ahead of print April 11, 2011,
please email the paper to h*****[email protected]
thanks a lot
best |
|
j****x
发帖数: 1704 | 11 LZ现在的困惑不是转录起始位点，转录起始位点就是mRNA 5'UTR开始的位置，这个5'
RACE如果做的好的话直接就出来了，毕竟他genomic/cDNA序列基本是明确的，从前RACE
都是根据部分已知的序列来获取剩下的未知序列的，难度差多了。
LZ现在困惑的是翻译起始位点，这个和mRNA 5'端是否有60bp的差别关系不大，通过
northern也无法确定核糖体究竟从哪个ATG开始翻译。如果有ortholog就序列比对一下
看看其他物种中有没有已经鉴定过的同源蛋白，因为相对而言N端是保守的（不讨论
isoforms）。
就像你说的，基本上第一个ATG就是起始ATG，即使不是最佳的Kozak序列，至少也能低
水平的起始翻译，后面的ATG除非有IRES，否则很难有很强的表达，这甚至还有可能是
表达调控的一种方式。 |
|
m*p
发帖数: 226 | 12 Dominant negative isoform from the fist KO? |
|
i*****g
发帖数: 11893 | 13 我第一反应也是alternative splicing and exon6 required
RT-sequencing.
问题是，如果这种isoform只是发育某个阶段表达，说不定简单RT 找不到
还有个解释是，exon5 对应的domain是毒性的，平时是masked,,, 下面不用我多说了 |
|
l***y
发帖数: 4671 | 14 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
骰子）
我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
为否则会有灾难性后果。但是，在某些病理条件下，这些被 lock 的 gene 又被表达了
，于是就杯具了。
这种远程空间构象导致的 e... 阅读全帖 |
|
|
r**a
发帖数: 121 | 16 因为我们系里新来的一个老板是做这个的
做得非常不错，看来还挺有意思的，当然是在果蝇上做
特别是其中一个基因，他发现了有几个isoform
相互间的作用很有意思，发了不错的文章
然后他还找到老鼠的同源基因，做了很多工作，好象paper是cell在投
不过，对这个领域的情况，我不是很了解。。。 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 17 大致搜了一下，似乎没有什么general的研究，都是focus到具体某个蛋白
不知道PBD里面一个gene多个isoform都有结构的多不多
麻烦指点一二 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 18 domain分析我做过一点，但是考虑到residue之间的long range interaction，我很好
奇AS会在多大程度上影响结构。我觉得即使没有general研究这个的文献，对某个重要
蛋白的应该还是有的。大致看了看，似乎有讨论p53 isoform的，还需要再看看。 |
|
w******y
发帖数: 8040 | 19 pros: 1. tend to be expressed at high level; 2. unique protein product
cons: less isoforms and less (evolutionary) flexibility
disadvantage |
|
n******7
发帖数: 12463 | 20 还是不太明白为什么intron会对evolution有贡献，好像大部分情况下大量表达的就是
一个major isoform，其他的都是minor
就算有，也不需要这么长的intron啊，mRNA算上UTR也就2K平均，intron随便就是上百K
，差两个数量级，太不划算了。 |
|
b******2
发帖数: 6 | 21 U can contact me if possible. I have some experiments about this type
isoforms thing in testis and actually, I am quite interested in this issue
though I've changed my direction.
L****[email protected] |
|
m******5
发帖数: 1383 | 22 我现在也在这么设计 ， 不过我们实验室之前已经有很多默认两个splicing event同
时发生情况下设计的工作了……现在特别害怕其实这两个event是独立的，有一种start
over的感觉……很不爽 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 23 clone了拿去测序不就好了
测个10个clone，如果总是两个events一起出现，也基本上可以肯定了 |
|
v****e
发帖数: 131 | 24 I am an Assistant Professor in the Dept. of Molecular and Cellular Biology
at Baylor College of Medicine, Houston, Texas. A postdoctoral fellow
position is currently available in my lab. My research interests/projects
include:
1. ERK3 signaling in cancer progression and metastasis, with a particular
interest in inflammation-associated cancer progression and metastasis.
Extracellular signal-regulated kinase 3 (ERK3) is a member of the atypical
MAP kinase subfamily. Unlike ERK1 and ERK2 that have ... 阅读全帖 |
|
l*****a
发帖数: 1431 | 25 第2点不是很理解。我们很肯定这个mutation就是造成这种病的原因。现在就想作一些
功能方面的研究。如果有RNA seq发现有isoform上的不同，肯定还会近一步验证。这样
的话也不行吗？
alternative
因, |
|
l*****a
发帖数: 1431 | 26 第2点不是很理解。我们很肯定这个mutation就是造成这种病的原因。现在就想作一些
功能方面的研究。如果有RNA seq发现有isoform上的不同，肯定还会近一步验证。这样
的话也不行吗？
alternative
因, |
|
|
m******5
发帖数: 1383 | 28 I happened to be reading a review article published 1 year ago talking about
that actin play a very important role inside cell nuclear, by recruting
Nuclearsome remodeling complex or stablizing pre-mRNA.
But there isn't any NLS harbored on actin, and it has been proved that actin
can not migrate into cell nuclear on their own. So, how come a little
amount of actin leaking into cell nuclear can have so significant function?
