p***g
发帖数: 66 | 1 KEGG did shut down their ftp access for bulk download. But users are still
able to access data through Rest API: http://www.kegg.jp/kegg/rest/.
You don’t really need to download anything by youself. The program does
that. |
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N******n
发帖数: 3003 | 2 KEGG是个静态的network, 不同的状态下，他的linking应该有变化， 问题是对于任何
一个静态，KEGG的pathway有多少是对的，多少是错的？
根据文献推导，好像false postive, 10-20%, 不知道这个数据对不对？ |
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N******n
发帖数: 3003 | 3 都知道细胞内pathway是动态的，KEGG是一个静态的链接，可能不同的时间，不同的细
胞，有的链接就不functional.
问题是大概有多少的保守性？ 比如breast cancer里面，大概10-20%的KEGG 链接可以
找到？ |
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c****r
发帖数: 576 | 4 就是说web service（比如链接数据库）还可以用，但批量下载数据就要收费了，个人
用户一年2000刀，集体用户5000刀。有一批软件要受影响，比如解析KGML来做图或进行
pathway mapping，除非出钱购买。换句话说，KEGG绑架了它的的用户群。
对比前年TAIR被砍掉3/4经费的时候也没怎么样，还不断添加数据开发新工具，日本人
真够猥琐。 |
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N******n
发帖数: 3003 | 5 KEGG is a static network representing gene gene interaction.
我们想知道具体的一个data，大概有多少和这个重合。
没有直接的答案，大概有60-70% |
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N******n
发帖数: 3003 | 6 A total of 90 KEGG pathways were broken down into over 130 million extensive
linear subpathways that considered all multiple gene assignments. Among
these subpathways, 4,644 well-defined subpathways were identified and their
significance evaluated via permutation tests. Subsequently, text-mining
association analysis was performed for the selected significant well-defined
subpathways
From;Pathway-Based Evaluation in Early Onset Colorectal Cancer Suggests
Focal Adhesion and Immunosuppression along... 阅读全帖 |
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g*******g
发帖数: 45 | 7 RT. KEGG网站上搜到的网络结构图怎么样下载成matrix格式，或者一个类似igraph
object能在R里面进行分析和处理的数据？ |
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N******n
发帖数: 3003 | 8 这个现在不能得到KEGG的dataset，要钱买。 |
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b******s
发帖数: 1089 | 9 一个突变体中做转录组测序，发现KEGG中ribosome protein大部分都降低了，没有一个
升高的。这表明蛋白翻译整体受到抑制？生物学的意义在哪？干细胞，细胞分裂，分化
中，哪些过程会有类似的现象？谢谢！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 pay USDollar 2K per year to KEGG
then dig deeper mining data etc
according to below paper:
//jaguar.biologie.hu-berlin.de/~schaber/papers/Schaber2009IETSB.pdf
its Fig. 2
or this Master dissertation:
//etd.ohiolink.edu/send-pdf.cgi/Ananthanpillai%20Balaji.pdf?ucin1259080814
also please refer below figure:
cited from Book Chapter:
//www.intechopen.com/books/data_mining_and_knowledge_discovery_in_real_life_applications/data_minin
g_in_the_molecular_biology_era_-_a_study_directed_to_carbohydrates_b... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 12 If Human
try Netpath
//www.netpath.org/
if mouse or rat
try David
//idconverter.bioinfo.cnio.es/
Protein Level
SwissProt
Taken from Ensembl Embl
Taken from Ensembl PDB id
Taken from Ensembl IPI
Taken from Ensembl
OMIM*
Taken from Ensembl
GO
Taken from Ensembl KEGG Pathways
Taken from KEGG Reactome Pathway
Taken from Reactome Reactome Reaction
Taken from Reactome
PubMed id
Taken from NCBI
or
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
if crop ... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 Sure
plus one Plos Bio 2012 paper from that Tom Maniatis lab too:
Zhao M. xxx mmm nnn and Tom Maniatis (2012)
Stochastic Expression of the Interferon-β Gene
PLoS Biol. 10: e1001249.
