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L******e
发帖数: 679 | 2 Gefitinib or Erlotinib 这两种药均对部分non-small-cell-lung cancer有效 （~10%
）。如果病人在EGFR 的 exon 19 有deletion 或者exon 21 有一个L858R点突变，75%
的这类病人对这两种药有效。如果病人的点突变在KRAS基因（G12或者G13），这两种药
物没有任何效果。 |
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S*********e
发帖数: 127 | 3 Characterization of Kras-mediated pancreatic tumorigenesis in zebrafish.
Davison JM, Woo Park S, Rhee JM, Leach SD.
Methods Enzymol. 2008;438:391-417.
a*****[email protected]
Thanks alot. |
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H*****e
发帖数: 120 | 5 Well, nothing need to be hidden. If some experimental discussion is needed,
we can communicate privately.
From academic view, there are several questions that need to be answered (
Sorry my chinese input is very slow):
1.Whether stem cell is cancer stem cell is an issue. I read so many
literature that people are using tissue stem cell marker for identify cancer
stem cells. Frankly, I reject all of them, manuscript or grant application.
2.Whether there is Lung stem cell is rather unclear (coul... 阅读全帖 |
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h********n
发帖数: 4079 | 6 I think your point 1,2,3 are targeting the cancer stem cell research field,
not C Kim's work. I think you don't agree the concept of cancer stem cell.
I don't argue against you at this point because more data are required for
the field.
4. most lung cancer mouse models yield adenocarcinoma, including Kras and
EGFR model, which largely due to the promoter. And mechanistic study of
adenocarcinoma is much better then other subtype of lung cancers.
5. I have not read her recent work, but I was in h... 阅读全帖 |
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r***e
发帖数: 2539 | 7 1. I don't like the concept of CSC either. It seems that more immuno-deficie
nt mice you use, you need less cells transplanted. I wonder if you just use
HELA cells, do you get the same result? then, there is a small number of CSC
in HELA cell culture too?
And what does this mean regarding to clinical practice?
4. More adencarcinomas are more due to mutations (Kras, EGFR), less due to
promoters. I tried different promoters, all leads to adenocarcinomas. I am
switching
to other mutations.
HGTPase:... 阅读全帖 |
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h********n
发帖数: 4079 | 8 I am so glad to read your thought. I would like to discuss a little more.
to 1: the term of CSC is controversy, but what if I say: "In lung adenocarcinoma, there is a population of tumor cells whose potency (in vivo) is much higher than other population in the same tumor. It is important to study this population of cells. How about we call it tumor initiating cell?"
what is your opinion to my above thought?
to 4: I don't agree with you on this point. Most lung cancer model use SPC or CCSP or C... 阅读全帖 |
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a*****g
发帖数: 543 | 9 It is interesting you mentioned the genetically similarity within cell line
s. Most of these studies would have been done using millions (if not billio
ns )of cells. The bias of sequencing or SNP would lead to identify the most
obvious low hanging fruit, such as KRAS, pten, p53 etc.
Apparently when single-cell level sequencing becomes widely available, iden
tifying subpopulations with genetic or epigenetic characteristics will be i
n a much better position.
http://www.genomeweb.com/sequencing/si... 阅读全帖 |
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r***e
发帖数: 2539 | 10 非常不错的总结！
我也比较支持KRas induced adenocarcinoma是从type2 cell出来的，从histology很容
易看到。
另外ccsp promoter的specificity比较难说，至少ccsp-rtTA的表达在type2 cell。我当
时看某些文献也糊涂了半天。见G&D 2001 15:3249
and
is
opportunity |
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w***u
发帖数: 17713 | 11 你觉得在研发中的那个micromet的BiTE技术如何，一个抗体粘两端，一端接肿瘤细胞表
面，另一端把体内第一杀手T细胞叫过来，和一般的抗体靠Fc末端呼唤粒细胞不一样。
他们在ALL上面的clinical trials效果倒是很不错。pre-clinical上的anti-EGFr比传
统的Erbitux，也解决了KRAS- and BRAF-mutated的直肠癌的问题。 |
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h********n
发帖数: 4079 | 12 大量制备高纯度的lentivirus----你制备的是溶液还是可以吸入的颗粒? 如果是可以
吸入的可能需要更小心.