On the other hand, did anyone ffind that different isoforms of actin have... 阅读全帖 |
|
|
g*********s
发帖数: 350 | 30 The silencing efficiency largely depends on mRNA secondary structure. Two
isoforms have different secondary structure. Can both antibodies detect both
isforms? |
|
i*********0
发帖数: 915 | 31 最近准备做几个construct,一点头绪都没有.
那位大哥/大姐能贡献点意见.
谢谢先. |
|
Z******5
发帖数: 435 | 32 设计miRNA？microRNA？
还是siRNA？ |
|
|
M*****e
发帖数: 279 | 34 饶毅: 你可以有自己的观点，但不能不懂的还充内行。
1.对肖传国的工作的小看。他虽然广义上是研究neuroscience，但不代表他就知道肖的
探索(nerve rerouting)的重要意义。虽然肖有夸大他的手术的疗效（对有些spinal
bifilda孩子的排尿控制还是有效的。），手术在概念上开创性的。需要时间来完善这个
手术。至少一个美国JHU 的pediatric neurosurgeon知道他的手术；并认为是创新；如
果成功，will be amazing.
饶毅虽然是学医的，毕业于江西医学院，但是并没有行医。也不一定对因为脊髓损伤（
各种原因）导致排尿障碍有研究和深入了解，但是他如同方舟子一样说肖的手术一文不
值；肖是弱智，是充内行了。
2.过分贬低水通道aquaporin获得诺奖。
下面是我曾经附和一个帖子的观点。
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31504219_0_1.html
Totally agree what you (chugol) said.
Suprisingly, Yao Yi did not appre... 阅读全帖 |
|
b*****o
发帖数: 150 | 35 1.2kb PCR 应该很容易扩增和克隆的。
不能扩出的原因：
引物设计有问题；amplicon GC含量过高；cDNA来源的组织没有或很低的表达, Go to
UCSC genome browser to check your gene's expression in different tissues,
also you can check your gene's isoforms.
克隆不出来的原因：
要扩增片段的一侧可能有你用来做克隆的酶切位点，建议比较没有切的回收片段和酶切
之后的片段；
建议你连到T载体上，然后测序。 |
|
S*********u
发帖数: 980 | 36 我用了cell signaling 的akt siRNA I, knockdown human cancer cell的akt protein
. 用了50~100nM的浓度，mRNA 降低了80%， 但是protein只降低了50%左右（pan-Akt）
。造成的结果是，虽然pan-akt有降低，但是 p-Akt的信号降低很少，而且细胞在
knockdown之后，我关心的表型的变化也有限。
是不是因为这个siRNA只能target akt的其中一种isoform？ 不知道有没有同学用过效
果更好的siRNA, 或者是siRNA cocktail, 如果有的话，能不能推荐一下？
万分感谢！ |
|
K**4
发帖数: 1015 | 37 I remember that some Japan groups have sequenced all UTRs of the genes and
transcript isoforms that generated by alternative splicing. They published a
lot of Nature and NG papers from this.
Dont know if they have made it public.
Go back to your purpose, I think you need to find TSS or splicing sites for
morpholino, not 5UTR, right? |
|
n***w
发帖数: 2405 | 38 sample + 2nd --> result 1
sample + 1nd + 2nd --> result 2
compare the two? |
|
v***a
发帖数: 1242 | 39 我一般就是在文献里查，看大概的分子量判断主带。要么就是跑个含量很多的positive
control。 |
|
m******5
发帖数: 1383 | 40 Use different antibody as reference |
|
|
c********r
发帖数: 189 | 42
这样只能区分出2nd binding的杂带，如果primary也binding呢？ |
|
c********r
发帖数: 189 | 43
抗体有几个，对老鼠的这个蛋白，都不是很specific，哎 |
|
c********r
发帖数: 189 | 44
positive
如果含量很多的话，比如transfected cell，肯定没问题，能检测到。但是如果是检测
endogenous蛋白的话，这个抗体就不好使了 |
|
v***a
发帖数: 1242 | 45 是啊，那你可以对照在同一块胶上找到endogenous相应的band，它们应该是在同一水平
线的吧 |
|
p********i
发帖数: 116 | 46 siRNA knock down 之后看看条带，当然首先得确认这个siRNA是有效的。有knockout的
组织更好，但是可能还不如质谱。 |
|
|
m******5
发帖数: 1383 | 48 你只能区分杂抗体，cross activity 或者moonlit activity还是区分不出来 |
|
M**a
发帖数: 4816 | 49 26 January, 2012 Volume 1, Issue 1EditorialMore than the Sum of Its Parts p1
Boyana Konforti
Full Text | PDF (62 kb)
More than the Sum of Its Parts
Boyana Konforti
Editor, Cell Reports
Welcome to the first issue of Cell Reports, a new open-access journal that
covers all of biology with a focus on high-quality short papers. There are,
of course, other open-access journals—in fact, quite a number have launched
just in recent years (and there will almost certainly be more to follow)—
though few hav... 阅读全帖 |
|
M**a
发帖数: 4816 | 50 26 January, 2012 Volume 1, Issue 1EditorialMore than the Sum of Its Parts p1
Boyana Konforti
Full Text | PDF (62 kb)
More than the Sum of Its Parts
Boyana Konforti
Editor, Cell Reports
Welcome to the first issue of Cell Reports, a new open-access journal that
covers all of biology with a focus on high-quality short papers. There are,
of course, other open-access journals—in fact, quite a number have launched
just in recent years (and there will almost certainly be more to follow)—
though few hav... 阅读全帖 |
|