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617958
plus
2012 one Nature sister:
Multi-layered stochasticity and paracrine signal propagation shape the type-
I interferon response.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22291574
ps: for how to Stochastic Hidden Markov chain simulating MAVS KEGG pathway
pls just try one R&Pyt... 阅读全帖 |
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b***1
发帖数: 668 | 14 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东没有经过北京生命科学研究所公开演讲和选拔的正常途径，私自聘请
魏丽萍。
魏丽萍根本达不到北京生命科学研究员的资格，更不要说资深研究员。研究
员要通过两次国际评审，经过高级研究员、资深研究员。
北京生命科学研究所... 阅读全帖 |
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b***1
发帖数: 668 | 15 ◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东没有经过北京生命科学研究所公开演讲和选拔的正常途径，私自聘请
魏丽萍。
魏丽萍根本达不到北京生命科学研究员的资格，更不要说资深研究员。研究
员要通过两次国际评审，经过高级研究员、资深研究员。
北京生命科学研究所高级研究员都有Cell Nature Science论文，魏丽萍一
篇都没有，却高出这些人一级，没有经过国际评审，当了资深研究员。魏丽萍
2004年才有自己的课题组，年资不高，而且成绩平平，之所以能在北京生命科学
研究所当上高级研究员，是因为王晓... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 16 【Filariasis
From Wikipedia, the free encyclopedia
Filariasis
Life cycle of Wuchereria bancrofti, a parasite that causes filariasis
Classification and external resources
Specialty Infectious disease
ICD-10 B74
ICD-9-CM 125.0-125.9
Patient UK Filariasis
MeSH D005368
[edit on Wikidata]
Filariasis is a parasitic disease caused by an infection with roundworms of
the Filarioidea type.[1] These are spread by blood-feeding black flies and
mosquitoes. This disease belongs to the group of d... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 17 12月27日 为什么我要替中国辩护
我要替中国辩护，并不是因为我是一个中国人，而是因为我知道中国就和这世界上绝大
数的国家一样，虽然有很多丑陋的现象，但是他们是受害者。就
象这个犯罪集团里很多的人一样，他们来自各种种族，他们可能充当了工具，但他们不
是制造这一切，谋划这一切的人。虽然经常会暴露中国产品出现问题。但要知道中国是
世界工厂，他们只是打工者，他们只是按照各种雇主提供的配方来生产，他们并不知道
他们会产生怎样的后果。或者这些工人知道后果，但他们只是奴隶，他们又如何去改变
这一切？ 所以，当我的调查不断往前推进的时候，不可避免地会涉及各国的企业，但
这并不表明是针对这个国家或这个国家的人民，而是针对一种社会现实和丑陋现象。就
拿菲律宾来说，菲律宾是一个犯罪猖獗的国家，有很多犯罪分子，但是菲律宾人民却是
这个集团的受害者，他们／她们被绑架，沦为了牺牲品，人体实验对象。一个日本人，
强奸上千名菲律宾女孩，却没有受到惩罚。以前我也提到过，有20个国家的名单，这20
个国家的人民其实都是受害者。现在他们把矛头对准中国，或许仅仅是因为我揭示了他
们图害世界人民的内幕，而我是一个中国人的缘... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 18 12月27日 为什么我要替中国辩护
我要替中国辩护，并不是因为我是一个中国人，而是因为我知道中国就和这世界上绝大
数的国家一样，虽然有很多丑陋的现象，但是他们是受害者。就
象这个犯罪集团里很多的人一样，他们来自各种种族，他们可能充当了工具，但他们不
是制造这一切，谋划这一切的人。虽然经常会暴露中国产品出现问题。但要知道中国是
世界工厂，他们只是打工者，他们只是按照各种雇主提供的配方来生产，他们并不知道
他们会产生怎样的后果。或者这些工人知道后果，但他们只是奴隶，他们又如何去改变
这一切？ 所以，当我的调查不断往前推进的时候，不可避免地会涉及各国的企业，但
这并不表明是针对这个国家或这个国家的人民，而是针对一种社会现实和丑陋现象。就
拿菲律宾来说，菲律宾是一个犯罪猖獗的国家，有很多犯罪分子，但是菲律宾人民却是
这个集团的受害者，他们／她们被绑架，沦为了牺牲品，人体实验对象。一个日本人，
强奸上千名菲律宾女孩，却没有受到惩罚。以前我也提到过，有20个国家的名单，这20
个国家的人民其实都是受害者。现在他们把矛头对准中国，或许仅仅是因为我揭示了他
们图害世界人民的内幕，而我是一个中国人的缘... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 19 12月28日 仔细阅读以下文章
或许这些文章可以告诉你们孩子被伤害病毒的答案。
Astellas Pharma 应该和这些人体实验有莫大的关系！
Founded 2005; 11 years ago
Headquarters 2-5-1, Nihonbashi-Honcho, Chūō-ku, Tokyo 103-8411, Japan
Key people Yoshihiko Katakana
(President and CEO)
Filariasis
From Wikipedia, the free encyclopedia
Filariasis
Life cycle of Wuchereria bancrofti, a parasite that causes filariasis
Classification and external resources
Specialty Infectious disease
ICD-10 B74
ICD-9-CM 125.0-125.9
Patient UK Filariasis
MeSH ... 阅读全帖 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 20 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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b*********r
发帖数: 2532 | 21 【 以下文字转载自 ChinaNews 讨论区 】
发信人: bixu1 (2-39), 信区: ChinaNews
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:22:46 2011, 美东)
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东... 阅读全帖 |