lentivirus应该是proliferation defect的, 但如果你做的lentivirus表达Kras, 如果
你把它注射到你的手上, 说不定会感染的那一块会长cancer
总体来说还是比较安全的, 按照BSL-2+ 做就可以了. |
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B******o
发帖数: 496 | 13 KRas自己能干这个活么？好像需要同时把p53搞掉吧？ |
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h********n
发帖数: 4079 | 14 我指的是GEMM.
各位觉得那个是目前最好的? 比如PyMT老鼠就有问题, 转移太猛, 而且不是人的基因.
Kras + p53 null似乎不错
还有啥大家觉得不错的? |
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s*****i
发帖数: 315 | 15 Yes. RT PCR, and use CEL-I assay to examine RT-PCR products. |
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b****r
发帖数: 17995 | 17 只要有维甲酸这样的例子，你就不能说小分子一定不如放疗化疗给力
类似的，易瑞沙也有证据比化疗更给力
Jackman DM, Miller VA, Cioffredi LA, Yeap BY, Jänne PA, Riely GJ, Ruiz
MG, Giaccone G, Sequist LV, Johnson BE (August 2009). "Impact of epidermal
growth factor receptor and KRAS mutations on clinical outcomes in previously
untreated non-small cell lung cancer patients: results of an online tumor
registry of clinical trials". Clin. Cancer Res. 15 (16): 5267–73. DOI:10.
1158/1078-0432.CCR-09-0888. PMID 19671843.
关键是这些肿瘤多半不是单个致癌突变引起，只抑制一条通路自然很难有... 阅读全帖 |
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H*****e
发帖数: 120 | 18 Actually, I am not sure the sample number issue. This was the issue before
I did it. But after I did it, I realized that too many samples will screen
out real target. We relied on computer too much on "large-scale". This
became my experience from microarray. In the begining, we wanted whole-
genome. Then we down to "just a right one". Similiarly, More sample down
the target to the high frequent ones such as p53, kras, PTEN, and maybe RB.
Lower frequent one will be thrown away because of "... 阅读全帖 |
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D******9
发帖数: 2665 | 19 突变五花八样， 大多数蛋白在细胞里， 又没有酶活性。 健康人早点测个序， 假如有
这些突
变，早点做个肠镜才是真的。
Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer.
Cancer Genome Atlas Network.
Abstract
To characterize somatic alterations in colorectal carcinoma, we conducted a
genome-scale analysis of 276 samples, analysing exome sequence, DNA copy
number, promoter methylation and messenger RNA and microRNA expression. A
subset of these samples (97) underwent low-depth-of-coverage whole-genome
sequencing. In total, 16% of co... 阅读全帖 |
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d********n
发帖数: 1013 | 20 晚期肺癌,手术目前是不要考虑了.如果是非小细胞(NSCLC),有活检组织能测个序吗
,看看有没有EGFR, KRAS, ALK mutation.有些基因型一些比较贵药效果会比较好,比
如tarceva之类的.如果没有办法测序,目前估计docetaxel, cisplatin+pemetrexed
(Altima)好像用得比较多.不直接做临床,只知道这点. |
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h********n
发帖数: 4079 | 21 理论上说, 完整的皮肤不会被感染.
退一步说, 即使有少量细胞被感染, 因为你用的是replication defect lenti, 所以感
染不会扩大.
