发帖数: 1 | 1 想问下，如果用普通表达蛋白的plasmid去表达microRNA或者lincRNA，怎么确保最后不
表达出来一个蛋白？是不是需要用一个特殊的plasmid，例如没有ribosomal binding
sequence或者没有其他帮助表达蛋白的sequence?
第二个问题是怎么确保transcription termination? 或者说怎么确保表达出来的
lincRNA最后没有多出来个小尾巴？
希望这方面有经验的大牛能够帮帮忙。如果有什么关于表达lincRNA其他需要注意的地
方也请指教。谢谢。 |
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发帖数: 1 | 2 谢谢楼上各位。我是楼主。我们实验室有个retrovirus的载体。但是这个载体是给一般
普通的gene用的（i.e. protein-coding gene).我就想确认一下，如果用这个载体来表
达lincRNA,应该没什么问题吧？ |
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M*P
发帖数: 6456 | 3 测的再多也用处不大，除非你能用什么手段去enrich lincRNA. 因为lincRNA表达都很
低，你测的read里面大多数都是coding gene/ribosomal RNA，基本上都浪费掉了. 之
所以有人用array，就是因为这个问题。我们最近刚做过，上千个已知lincRNA里，只有
一二百个表达量超过 1 read per million.
你不如先试试 pcr，看看一些已知的lincRNA在你的 tissue里是否表达，然后跟一些已
知的house keeping mRNA比比表达量，你就知道想用RNAseq直接全把lincRNA测出来是
不可能的 。
LncRNA
Multiplexing
reads/ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 4 其实translational research这个词，一方面强调了研究应用化，另一方面也算个空话
可以钻很多空子。我眼里的translational其实可以囊括basic research以外的所有研
究，比如clinical research/biostat/药物/engineering，甚至包括我自己这种用病人
样本但还是基础手段做disease研究的。总之最后目的还是治病救人；要translational
肯定离不开basic science；但一味basic最后也就很容易陷入拼figure，纠结detail的
泥潭。
但我要说，从不同角度看同一个主题，还真是不一样。
比如neuroscience vs neurology，过去刚入行的时候觉得这俩应该肯定有很多
overlapping吧，但XX-ology就真的是想方设法，动用各种手段来了解disease本身，一
个有影响力的MD老板，手上有样本有资源，就可以招各路神仙，有做genetics的，做
bioinformaitcs/测序的，做RNA的，做protein structure的，做老鼠的，做signaling
path... 阅读全帖 |
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m*********r
发帖数: 2456 | 5 今天浏览了最近的一篇nature paper，“lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation” 看
到第二页就发现了一处明显的错误，还是大牛文章呢， 原文描述如下：
Among these lincRNAs, 13 are associated with endoderm differentiation, 7
with ectoderm differentiation,
5 with neuroectoderm differentiation, 7 with mesoderm differentiation and 2
with the trophectoderm lineage (Fig. 3a).