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c*******o
发帖数: 27734 | 22 ☆─────────────────────────────────────☆
benchmarker (maine) 于 (Wed Apr 6 00:41:15 2011, 美东) 提到:
发信人: bixu1 (2-39), 信区: ChinaNews
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:22:46 2011, 美东)
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
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本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 23 12月27日 为什么我要替中国辩护
我要替中国辩护，并不是因为我是一个中国人，而是因为我知道中国就和这世界上绝大
数的国家一样，虽然有很多丑陋的现象，但是他们是受害者。就
象这个犯罪集团里很多的人一样，他们来自各种种族，他们可能充当了工具，但他们不
是制造这一切，谋划这一切的人。虽然经常会暴露中国产品出现问题。但要知道中国是
世界工厂，他们只是打工者，他们只是按照各种雇主提供的配方来生产，他们并不知道
他们会产生怎样的后果。或者这些工人知道后果，但他们只是奴隶，他们又如何去改变
这一切？ 所以，当我的调查不断往前推进的时候，不可避免地会涉及各国的企业，但
这并不表明是针对这个国家或这个国家的人民，而是针对一种社会现实和丑陋现象。就
拿菲律宾来说，菲律宾是一个犯罪猖獗的国家，有很多犯罪分子，但是菲律宾人民却是
这个集团的受害者，他们／她们被绑架，沦为了牺牲品，人体实验对象。一个日本人，
强奸上千名菲律宾女孩，却没有受到惩罚。以前我也提到过，有20个国家的名单，这20
个国家的人民其实都是受害者。现在他们把矛头对准中国，或许仅仅是因为我揭示了他
们图害世界人民的内幕，而我是一个中国人的缘... 阅读全帖 |
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n*********t
发帖数: 258 | 24 我试了几个小的专业数据库网站，如kegg module database, bioinforbank，
biograpgh 等等。怎么都查不到访问量。
大家对这类数据库士怎么处理的呢。 |
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f******6
发帖数: 68 | 25 来自主题: Immigration版 - 审稿转让 现转让一篇英国皇家化学学会的杂志的稿子.
如果有相关的经验,又需要审稿,请把你的名字,单位,非个人的email发到我的邮箱.
Molecular BioSystems
TITLE: Prediction of drug-target interaction by label propagation with
mutual interaction information derived from heterogeneous network
ABSTRACT:
Identification of potential drug-target interaction pairs is very important,
which is not only for providing greater understanding of protein function,
but also for enhancing drug research, especially for drug function
repositioning. Recently, numerous machine learning... 阅读全帖 |
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f******5
发帖数: 162 | 26 Try Kegg's Candies, 它家的工厂就在WESTPARK上, 这是一家有60多年历史的老店, 厂
子里有一家零售店,也可以看工人生产巧克力的过程, 买一些带德州土式的PECAN CRISP
, DIVINITY什么的.
http://keggscandies.com/ |
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s*****i
发帖数: 5548 | 27 ☆─────────────────────────────────────☆
waa330 (waa) 于 (Tue Apr 17 23:59:23 2012, 美东) 提到:
6月要去休斯顿开个国际会议，请问回去给国内导师带什么礼物好？
休斯顿有什么特产
请大家推荐
☆─────────────────────────────────────☆
Hetzer (乌衣蓝帽) 于 (Wed Apr 18 00:07:13 2012, 美东) 提到:
带点老墨的tequila应该不错
☆─────────────────────────────────────☆
waa330 (waa) 于 (Wed Apr 18 00:14:16 2012, 美东) 提到:
什么东西？
☆─────────────────────────────────────☆
ColdBody (生当作人杰，死亦为鬼雄) 于 (Wed Apr 18 00:24:46 2012, 美东) 提到:
houston屁都没有，带点NASA或者火箭队的纪念品吧
☆─────────... 阅读全帖 |
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c*******y
发帖数: 161 | 28 I am just learning how to use PAVE(program for assembling and viewing EST)
now, I do not know how to use it. Is someone know how to use it? also GO
Slim and KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Please give me some
suggestions how to find more informatics. thanks. |
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f*********e
发帖数: 1144 | 29 Ingenuity pathway analysis, gengo metacore (commercial softwares, but can
ask for demo version for free)
KEGG etcs (open access) |
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g**********t
发帖数: 475 | 30 这么贵？太黑了。国内的穷实验室这笔钱可不一定容易出啊。还好我不做代谢，哪一天NCBI和Ensembl也收费了估计我可以转行了。 |
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e**r
发帖数: 1144 | 31 不知道ncbi还能撑几年
中国经济和科研崛起，中国类似的免费服务应该多起来啊
现在有没有？ |
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a****d
发帖数: 1919 | 32 NCBI已经开始把部分数据库转给google了 |
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s******a
发帖数: 252 | 37 KEGG is never the best source of transcriptomic analysis.