另外, 要看你的lenti里面表达了什么基因. 如果你表达Kras + cMyc, 如果感染成功,
估计可以长cancer. 等长出来了, 切下来, 做个表征, 在搞出个human cancer cell
line, 用你的名字命名, 至少可以发一个nature medicine. |
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r***e
发帖数: 2539 | 22
功,
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----
这个也悬，一般光有Kras表达，细胞会senescence，除非把p53也干掉。 |
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v********9
发帖数: 129 | 24 代朋友发帖，全文如下：
我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
是心血被贬得一文不值，不吐不快。你说外洗地也好，说我是打手也好，我无所谓，我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先，我想澄清，我们的工作不是“垃圾”，张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA，当时规模很小，就我一个人做，平台也刚开始建立，进展较慢
。但经过三年时间，miRNA的检测技术和功能研究我们基本都能做了，一个机缘巧合，
我们发现血清中普遍含有miRNA，从此我们从细胞内miRNA跳到了细胞外miRNA，并确立
了以研究细胞外miRNA为实验室的主要方向，期间的主要发现是：发现血清中有循环
miRNA；发现经由microvesicl... 阅读全帖 |
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r***e
发帖数: 2539 | 25 请教做过这个实验的高手。
HDJ2和Rap1a分别作为抑制farnesylation和geranylgeranylation的marker，阳性对照
是FTI-276和GGTI-298,我知道抑制修饰本身没问题。（因为用fractionation assay做
过，而且cytosolic fraction做过Kras的质谱，确认没有修饰了，所以样品没问题。）
reviewer一定要bandshift的实验，我尝试过不同浓度的precast bis-tris gel，MOPS
和MES buffer都试过了，还试过把目的蛋白跑到最下面，都跑不出很明显的区别。文献
一般都是用普通的tris-glycine gel （8% for HDJ2, 12% for Rap1a），这个有关系
吗？
请高手指点，谢谢！ |
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h********n
发帖数: 4079 | 26 肿瘤的分类, 以往都是按组织学分类的, 比如 lung adenocarcinoma, small cell
carcinoma, squamous cell carcinoma都是肺癌的subtype. 在肺癌里, 我还没听说过
有subtype上混合的, 但确实有undifferentiated lung cancer, 细胞分化程度低, 不
好分类.
如果从molecular subtype上分类, 比如有些肺癌病人有kras mutation, 有些有EGFR
mutation, 等等, 如果你要问会不会互相转变, 这个很难证明, 因为肿瘤切下来的时候
是啥样的就啥样, 但不同基因的变化是积累性的. 通常的假设是至少两个genetic
change. 所以有可能肿瘤早期只有一个mutation, 后来mutation多起来了.
另外, 很多实体瘤都是clonal tumor, 就是说一个肿瘤大都是由一个癌细胞分裂生长而
来的. 所以, 同一个病人身上的某个肿瘤里面的已有的genetic change不会变回正常的
, 而随着肿瘤的进展/复发, 有可能有新的mutation. ... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 27 我不清楚这样的组织学分类，跟molecular level的pattern有什么关联
因为异质性，肿瘤组织的细胞可能有不同的driver 突变
我最近听了一些talk，就是讲因为化疗药物的选择压力，本来dominant的mutation会被
抑制，但是原本不popular的mutation会冒出来。比如针对KRAS突变的抑制药把这类
cancer cell杀掉之后，EGFR突变的cell会取代之成为主要的cell 类型。 我不清楚这
种改变会不会导致组织学分类的变化。
这个问题的意义，我觉得是因为现在很多预后之类的分析都是基于组织学分类的，我想
知道cell population的变化是只会影响到药物治疗，还是同时会影响subtype，进而影
响预后。从楼上提供的link来看，subtype分类似乎不是那么稳定的 |
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r*****m
发帖数: 3619 | 28 Results: 46
Select item 25597018
1.
Exome-wide Sequencing Shows Low Mutation Rates and Identifies Novel Mutated
Genes in Seminomas.
Cutcutache I, Suzuki Y, Tan IB, Ramgopal S, Zhang S, Ramnarayanan K, Gan A,
Lee HH, Tay ST, Ooi A, Ong CK, Bolthouse JT, Lane BR, Anema JG, Kahnoski RJ,
Tan P, Teh BT, Rozen SG.