图见附件，显然5个数字，数错3个， 哎～～～ |
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j*p
发帖数: 411 | 6 The lincRNA annotation from Broad is not really good. Many people have
complained about that. For example, in this paper, the authors only give the
chromosome start stop of the predicted lincRNAs, although, we are pretty
sure they have the exon coordinates and splicing structures (because that
was a direct output from either Cufflinks or Scripture). |
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w*********g
发帖数: 30882 | 7 英国《自然》杂志首次公布人类蛋白质组草图
字号:小中大2014-05-30 17:19:37
更多
37
关键字 >> 蛋白质蛋白质组《自然》杂志英国科学技术技术突破草图生物技术科技前沿
28日出版的英国新一期《自然》杂志，公布了人类蛋白质组草图绘制工作的里程碑成果
：两个小组发表了对人体组织、体液和细胞所做的质谱分析，标绘了人类蛋白质组草图。
如果说基因是描述生命奥秘的图纸，蛋白质就是构成生命的具体建筑材料。在人类基因
组草图完成后，科学家尚不能借此完全解释生命现象，因为有些基因信息不会真的表达
为蛋白质，而人类的生、老、病、死也只有在蛋白质这个更直接的层面上才能得到解释
。因此如果想要阐释人类生命活动及其病理机制的实质，必须绘制人类蛋白组。
上世纪90年代，人类基因组计划开始成形时，有科学家提出了破译人类蛋白质组的想法
。其目标是将人体所有蛋白质归类并描绘出它们的特性、在细胞中所处的位置以及蛋白
质之间的相互作用。中国科学家在这个工程中，主要负责人类肝脏蛋白组计划。但人类
蛋白质组的规模和复杂性使此类研究困难重重。
蛋白质
编码一个蛋白质氨基酸序列的基因的DNA序列
《自然》发表人... 阅读全帖 |
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s*********t
发帖数: 600 | 8 lincRNA的丰度如何？
如果一个细胞里面只表达几个拷贝的话，作用就有限了吧
the |
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f*********e
发帖数: 24 | 9 Dependent on whether they have PolyA tails or not
lincRNA or small RNA |
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n******7
发帖数: 12463 | 10 另外，我确实在我们的reference sequence里面就观察到了 dual frame 的exon
non-coding RNA也有可能，有些gene会同时产生mRNA和mRNA-like non-coding RNA （
现在叫lincRNA似乎更多一些）
不过我们现在研究的使protein，ncRNA得过滤掉。。 |
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m*********n
发帖数: 56 | 11 楼主能不能说说epigenetics跟regulatory RNA(miRNA/lincRNA等）领域的HHMI的一些
人品情况？ |
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z*t
发帖数: 863 | 12 楼主相当牛了
不过howard chang不怎么做aging,lincRNA比较多吧，你说的stem cell aging这个
field里I. Weissman, Peggy Goodell都不错，正好可以用得上你的技术。
最后还是重复无数ls一句话，要是真不是感兴趣，趁早退了，真没必要为了名校挤破头
summer
WB |
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i**y
发帖数: 71 | 14 Some working definitions of lincRNA include polyadenylation |
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u*********1
发帖数: 2518 | 15 predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
。。。 |
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O********4
发帖数: 113 | 17 星期天也有外行的时候，少见啊，哈哈。
这个不是第一个报导lincRNA 是环状的，最早90年代就发现circRNA了，后来的miRNA
sponge 也是。还有tRNA 的 intron 在splicing 后也可以产生circular RNA. 这个文
章上主刊还是有些困难的，因为机理上还有太多不明白的地方，有些结果也可能有
aritifact 的因素在里面。
不过这个记者可够扯淡的，科大推广自己的结果我可以理解，但找这么个外行出来有些
笑话了。 |
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发帖数: 1 | 18 try U6 and its terminator, or H1 |
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l***s
发帖数: 841 | 20 只是给microRNA等小RNA的PolIII promoter。长的lncRNA, 还是要用PolII promoter,
像mRNA一样。 |
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l***s
发帖数: 841 | 21 lncRNA当作mRNA polII就行了。也有polyA。 至于miRNA，用polIII的termination
signal.目前的vector都设计好了，直接用就行。 |
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发帖数: 1 | 23 Expression and regulation of lincRNAs during T cell development and
differentiation
please send the papers to email: [email protected]/* */
thanks a lot! |
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发帖数: 1 | 24 Nat Chem Biol. 2015 Feb;11(2):107-14. doi: 10.1038/nchembio.1713. Epub 2014
Dec 22.
miR-CLIP capture of a miRNA targetome uncovers a lincRNA H19-miR-106a
interaction.
Imig J1, Brunschweiger A1, Brümmer A2, Guennewig B1, Mittal N2, Kishore S2,
Tsikrika P1, Gerber AP3, Zavolan M2, Hall J1.
my Email: [email protected]/* */
Thank you very much. |
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