c*********r
发帖数: 181 | 1 我刚做了一个ITRAQ的结果，可是不是太懂。
请问大家谁能指点我一下？
比如：
Protein probability
unique peptides
unique spectra
total spectra
Percentage of total spectra
还有很多，最好能留下邮箱，方便我请教，多谢！！！！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 2 Bingo
suppl:
Boehm AM et al. (2007)
Precise protein quantification based on peptide quantification using
iTRAQ^@TM
BMC Bioinformatics. 8:214.
its Fig. 2
The normal-probability-plot shows that a lognormal distribution
fits the peptide ratio data. The transformed experimental
data is plotted and lies on a line, so the data is nearly
normally distributed. The x-axis denotes the inverse function
of the normality and the y-axis represents the sorted logtransformed
values.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pub... 阅读全帖 |
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K******S
发帖数: 10109 | 3 I think you are HU YOUed and need to read more articles.
The whole proteomics field is moving toward MRM. As I was mentioned
previously, (follow the money), just check out NCI's CPTC concept. MRM is
still the golden standard. The only reasons peptide/protein MRM is lagging
behind are techinical issues and the cost to make stable isotope labeled
standards.
Label free is not sensitive. for something with a change below 50%, you
cannot even call it a change because of the variation of the whole
te... 阅读全帖 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 4 ITRAQ方便，protein digestion 之后开始标记，也相对便宜
SILAC 从cell culture开始加isotope labeled AA
这个方法对in vivo的实验没办法
ionization efficiency for some iTRAQ labeled peptides might be enhanced,
this would boost the sensitivity.
linear range for quantitation, SILAC might be better. |
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f*****n
发帖数: 3 | 5 Background: Ph.D. in analytical chemistry and expertise includes:
mass spectrometry, GC and LC chromatography, gel separation, gas phase ion
chemistry, ion molecule reaction, petroleum analysis, polymer analysis, top-
down and bottom-up proteomics, protein posttranslational modification,
protein identification, high throughput protein quantitation including label
free and labeling methods (i.e., iTRAQ, SILAC, O18Labelling), as well as
other analytical techniques (such as atomic absorptions, UV |
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m**********t
发帖数: 385 | 6 浙江西湖高等研究院坐落于中国浙江省杭州市西湖区，是一所由国家“千人计划”专家
以及其他顶尖人才领衔创建的新型非营利高端科研机构。研究院目前包括理学、前沿技
术、基础医学和生物学四个研究所，是一所以基础与前沿科学研究为核心，以博士生培
养为起点的高水平科研教学机构。现因发展需要，高研院诚邀海内外优秀科研平台管理
及技术人才加盟。
一、岗位职责及应聘要求：
1. 实验动物中心
1）主治兽医 招聘人数：1名
岗位职责：
a. 负责设施管理，日常运行, 和PI们及实验者沟通，了解需求，做到在满足实验需求
的基础上保障实验动物质量。
应聘要求：
a. 认同西湖大学理念，工作态度端正、吃苦耐劳，具有团队合作精神和服务意识，原
则性和责任心强，有良好的沟通能力；
b. 硕士及以上学历，生物学相关，有小鼠遗传学、兽医学经验者优先；
c. 善于沟通、思路清晰、认真负责、为人踏实、乐于服务；
d. 具有良好的团队合作精神，良好的独立工作及学习能力，积极上进。
2）胚胎操作技术员 招聘人数：1名
岗位职责：小鼠的生物净化、体外受精、精子和胚胎冷冻以及复苏。
应聘要求：
a. 生物学或医学相关专业毕业，硕... 阅读全帖 |
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x****z
发帖数: 327 | 7 跟风跪求审稿机会（配子体发育、植物抗逆、信号转导、蛋白质组、代谢组等）
为了绿卡申请需要积攒审稿经验，首先感谢贵版这个信息交流平台。本人基本背景如下：
植物学领域，硕士期间研究方向为植物雄配子体发育，实验技术以分子生物学为主。博
士期间研究方向为植物保卫细胞内荷尔蒙（ABA和MeJA）信号转导和气孔介导的抗逆机
理，实验技术包括蛋白质组（iTRAQ, 2D gel, ICAT, cysTMT等）、分子生物学、激酶
（SnRK和MAPK类）相关实验技术。博士后期间为植物保卫细胞内光信号转导，以代谢组