Eur Urol. 2015 Jan 14. pii: S0302-2838(14)01396-7. doi: 10.1016/j.eururo.
2014.12.040. [Epub ahead of print]
PMID: 25597018 [PubMed - as supplied by publisher] Free Article
Related citations... 阅读全帖 |
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k********n
发帖数: 756 | 29 Thanks a lot, Lumphy.
The mutant has dominant-negative effects and we would like to make a
inducible KI (so it is GOF) since I am sure homo will die and hetero will no
be able to breed. We would like to have rat line instead mice due to its
larger size for microsurgery on infant animals and better characterized
behavior.
Mutating at the endogenous locus or over-expression at Rosa26 locus will, I
believe, give the same phenotype. Which one is easier, simpler and faster?
Regarding the Kras v12 st... 阅读全帖 |
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l****y
发帖数: 486 | 30 You can check Tyler Jacks, 2003 Cancer Cell paper.
Transgenic approach in general is easier, cheaper and faster, but may be
criticized for its intrinsic overexpression limitation. For example, Kras
mutant over expression and expression at endogenous level (by KI) lead to
different cellular phenotypes, but KI mimics more what happens in cancer
patients.
no
I |
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v********e
发帖数: 1597 | 32 这个故事是彦宁编的，一个棒子在约翰霍普金斯读博士的时候发现GLUT1在KRAS和BRAF
突变的肠癌细胞里高表达，GLUT1是一个糖转运酶，可以把糖转运到细胞，支持细胞营
养代谢，加速生长，彦宁扑上去把结构解析出来了，说什么，如此这般，癌细胞是可以
饿死的，比如可以通过结构设计一种抑制剂，抑制它的功能，不能转运糖分 |
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n**********g
发帖数: 196 | 34 P53、Kras两个基因的自发突变多少，做肿瘤的给科普下？ |
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S**********e
发帖数: 620 | 35 不应该是自发突变，要是人早就看出来了
不过这项技术显然是不依赖于基因位点，难道搞掉p53的细胞自我阳性扩增，本来万分
之一，但是几天内疯狂扩增到百分之五，也不太应该，293本身就是疯狂细胞。这也解
释不了kras。
方法什么关键也没说，显然没严格按照颜的方法。人也没义务告诉我们就是了，赶紧投
稿吧。希望大家都能重复出来他的方法。 |
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S**********e
发帖数: 620 | 36 非常深刻的总结！
现在越来越觉得这个仇子龙并不单纯啊，既打韩又给自己台阶下
尤其是那个低于百分之五和p53，kras
谁没事整这两个基因啊，何况和他的神经生物八竿子打不着
HeLa |
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j******i
发帖数: 939 | 37 仇子龙可能要出丑了 他所用的方法跟别人没有区别 而别人却没有看到indel 他那个所
谓的indel是在293细胞中看到的 在293细胞中 kras和p53这两癌基因很可能本身就带有
突变 |
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x********i
发帖数: 905 | 39 2014: Alex Kontorovich for From Apollonius to Zaremba: Local-global
phenomena in thin orbits, Bulletin AMS, Vol. 50, 2013, pg. 187-228
2013: John C. Baez and John Huerta, for "The algebra of grand unified
theories". Bulletin Amer. Math. Soc. 47 (3): 483–552. 2010. doi:10.1090/
S0273-0979-10-01294-2.
2012: Persi Diaconis for The Markov chain Monte Carlo revolution,
Bulletin AMS, Vol. 46, 2009, pg. 179–205
2011: David Vogan for The Character Table for E8, Notices of the AMS,
Vol. 5... 阅读全帖 |
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M****o
发帖数: 4860 | 40 这就是个论文奖吧，还不是学术论文，是“expository paper”，跟数学成就没什么关
系。而且就是过去五年之内的文章，所以跟历史上谁得过也没什么太大关系。
“for outstanding expository papers published in the Bulletin of the AMS or
the Notices of the AMS in the past five years.”