Pay me $2K, I will give you the analysis in 24 hrs. LOL
But seriously, find some help in stead of wasting time. |
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a***y
发帖数: 19743 | 38 啊。
KEGG貌似有用不过不免费了的话我也没经费subscribe啊。
其他的看起来慢复杂的。但是我大概明白了你的意思。
UniProt我再细细研究一下。
life_applications/data_minin |
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j*p
发帖数: 411 | 39 Try DAVID (there is KEGG pathway) or ingenuity pathway analysis and get your
genelist ranked in someway. Instead of trying them one by one blindly, you
need to kind of having an idea to try which ones first. |
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G***G
发帖数: 16778 | 40 我做了一个pathway analysis的网站。用户输入一组基因，就可以知道哪些pathway
是enriched的。
这片文章刚刚也录用了。
现在的问题是，老板跟学校的一个校长介绍了这个网站。周五校长要和我们讨论
这个网站商业化的问题。
关键问题：1）可不可能商业化？2）我愿不愿意商业化。
请问我该如何回答呢？
我的网站目前是纯学术目的的。用到了很多免费的公用的数据库（这些不是我创建的）
比如KEGG，biocarta， reactome等。
所以是不是不能商业化？要是商业化的话，我需要买他们的license？
另外一个问题，商业化对我有什么好处？学校会给我投资吗？ |
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s******a
发帖数: 252 | 41 If it's successfully commercialized, most US institutions would give you a
cut of up to 1/3.
But from your description, I don't see a commercial future of this work.
A) Is there a technological entry barrier? Probably not.
B) You need licenses to use KEGG etc for commercial use, probably costing
more than you possibly earn.
C) If you charge a fee, your academic users (>99.9% of your users?) will go
to other places (there are plenty of them). |
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y**********n
发帖数: 478 | 42 这个不能称为false postive
同理，每个细胞里基因表达都是不同的，那人的基因有多少false postive？ |
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N******n
发帖数: 3003 | 43
R or its website， Gostats google.
library(GOstats)
library("hgu95av2.db")
GO enrichment
KEGG enrichment. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 LZ pls go to
//idconverter.bioinfo.cnio.es/
then bottom
Functional Level
click it or those icons
then go go go
KEGG Pathways
Reactome Pathway
original post:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31649343.html
9th floor
ps: BAO ZI two= W-E-I B-I 20 please? |
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a****d
发帖数: 1919 | 46 kegg for pathway analysis
Ingenuity Systems has more powerful tool, you can register and get trial
opportunity for a couple times. The software license fee is quite expensive. |
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B****m
发帖数: 63 | 48 同意cooldog的观点。其实上游的分析手段都一样的，也是最快的一步。但是到基因列
表之后，bioinfomatician能做的就很有限了，我们做生物的人要查找文献、围绕自己
关注的课题对结果进行解释，这是最困难的过程。
所以建议楼主先把结果拿到，进行下游的结果分析，等你把文章发表了，可以再回头学
习上游的数据分析技术。
下游的生物学分析，你可能要用的软件和工具：cytoscape（安装ClueGO，reactome
FIs等插件）、KEGG、DAVID等。如果你用excel不能做出你想要的图，这时候你要使用R
来作图。如果你想画出你的模型示意图，应该用inkscape。 |
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s******a
发帖数: 252 | 50 "面向对象的" - object oriented???
There's no foolproof way of running a metabolic simulation.
If you don't wanna anything to do with math, just look up your pathway (e.g.
from KEGG) and eyeball the downstream metabolites. |
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