技术为主。熟悉植物物种拟南芥、油菜、蚕豆等。
目前有十篇文章发表，IF 5-10一作四篇，open access一作两篇，其余IF 2-10。 审稿
经验IF 2左右的两篇，其余都是open access无IF的>10篇，和背景并不非常符合。
跪求审稿机会，转让或推荐。有IF最好，背景相关的有无IF皆可。感谢万分！
联系方式 m*****[email protected]或者站内。再次感谢！ |
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f*****n
发帖数: 3 | 8 Background: Ph.D. in analytical chemistry and expertise includes:
mass spectrometry, GC and LC chromatography, gel separation, gas phase ion
chemistry, ion molecule reaction, petroleum analysis, polymer analysis, top-
down and bottom-up proteomics, protein posttranslational modification,
protein identification, high throughput protein quantitation including label
free and labeling methods (i.e., iTRAQ, SILAC, O18Labelling), as well as
other analytical techniques (such as atomic absorptions, UV, |
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n******i
发帖数: 374 | 9 需要1-2个审稿人 Acta Biochimica et Biophysica Sinica (ABBS)
题目 iTRAQ analysis of PBMC discovering vimentin to be a potential AIDs
therapeutic efficiency biomarker
请联系我，谢谢。 |
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o**4
发帖数: 35028 | 10 质朴应该可以测所有蛋白了，
可以用silac 或者 iTRAQ 标记蛋白 |
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i******g
发帖数: 90 | 11 你这个实验目前只能在酶切的时候做标记，然后用ITRAQ做定量分析。建议最好让做质
谱的实验室帮忙做。 |
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m******i
发帖数: 73 | 12 ITRAQ 8plex Label
或者合成的同位素标记的标样.
对质譜来说,要绝对定量,标样是王道. |
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a*****x
发帖数: 901 | 13 你有想法很不错，但是你的论据大多离事实太远。比如说你对蛋白质检测技术的认识还
停留在Western上，完全忽略了各种proteomics的手段包括Mass-spec，iTraq, Silac，
TR-FRET，Alphalisa等等。可以说最近生物学技术手段是爆炸性增长的，至少在
genetics（比如ZFN, Talen)和proteomics两个方面。
你说生物学对疾病毫无作用，更不用提癌症，糖尿病，高血压等疑难杂症。Glivec，
VEGFi之类难道不是生物学家发现的? 新兴的干细胞也在blindness和hearing loss取得
了很好的效果。医药界现在大约一半的药知道其作用的生物机制，其中大约95%是根据
生物医学文献得到的靶位点，5%是医药企业自己筛选得到的。另一方面，我还不知道任
何一个新药和生物完全无关。光是药安全性必过的有关就是hERG离子通道阻断性检测，
就是纯生理。
生物表面上也许不要很强的逻辑推理，是因为生物的逻辑太复杂，好像没有明确的推理
。事实上，逻辑性很重要，而且要发挥它的作用需要你积累足够的信息。我一般做实验
前都会做理想实验，假设得到各种结果分别会... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 14 LZ can find almost answers from PhD dissertation
by Phadke, Nikhil D.
Issue Date: 2011 Univ of Michigan
"Use Of Proteomics For The Analysis Of Hard-To-Dissect Biological
Samples."
link:
//deepblue.lib.umich.edu/handle/2027.42/84528
and PDF link:
//deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/84528/1/nphadke_1.pdf |
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p*****1
发帖数: 330 | 15 找蛋白质组数据搜索如mascot的manual |
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b*******g
发帖数: 1309 | 16 ask for iTRAQ technique
run |
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x****z
发帖数: 327 | 18 跟风跪求审稿机会（配子体发育、植物抗逆、信号转导、蛋白质组、代谢组等）
为了绿卡申请需要积攒审稿经验，首先感谢这个信息交流平台。本人基本背景如下：
植物学领域，硕士期间研究方向为植物雄配子体发育，实验技术以分子生物学为主。博
士期间研究方向为植物保卫细胞内荷尔蒙（ABA和MeJA）信号转导和气孔介导的抗逆机
理，实验技术包括蛋白质组（iTRAQ, 2D gel, ICAT, cysTMT等）、分子生物学、激酶
（SnRK和MAPK类）相关实验技术。博士后期间为植物保卫细胞内光信号转导，以代谢组
技术为主。熟悉植物物种拟南芥、油菜、蚕豆等。
目前有十篇文章发表，IF 5-10一作四篇，open access一作两篇，其余IF 2-10。 审稿
经验IF 2左右的两篇，其余都是open access无IF的>10篇，和背景并不十分符合。
跪求审稿机会，转让或推荐。有IF最好，背景相关的有无IF皆可。感谢万分！
联系方式 m*****[email protected]或者站内。再次感谢！ |
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