比如，06年得奖的是这篇：
2006: Ronald Solomon for A Brief History of the Classification of the Finite
Simple Groups. Bulletin of the AMS, Vol. 38, 2001, No. 3, pg. 315–352.
也就是说，写数学史都可以得奖的。
宗得奖的是这篇：
They are honored for their article "Mysteries in Packing Regular Tetrahedra"
(Notices of the AMS, December ... 阅读全帖 |
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d******s
发帖数: 180 | 41 能在BAMS或者NAMS上发表这种expository paper的，本身都是各领域的领军人物，学术
成就得到大家认可。当然英文能力和exposition的技巧也很重要，东亚人在这方面往往
非常欠缺。宗作为一个母语非英语的中国人能写出这种水平的综述论文让人非常佩服。
(他这篇是跟美国人合作，不过他自己单独在BAMS上也发过两篇，在NAMS上发过一篇。)
Ronald Solomon写的那不能叫数学史，而是对有限单群分类定理证明的介绍，里面充斥
着技术干货。Solomon本人就是世界上懂这个定理证明的三四个人之一。Bryna Kra也在
ICM上作过45分钟报告。现在资讯这么发达，Conant Prize是什么份量大家都查得到，
没那么容易回国糊弄人。宗要选院士，自有杰青、陈省身数学奖、自然科学二等奖这些
国内更认可的奖给他撑腰，Conant Prize就是个锦上添花的作用。
or
Finite
Tetrahedra" |
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m********j
发帖数: 2 | 42 不知道你说的姑息手术是指切除结肠原发病灶, 还是别的转移灶. 如果已经转移别处的
话, 靶向药物还是有用的,目前治疗结直肠癌的靶向药物有两类. 1. 肿瘤血管生成抑制
剂, 主
要avastin 和zaltrap. 优点是适用于所有肿瘤, 可与FOLFIRI / FOLFOX 联合使用, 最
积极的化疗能达到超过40个月的生存期.2. 就是EGFR抗体，只适用于KRAS,NRAS野生型
肿瘤。
1.不做化疗的生存期不是很清楚, 但在最早fufol的年代生存期在10-11个月左右. 现在
的话最长能到33个月. 对于一部分肿瘤进展不迅速的病人, 可以考虑减轻有不同的方
式 一种是化疗2个月停2个月, 相较于连续FOLFIRI,生存期相近,在17个月左右. 还有是
在一线化疗病情稳定后考虑停药,这样能减轻病人及家属负担. 但是这些总生存期只是
当时统计的数据，现在三线药物都出来，实际应答好的病人生存更长点。三期临床的文
章pubmed，scholar上有，可以做个参考，临床实际化疗方案更灵活点。
2. 如果只是单纯肝脏转移的话, 轻者FOLFOX 3个疗程后切除肝脏转移灶, 一时难以切
... 阅读全帖 |
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o*****n
发帖数: 445 | 43 另外，关于病人的病情：手术是切除结肠原发病灶，最近一次CT（一月前）还未发现有
转移迹象。目前正在做基因检测，看是否KRAS,NRAS野生型肿瘤。 |
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C*****D
发帖数: 1299 | 44 你的答案都不理想。现切肠。kras mutation 检查。化疗。再肝叶切除。 |
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yf
发帖数: 272 | 45 It's unfortunate that such a young man is facing serious cancer problem. As
a oncologist, I am here to give my two cents though I haven't seen the
patient yet.
First: What is the type of lung cancer and what stage? This is very
important. If patient has stage four squamous cell carcinoma. There are
limited chemotherapy options. The chemo agent that can be used are Cisplatin
or carboplatin in combination with paclitaxol or Gemcitabine. Some old
regimens such as vinorelbine can be used too. Second... 阅读全帖 |
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q*********u
发帖数: 9501 | 48 这个可能就是酒馆系统选出来的股票，一下选出来这么都牛股，俺
第一概念就是目前这世道，这么有多牛股，可能系统问题。 |
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S***a
发帖数: 1072 | 49 没看明白...........是说系统没有兼顾到大势吗? |
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